Botnfjorden er navnet på flere fjorde i Norge:
Botnfjorden (Alstahaug) – en arm af Leirfjorden i Alstahaug kommune i Nordland. Botnfjorden (Steigen) – en arm af Leinesfjorden i Steigen kommune i Nordland. Botnfjorden (Sørfold) – den inderste del af Sagfjorden i Sørfold kommune i Nordland Botnfjorden – navnet på den inderste del af Øverstraumen, en arm af Ranfjorden i Rana kommune i Nordland.
Se også Botnafjorden – en fjord i Flora kommune i Sogn og Fjordane.