Marklkofen er en kommune i Landkreis Dingolfing-Landau i Niederbayern i den tyske delstat Bayern, med knap 3.700 indbyggere.
Geografi Marklkofen ligger i Region Dingolfing og udgør sammen med Reisbach og Frontenhausen landskabet "Mittlere Vilstal", hvor den opstemmede Vilstalsee ligger.
Der følgende landsbyer og bebyggelser: Marklkofen, Poxau, Steinberg, Straßwimm, Frauenbiburg.
thumb|left| Slottet Poxau i begyndelsen af det 18. århundrede; i dag er det et kloster Kobberstik af Michael Wening