Alfatoksiinit ovat bakteerien tuottamia proteiinitoksiineita. Alfatoksiinit voivat olla myös käärmeenmyrkkyjen ainesosia. Alfatoksiineihin kuuluvat: Staphylococcus aureuksen alfatoksiini, membraaneja tuhoava toksiini, joka aiheuttaa haavaumia, hemolyysia ja kudosvaurioita. Clostridium perfringensin alfatoksiini, membraaneja tuhoava toksiini, joka aktivoi fosfolipaasi C -entsyymiä. Vaikuttaa kaasukuolion ja myonekroosin syntyyn. Pseudomonas aeruginosan alfatoksiini.
Alfatoksiineja ei pidä sekoittaa homeiden tuottamiin aflatoksiineihin.