Mosambikin historian varhaisvaiheista on hyvin vähän tietoa, mutta maassa on elänyt ihmisiä jo tuhansia vuosia. Bantukieliä puhuvia maanviljelijöitä ja karjankasvattajia levittäytyi alueelle ajanlaskun alun jälkeen, ja he perustivat sittemmin useita valtakuntia, joista merkittävimpiä olivat Zimbabwen kuningaskunta ja sen seuraaja Mwene Mutapa. Arabikauppiaat vaikuttivat rannikolla 900-luvulta lähtien, ja 1200-luvulle mennessä swahilit olivat perustaneet sinne kaupunkivaltioita. Tärkein niistä oli Sofala, jonka kautta kulki sisämaasta tuotua kultaa ja myöhemmin myös orjia.
Ensimmäisenä eurooppalaisena nykyisen Mosambikin rannikolla kävi portugalilainen Vasco da Gama 1498. Portugalilaiset ottivat rannikkoalueet haltuunsa 1500-luvulla, mutta alue oli pitkään vain löyhästi heidän hallussaan: sisämaassa valtaa pitivät paikalliset valtakunnat ja myöhemmin maata vuokranneet prazerot sekä kolme yksityistä siirtomaayhtiötä. Rajat vakiintuivat pääosin Portugalin, Britannian ja Saksan välisissä sopimuksissa 1891, ja varsinaiseksi siirtomaaksi Mosambik kehittyi vasta 1800-luvun lopulla. Siirtomaataloutta pyöritti chibalo-pakkotyö, ja kymmenettuhannet mosambikilaiset kävivät töissä Etelä-Afrikan kaivoksilla. Vuodesta 1932 Portugalia hallinneen Salazarin kaudella Mosambikiin luotiin suunnitelmatalous ja siirtomaan asema muutettiin merentakaiseksi maakunnaksi.
Toisen maailmansodan jälkeen monet eurooppalaisten siirtomaat itsenäistyivät, mutta Portugali ei halunnut myöntää itsenäisyyttä siirtomailleen. Vuonna 1962 perustettu vasemmistolainen Frelimo aloitti itsenäisyyssodan 1964, ja Mosambik itsenäistyi 25. kesäkuuta 1975 sen jälkeen, kun Portugalissa oli noussut neilikkavallankumouksen jälkeen valtaan uusi hallitus. Maasta tuli marxilainen yksipuoluevaltio, jonka ensimmäinen presidentti oli Frelimon johtaja Samora Machel. Rhodesiassa perustettu ja myöhemmin Etelä-Afrikan tukema Renamo aloitti 1977 sisällissodan, joka romahdutti maan talouden ja ajoi noin kolmasosan väestöstä pakoon kotiseudultaan. Machel sai surmansa lento-onnettomuudessa 1986, ja hänen seuraajakseen tuli Joaquim Chissano, jonka kaudella yksipuoluejärjestelmä lakkautettiin uudella perustuslailla 1990 ja sota päättyi Roomassa solmittuun rauhansopimukseen 1992.
Ensimmäiset monipuoluevaalit pidettiin 1994, ja Frelimo on säilyttänyt valtansa niistä lähtien. Talous kasvoi 2000-luvulla nopeasti, mutta suuri osa väestöstä jäi kasvun ulkopuolelle, ja vuonna 2016 julki tullut valtion velkaskandaali johti talouskriisiin. Vuodesta 2017 lähtien maan pohjoisosassa on käyty Cabo Delgadon maakuntaan keskittynyttä islamistista kapinaa, joka on aiheuttanut alueelle humanitaarisen kriisin. Vuoden 2024 presidentinvaalit voitti Frelimon Daniel Chapo, mutta tulosta epäiltiin laajalti vilpilliseksi, ja vaaleja seurasi maan pahin levottomuuksien aalto sisällissodan jälkeen.
Varhaishistoria thumb|210px|Sofalan kartta noin vuodelta 1683. Useimpien tutkijoiden mukaan ensimmäiset ihmiset kehittyivät Itä-Afrikan hautavajoaman alueella itäisessä Afrikassa. Todennäköisesti Mosambikissakin on asunut ihmisiä jo tuhansia vuosia, mutta maasta on löytynyt vain muutamia fossiilitodisteita varhaisista ihmisistä.King, s. 21. Joitakin nomadiklaaneja on liikkunut Mosambikissa jo luultavasti 10 000 vuotta sitten. He saattoivat olla nykyisten sanien esi-isiä. Bantukieliä puhuvia maanviljelijöitä ja karjankasvattajia alkoi saapua alueelle vuoden 100 tienoilla, ja he etenivät sisämaan ylängöiltä Intian valtamerelle vuoteen 400 mennessä. Tämä oli bantuekspansion alkua.Fitzpatrick, s. 21. Ensimmäisen vuosituhannen lopulla Mosambikin eteläisiin keskiosiin oli kehittynyt yhteisöjä, joita hallitsi heimopäällikkö.
Bantukansat perustivat useita valtioita, jotka ulottuivat ajoittain myös nykyisen Mosambikin alueelle. Yksi niistä oli Maravi, joka sijaitsi Njassajärven itäpuolella. Valtakunta levisi Njassajärveltä kohti Intian valtameren rannikkoa ja kattoi laajimmillaan noin vuonna 1650 suuria alueita nykyisen Mosambikin pohjoisosista Mogincualin ja Angochen välille asti. Etelämpänä, Sambesi- ja Limpopojokien välisellä tasangolla kehittyivät Zimbabwen kuningaskunta (noin 1220–1450) ja sen seuraaja Mwene Mutapa (noin 1450–1698).Fitzpatrick, s. 21–23. Eteläisessä Mosambikissa sijaitsi Zimbabwen kuningaskuntaan kuulunut Manekwenin kaupunki, joka oli 1100-luvulta 1700-luvulle maanviljelyn, karjankasvatuksen ja kultakaupan keskus.
"Valtakuntien rinnalla alueella eli myös löyhemmin järjestäytyneitä kansoja. Nykyisen Niassan maakunnassa eli yao-kansaa, joka muodosti löyhärakenteisen valtakunnan. Nampulan ja Zambezian maakunnissa makuat ja lomwet järjestäytyivät enimmäkseen kyläyhteisöiksi, mutta 1500-luvulla kehittyi jonkinlaisia laajempia valtarakenteita. Etelässä kylä- ja heimotason hallinto säilyi pisimpään.
Afrikan itärannikolla käytiin kauppaa jo antiikin aikana, mutta kaupankäynti ei todennäköisesti yltänyt vielä Mosambikiin asti ja Rooman valtakunnan hajoamisen jälkeen kauppa tyrehtyi. Islaminuskon myötä Itä-Afrikan kauppareitit otettiin uudelleen käyttöön. Arabihistorijoitsija Al-Masudin mukaan arabikauppiaat kävivät säännöllisesti kauppaa Madagaskarilla vuonna 947 ja tiesivät Buzijoen suulla olevan Sofalan kaupungin, joka oli afrikkalaisen kullan myyntipaikka. Maantieteilijä Al-Idrisin mukaan Sofala oli 1100-luvulla merkittävä kauppapaikka, josta hankittiin rautaa, kultaa ja eläintennahkoja.Briggs, s. 7.
Swahilit olivat perustaneet 1200-luvulle mennessä useita kaupunkivaltioita Itä-Afrikan rannikolle Somaliasta Mosambikin keskiosiin. Monet nykyisen Mosambikin merkittävimmistä satamakaupungeista olivat alkujaan swahilien kauppakeskuksia, kuten Mosambikin saari, Angoche, Ibo ja Inhambane. Tärkein keskus oli Sofala, joka on perustettu kauppapaikaksi todennäköisesti jo 800-luvulla. Siellä oli 1400-luvulla 10 000 asukasta. Sofala sijaitsi lähellä nykyistä Beiran kaupunkia Sofalan maakunnassa. Kauppakaravaanit kulkivat Sambesia ja monia muita jokia sisämaahan nykyiseen Zimbabween, josta tuotiin etenkin kultaa. Vuoteen 1100 mennessä alettiin käydä kauppaa myös sisämaasta tuoduista orjista.King, s. 22–23. Mosambikin satamien kautta arvioidaan myydyn noin miljoona orjaa.Fitzpatrick, s. 22.
Arabiretkeilijät tutkivat todennäköisesti myös Mosambikin sisämaata. He purjehtivat Sambesia pitkin jopa nykyisen Cahora Bassan tekojärven tienoille ja perustivat pieniä kaupunkeja joen varrelle. Nykyiset Teten ja Senan kaupungit ovat ilmeisesti arabien perustamia.Briggs, s. 8.
Portugalilaiset Portugalilaisten saapuminen thumb|230px|Vasco da Gaman kaivo Mosambikissa. Portugalilaiset valtasivat marokkolaisen Ceutan satamakaupungin 1415. He kuulivat pian Afrikan kukoistavasta kultakaupasta ja alkoivatkin etsiä meritietä Afrikan ympäri. Bartolomeu Dias kiersi 1488 ensimmäisenä Afrikan eteläkärjen, Hyväntoivonniemen, mutta hän ei kuitenkaan purjehtinut vielä nykyisen Mosambikin rannikolle asti. Itärannikkoa pitkin etelään matkasi puolestaan Pêro da Covilhã, joka pääsi nykyisen Mosambikin alueelle Sofalaan saakka. Ensimmäisenä merireitit yhdisti Vasco da Gama, joka pysähtyi Mosambikin saarella ja jatkoi sieltä matkaa Malindiin ja swahilioppaan avulla Intiaan.
Vuoteen 1502 mennessä portugalilaisilla oli jo tukikohta Sofalassa, ja vuonna 1507 he asuttivat Mosambikin saaren Intiaan ja Maustesaarille käytävän kaupan välietapiksi.King, s. 23. Mosambikin saaresta tuli niin merkittävä kauppakeskus, että portugalilaiset hylkäsivät Kilwa Kisiwanin. Mosambikin tukikohdat sijoitettiin Portugalin Intian alaisuuteen, ja portugalilaisten hallussa oli Mosambikin saari läheisine rannikkoineen sekä pohjoisen Quirimbassaaret.
Portugalilaiset hallitsivat pitkään lähinnä rannikkoalueita, ja varsinaiseksi siirtomaaksi Mosambik kehittyi vasta aivan 1800-luvun lopussa.King, s. 24. Ensimmäisen tutkimusmatkan Mosambikin sisämaahan teki António Fernandes, joka vieraili todennäköisesti ensimmäisenä portugalilaisena Mwene Mutapan pääkaupungissa. Hän teki kolme matkaa vuosina 1511–1513 ja kertoi löytämistään kultakaupan reiteistä. Fernandesin löydöt eivät vielä saaneet portugalilaisia kiinnostumaan Mosambikin sisämaan valtaamisesta, vaan he tyytyivät käymään kauppaa heimopäälliköiden kanssa rannikkolinnakkeistaan käsin.Briggs, s. 9.
Kun šonat olivat tappaneet jesuiittapappi Gonçalo da Silveiran 1561, portugalilaiset lähettivät sotilaita sisämaahan 1569–1575 ja yrittivät vallata kulta-alueita. Monet sotilaat kuolivat hyttysten ja tsetsekärpästen levittämiin tauteihin. Jäljelle jääneet joukot hyökkäsivät Senaan ja surmasivat suuren osan kaupungin muslimiväestöstä. Heinäkuussa 1572 Francisco Barreton johtama 650 miehen osasto marssi kohti Teteä, mutta matkalla heidän kimppuunsa hyökkäsi 16 000 afrikkalaisen joukko, jota johti maravien kuningas Mambo. Barreton miehet tappoivat ennen vetäytymistään noin 4 000 vastustajaa. Barreton joukoista vain 180 miestä palasi Senaan, ja myös Barreto itse kuoli kuumeeseen paluumatkalla.Briggs, s. 10.
Taistelu alueen hallinnasta Portugalilaiset joutuivat taistelemaan alueensa hallinnasta 1600-luvulla muiden eurooppalaisten kanssa. Hollantilaiset yrittivät vallata Mosambikin saaren vuosina 1607 ja 1608.King, s. 25. Vuonna 1607 hollantilaiset piirittivät saarta kuusi viikkoa mutta eivät pystyneet valtaamaan São Sebastiãon linnoitusta. Toinenkin yritys epäonnistui, minkä jälkeen hollantilaiset valtasivat brittilaivaston tuella muita Portugalin tukikohtia Intian valtamerellä. Eripura jatkui vuoteen 1630, jolloin maat tekivät rauhansopimuksen. Valtausyritysten vuoksi portugalilaiset halusivat ottaa Mosambikin alueen paremmin hallintaansa, ja Sousa de Menesesin johtama 2 000 miehen joukko löi muun muassa maravivaltion ja perusti vasallivaltion Mwene Mutapaan.Briggs, s. 11. Portugalilaiset hallitsivat vähän aikaa suurta osaa Mosambikin sisämaasta aina nykyisen Zimbabwen pohjoisosiin saakka, mutta changamiret ajoivat portugalilaiset takaisin rannikolle 1693.King, s. 26.
Samaan aikaan kun portugalilaiset taistelivat sisämaassa afrikkalaisia vastaan, arabit hyökkäsivät rannikolle. Vuonna 1650 Omanin arabit valtasivat Masqatin ja hyökkäsivät sen jälkeen Itä-Afrikkaan. Omanilaisten alukset hyökkäsivät Sansibarille 1652, Mombasaan 1661 ja Mosambikin saarelle 1671. São Sebastiãon linnoitus kesti jälleen, eivätkä omanilaiset yrittäneet uudestaan hyökätä Mosambikiin. Portugalilaiset menettivät kuitenkin Itä-Afrikan alueensa Cabo Delgadon pohjoispuolelta.
Portugalilaiset perustivat 1650-luvulla Sambesin laaksoon järjestelmän, joka oli periaatteiltaan feodalistinen. Portugali vuokrasi uudisasukkaille ja varakkaille kauppiaille maa-alueita, eli ns. prazo-tiloja. Prazeroilla, prazojen omistajilla, oli täysi valta omaan maa-alueeseensa. Monet prazerot eivät viljelleet maata lainkaan vaan keräsivät vain veroja maillaan asuvilta ihmisiltä. Orjakauppa oli kasvanut 1700-luvulle tultaessa, ja orjat olivat Mosambikin merkittävimpiä kauppatavaroita. Prazot myivät Quelimanessa orjia portugalilaiskauppiaille. Portugalilaiset veivät orjia Brasiliaan ja ranskalaiset Intian valtameren saarille. Orjakauppa alkoi hiipua 1800-luvun puolivälin jälkeen, mutta se jatkui silti vielä 1900-luvun alkuun saakka.
Koko 1700-luvun portugalilaiset taistelivat pitääkseen Mosambikin alueen itsellään. He asuttivat 1781 Maputonlahden alueen (eli nykyisen Maputon) pysyvästi ja ajoivat hollantilaiset ja itävaltalaiset kauppiaat pois kaupungista. Mosambikin ja Zimbabwen rajamaille syntyi 1700-luvun lopulla ja 1800-luvun alussa muutamia paikallisia kuningaskuntia. Ngunijohtaja perusti 1820-luvulla valtakunnan Sofalasta sisämaahan. Soshangane otti valtakunnan haltuunsa 1837 ja nimitti sen Gazan kuningaskunnaksi. Gaza käsitti laajimmillaan 1860-luvulla suuren osan eteläistä Mosambikia Sambesilta Limpopolle.