Bhutanin sijainti eristyksissä Himalajan vuoristossa on aiheuttanut sen että maan varhaishistoriasta ei ole tarkkaa tietoa. Maahan saapui buddhalaisuus tiibetiläisten mukana 600-luvulla. Maan ensimmäisenä hengellisenä johtajana pidetään Ngawang Namgyalia, joka otti itselleen arvonimen shabdrung. Hänen onnistui yhdistää Bhutanin hallitsevat suvut yhden hallinnon alaisuuteen, ja hänen toimestaan maahan rakennettiin dzongeja maan puolustamiseksi ja hallitsemiseksi.
Shabdrung hallitsi Bhutania hengellisenä johtajana aina 1900-luvun alkuun asti. Vuonna 1907 maan suurimman maakunnan Tongsan hallitsija Ugyen Wangchuck, käytti hyväkseen tilannetta jossa shabdrungin kuoltua ei tämän seuraajaa ollut valittu kolmeen vuoteen. Hän kruunautti itsensä maan johtavien buddhalaismunkkien ja sukujen hyväksynnällä Bhutanin kuninkaaksi, ja otti arvonimekseen druk gyalpo ja maasta tuli absoluuttinen monarkia. Iso-Britannia, joka oli tehnyt Bhutanin kanssa suojelusopimuksen, hyväksyi Ugyen Wangchukin kuninkuuden. Kun Intia itsenäistyi, Bhutan siirtyi Ison-Britannian suojeluksesta Intian suojelukseen vuonna 1949.
1990-luvulla Bhutan kärsi sisäisistä levottomuuksista, johtuen kymmenientuhansien nepalia puhuvien karkottamisesta maasta. Ongelmista huolimatta Bhutan on kehittynyt kohti demokraattisempaa järjestelmää. Ensimmäiset vapaat vaalit maassa pidettiin vuonna 2008.
Esihistoria Bhutanin esihistoriasta on hyvin vähän varmoja tietoja, vaikka aiheesta on tehty jonkun verran etnologisia, perinnöllisyystieteellisiä, kielitieteellisiä ja arkeologisia tutkimuksia.Phuntsho 2013, s. 66. Bhutanin laaksoissa on kuitenkin todennäköisesti elänyt ihmisiä neoliittisella kaudella noin 2500 eaa.Phuntsho 2013, s. 69. Todisteita varhaisista asukkaista ovat talsot, joita paikalliset ovat perinteisesti pitäneet taivaasta tulleina työkaluina. Lisäksi maasta tunnetaan erilaisia megaliitteja.Phuntsho 2013, s. 67–68.
Historioitsijat ovat rakentaneet Bhutanin varhaisista vaiheista teorian, että alueella sijaitsi valtio nimeltä Lhomon, kirjaimellisesti etelän pimeys, tai Monyul eli pimeä maa. Monyul viittaa myös Bhutanin alkuperäisasukkaisiin monpa-kansaan.
Monyulin on arveltu olleen olemassa noin 500 eaa.–600 jaa., sillä maan eri nimet on mainittu vanhoissa bhutanilaisissa ja tiibetiläisissä teksteissä. Myös nimet Lhomon tsendenjong eli santelipuumaa ja Lhomon khazhi eli neljän tulitien maa esiintyvät vanhoissa tiibetiläisissä ja bhutanilaisissa kronikoissa. Jotkut tutkijat uskovat, että varhaiset aluetta asustaneet olivat vuoriston alkuperäisasukkaita, monpia, jotka eivät olleet tiibetiläisiä eivätkä mongolitaustaisia, jotka myöhemmin saapuivat Bhutanin alueelle.
Varhaisen Monyulin asukkaat harjoittivat shamanistista bon-uskontoa, joka korosti luonnon palvomista ja hyvien ja pahojen henkien olemassaoloa. 1000-luvun jälkeen historiallisista legendoista ilmenee, että Monyulin vaikutuspiiri ulottui duarien alueelle, joka rajoittuu nykyisiin Assamiin, Länsi-Bengaliin ja Bihariin Intiassa.
Buddhalaisuuden saapuminen
Bhutan on ollut jo varhain linkitetty Tiibetiin, ja varhaisin tunnettu yhteys on 600-luvulta, jolloin tiibetiläisen kuninkaan Strongtsen Gampon väitetään rakentaneen Bhutaniin kaksi temppeliä, Jamba Lhakhangin ja Kyerchu Lhakhangin.Phuntsho 2013, s. 76. Strongtsen Gampo oli kääntynyt buddhalaisuuteen ja määräsi buddhalaisten temppelien rakentamisesta Bumthangiin keskiseen Bhutaniin ja Kyichuun Paron laaksoon, nykyisen Paron alueelle. Buddhalaisuus korvasi, mutta ei poistanut bon-uskonnon tapoja, jotka myös olivat levinneet Tiibetin alueelle 700-luvulla. Sen sijaan buddhalaisuuteen sulautui bon-uskonnon tapoja.
Vuonna 747 buddhalainen pyhimys Padmasambhava, joka Bhutanissa tunnetaan nimellä Guru Rimpoche ja joskus myös nimellä Toinen Buddha, tuli Bhutaniin Intiasta yhden lukuisten paikallisten kuninkaiden kutsumana. Kertoman mukaan hän kukisti paholaiset ja käännytti kuninkaan, minkä jälkeen hän jatkoi Tiibetiin. Tiibetistä palattuaan hän valvoi uusien luostarien rakentamista Paron laaksossa ja perusti päämajansa Bumthangiin. Perimätiedon mukaan hän perusti Nyingmapa-lahkon, joka oli joksikin aikaa maan hallitseva uskonto. Guru Rimpochella on suuri historiallinen ja uskonnollinen rooli kansallisena suojeluspyhimyksenä, joka osoitti tantran, ohjeet jotka kuvaavat luonnonläheisyyden voimaa. Gurun oppien jälkeisellä aikakaudella Bhutanin alueelle levisi intialaisia vaikutteita, kunnes tiibetiläisten muuttoliikkeen kasvu toi uusia kulttuurillisia ja uskonnollisia vaikutuksia.
Tänä aikana Bhutanin alueella ei ollut valtionhallintoa. Sen sijaan maassa alkoi kehittyä pieniä itsenäisiä monarkioita 800-luvun alussa. Jokaista hallitsi kuningas, joista jotkut väittivät olevansa jumalallista alkuperää. Merkittävin näistä oli Bumthangin kuningaskunta. Samaan aikaan tiibetiläiset buddhalaismunkit olivat juurtaneet uskontonsa ja kulttuurinsa Bhutanin alueelle. Maahan suuntautui myös tiibetiläisten ja mongolien sotilasretkikuntia, jotka asettuivat maan hedelmällisiin laaksoihin. 11. vuosisadalla koko Bhutania asuttivat tiibetiläis-mongolialaiset joukot.
Tiibetin ja Bhutanin alueet olivat mongolien vaikutuspiirissä 1300-luvulle asti, kunnes heidän oma poliittinen taantumansa vähensi heidän vaikutusvaltaansa. Tuolla ajanjaksolla Bhutanin poliittinen kehitys sai voimakkaita uskonnollisia vaikutteita. Maassa kilpailivat keskenään buddhalaisuuden eri koulukunnat, joista merkittävimmäksi oli 1400-luvulle tultaessa noussut gelug-suuntaus, jonka mukana Bhutaniin tuli Tiibetistä pienempiin vastakkaisiin lahkoihin kuuluneita munkkeja. Heidän mukanaan tuli Kagyu-koulukunta, jonka ansioksi on luettu dzongien, eli linnoitettujen luostarien käyttöönotto.
Hallitsevimmaksi uskonlahkoksi maassa nousi kaguyn alalahko, drukpa-suuntaus, jonka perustajana oli tiibetiläinen munkki Phajo Drugom Zhigpo. Drukpa-suuntauksesta muodostui Bhutanin alueella uskonnollisen käytännön hallitseva muoto. 1100-luvulta 1600-luvulle asti kaguy- ja drukpa-suuntauksen lahkolaiset kilpailivat keskenään omista dzongeistaan.
Keskusvallan synty
pienoiskuva|Shabdrung Ngawang Namgyal 1800-luvun maalauksessa. Häntä pidetään Bhutanin ensimmäisenä hallitsijana ja maan yhdistäjänä. pienoiskuva|Paron laaksossa oleva Dzong, joka on rakennettu vuonna 1646. 1600-luvun alkuun saakka Bhutan koostui pienistä toisiaan vastaan sotineista läänityksistä, kunnes maan yhdisti tiibetiläinen lama ja sotilasjohtaja shabdrung Ngawang Namgyal, joka saapui Bhutaniin vuonna 1616. Hän tuli Bhutaniin etsimään vapautusta gelug-koulukunnasta, jota johti Dalai Lama Lhasasta käsin. Hänen toimestaan maahan perustettiin teokraattinen hallinto, joka oli riippumaton tiibetiläisestä poliittisesta vaikutusvallasta, ja syntyi esimoderni Bhutan.
Kukistettuaan kilpailevien koulukuntien johtajat ja tiibetiläiset hyökkääjät, Ngawang Namgyal otti itselleen arvonimen shabdrung, ja hänestä tuli Bhutanin ajallinen ja hengellinen johtaja. Hän julkisti lakijärjestelmän ja yhdisti voimakkaiden bhutanilaisten perheiden johtajat saman keskusvallan alle. Puolustaakseen maata hän rakennutti dzongeista linnoitusketjun tiibetiläisten hyökkäyksiä vastaan. Monet dzongit ovat yhä olemassa.
Tiibetiläiset sotajoukot hyökkäsivät Bhutaniin vuosina 1629, 1931 ja 1639, toivoen että Ngawang Namgyalin suosio tukahtuisi, ennen kuin se leviäisi liian pitkälle. Hyökkäykset tukahdutettiin ja drukpa-koulukunnan voimakas läsnäolo kehittyi Bhutanin länsi- ja keskiosissa, mikä nosti Ngawang Namgyalin suosiota. Ensimmäisen sodan aikana Bhutanissa vieraili portugalilaisia jesuiittoja, mikä oli ensimmäinen kirjattu eurooppalaisten vierailu Bhutaniin. He tapasivat Ngawang Namgyalin ja esittelivät tälle tuliaseita, ruutia ja kaukoputkia ja tarjosivat apuaan tiibetiläisiä vastaan käydyissä taisteluissa, mutta shabdrung hylkäsi tarjouksen.
Bhutan koki taas uuden hyökkäyksen Tiibetin suunnalta vuonna 1643, kun mongolien ja tiibetiläisten joukko pyrki tuhoamaan Bhutaniin, Nepaliin ja Sikkimiin pakenevat nyingmapa-pakolaiset. Mongolit olivat ottaneet haltuunsa uskonnollisen ja siviilivoiman valvonnan Tiibetissä 1630-luvulla ja he asettivat gelug-suuntauksen valtionuskonnoksi. Ngawang Namgyalin bhutanilaiset vastustajat tukivat mongolien hyökkäystä, mutta mongolit kukistettiin helposti Etelä-Bhutanin alangolla. Myös toinen vuonna 1647 tehty hyökkäys Bhutaniin epäonnistui.
Ngawang Namgyalin aikana hallinto koostui valtiorakenteesta jossa oli valittu je khenpo, eli pääapotti ja teokraattinen siviilihallinto, jota johti druk desi, joka oli joko munkki tai maallikkojäsen. Hänet valittiin kolmivuotiskaudeksi, ja hänet valitsi aluksi lakiasiainneuvosto, myöhemmin valtioneuvosto eli Lhengye Zhungtshog. Valtioneuvosto oli keskeinen hallintoviranomainen, johon kuului alueellisia hallitsijoita, shabdrungin kamariherroja ja druk desi. Shabdrung oli valtionpäämies ja hänellä oli lopullinen valta uskonnollisissa ja siviilipuolen asioissa. Maan hallituksen kotipaikka oli 1200-luvulta alkaen Thimphuun rakennettu dzong keväällä, kesällä ja syksyllä. Talvipääkaupunki oli Punakha, jonne perustettiin dzong 1527. Valtakunta oli jaettu kolmeen alueeseen, itään, keskiseen ja länteen, joista kutakin johti ponlop, eli kuvernööri.
Ngawang Namgyalin hallintoa sitoi Tsa Yig -niminen lakikirja, joka kuvasi henkistä ja siviilijärjestystä ja sääti lait julkishallinnolle ja yhteiskunnalliselle moraaliselle käyttäytymiselle. Buddhalaisen dharman luontaiset tehtävät ja hyveet olivat suuressa osassa uudessa lakikoodissa, joka säilyi 1960-luvulle saakka.
Ngawang Namgyal kuoli vuonna 1651. Ja jotta Bhutan ei hajoaisi, hänen kuolemansa oli varjeltu salaisuus 54 vuotta. Hänen sanottiin hakeutuneen uskonnolliseen piilopaikkaan Bhutaniin, Sikkimiin tai Tiibetiin. Ngawang Namgyalia seurasivat vallassa hänen poikansa ja velipuolensa vuosina 1651 ja 1680. He aloittivat valtakautensa ollessaan vielä alaikäisiä, ja uskonnolliset ja siviilihallitsijat toimivat sijaishallitsijoina. He käyttivät harvoin valtaa omissa nimissään. Jatkuvuuden lisäämiseksi je khenpo ja druk desi kehittivät reinkarnaation käsitteen, jotta he pystyisivät säilyttämään valtansa jota he olivat kasvattaneet Ngawang Namgyalin aikana. Viimeinen hallitsija, joka miellettiin uudestisyntyneenä Ngawang Namgyalina, kuoli 1700-luvun puolivälissä. Kuitenkin shabdrungin puheen ja mielen uudestisyntyminen oli hyväksytty käsite 1900-luvulle saakka.
Valtion uskonnon voima lisääntyi myös uudella luostarijärjestelmällä, joka pysyi voimassa 1990-luvun alkuun asti. 1600-luvun lopulla perustettiin käytäntö, jossa jokaisesta perheestä josta oli kolme tai useampi poika, vähintään yhden pojan tuli liittyä luostariin. Ajan myötä valtioneuvosto muuttui kuitenkin maallisemmaksi.
Ensimmäisen perintöjakson aikana Bhutan ajautui konfliktiin Tiibetin ja Sikkimin kanssa. Maan sisäinen druk desin vastainen oppositio lähestyi tämän vastustajia Tiibetissä ja Sikkimissä. 1680-luvulla Bhutan hyökkäsi Sikkimiin kukistaakseen paikallisen kapinoivan valtiaan. Vuonna 1700 Bhutan hyökkäsi uudelleen Sikkimiin, ja vuonna 1714 tiibetiläiset hyökkäsivät Bhutaniin mongolien avustamana, mutta he eivät kuitenkaan saaneet hallittua maata.
Vuonna 1728 Jigme Dakpa, jonka uskottiin olevan Ngawang Namgyalin ensimmäinen reinkarnaatio, tunnustettiin uudeksi shabdrungiksi. Häntä vastustivat Tiibetin tukemat oppisitiovoimat. Jigme Dakpan kannattajat voittivat tiibetiläisten tukemat joukot, mutta poliittinen tilanne jäi epävakaaksi. Alueelliset kilpailut vaikuttivat Bhutanin asteittaiseen hajoamiseen silloin, kun ensimmäiset brittiasiamiehet saapuivat.