Nepalin valtio syntyi 1700-luvun puolivälissä, kun Gurkhan kuningas Prithvi Narayan Shah valtasi Malla-hallitsijoiden kuningaskunnat ja perusti Nepalin kuningaskunnan. Shah-dynastia laajensi valtakuntaansa Kathmandun laaksosta itään ja länteen, kunnes lopulta Intiaa hallinneet britit pysäyttivät Nepalin laajenemisen vuosina 1814-1916 käytyjen taistelujen jälkeen. Tällöin muodostuivat myös ne rajat, jotka Nepalilla nykyisinkin on.
Sisäisten valtataistelujen jälkeen maassa kaappasi vallan vuonna 1846 Jung Bahadur Rana, jonka perustama Rana-dynastia hallitsi maata sadan vuoden ajan. Ranojen diktatuurin aikana Nepalin kuningas oli vain maan julkinen keulakuva, perinnöllisen pääministerin pitäessä todellista valtaa. Rana-diktatuuri kukistui vuonna 1951 ja maassa palattiin lyhyen demokratiakokeilun jälkeen takaisin monarkiaan.
1990-luvulla maassa alettiin vaatia demokratiaa yhä äänekkäämmin. Maa ajautui sisällissotaan, joka kesti kymmenen vuotta. Maan viimeinen kuningas Gyanendra syrjäytettiin vallasta vuonna 2008 ja Nepalin kuningaskunnasta muodostettiin liittovaltio. Samalla sai päätöksensä Nepalia yli 250 vuotta hallinnut Shah-dynastia.
Varhaiset vaiheet pienoiskuva|Kathmandun laakso on varhaishistoriasta lähtien ollut maan poliittinen ja kulttuurillinen keskipiste. pienoiskuva|Kapilavastun kuningas Śuddhodana kulkueineen menossa tapaamaan poikaansa Buddhaa, kuvattuna stupaan, Sanchin buddhalaisissa monumenteissa.
Esihistoria Kathmandun laaksosta löytyneet muinaiset työkalut kertovat alueen olleen asuttuna jo muinaisajoista asti, mutta varhaishistorian tutkimus etenee hitaasti. Kirjallisia merkintöjä on intialaisissa lähteistä vasta ensimmäiseltä vuosituhannelta ennen ajanlaskun alkua. Intialaisen eepoksen Mahabharatan mukaan alueella asuivat tuolloin kirātat, joiden jälkeläisiä elää edelleen Nepalin itäosassa. Toiset esihistoriasta kertovat legendat kertovat kiratojen olleen alueen hallitseva väestöosa, jolla oli ylivalta karjataloudesta elantonsa saavaan abhiraheimoon nähden. Nämä lähteet ovat yhteneviä siinä että maan alkuperäisväestö oli todennäköisesti etnisesti tiibetiläis-burmalaista alkuperää ja he asuivat nykyisen Nepalin alueella 2500 vuotta sitten. Väestö asui poliittisesti järjestäytymättömissä pienissä siirtokunnissa.
Ensimmäiset hallintorakenteet Merkittävät poliittiset muutokset tapahtuivat arjalaisten levittäydyttyä luoteisen Intian alueelle vuosien 2000 eaa. ja 1500 eaa. välillä. Heidän kulttuurinsa oli levinnyt koko Pohjois-Intian alueelle ensimmäisen vuosituhannen eaa. aikana. Arjalaiset muodostivat monia valtakuntia, jotka olivat jatkuvasti sotatilassa. 500-luvulla eaa. Kauppapaikkojen ympärille alkoi kasvaa kosmopoliittisia yhteiskuntia, jotka olivat kauppareittien välityksellä yhteydessä Etelä-Aasiaan. Indo-Gangesin tasangon reuna-alueella, Tarain alueella, pienimmät valtakunnat, valtioliitot tai heimot kasvoivat, sillä ne saivat osansa kaupankäynnin mahdollisuuksista ja ne joutuivat kohtaamaan suurempien kuningaskuntien taholta tulevan uhan. Todennäköisesti tällä ajanjaksolla indoarjalaisia kieliä puhuneet Khasi-kansat laajensivat elinpiiriään nykyisen Länsi-Nepalin alueelle.
Yksi ensimmäisistä Tarain alueen valtiomuotoisista yhteiskunnista oli Shakya-heimo, jonka pääkaupunki oli ilmeisesti Kapilavastu, lähellä nykyistä Nepalin ja Intian rajaa. Klaanin tunnetuin jäsen on Siddhartha Gautama, prinssi joka hylkäsi ylellisen elämäntavan ja lähti etsimään olemassaolon merkitystä. Hänet tunnettiin myöhemmin buddhana ja buddhalaisuuden perustajana.
Maurya-valtakunta oli muinaisen Intian valtakunnista mahtavin niin poliittisesti kuin sotilaallisestikin. Se oli laajimmillaan kuningas Ašokan valtakaudella 268-231 eaa. jolloin sen vaikutusvalta kattoi lähes koko nykyisen Intian ja ulottui lännessä nykyisen Afganistanin alueelle saakka. Ei ole todisteita siitä, ulottuiko sen valta nykyisen Nepalin alueelle, mutta joka tapauksessa Maurya-valtakunnan olemassaolo vaikutti Nepalin historiaan. Ašoka omaksui buddhalaisuuden ja hänen aikanaan sen uskotaan levinneen Kathmandun laaksoon ja koko Nepalin alueelle. Maurya-valtakunnan ajoilta on peräisin myös hallintojärjestelmä, jossa kuningas oli poliittisen järjestelmän oikeutettu keskipiste.
Maurya-vallan rappeuduttua toisella vuosisadalla eaa. pohjoinen Intia hajosi useaan pieneen hallintokeskukseen. Kauppasuhteet muualle Aasiaan ja Euroopan suuntaan kuitenkin säilyivät, mutta nykyisen Nepalin alue oli ilmeisesti kaukana tästä kaupallisesta verkostosta. Gupta-valtakunta yhdisti Pohjois-Intian jälleen yhden hallinnon alaisuuteen 300-luvulla jaa. Gupta-dynastian suurin valloittaja Samudragupta, joka hallitsi noin vuosina 353-373, väitti että Nepalin valtias maksoi Gupta-valtakunnalle veroja. Ei kuitenkaan tiedetä, kuka tämä valtias olisi ollut, ja mitä aluetta hän olisi hallinnut jos hän todella oli Guptien vasalli. Gupta-ajalla Nepalin kieli ja kulttuuri sai kuitenkin vaikutteita pohjoisintialaisesta kulttuurista.
Licchavi-dynastia Nepalin alueella vaikuttivat 400-luvulla Licchavihallitsijat, jotka alkoivat kirjata tietoja maan politiikasta, yhteiskunnasta ja taloudesta. Licchavit olivat hallitseva suku, joka tunnetaan myös varhaisissa Buddhan ajan Intian legendoissa. Licchavit olivat Kathmandun laaksossa tukikohtaansa pitävä dynastia, ja he johtivat ensimmäisen nepalilaisen valtion kasvua. Myös eteläisen naapurimaan Gupta-dynastian perustaja oli naimisissa Licchavi-prinsessan kanssa.
Varhaisimmat maininnat Licchaveista ovat peräisin vuodelta 464, ja ne mainitsevat kolme edeltävää hallitsijaa, mikä viittaa siihen että Licchavi-dynastia alkoi 300-luvun lopulla. Viimenen Licchavi-kirjoitus on vuodelta 737. Kirjoitukset ovat sanskritiksi, mikä oli Pohjois-Intiassa käytetty kieli. Licchavien valta oli vahvasti intialaisvaikutteinen poliittisesti ja kulttuurillisesti. Kuninkaalla oli absoluuttinen valta, mutta hän puuttui vain vähän alamaistensa sosiaaliseen elämään. Elantonsa kansa sai maanviljelystä, he kasvattivat riisiä ja muita jyviä, joita tuotettiin kuninkaallisen, tai muiden merkittävien sukujen tai munkkien tarpeisiin. Alue jakaantui hallinnollisesti kyläyhteisöihin, jotka ryhmiteltiin suuremmiksi yksiköiksi. Valtakunta rajoittui maantieteellisesti Kathmandun laaksoon ja muutamaan naapurilaaksoon. Licchavi-ajan hallintorakennuksia tai palatseja ei ole säilynyt meidän päiviimme asti. Yksi Licchavien ajan merkittävimmistä perinnöistä on buddhalaisuuden leviäminen Tiibetiin ja Keski-Aasiaan kauppiaiden ja lähetyssaarnaajien mukana.
Varhaiskeskiaika Licchavi-dynastian rappeutumisen jälkeinen aikakausi on Nepalin historian vähiten tunnettu ajanjakso. Tältä ajalta on vain muutamia kaiverrettuja lähteitä, jotka täydentävät uskonnollisten kirjoitusten päivämääriä. Todennäköisesti Kathmandun laakso ja sen viereiset laaksot pysyivät yhtenä poliittisena yksikkönä, vaikka alueella käytiinkin valtataisteluja merkittävien klaanien välillä. Uskonnollisten järjestöjen kirjaukset lahjoituksista on päivätty vuodelle 879, mikä viittaa uuden dynastian perustamiseen. Säilyneet asiakirjat ovat osoittaneet että samalla siirryttiin sanskritin kielestä newarin kieleen.
Suurin Nepaliin kohdistuva valta tuli edelleen etelästä, nykyisen Intian Biharin osavaltion alueella sijainneelta Mithilan alueelta. Nykyisen Intian Karnatakan osavaltion alueelta lähtöisin olevan Chalukya-dynastian sotapäälliköt ottivat Mithilan hallintaansa. Yksi heidän sotapäälliköistään perusti Terain alueelle pääkaupungin vuonna 1097, mistä käsin käynnistettiin hyökkäyksiä Nepaliin, joiden ansiosta Chalukya-dynastia väitti hallitsevansa Nepalia. Tällä ei kuitenkaan ole ollut huomattavaa vaikutusta Nepalin historiaan. 1100-luvun lopulla Nepalin kuningasta kutsuttiin nimellä Somesvaradeva, mikä oli Chalukya-kuninkaiden nimi, mikä viittaisi poliittiseen yhteyteen intialaishallitsijoiden kanssa. Ennen hänen kautensa loppua on näyttöä poliittisesta kaaoksesta ja valtaistuintaistelusta.
Tällä ajanjaksolla tapahtui myös syvällisiä muutoksia maan uskonnollisessa järjestelmässä. Buddhalaisen yhteisön sisällä munkkien ja luostarien rooli muuttui hitaasti mutta radikaalisti. Varhainen buddhalaisuus oli perustunut munkkien ja nunnien selibaattiin ja meditointiin, jotka olivat vetäytyneet maailmasta omiin elinympäristöihinsä. Koska rituaalisempi Vajrayana-buddhalaisuus laajeni, kasvoi näkemyserot suuntauksen opettajien ja tavallisten bhikkhu-munkkien välillä. Tämä johti siihen että korkeampiarvoiset opettajat ottivat luostarit haltuunsa ja hallinnoivat luostarin varoja. Luostareista tuli sosiaalisia ja taloudellisia keskuksia, jotka toimivat työpajoina ja huoneistoina sekä pyhäkköinä. Nämä roolit ovat yhä ennallaan.
Keskiajan kuningaskunnat Malla-kausi Nepalin merkittävät hallitsijat alkoivat 1100-luvun alussa käyttää itsestään nimitystä malla, mikä tarkoitti vahvaa henkilöä. Malla-dynastian aikana vahvistui Kathmandun laakson merkitys Nepalin poliittisena, kulttuurillisena ja taloudellisena keskuksena. Aika ei ollut poliittisesti vakaata, vaan Nepalissa ja sen ympärillä tapahtui merkittäviä mullistuksia. Turkkilaissukuiset muslimit perustivat 1200-luvulla Delhin sulttaanikunnan Nepalin eteläpuolelle ja 1300-luvulla he laajensivat valtaansa Intian pohjoisosassa. Tänä aikana Intian valtakunnat joutuivat sotaan Delhiä vastaan, ennen kuin ne lopulta kukistuivat Delhin vallan alle. Tämä johti myös mullistuksiin Nepalissa ja sen lähialueilla. Nykyisessä Länsi-Nepalissa, Jumlan laaksossa, syntyi erillinen Malla-dynastia, jota ei pidä sekoittaa Kathmandussa hallitsevaan dynastiaan. Nämä Khasa-Malla dynastian kuninkaat laajensivat valtaansa Tiibetin länsiosiin ja tekivät ryöstöretkiä Malla-dynastian hallitsemaan Kathmandun laaksoon vuosina 1275-1335. Pahimman tuhon Kathmandun laakso koki kuitenkin vuosina 1345-1346, kun Bengalin sulttaanikunnan hallitsija Shamsuddin Ilyas Shahin joukot hyökkäsivät Kathmanduun, ryöstivät sen ja tuhosivat kaikki pyhäinjäännökset. Yksikään Kathmandussa nykyisin oleva rakennus ei ole ollut olemassa ennen bengalilaisten ryöstöretkeä.
Varhaisen malla-kauden aikana monet kaupungit kasvoivat, joista tuli myöhemmin Kathmandu, Patan ja Bhaktapur. Merkittäväksi kuninkaaksi nousi 1300-luvulla Jayasthitimalla, jonka hallintokaupunkina oli Patan. Vuosisadan loppuun mennessä hänen vallassaan oli koko laakso ja sen lähiympäristö, mutta valta ei kuitenkaan ollut absoluuttinen, sillä alueella vaikutti Kiinan Ming-dynastian vaikutusvalta. Jayasthitimallaa pidetään kuitenkin uskonnollisissa dharmaan perustuvissa oppikirjoissa ensimmäisen Nepalin lain kokoajana.
Jayasthitimallan kuoltua hänen poikansa jakoivat vallan ja hallitsivat kollegiaalisesti, kunnes hänen viimeinen elossa oleva poikansa Jayajyotirmalla hallitsi yksinään vuosina 1408-1428. Tämän jälkeen valtaan nousi tämän poika Yakshamalla, joka hallitsi noin vuoteen 1482. Hänen aikanaan nepalilaiset hyökkäsivät etelän tasangoille, mikä oli hyvin poikkeuksellista maan historiassa. Hänen aikanaan Malla-dynastian valta oli laajimmillaan, vaikka valtakunnan ulkoalueet toimivatkin puolittain itsenäisesti, ne kuitenkin tunnistivat kuninkaan johtajuuden.
Kolme kuningaskuntaa pienoiskuva|Nyatapolan temppeli Bhaktapurissa, on rakennettu myöhemmällä malla-kaudella 1700-luvun alussa.