Kirgisia on vuosisatojen ajan ollut kiertelevien paimentolaisten elinaluetta. Aluetta ovat hallinneet mongolit ja uzbekkien Kokandin kaanikunta, ennen kuin alue joutui vuonna 1876 Venäjän keisarikunnan, ja sittemmin Neuvostoliiton alaisuuteen. Neuvostoaikana muodostettiin Kirgiisien sosialistinen neuvostotasavalta. Neuvostoliiton aikana perinteistä paimentolaisuutta harjoittanut väestö pakotettiin, osin väkivalloin, hyväksymään maatalouden pakkokollektivisointi. Neuvostoaikana Kirgisian teollinen kehitys jäi myös vajavaiseksi.
Kirgisia itsenäistyi vuonna 1991 Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen. Presidentiksi noussut Askar Akajev hallitsi maata autoritaarisesti 1990-luvulla. Hänet syrjäytettiin vuonna 2005 ja hänen seuraajakseen nousi Kurmanbek Bakijev. Myös hän sortui itsevaltaisiin otteisiin ja vuoden 2010 kansannousun seurauksena hänet syöstiin vallasta.
Varhaishistoria Tienšanvuorilta löydettyjen kivityökalujen perusteella on arvioitu, että ihmisasutusta on ollut nykyisen Kirgisian alueella jo 200 000-300 000 vuotta sitten. Varhaisimmat kirjalliset maininnat alueen asukkaista on kiinalaisissa kronikoissa, noin vuodelta 2000 eaa. Tuon ajan kirgiisit olivat nomadeita ja heidän elinalueensa oli pääasiassa nykyisen luoteis-Mongolian alueella. Ajanlaskun alkua edeltäneinä neljännellä ja kolmannella vuosisadalla kirgiisit muodostivat ratsujoukkoja, jotka tunkeutuivat Kiinan alueelle ja kannustivat näin Kiinan muurin rakentamiseen 300-luvulla eaa. Seuraavina vuosisatoina jotkut kirgiisiheimot vaelsivat hunnien valtaa karkuun ja asettuivat Jeniseijoen ja Baikalin alueelle.
Ensimmäinen kirgiisien muodostama hallinnollinen valtiota muistuttava rakenne, oli olemassa 500-luvulta 1200-luvulle. Kirgiisit kävivät kauppaa Kiinan, Tiibetin, Persian ja muiden Keski-Aasian kansojen kanssa. Suurimman laajuutensa kirgiisit saavuttivat 800-luvulla, kun Jenisein kirgiisit valloittivat Uiguurivaltakunnan. 1100-luvulle tultaessa kirgiisien valta oli jo huvennut ja keskittynyt Sajanvuoretan alueelle, nykyisen Mongolian luoteisosassa ja Altaivuorten alueella Kiinan ja Mongolian nykyisellä rajaseudulla.
Mongolivallan aika Mongolivaltakunnan laajeneminen 1200-luvulla muutti täydellisesti Keski-Aasian poliittiset voimasuhteet. Vuonna 1207 kirgiisit antautuivat Tšingis-kaanin pojalle Jotšille. Tällä tavoin kirgiisit menettivät itsenäisyytensä, mutta he säästyivät tuholta ja pysyivät islamin laajenemisen ulottumattomissa. Heidän keskuudessaan kukoisti edelleen šamanismi vielä 1500-luvun lopulla.
Seuraavien 200 vuoden ajan kirgiisit pysyivät mongolivaltio Kultaisen ordan hallinnassa. Uusi vapauden aika koitti vuonna 1510, mutta 1600-luvulla kirgiisiheimot joutuivat kalmukien ylivallan alle, kunnes 1700-luvulla mantšut nousivat alueen hallitsijoiksi ja 1800-luvulla uzbekit. Tällä ajanjaksolla jäljellä olevat kirgiisiheimot asuttivat Tienšanvuoria, elättäen itsensä paimentolaisuudella. Toisen kirgiisien asuinalueen muodostivat Jenisein kirgiisit. Nämä joutuivat 1700-luvun alussa siirtymään nykyistä Länsi-Mongoliaa hallinneen Zungarin kaanikunnan painostamana Semirechyen alueelle. Vihollisuuden zungarien kanssa kuitenkin jatkuivat siihen saakka, kunnes Kiina kukisti zungarit ja surmasi viimeisen kaanin Amursanan vuonna 1757.
1700-luvun puolivälissä kirgiisit lähestyivät Kiinaa ja Venäjää, saadakseen suojaa voimakkaammilta naapurivaltioilta. 1700-luvulla kirgiisejä hallitsi uzbekkien Kokandin kaanikunta. Uzbekkien ylivallan aikana perustettiin Kirgisian tuleva pääkaupunki Biškek ja osa kirgiiseistä islamilaistui. Kirgiisit kävivät ja hävisivät vuosina 1845-1873 neljä sotaa uzbekkeja vastaan. Tappiot vahvistivat kirgiisien halukkuutta turvautua Venäjään.
Venäjän vallan aika Vuonna 1876 Venäjä kukisti Kokandin kaanikunnan ja miehitti Pohjois-Kirgisian. Kirgisia tuli osa Venäjän keisarikuntaa, ja kirgiisit alkoivat integroitua Venäjän taloudelliseen ja poliittiseen elämään. 1800-luvun lopussa Kirgisiaan muutti useita venäläisiä ja ukrainalaisia siirtokuntia. Kirgisiassa aloitettiin laajoja kaivoshankkeita, maahan rakennettiin taloja, teitä ja kouluja. Venäjän läsnäolo mahdollisti ensimmäisten kirgiisin kielisten kirjojen julkaisun 1900-luvun alussa. Venäläisten politiikkaan ei kuitenkaan kuulunut kirgiisiväestön kouluttaminen, vaan suurin osa väestöstä pysyi lukutaidottomana ja useimmilla alueilla elämä jatkui entisellään.
Venäjän vallan aikana Kirgisiaan levisi uusia maataloustekniikoita, mutta enimmäkseen niiden vaikutus oli kielteinen. Paimentolaiselämää viettäneiltä kirgiiseiltä takavarikoitiin heidän maansa, joka luovutettiin venäläisten ja ukrainalaisten siirtokuntien hyväksi. Venäjän keräämät verot ja pakkotyö, kohdistuivat kaikki alkuperäiskansoihin, mikä aiheutti kirgiisien keskuudessa tyytymättömyyttä ja nosti jännitteitä venäläisiä kohtaan. Vuonna 1916 Kirgisiaan levisi muilta Venäjän valloittamilta alueilta verinen venäläisvastainen Basmatšin kapina, johon osallistui kirgiisien lisäksi kazakkeja, uzbekkeja ja turkmeeneja. Arviolta 2000 slaavilaista uudisasukasta ja vielä suurempi joukko paikallista väestöä surmattiin. Venäjän ankarat vastatoimet ajoivat kolmasosan Kirgisian väestöstä Kiinaan.
Tsaarinvallan kukistuttua Venäjällä ja sitä seuranneen sisällissodan jälkeen muodostettiin Neuvostoliitto, mutta kirgiisiväestön sorto omassa maassaan jatkui edelleen. Neuvostoliitto jakoi Keski-Aasian Kirgisian eli nykyisen Kazakstanin ja Turkestanin autonomiseksi neuvostotasavallaksi, johon nykyinen Kirgisia kuului. Neuvostoliiton aikana kirgiisien oli vaikea identifioitua omaksi kansalliseksi kokonaisuudekseen. Tsaarinvallan aikana kirgiisejä kutsuttiin väärin karakirgiiseksi, erotukseksi kazakeista, joita venäläiset kutsuivat kirgiiseiksi erottaakseen nämä kasakoista.
Turkestanin alueella jatkui pitkälle 1920-luvulle saakka basmatši-liikkeen käymä sissisota neuvostovaltaa vastaan. Neuvostoliitto yritti rauhoittaa tilannetta tunnustamalla eri väestöryhmien oman kansallisen aseman. Turkestanin alue jaettiin vuonna 1924 uzbekkien, tadžikkien, turkmeenien ja karakirgisien kesken, jolloin Kirgisia muodostui ensimmäistä kertaa valtiomuotoisena hallintona ja omana kansakuntanaan. Ensin vuonna 1924 perustettiin Karakirgiisien autonominen alue, joka muuttui vuonna 1926 muotoon Kirgiisien autonominen sosialistinen neuvostotasavalta, ennen kuin vuonna 1936 muodostettiin Kirgiisien sosialistinen neuvostotasavalta, jota usein kutsuttiin Kirgisiaksi.
Neuvostoaikana Kirgisian paimentolaisväestö pyrittiin asuttamaan pysyvästi. Maahan muutti myös runsaasti venäläisiä erityisesti työskentelemään teollisuudessa ja hallinnollisissa tehtävissä. Muuttoliikkeen vuoksi kirgiisejä on enää vain hieman yli puolet Kirgisian väestöstä. 1930-luvulla Neuvostoliitossa toteutettiin pakkokollektivisointi, jota vastustettiin myös Kirgisiassa. Tämän johdosta basmatši-liike heräsi uudelleen henkiin. Vuosikymmenen lopulla maassa teloitettiin kansallismielisiä kirgiisejä.
1980-luvun lopulla Kirgisiassa alkoi jälleen kasvaa kansallinen tietoisuus, kun 1980-luvun lopulla Kirgisiaan heijastui Mihail Gorbatšovin johtama uudistusmielinen politiikka ja maassa heräsi demokratiaa vaatinut poliittinen aktivismi. Suurempia levottomuuksia aiheuttivat kuitenkin etniset kiistat. Vaikka vuonna 1989 Kirgisiassa oli uzbekkeja vain 13 prosenttia väestöstä, olivat he enemmistönä maan lounaisosan Ošin kaupungissa. Kirgiisien ja uzbekkien välillä oli ollut koko neuvostohallinnon ajan ollut jännitteitä, mutta Neuvostoliitto oli kyennyt pitämään tilanteen harmoniassa. Uzbekit alkoivat vaatia alueelleen autonomiaa, mikä johti väkivaltaisuuksiin joissa kuoli yli 300 ihmistä. Uutiset Ošin väkivaltaisuuksista levisivät pääkaupunki Frunzeen, jossa suuri joukko opiskelijoita marssi osoittamaan mieltään kommunistisen puolueen päämajalle. Protestit kohdistuivat puoluejohtaja Absamat Masaliyeviin. Tilanne pysyi hallinnassa ja henkilövahingot saatiin minimoitua, mutta maassa muodostui demokraattinen liike, jonka synnyttämä yleinen mielipide nousi Masaliyevia vastaan. Hänen katsottiin yleisesti toimineen väärin Ošin mellakoiden suhteen. Masaliyev ei saanut Gorbatšovin uudistuspolitiikan mukaisessa presidentinvaalissa korkeimman neuvoston enemmistöä taakseen. Kirgisian presidentiksi valittiin fyysikkona toiminut tiedeakatemian johtaja Askar Akajev.
Kirgisian tasavalta
Akajevin valtakausi Akajev nousi valtaan poliittisen murroskauden aikana ja hänen kautensa alussa nähtiin Neuvostoliiton vallankaappausyritys elokuussa 1991. Akajev tuomitsi vallankaappauksen ja osoitti tukensa Gorbatšoville. Moskovan tapahtumat johtivat Neuvostoliiton hajoamiseen ja Kirgisian itsenäistymiseen muiden neuvostotasavaltojen ohella. 30. elokuuta 1991 Akajev ja Kirgisian korkein neuvosto julistivat maan itsenäiseksi. Itsenäisen Kirgisian ensimmäiset presidentinvaalit järjestettiin lokakuussa 1991. Akajev sai 95 prosenttia äänistä, jolloin hänestä tuli maan ensimmäinen kansan valitsema presidentti. Samana vuonna Kirgisia liittyi Itsenäisten valtioiden yhteisöön.
Valtakautensa alussa Akajev tiedosti maansa taloudellisen tilanteen olevan erittäin haavoittuvainen ja tätä pahensivat etniset jännitteet. Siksi hänen hallintonsa kiinnitti paljon huomiota hallinnon oikeudelliseen perustaan, pitääkseen taloudellisen tilanteen vakaana. Hänen johdollaan Kirgisiaan kehitettiin kaikki nykyaikaisen demokratian instituutiot, mukaan lukien avoin lehdistö, riippumaton oikeuslaitos ja vapaasti valittu parlamentti. 1990-luvun edetessä alkoi kuitenkin ilmetä suuria ongelmia. IVY ei muodostunut talousmahdiksi, ja Kirgisia oli kyvytön houkuttelemaan merkittäviä ulkomaisia investointeja. Akajevin hallinnossa alkoi myös ilmetä useita vallan väärinkäytöstapauksia, kun Akajev nimitti oman kotiseutunsa virkamiehiä korkeisiin virkoihin. Häntä syytettiin laajalle levinnestä korruptiosta ja lehdistönvapauden rajoittamisesta. 1990-luvun puoliväliin tultaessa maassa alkoi ilmetä tyytymättömyyttä Akajevia ja hänen hallintomalliaan kohtaan. Hänet kuitenkin valittiin vuonna 1995 jatkokaudelle 70% äänienemmistöllä. thumb|Askar Akajev Moskovassa syrjäyttämisensä jälkeen. Kirgisian perustuslain ensimmäinen luonnos valmistui 1993. Siinä oli määritetty että valtio oli maallinen, mutta perustuslakia laadittaessa oli suuri painostus siihen, että islam tunnustetaan ensisijaiseksi uskonnoksi. Suurimman ulkoisen uhan Kirgisialle muodostivat islamistiset sissit, jotka liikkuivat Afganistanin ja Uzbekistanin välillä. Maan hallitus myönsi vuonna 2001 Yhdysvalloille luvan perustaa maahan tukikohdan operaatioiden toteuttamiseksi Afganistanin sodassa. Vuonna 2003 maahan perustettiin venäläisvetoinen IVY-joukkojen tukikohta, jonka tarkoitus oli taistella muslimisissien muodostamaa uhkaa vastaa.
Akajevin hallinto alkoi hänen valtakautensa edetessä muuttua yhä autoritaarisemmaksi. Hallinnon vallan kyseenalaistajia vaiennettiin ja oppositiopoliitikko Feliks Kulov tuomittiin vuonna 2002 kymmeneksi vuodeksi vankeuteen, syytettynä virkavirheestä. Vuonna 2003 perustuslakia muutettiin Akajevin mukaan siten, että osa valtuuksista luovutetaan maan parlamentille, mutta monet näkivät tämän vain yrityksenä vahvistaa presidentinvaltaa. Menettelystä raportoitiin myös useita väärinkäytöksiä. Vuonna 2005 maassa järjestettiin parlamenttivaalit, mutta useilta opposition ehdokkailta evättiin oikeus asettua ehdolle. Vilpilliset vaalit ja hallinnon laaja korruptoituneisuus johti joukkomielenosoituksiin maaliskuussa 2005. Mielenosoitukset johtivat yllättäen Akajevin hallinnon äkilliseen ja nopeaan romahtamiseen. Akajev pakeni Moskovaan ja ilmoitti myöhemmin erostaan. Tulppaanivallankumoukseksi kutsutun Akajevin syrjäyttämisen jälkeen maan presidentiksi valittiin heinäkuussa 2005 maan entinen pääministeri Kurmanbek Bakijev. Feliks Kulov vapautettiin syytteistään ja hänet nimitettiin maan pääministeriksi. Bakijevin valtakausi thumb|Kurmanbek Bakijev