マルエーフェリー株式会社（マルエーフェリー、英称：A-Line Ferry Co.,Ltd.）は、鹿児島県鹿児島市泉町に本部を置く海運会社。本社は鹿児島県奄美市名瀬入舟町にある。旧社名は大島運輸株式会社。
概要 奄美大島を拠点に事業を行う有村商事から分離『にっぽん全国たのしい船旅2013-2014』 p.100 「にっぽん航路史」 イカロス出版（イカロスMOOK、2013年8月発行）ISBN 9784863207448し、1953年（昭和28年）12月1日に設立。創業者は、与論島出身の有村治峯である。
船舶の運航を行う海運業を営んでいるほか、物流業などを営む関連会社も複数ある。
かつては、喜界島で路線バスの運行も行っていた鹿児島県公式サイト内の資料を参照。が、2010年10月に関連会社の奄美航空に譲渡された。 ※詳細は、#バス事業を参照。
かつて沖縄航路などを運航していた同業の有村産業（沖縄県那覇市、解散済）とは、創業者同士が親戚関係であった。
沿革 ※バス事業については、#バス事業を参照。 1953年（昭和28年）12月： 大島運輸株式会社を設立。 1956年（昭和31年） 4月： 鹿児島支店を開設。 1957年（昭和32年） 8月： 鹿児島 - 那覇航路を開設。 1958年（昭和33年） 9月： 鹿児島と奄美各島間の一般旅客定期航路事業免許を取得。 1962年（昭和37年） 3月：鹿児島 - 那覇航路を定期運航化。 1962年（昭和37年）10月： 東京支店を開設。 1963年（昭和38年） 5月： 東京 - 那覇間の定期航路を開設。 1964年（昭和39年） 5月： 東京と奄美・那覇間の一般旅客定期航路事業免許を取得。 1969年（昭和44年） 2月： 沖縄支店を開設。 1969年（昭和44年） 5月： 大阪支店を開設。 1970年（昭和45年） 5月： 資本金を9,700万円に増資。 1972年（昭和47年） 4月： 神戸事業所を開設し、神戸 - 奄美各島定期航路を開設。 1972年（昭和47年） 6月： 鹿児島航路を増船し複線化、鹿児島 - 奄美 - 与論航路に貨客船「ひかり」が就航。 1973年（昭和48年）12月： 資本金を3億400万円に増資。 1974年（昭和49年） 4月： 神戸 - 奄美諸島 - 那覇航路に貨客船「神戸丸」が就航。 1975年（昭和50年） 5月： 鹿児島 - 那覇航路をフェリー化、「エメラルドあまみ」が就航。 1976年（昭和51年） 2月： 資本金を3億3,500万円に増資。 1979年（昭和54年） 6月： 福岡営業所を開設する。 1979年（昭和54年）11月： 資本金を4億5,500万円に増資。 1981年（昭和56年） 7月： 阪神 - 那覇航路をフェリー化、「あかつき」が就航。 1983年（昭和59年） 7月： 大型旅客船「サンシャインふじ」が進水。 1985年（昭和60年） 4月： 組織改編を実施し、本部機構を鹿児島に配置。 1986年（昭和61年） 8月： 東京 - 奄美 - 与論 - 那覇航路に貨客船「ありあけ（初代）」が就航。 1987年（昭和62年） 5月： 東京 - 那覇航路がフェリー化。同時に志布志寄港を実施する。 1989年（平成元年） 5月： 鹿児島 - 奄美諸島 - 那覇航路に「フェリーあけぼの（初代）」が就航。 1992年（平成 4年）10月： 宮崎営業所を開設し、阪神 - 那覇航路が宮崎寄港を実施。 1998年（平成10年） 3月： 内航運送業許可を取得。 2005年（平成17年） 6月： 社名をマルエーフェリー株式会社に改称。 2006年（平成18年）10月： 阪神 - 那覇航路、宮崎寄港を休止。 2007年（平成19年） 2月： 「フェリーたかちほ」（現：「たかちほ」）が漁船「幸吉丸」と衝突事故。 2008年（平成20年） 7月： 鹿児島 - 奄美諸島 - 那覇航路の「フェリーあかつき」が引退、代船として「フェリーあけぼの」が就航。 2009年（平成21年）11月： 「ありあけ」が転覆事故を起こし東京航路旅客運航を休止。 2010年（平成22年） 3月： 「ありあけ」事故により旅客運航を休止していた東京航路に代船「クルーズフェリー飛龍21」を中古で購入し再開。 2011年（平成23年） 6月： 鹿児島発那覇行き「フェリーあけぼの」が沖永良部和泊港入港時、防波堤接触、船底部浸水。 2012年（平成24年）10月： 鹿児島 - 奄美諸島 - 那覇航路の「フェリーなみのうえ」が引退、代船として「フェリー波之上」が就航。 2014年（平成26年）12月： 東京 - 那覇航路をRO-RO船化。「クルーズフェリー飛龍21」引退、「琉球エキスプレス2」就航。 2015年（平成27年）5月： 東京港の使用埠頭を若洲埠頭に移転。 2015年（平成27年）12月： 東京 - 那覇航路「たかちほ」引退、「琉球エキスプレス3」が就航。 2017年（平成29年）10月： 阪神 - 那覇航路をRO-RO船化、志布志寄港を追加。「琉球エキスプレス」引退、東京航路「琉球エキスプレス2」を転配。東京航路に「琉球エキスプレス5」就航。 2018年（平成30年） 2月： 名古屋営業所を開設、東京 - 那覇航路の東京木曜発下り便に名古屋寄港を追加。 2019年（平成31年） 3月： 大阪 - 那覇航路に「琉球エキスプレス6」（南西海運との共有船）就航。南西海運と提携し、大阪/阪神航路船舶の那覇待機中の北九州（日明港）往復運航と南西海運船舶運航便合わせ週3便の北九州 - 那覇航路に就航北九州航路開設のご案内。
船舶 ファンネルマークは、オレンジに赤丸の中に赤字でアルファベットの「A」が書かれ、余白は白色となっており、意匠の特徴であるアルファベットの「A」は本社が所在する奄美大島の頭文字に因んでいる新造船情報 その24 煙突 - マルエーフェリー。また、喫水線上の船体塗装は上半分が白、下半分が青であるほか、船体側面中央には赤字で「A"LINE」のロゴマークが書かれるとともに、船首には3本の青線と赤丸の中に赤字でアルファベットの「A」が描かれている。なお、これらの意匠などは子会社の奄美海運が運航する船舶でも同じものを採用している。船ごとの設備の違いから、利用できる客室等級が異なる。
運用船舶 + 運用船舶主要要目表 竣工年月 総トン 全長 全幅 型深さ 出力 航海速力 旅客定員 造船所 船籍 フェリーあけぼの 2008年6月 8,083t 145.00m 24.00m 14.50m 8,250PSx2 21.0ノット 682名 三菱重工業下関 奄美 フェリー波之上 2012年9月 8,072t 145.00m 24.00m 14.50m 8,250PSx2 21.0ノット 707名 琉球エキスプレス 2 2014年12月 10,758t 159.98m 24.00m 10.80m 13,280kWx1 24.28ノット(最大) RO-RO船 ヤマニシ 那覇 琉球エキスプレス 3 2015年11月 10,034t 168.70m 27.00m 10.80m 13,280kWx1 23.53ノット(最大) 琉球エキスプレス 5 2017年 10,034t 168.70m 27.00m 10.80m 13,280kWx1 24.0ノット(最大) 琉球エキスプレス 7進水式案内 ロールオン／ロールオフ型一般貨物船『琉球エキスプレス7』 2022年 13,631t 190.9m 27.00m 22.70ｍ １5,930kWx1 約22ノット(航海速力) 内海造船因島工場
フェリー フェリーあけぼの (2代)（鹿児島 - 沖縄航路） 旅客定員682名（特等、1等、2等洋室、2等）。 鉄道建設・運輸施設整備支援機構と共有。「シップ・オブ・ザ・イヤー2008」大型客船部門賞を受賞。 推進機関が1軸2機関となったほか可変ピッチスクリューを採用するなど従来船から改良されている。 バリアフリー対応船。臨時席の設定がない為、団体利用がある場合は満席となり予約なしでの乗船ができないこともある。 thumb|right|「フェリー波之上」 - 本部港 フェリー波之上（鹿児島 - 沖縄航路） 旅客定員707名（特等、1等、2等寝台、2等洋室、2等）。 三菱重工が開発した「三菱空気潤滑システム（MALS）」を初搭載したフェリー。 船形は、姉妹船にあたる「フェリーあけぼの」と基本的に同じで推進機関が1軸2機関のバリアフリー対応船。 二等寝台は鹿児島 - 沖縄航路としては初のシングルルームや交差二段ベット方式などのプライバシー重視の客室設計を行っている。 客室配置は上等級を減らし二等客室を増やしたため旅客定員は増えているが、臨時席は基本設置していないため、満席の場合は未予約乗船不可の場合がある。
2017年12月に国土交通省の「船旅活性化モデル地区事業」を活用し、世界自然遺産であり同社同航路上にありながら交流が少なく交通困難地となっていた屋久島へ利用客数などに応じて寄港の可否を判断できる制度を利用し、2018年3月4日から奄美大島出港後屋久島へ（3月5日寄港分から）臨時寄港し、下船客のみ取り扱う試験運航を始めた。上り便である沖縄→奄美各離島→鹿児島のあらかじめ指定された便に限り屋久島下船の予約が3日前まで1人以上いた場合、屋久島宮之浦港に寄港する（指定便でも予約が無かった場合は寄港しない）。寄港する場合は事前に発表される。フェリー波之上、上り屋久島寄港…３月から実証実験。 しかし屋久島での下船人数は想定より伸びず、また燃料油の高騰や船員の労働環境改善のため、屋久島寄港は2025年度より休止となった。
RO-RO船
琉球エキスプレス 2（RO-RO船、東京航路→阪神航路） 石巻市の造船会社ヤマニシにより建造され、2014年8月28日に進水式を実施。 2014年12月13日 東京航路旅客フェリー『クルーズフェリー飛龍21』引退に伴い、代替船として東京発の便より就航。 2017年10月、阪神航路旅客フェリー『琉球エキスプレス』引退に伴い、代替船として神戸-大阪-志布志-奄美-那覇航路へ転籍。「琉球エキスプレス6」就航、北九州航路開設後は水曜神戸発、金曜那覇発/土曜北九州発、月曜那覇発で定期運航。 琉球エキスプレス 3（RO-RO船、東京航路） 石巻市の造船会社ヤマニシにより建造され、2015年9月1日に進水式を実施。 『たかちほ』に代わり2015年12月3日東京港発便より就航。 琉球エキスプレス 5（RO-RO船、東京航路→阪神航路） 石巻市の造船会社ヤマニシにより建造され、2017年5月11日に進水式を実施。 『琉球エキスプレス 2』に代わり2017年10月15日東京港発便より就航。 2022年12月の『琉球エキスプレス 6』引退及び『琉球エキスプレス 7』東京航路配船に伴い、玉突きで神戸-大阪-志布志-那覇、那覇-北九州航路へ転配。 琉球エキスプレス 7（RO-RO船、東京航路） 内海造船株式会社により建造され、2022年7月28日に進水式を実施。 『琉球エキスプレス 6』に代わり2022年12月8日東京港発便より就航。 JRCS株式会社が提供する遠隔運航管理システムinfoceanus connect（インフォシアナス コネクト）搭載【導入事例】マルエーフェリー「琉球エキスプレス7」へinfoceanus connectを搭載。
引退船舶 第七太洋丸（貨客船）船の科学 1957年5月号 PP.16-17 (船舶技術協会) (鹿児島 - 奄美航路) 1956年11月27日竣工、大洋造船建造。 235.88総トン、垂線間長35.66m、型幅6.20m、型深さ3.20m、ディーゼル1基、機関出力350ps、航海速力11.105ノット、旅客定員86名。 あけぼの丸（初代・貨客船）船の科学 1958年12月号 P.25 (船舶技術協会) (鹿児島 - 奄美航路) 1958年9月6日竣工、大洋造船建造。 467.29総トン、全長51.58m、型幅8.20m、型深さ3.80m、ディーゼル1基、機関出力1,000ps、航海速力12ノット、旅客定員80名。 波之上丸（2代・貨客船）船の科学 1962年5月号 P.14 (船舶技術協会)（鹿児島航路・東京航路・神戸航路） 1962年3月20日竣工、佐野安船渠建造。 2,244.90総トン、全長91.15m、型幅12.80m、型深さ5.70m、ディーゼル1基、機関出力4,050ps、航海速力17ノット、旅客定員449名。 1975年フィリピンに売船、"Tacloban City"に改名。 ふじ船の科学 1966年7月号 P.31 (船舶技術協会)（クルーズ客船） 1965年8月13日竣工、三菱重工業下関造船所建造。 2,800.58総トン、全長91.77m、型幅13.30m、型深さ6.20m、ディーゼル1基、機関出力4,900ps、航海速力18.40ノット、旅客定員近海1,216名・沿海1,798名。 主に創価学会のチャータークルーズに使用、神戸航路にも就航。1977年フィリピンに売船、"Iligan City"に改名。 さくら（東京航路） 1962年10月15日竣工、新三菱重工神戸造船所建造、1971年買船・就航。もと日本産業見本市協会・大阪商船三井船舶「さくら丸」。 12,612総トン、全長157.0m、幅21.0m、深さ11.9m、ディーゼル1基。機関出力9,800ps、航海速力16.5ノット、旅客定員952名。 チャータークルーズ船としても使用。1983年中国に売船、「紫羅蘭」"Zi Luo Lan"に改名。 あまみ丸 (2代) 1968年3月18日竣工、三菱重工業下関造船所建造。船舶整備公団共有。 1,565総トン、全長83.0m、幅12.0m、深さ5.5m、ディーゼル1基1軸、機関出力3,900ps、航海速力17.0ノット、旅客定員457名。 後年は奄美海運で就航、1987年フィリピンに売船。 にほん丸 1970年3月6日竣工、三菱重工業下関造船所建造。 2,998総トン、全長106.3m、幅13.9m、深さ6.2m、ディーゼル2基2軸、機関出力8,800ps、航海速力20.5ノット、旅客定員1,895名。 主に創価学会向けチャータークルーズに使用。1976年フィリピンに売船、"Manila City"に改名。 ひかり日本船舶明細書 1985 (日本海運集会所 1984)（鹿児島航路→阪神航路） 1972年6月13日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1987年ルミナス観光に売船、「ルミナス神戸」に改造世界の艦船別冊 日本の客船2 1946-1993 (海人社 1993)。 3,379.54総トン、全長111.35m、型幅13.90m、型深さ6.20m、ディーゼル2基、機関出力10,000ps、航海速力20.5ノット、旅客定員1,161名。 新さくら丸（東京航路） 1973年5月31日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1979年12月フィリピンに売船、"Dona Virginia"に改名。 4,998総トン、全長143.4m、幅16.8m、深さ7.2m、ディーゼル2基、機関出力16,000ps、航海速力22.5ノット、旅客定員1,288名。 神戸丸（阪神航路→鹿児島航路） 1974年4月19日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1985年中国に売船、大島運輸初のRORO貨客船。 4,929.06総トン、全長143.43m、型幅16.80m、型深さ9.60m、ディーゼル1基、機関出力8,000ps、航海速力22.50ノット、旅客定員1,020名。 エメラルドあまみ（鹿児島航路） 1975年9月9日竣工、新潟鉄工所建造。引退後、減トン改修を行い「フェリーあまみ（初代）」として奄美海運が用船。 4,447.62総トン、全長117.10m、型幅19.00m、型深さ13.20m、ディーゼル2基、機関出力16,800ps、航海速力20.30ノット、旅客定員896名。 あけぼの丸（2代）（鹿児島航路） 1977年11月17日竣工、臼杵鉄工所佐伯造船所建造、船舶整備公団との共有船。1989年9月引退、フィリピンへ売却、Super ferry19と改名。 4,999.24総トン、全長137.51m、型幅20.20m、型深さ7.60m、ディーゼル2基、機関出力15,600ps、航海速力20.5ノット、旅客定員674名。 波之上丸 (3代)（東京航路→鹿児島航路） 1980年5月29日竣工、福岡造船建造、船舶整備公団との共有船。1994年6月に引退し日本国外へ売却。 4,886.01総トン、全長140.50m、型幅20.50m、型深さ11.90m、ディーゼル2基、機関出力15,600ps、航海速力20.5ノット。 旅客定員790名、トラック47台、乗用車32台、10ftコンテナ189個 あかつき（阪神航路） 1981年7月10日竣工、東和造船建造。1992年7月、フィリピンに売船。 4,997.28総トン、全長140.50m、型幅20.50m、型深さ11.90m、ディーゼル2基、機関出力10,400ps、航海速力20.0ノット。 旅客定員1,032名、8tトラック45台、4tトラック2台、乗用車32台、10ftコンテナ189個。 サンシャインふじ（クルーズ客船） 1983年10月26日竣工、三菱重工業下関造船所建造。特定宗教団体のチャータークルーズを念頭に建造、多客期には定期航路にも投入された。 7,262総トン、全長127.00m、型幅17.00m、型深さ9.00m、ディーゼル2基、機関出力10,400ps、航海速力19.50ノット、旅客定員1,211名。 ありあけ（初代）日本船舶明細書 1990 (日本海運集会所 1990)（東京航路） 1986年7月8日竣工、臼杵鉄工所佐伯造船所建造。船舶整備公団との共有船。 荷役用のガントリークレーンを装備、数次にわたる改造で総トン数と外観が変化した。 4,997→5,433→6,530総トン、全長147.50m、型幅23.00m、型深さ13.70m、ディーゼル1基、機関出力13,500ps、航海速力19.0ノット。 旅客定員200名、トラック45台、乗用車53台、10ftコンテナ189個。 1995年9月に引退しフィリピンへ売却。として就航していたが、2009年9月6日午前3時（現地時間）ごろ、ダバオからマニラへの航路（ジェネラル・サントス・イロイロ経由）に就航中、サンボアンガ沖で沈没。 フェリーあけぼの (初代)（鹿児島航路）IMO: 8905373 /MMS: 374150000 1989年9月27日竣工、三菱重工業下関造船所建造。船舶整備公団との共有船。2003年2月に引退し、韓国の清海鎮（チョンヘジン）海運へ売却、「」号として就航。その後セウォル号沈没事故により会社清算され、競売複数回入札により2015年1月韓国内船舶仲介取引業者が落札。 2015年夏頃に新潟県が主体となって計画された第三セクター「日本海横断航路」事業における運航船舶として調達しようとしたが、同年10月韓国から日本への回航後に約1年の韓国における係留による性能劣化のため同事業における運用に適さない判断により受領拒否した。 しかし韓国仲介業者が契約不履行と提訴し、日本側の契約内容未解釈との仲裁判断により日本側は一部売買代金及び和解金を支払っているが、船舶所有権は韓国側仲介業者が有し、船舶自体は神田造船所に係留されている「日本海横断航路の船舶調達問題に関する特別調査委員会」報告書。 フェリーあかつき（「ニューあかつき」から改称、阪神航路→鹿児島航路）IMO: 9045895/MMSI: 370441000 1992年竣工、同年7月就航、2008年7月引退。6,412総トン、最大速力23.78ノット。旅客定員800名。 1992年7月、「ニューあかつき」として阪神航路に就航。2003年2月、「フェリーあかつき」に改名のうえ鹿児島航路に転配。2008年7月、「フェリーあけぼの」（2代）就航にともない引退。 引退後は船籍をパナマに変更し谷山港に係船ののちギリシャの船会社に売却したが、金融危機により同社が倒産したため約半年間係留。 2009年に日本のSHKグループが購入。「ゆうとぴあ4」へ船名を変更のうえ、グループ内の上海下関フェリー（2014年に蘇州下関フェリーに社名変更）で2009年10月4日から下関 - 蘇州航路に週2便の貨物船として2019年まで運航下関／蘇州航路に10月から“ゆうとぴあ4” - Web CRUISE（海事プレス社、2009年8月7日付、同年11月13日閲覧）下関/蘇州（太倉）フェリー航路運航 船舶およびサービス変更について（プレスリリース） - 上海下関フェリー（2009年8月4日付、2010年1月10日閲覧）。 thumb|ありあけ（２代）東京港・有明10号地埠頭 ありあけ (2代)（東京航路）1995年1月竣工、同年9月就航。7,910総トン、航海速力24.0ノット（最大24.93ノット）。 2009年11月事故により運航停止、事故現場にて解体。 thumb|right|「フェリーなみのうえ」 - 鹿児島港（2010年2月撮影） フェリーなみのうえ（鹿児島航路）1994年6月竣工、6,586総トン、速力21.5ノット、旅客定員804名。 「フェリー波之上」（2012年9月就航）と入れ替わりで2012年10月1日那覇発http://www.aline-ferry.com/news4.html で退役し韓国の清海鎮海運へ売却。 客室追加などの改修を受けた後「SEWOL（セウォル）」として就航していたが、2014年4月16日午前、仁川から済州島への航路に就航中に観梅島沖で沈没（セウォル号沈没事故）韓国で沈没の旅客船、2012年9月まで鹿児島で運航 - 朝日新聞 2014年4月17日。
thumb|「クルーズフェリー飛龍21」 - 東京港・有明10号地埠頭 クルーズフェリー飛龍21（東京航路）IMO: 9135250/MMSI: 355319000 旅客定員92名（1等、2等寝台、2等/有村産業運用時は272名）。 積載数：トラック131台、乗用車89台、コンテナ（10t）108個。 以前は有村産業の名古屋-大阪-那覇-先島-台湾航路に就航していたが、同社の航路廃止に伴う係留後、「ありあけ」（2代）座礁事故の代替として購入。2014年に、経年による代替船「琉球エキスプレス2」に置き換えられた。 右舷側にのみ旅客用タラップと貨物用ランプウェイを装備しているため、接岸荷役作業は右舷側のみ。 2015年に韓国の大仁フェリーへ売却し、仁川-大連間の韓中航路に就航大仁フェリー船舶情報（韓国語表記）。 たかちほ（RO-RO船、東京航路） 3,891総トン、全長131.16m、幅20.0m、型深出力8.99m、13,500PS、航海速力19.9ノット。ヤマニシ建造。 2007年5月1日、「フェリーたかちほ」から船名変更。運航業務は（株）新日本海事の委託。2015年11月15日引退。 thumb|right|荷役中の「琉球エキスプレス」 - 神戸港・六甲船客ターミナル
琉球エキスプレス（阪神 - 沖縄航路） 旅客定員240名（1等、2等寝台、2等洋室、2等）。 積載数：トラック94台、乗用車72台、コンテナ(10ft)92個。 鉄道建設・運輸施設整備支援機構と共有。2017年10月9日引退。 バリアフリー対応船。供食設備は自動販売機（レトルト・インスタント食品などを販売）のみとなっている。 旅客定員は前船「ニューあかつき」から70%削減された。 琉球エキスプレス 6（RO-RO船、大阪航路） 元北星海運所属、日藤海運運航の内航RO-RO船旧「日龍丸」（2001年竣工）。鉄道建設・運輸施設整備支援機構、南西海運と共有船。 2019年3月9日大阪南港発より就航。同船就航により阪神航路全体で2隻体制に拠る定曜日サービスを開始。大阪 - 志布志 - 那覇と北九州航路で土曜大阪発、月曜那覇発/火曜北九州発、木曜那覇発として定期運航。2022年12月末引退。
航路 ※斜字は寄港しないことがある。 東京 - 沖縄航路（貨物RO-RO航路） 東京港（若洲埠頭） - 名古屋港（金城埠頭） - 油津港 - 志布志港 - 那覇港（新港ふ頭） 2008年7月以降、与論港寄港休止。 2009年11月13日に発生した「ありあけ」海難事故（後述）の影響により一時休航「ありあけ」の海難について及び運休のご案内 - マルエーフェリー（2009年11月13日付、同日閲覧）していたが、代替船舶として「クルーズフェリー飛龍21」を鉄道建設・運輸施設整備支援機構から購入し修繕改修を行った後、当初予定より遅れ2010年3月18日の那覇港出港便から運航を再開した「飛龍21」の営業航海への就航について - マルエーフェリー（2010年3月15日付）。 2014年12月7日那覇新港着（悪天候により、所定スケジュール12月6日から24時間遅れ東京航路(飛龍21)運航状況 2014年12月27日閲覧）をもって（旅客）フェリー航路としての運航と奄美大島寄港を休止し、以降（貨物）RO-RO航路として運航。 2017年2月より東京木曜発の下り便のみ名古屋港への寄港を開始。 運航船舶巨大化に伴い、奄美大島名瀬港寄港が廃止されたため、2023年1月23日から代わりに宮崎県油津港への寄港を開始。
thumb|right|深夜の名瀬港に入港する「琉球エキスプレス」 - 名瀬港・新港地区 阪神 - 沖縄航路（貨物RO-RO航路） 神戸港（六甲船客ターミナル） - 大阪港（南港フェリーターミナル） - 志布志港 - 奄美大島（名瀬港・新港地区） - 那覇港（新港ふ頭） 東京-沖縄航路の与論寄港休止に伴い、与論へ臨時寄港する場合がある（Ro-Ro化により休止）。 最終寄港（終着）地で次航海までの時間的余裕が少ない為、玉突き遅延することがある。 2017年10月9日那覇新港着をもってフェリー航路としての運航と徳之島（亀徳港）・沖永良部島（和泊港）・与論島（与論港）寄港を休止し、RO-RO航路として運航。 2019年3月からRO-RO船2隻運用体制になり定曜日寄港サービスを開始（但し船によって寄港地違いあり）。
北九州 - 沖縄航路（貨物RO-RO航路） 那覇港（新港ふ頭） - 北九州港（日明ふ頭） 南西海運との協調配船週3便（マルエー:週2便/南西:週1便配船）2019年3月末から就航北九州航路開設及び業務提携のご案内。
鹿児島 - 沖縄航路（旅客フェリー航路） 鹿児島新港 - 奄美大島（名瀬港・新港地区） - 徳之島（亀徳港） - 沖永良部島（和泊港） - 与論島（与論港） - 本部港 - 那覇港（那覇ふ頭） 特等・1等船室を貸切で利用の場合は、運賃の50%を加算。 運航船舶により、等級格差が発生する。 2018年3月4日那覇出港分から一年間「フェリー波之上」上り便限定で国土交通省の「船旅活性化モデル地区事業」を活用し、利用客が規定数に達した場合のみ屋久島（宮之浦港）に臨時寄港し、下船利用のみ可。同運用時鹿児島着時間が延着案内されている「フェリー波之上」名瀬発上り便の屋久島寄港の計画について。
特記事項 thumb|right|乗船券 各離島の使用港は、奄美大島名瀬港以外は外海と面していて天候などの影響を受けやすく、欠航しないまでも寄港地の変更や寄港しないこと（抜港）などの条件付き運航もあり、荒天が予想されるときには大きな影響が出ることがある。 台風や冬場の季節風などによる荒天によって、欠航便が発生した後、運航再開時に臨時便や変則運航が設定されることがある。 フェリーとして各離島間の物流の要として機能しているため、農繁期や引っ越し時期など貨物量が増加する時期は、各離島を経由する運航形態により各寄港地の停泊予定時間を超過し、遅延が寄港する度に加算され、最終目的地で大幅に遅延することもある。