西日本旅客鉄道株式会社ロゴの「鉄」の字は、金を失うという意味を避けるため「金偏に矢」という「鉃」の文字を使い、「西日本旅客鉃道株式会社」と表記している。ただし、登記上の商号は常用漢字の「鉄」の字を用いている。また、四国旅客鉄道以外のJR各社もロゴタイプで同様に表記している。なるほどJR （インターネットアーカイブ）も参照。（にしにほんりょかくてつどう、西日本旅客鉄道株式会社 定款 第1章第1条2項）は西日本を中心として旅客鉄道等を運営する日本の鉄道事業者。JRグループの旅客鉄道会社の一つ。通称はJR西日本（ジェイアールにしにほん）、英語略称はJR WESTただし、500系の先頭部など、自社の特急用車両に書かれている英語略称は「WEST JAPAN」。また、切符の地紋には「W」と記されている。。コーポレートカラーは青色。本社は大阪府大阪市北区。東京証券取引所プライム市場の上場企業。日経平均株価およびTOPIX Large70の構成銘柄の一つ構成銘柄一覧：日経平均株価 Nikkei Inc. 2021年10月8日閲覧。 jpx.co.jp 2020年10月7日公表 2021年10月8日閲覧。。
1987年4月1日に、国鉄分割民営化に伴い日本国有鉄道（国鉄）から大阪・天王寺・福知山・岡山・米子・広島・金沢の各鉄道管理局民営化後に移管された各鉄道管理局は、阪奈支社、金沢支社などのように「支社」として残っている。 と新幹線総局（山陽新幹線）・九州総局（新幹線部門）が管理していた鉄道事業および船舶事業を引き継いで発足した。
近畿圏をはじめ、北陸・中国地方・九州北部など2府16県 に鉄道路線網を持つ。災害対策基本法における指定公共機関である。
他のJRグループ各社や大手私鉄同様に、非鉄道事業として小売業や不動産開発、ホテル事業、建設工事業などもグループ会社を含めて展開している。非鉄道事業では、瀬戸内海でフェリーや旅客船を運航しているほか、鉄道営業エリア外の首都圏「JR西、首都圏で不動産業拡大 東京・神奈川で商業施設や住宅」『日経産業新聞』2020年6月16日（住建・不動産面） や中京圏 などへも進出している。
なお、福岡県を地盤とする大手私鉄の西日本鉄道（西鉄）とは関連がないJR西日本も福岡県（山陽新幹線・博多南線）を営業エリアとしており、国鉄分割民営化の際には西鉄からJR西日本に対して両社を混同させるような表記をしないよう申し入れており、JR西日本も了承している。なお、社名の「西日本」の読みはJR西日本が「にしにほん」、西鉄が「にしにっぽん」と異なっている。。
概況 営業概要 鉄道の営業エリアは山陽新幹線の新大阪駅 - 博多駅間全線、北陸新幹線の上越妙高駅 - 敦賀駅間および、近畿圏・北陸・中国地方の大部分と信越地方・福岡県の一部の在来線であり、2025年4月1日時点で総営業キロ数は4,897.5 km、駅数は1,150駅、社員数24,580人（JR西日本単体） と日本の鉄道事業者では、それぞれ東日本旅客鉄道（JR東日本）に次いで多い。連結売上のうち鉄道などの運輸部門は約5割を占め、残りは流通業や不動産業などの非鉄道部門である。
経営環境と経営戦略 JR西日本は自社の鉄道路線網を新幹線、近畿圏の在来線（アーバンネットワーク）、北陸や中国地方など近畿圏以外の在来線の3つに大別している。新幹線と近畿圏の在来線で、運輸収入の約9割を占める。
近畿圏のうち、日本の三大都市圏の一つに位置づけられる京阪神地区（関西エリア）の輸送では、「私鉄王国」と称されるように阪急電鉄・阪神電気鉄道（阪神電鉄）・近畿日本鉄道（近鉄）・南海電気鉄道（南海電鉄）・京阪電気鉄道（京阪電鉄）・大阪市高速電気軌道（Osaka Metro）など多くの私鉄が存在し、JR西日本はこれら関西私鉄各社と競合関係にある。一方で、利用距離や目的地によって棲み分けがなされ、振替輸送やフリーきっぷなどの発売、私鉄各社でのICOCA・ICOCA定期券の発売などにおいては協調関係にある。山陽新幹線における都市間輸送では航空機と競合関係にある。山手線を中心とする首都圏の在来線ネットワークを持つJR東日本や、ドル箱路線である東海道新幹線を擁する東海旅客鉄道（JR東海）と比較すると、京阪神地区は強力な私鉄路線が並行し、山陽新幹線に関しては東海道新幹線の半分ほどの需要しかなく、さらに中国・北陸地方には在来線に多数の赤字ローカル線を抱えていることから、JR本州3社の中では経営基盤は比較的弱いとされている。ただし北海道旅客鉄道（JR北海道）・四国旅客鉄道（JR四国）・九州旅客鉄道（JR九州）のいわゆる「三島会社」と比較すると売上規模も大きく、経営は安定している。
JR西日本では発足直後から、大阪駅を中心とする近畿圏（関西エリア）の近郊路線を「アーバンネットワーク」と称して運行系統ごとに路線愛称の設定、221系電車などのJR発足当時最新型の近郊車両の導入、東海道・山陽本線（琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線）の複々線を最大限に利用した在来線列車の増発やスピードアップ、特にJR西日本の看板列車である新快速の運行本数・区間の拡大などに取り組み、沿線人口の多い関西エリアに重点的に投資を行うことで収益力を強化してきた。また 京都・大阪・神戸の三都市の観光ピーアールである「三都物語」キャンペーンを実施し、沿線ブランドの形成を図ってきた事業エリアから遠く離れた関東地方でも、谷村新司の『三都物語』のテーマソングに乗った221系電車が走るテレビCMが流された。。
現状では、利用状況と収益性の観点から山陽新幹線や北陸新幹線（北陸新幹線前は北陸本線の特急）および近畿地区（アーバンネットワーク）を中心に設備投資しており、近畿圏の路線と地方路線ではかなり差別化されている（「車両」の節を参照）。広島地区（広島シティネットワーク）では2015年に山陽本線などに227系電車が投入されるまで、1987年のJR発足から約30年間新車が投入されなかった。岡山地区では、2023年7月より約30年ぶりに新型車両の227系500番台が投入されたもののまだ4編成程度で、113系や115系1000番台、キハ40系などの国鉄時代から車両が大量に運用されている。また、近畿地区であっても国鉄時代からのドル箱路線であり、さらに直接の競合路線が存在しないことから特段の差別化を必要としなかった大阪環状線に関しては、2013年に「大阪環状線改造プロジェクト」が開始されるまで、新車導入や駅への設備投資が私鉄各線との競争が激しかったJR神戸線やJR京都線などと比べるとかなり遅れることとなった。
2008年から2012年にかけての中期経営計画 - 西日本旅客鉄道 においては、「持続的発展に向けた事業戦略の推進」として「山陽新幹線の輸送サービス」と「京阪神エリアにおける線区価値の向上」を重点分野として明確に打ち出す一方、10年から15年後を見据えた「長期的視点からの経営構想の構築」におけるローカル線にかかる取り組みとして「ローカル線の設備、システムのダウンサイジング」や「〈バス、デュアル・モード・ビークル (DMV) 等への輸送モードの転換も含めた〉地域にとって最適な形の輸送サービスの提供」を経営の方向性として打ち出している。
2020年8月24日には、北陸地区にある140駅のうち無人駅を2030年度にかけて114へ増やす計画を発表した「県内JR駅7割無人に 北陸、七尾線新たに11駅 30年度までに」『北國新聞』2020年8月25日（2020年10月27日閲覧）。赤字ローカル線への対応策は2010年4月5日の定例会見で、当時の社長の佐々木隆之が「大変重要な経営問題」との見解を示しており、同時に「赤字ローカル線の一部を廃止し、バスに転換する方向で検討」と発表している。2018年4月1日には広島県から島根県をかけて走る三江線 (108.1 km) が廃止となった。JR発足後、路線距離が100 kmを超える鉄道路線の全線廃止は本州では初の事例である。また、2022年4月11日にJR西日本はローカル線の線区別収支を公表し、「地域のまちづくりや線区の特性・移動ニーズをふまえて、鉄道の上下分離等を含めた地域旅客運送サービスの確保に関する議論や検討を幅広く行いたい」としている。
昨今の労働力人口の減少からJR西日本は保線要員の不足という課題を抱えており、1日あたりの作業時間を増やして休日を確保しやすくするため、2021年春のダイヤ改正で大阪環状線など近畿圏で終電発着時刻を繰り上げ、列車運行本数を約50本削減した「JR西、終電繰り上げ 来春に、大阪環状線など」『日本経済新聞』朝刊2020年8月27日（企業2面）同日閲覧。
バスについては、ソフトバンクグループなどと連携して、自動運転BRTの開発に取り組む計画を表明している「JR西など、新BRTを開発」『日経産業新聞』2020年4月1日（食品・日用品・サービス面）2020年4月4日閲覧。
他のJR各社や大手私鉄と同様に、グループ内に多くの非鉄道事業を抱えている。主力である鉄道や同じ旅客輸送であるバス・船舶などの交通事業に加えて、大阪駅の大阪ステーションシティを始めとするターミナル駅での駅ビルを含む複合商業施設・ショッピングセンター (SC) やオフィスビルの開発・運営、関西や首都圏でのマンションなどの不動産開発、ホテル業、三越伊勢丹と共同でジェイアール西日本伊勢丹を設立して京都駅のジェイアール京都伊勢丹などで展開している百貨店事業や物販・飲食業などの小売業、他にもベンチャーキャピタルなどを営む多くのグループ企業を擁しておりグループ会社一覧 - 西日本旅客鉄道ホームページ（2018年3月7日閲覧）、経営指針として鉄道事業を基幹に非鉄道事業の強化・グループ内売上割合の増加を目指している。また、地方路線の沿線地域振興・魅力発信による交流人口・関係人口の拡大を目指し、魚介類の養殖や販売などの第一次産業にも参入している「JR西が富山産サクラマス販売…沿線特産品、鳥取サバ、広島カキに続き」産経新聞WEST（2017年4月14日）2018年3月7日閲覧。
また、新型コロナウイルスの感染拡大の影響を受け、テレワークやワーケーションなどによる地方への移住に着目し、東京都に本社を置く不動産ベンチャー企業の「アドレス」と長崎市に本社を置く不動産ベンチャー企業「Kabuk Style」と提携し、移動手段となる同社エリアの新幹線利用を含む乗車券や駅レンタカーの利用料金をセットにした定住サブスクリプションサービス「JR西日本×住まいサブスク」サービスの実証実験を開始しているJR西日本×住まいサブスク - 西日本旅客鉄道。また、湖西線沿線の滋賀県高島市、山陰本線（嵯峨野線）沿線の京都府南丹市、福知山線（JR宝塚線）沿線の兵庫県丹波篠山市の3自治体と連携し、自治体からの支援金や特急列車に一定回数まで定額で乗車できるなどのサービスを組み合わせた「「JR西日本×沿線自治体」共同プロジェクト おためし地方暮らし」を実施している「JR西日本×沿線自治体」共同プロジェクト おためし地方暮らし - 西日本旅客鉄道。
鉄道運行面 広域輸送 都市間広域輸送は主に山陽新幹線と北陸新幹線が担っており、在来線特急列車と京阪神地区での新快速ないし各種快速列車がそれを補完するような形態となっている。
山陽新幹線 山陽新幹線では「のぞみ」「ひかり」「こだま」が新大阪駅、新神戸駅、岡山駅、広島駅、小倉駅、博多駅の各都市間の輸送を担っており、「のぞみ」を中心に東海道新幹線への直通運転も行っている。また、一部の列車は在来線である博多南線へ乗り入れている。
加えて、新大阪駅と九州新幹線の鹿児島中央駅との間で直通運転も行っている。列車の種類が東海道新幹線と比べて多く、速達タイプの「のぞみ」「みずほ」、準速達タイプの「ひかり」「さくら」、各駅停車の「こだま」が運行されている。
東海道新幹線や九州新幹線と直通運転を行う列車については、それぞれ主に新大阪駅、博多駅で乗務員（運転士と車掌）の交代を行う。
リニア中央新幹線の大阪開業を見据え、九州方面との直通列車増発に向けた対策として線路容量に余裕のない新大阪駅に地下ホームを追加し、ここに北陸新幹線も乗り入れて直通運転する計画案が検討されている新大阪駅地下に山陽新幹線のホームを 国交省検討 - 日刊工業新聞、2018年4月2日。
北陸新幹線 東京駅 - 敦賀駅間を結ぶ北陸新幹線のうち、上越妙高駅 - 敦賀駅間がJR西日本の管轄区間となっている。北陸新幹線では、速達タイプの「かがやき」、準速達タイプの「はくたか」、富山駅 - 敦賀駅間の区間列車である「つるぎ」が運行されている。なお、JR西日本の乗務員（運転士と車掌）は、富山駅 - 長野駅間無停車列車が存在する都合上、JR東日本の管轄区間である長野駅まで越境乗務している。
在来線特急列車 大阪駅・新大阪駅・京都駅を拠点とした都市間輸送を行っている。大阪駅 - 敦賀駅間では北陸新幹線と接続する特急「サンダーバード」を運行している。北近畿方面には、新大阪駅からは特急「こうのとり」「はまかぜ」、京都駅からは特急「はしだて」「まいづる」「きのさき」を運行している。京都駅発着の関西空港・南紀方面の特急「はるか」「くろしお」については、新大阪駅から梅田貨物線および大阪駅（うめきたエリア）地下ホームを経由し、大阪環状線に入って天王寺駅方面へ直通する。
京阪神や山陽地方と山陰地方を結ぶ陰陽連絡列車として、大阪駅発着の特急「はまかぜ」に加え、智頭急行線を経由する京都駅・大阪駅発着の特急「スーパーはくと」、岡山駅発着の「スーパーいなば」、伯備線を経由する岡山駅発着の特急「やくも」、山口線を経由する新山口駅発着の特急「スーパーおき」を運行している。山陰本線内の列車としては鳥取駅 - 米子駅・益田駅間に特急「スーパーまつかぜ」を運行している。
JR他社間では、JR東海エリアとの列車として、敦賀駅 - 名古屋駅間に特急「しらさぎ」、大阪駅 - 高山駅間および名古屋駅 - 富山駅間に特急「ひだ」、紀伊勝浦駅 - 名古屋駅間に特急「南紀」、JR四国エリアとの列車として、岡山駅 - 松山駅間に特急「しおかぜ」、岡山駅 - 高知駅間に特急「南風」、岡山駅 - 徳島駅間に特急「うずしお」、夜行列車としてはJR東日本エリアからJR東海エリア、自社エリアを経由してJR四国エリアを結ぶ、東京駅 - 高松駅間の寝台特急「サンライズ瀬戸」、JR東日本からJR東海エリアを経て自社エリアの山陰地方を結ぶ東京駅 - 出雲市駅間の寝台特急「サンライズ出雲」がそれぞれ運行されている。
地域輸送 JR西日本の発足後、京阪神エリア（アーバンネットワーク）を中心にした体系に改められており、普通列車もそれに準じて運行されている。
京阪神地区の東海道・山陽本線では草津駅 - 西明石駅間の複々線を最大限に利用して新快速、快速、普通列車が増発・運行されている。新快速については網干駅や播州赤穂駅、上郡駅発着の列車は姫路駅までが各駅停車、快速についても複々線の西明石駅 - 京都駅（朝ラッシュ時以外は西明石駅 - 高槻駅）間を除いた区間が各駅停車となり、これらの各駅停車区間は普通列車として運行されている。また、天王寺駅からの関西国際空港アクセス列車として「関空快速」、都市間輸送においての快速では、奈良方面発着は「大和路快速」、和歌山方面発着列車は「紀州路快速」が運行されており、さらに福知山線の快速列車として「丹波路快速」が、奈良線の快速列車として「みやこ路快速」が運行されている。
京阪神地区以外では、広島市、岡山市、松江市、米子市、下関市といった主要都市近郊区間で普通列車を中心に運行している。
主な事故や災害、不祥事 重大死傷事故 1991年（平成3年）5月14日 - 信楽高原鐵道列車衝突事故（42名死亡） 2002年（平成14年）11月6日 - 東海道線救急隊員死傷事故（1名死亡） 2005年（平成17年）4月25日 - JR福知山線脱線事故（107名死亡） 2006年（平成18年）1月24日 - 伯備線保線作業員死傷事故（3名死亡）
阪神・淡路大震災の被害
1995年1月17日に発生した阪神・淡路大震災では大きな被害を受けた。
在来線では本線上で列車が8本脱線したほか、東海道本線（JR神戸線）六甲道駅を中心に高架橋や柱に大きな被害を受け、新長田駅付近の盛土が崩壊して駅設備が壊滅した。新幹線では、始発列車の前に地震が発生したため脱線などの被害はなかったが、橋脚が大きく損壊したり、高架橋が崩落したりするなど大きな被害を受けた。
在来線は同年4月1日に、山陽新幹線は同年4月8日に全線復旧した。
東日本大震災の影響 2011年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）によって車両部品の調達にめどが立たず、列車の運転に影響が出た。電車の電動機（モーター）に使用している車両部品を製造するメーカーが被災して製造の見通しが立たず、最終加工工場も福島第一原子力発電所の避難区域内に位置しているため操業することができない事態が生じた。部品の調達ができず、使用できない車両が早くても2011年4月下旬に発生する恐れがあることから、2011年4月から間引き運転を実施すると発表した。
2011年4月2日から特急列車への増結中止および臨時列車の運転も取り止められ、金沢・和歌山・福知山・岡山・広島エリアでは普通列車の運転が一部取り止められた。その後、部品調達の見通しが立ったことから4月8日から通常ダイヤに戻し、京阪神地区での間引き運転は見送られることになった。
労働災害 2013年8月、尼崎労働基準監督署は、最長で月254時間残業し、2012年10月に過労自殺した社員の男性について労災を認定した。なお、2013年10月に遺族がJR西日本に対し1億9千万円の損害賠償を求め、大阪地方裁判所に提訴し『朝日新聞』2013年10月25日付 「「過労自殺」JR西を提訴」、約1億円の支払いが命じられた。
新幹線の台車亀裂問題 2017年12月11日、山陽新幹線と東海道新幹線を直通運行していたJR西日本所有車両による「のぞみ34号」の台車に亀裂が生じていることが名古屋駅で発見されるという重大インシデントが発生した新幹線台車の安全確保について JR西日本ニュースリリース（2018年2月28日）2019年1月5日閲覧。。その後の一年間でJR西日本が実施・表明した安全向上策として、新幹線の安全運行を担う「走行管理班」を復活させ、保守・検査部門を拡充した「JR西、新幹線の検査部署を復活／台車亀裂の再発防止」『毎日新聞』ニュースサイト（2018年12月11日）2019年1月5日閲覧。。さらに振動などから異常を検知する装置の新幹線車両への取り付けを進めるとした「新幹線の安全対策 報告／JR西 専任部署・保守拡充など」『日刊工業新聞』2018年12月12日（建設・エネルギー・生活面）2019年1月5日閲覧。。
平成30年7月豪雨の影響 2018年7月5日から8日にかけての平成30年7月豪雨により、中国地方を中心に多くの路線が被災した。最後まで復旧工事が行われていた芸備線の中三田駅 - 狩留家駅間が2019年10月23日に運転を再開し、被災路線全てが復旧した。
2023年1月の大雪での対応 2023年1月24日-25日、大雪のため、琵琶湖線・JR京都線山科駅 - 高槻駅間で21か所にポイントの故障が発生し、同区間で新快速など列車15本が立ち往生。混雑した車内で一夜を過ごす事態となり、体調不良を訴えた乗客16人が救急搬送された。ポイント故障が多発した要因として、同社が提携していた気象会社のデータに基づき京都エリアの降雪量を「6時間で8センチ」と予測。融雪器を点火させる同社近畿統括本部基準の10センチに満たないために稼働させなかった。この結果、予想を上回る積雪量と気温の低下で降雪量の見積もりを誤る形となり、ポイントの凍結による故障が続発し「列車の駅間停車」（立ち往生）の続出に繋がる形となったJR西日本、大雪立ち往生で再発防止策 「予測甘く」 - 日本経済新聞 2023年2月17日。西大路駅に停車していた特急「サンダーバード」の車内では、係員の対応について、「ただいま降りていただく際には、恐れ入りますが自己責任でのご案内となります。JRによるホテルの案内はございません。お客様ご自身でこの後の行動をされる場合は降車のご案内があります」という案内に杜撰な対応だと不満をあらわにする乗客もいた。そのほか、山陽本線上郡駅の東約200メートルで停止していた列車の車掌が直接119番通報をし、乗客の避難誘導を行った。
JR西日本の後日の調査・検証では、当日は近畿総合指令所に輸送対策室は設置されていたものの、前出の気象予測のみに依存した事で災害対応に当たる「対策本部」の設置が必要ないと同社が当初判断していたことも判明しており、対策本部は「列車の駅間停車」が発生し始めた24日の22時25分にようやく設置される有様であり、指揮系統の混乱の一因となった。また、最終的な乗客の降車対応が完了したのは、翌25日明け方の5時30分（京都駅 - 山科駅間で立ち往生した上り普通1820M列車京都エリアで立ち往生した列車の中では最多の1,400名が乗車しており、体調不良の乗客の救護を優先して列車から最も近い約300m離れた斜面の階段を用い一旦道路上への誘導を試みたが、階段の凍結等により大勢の乗客誘導は困難と判断、線路上を山科駅まで誘導するよう変更したため、全員の降車完了が明け方まで要した。）となっており、車掌が運転再開見込みを案内できずお詫びと車内待機をお願いする放送を繰り返し、乗客に適切な対応を取れなかった件に関しては、指揮系統下にある管理職が個別対応に追われ、輸送対策室が対応能力を超える状況に至り、適切に情報の集約整理及び発信が行われなかったことが要因とされた。加えて多くの自治体からの支援があったものの、JR西側から自治体に支援を要請する余裕がなかった。乗客を車内に留めた要因としては「夜間と降積雪で足元が悪いこともあり」避難路となる階段の凍結などでリスクが大きいと判断したことにあった。
同年2月17日、JR西日本は国土交通省近畿運輸局に再発防止策をまとめた報告書を提出した。車内に長時間乗客が残され降車が遅れた件に関しては「事態の解消に時間を要すると認識せず、乗客が車内で待つリスクの見積もりが甘かった」と総括した。再発防止策として装置の稼働基準を「（気温が）0度以下かつ降雪が見込まれる場合」と修正。装置も遠隔操作が可能で、手動式に比べて迅速に対応できる「電気式」に更新する。駅間で立ち往生が起きた際は60分以内に降車の要否を判断することも盛り込んだ。今回の事態の引責として同日、長谷川一明社長ら幹部3人が役員報酬の5割を1カ月自主返上する既に新型コロナウイルス感染拡大の影響による業績悪化に伴い、2020年4月から役員報酬の返上を継続しており、返上後の月額からさらに今回の内容を返上することとなった。 こと、同年3月1日付で近畿統括本部近畿総合指令所長が近畿統括本部付に異動（事実上の更迭）することを発表したJR西日本、社長らの役員報酬を返上 大雪立ち往生で - 日本経済新聞 2023年2月17日。
今回の事態を受けて斉藤鉄夫国土交通大臣は2月17日付で、全国の鉄道事業者に再発防止に向けた対応を徹底するよう通達を出したと明らかにした。気象庁が「10年に1度」などの注意を呼びかける予報を出した場合、前倒しで対策本部を設置し、長時間の停車で車内環境が悪化する恐れがある場合には、一定時間を目安に希望者の降車を誘導することを求めた。宿泊施設を用意する自治体などとの協力強化、訓練実施も盛り込んだ大雪でJR西日本車内に閉じ込め、国土交通省が再発防止を通達 - 読売新聞 2023年2月21日。
なお、JR西日本は2025年6月5日に対応を検証する会議の場で、当時の役員による社員へのパワハラがあったと認定し、処分したと明らかにした。この役員はすでに退任し、グループ会社で勤務しているという。
盗撮行為による逮捕 2023年11月22日、特急はるかのトイレにカメラを設置したとして、車掌の男性を性的姿態撮影処罰法違反の疑いで逮捕、送検された。10月中旬に、大阪府内の同社施設の職員用トイレに同様のカメラが設置されているのを発見した職員が大阪府警に通報し、発覚した。
事業所
名称・所在地は公式サイトによる支社・事業所 - 西日本旅客鉄道（2022年10月4日閲覧）。
本社 名称所在地本社大阪府大阪市北区芝田二丁目4-24 JR西日本本社ビル （最寄駅：大阪駅、阪急中津駅、地下鉄御堂筋線中津駅）東京本部東京都千代田区丸の内三丁目4-1 新国際ビルヂング9F（最寄駅：有楽町駅、東京駅）鉄道本部 新幹線本部大阪府大阪市淀川区宮原4丁目6-35 （最寄駅：新大阪駅）
2006年6月22日まで山陽新幹線は並行する在来線と同じ支社に属していたが、同年6月23日付で広島新幹線運転所の検修部門と岡山新幹線運転所を、博多総合車両所所属とする組織変更が実施された。
2007年7月1日付で、新幹線の現業機関を統括する組織として新幹線管理本部を新設した。これまで各支社に分散していた車両管理や施設保守など駅業務を除く新幹線関係の業務を一元管理するとともに、新幹線固有の技術力の維持向上を図るのが狙い。これに伴い、福岡支社は同管理本部の地方機関と位置付けられ、山陽新幹線小倉駅および博多駅の運転や設備管理、サービスなど駅業務全般を行うほか、九州エリアにおける同社の対外的な窓口としての機能も担う。
さらに2018年6月1日付で、本社鉄道本部の各部署の新幹線部門を統合した上で新幹線管理本部を組み込み、本社鉄道本部の内部組織である新幹線鉄道事業本部へと改組した。
2022年10月に、新型コロナウィルス感染症流行による収支悪化に伴うコスト構造改革の取り組みとして、本社・支社の再編が行われた。具体的には、新幹線鉄道事業本部は本社鉄道本部下の新幹線本部と地方組織の山陽新幹線統括本部に分け、近畿エリアの和歌山支社、福知山支社を近畿統括本部に、中国エリアの広島支社、岡山支社、米子支社を中国統括本部にそれぞれ統合した。近畿統括本部、中国統括本部のいずれとも、支社内全ての部門を統合するのではなく、人事や総務といった部門を統合し、他は支社内に残した。 一方、瀬戸内市が「統合によって地域の声が届きにくくなる恐れもある。どんな影響が出てくるのか注視したい」と表明するなど沿線自治体からは、中国統括本部への統合による懸念の声が出ている。
近畿統括本部 名称所在地近畿統括本部大阪府大阪市淀川区宮原4-3-39 新大阪NKビル （最寄駅：新大阪駅）京滋支社京都府京都市南区西九条北ノ内町5-5 （最寄駅：京都駅）阪奈支社大阪府大阪市阿倍野区松崎町一丁目2-12 （最寄駅：天王寺駅・大阪阿部野橋駅）兵庫支社兵庫県神戸市中央区加納町四丁目4-17 （最寄駅：三ノ宮駅）和歌山支社和歌山県和歌山市吉田94-1（最寄駅：和歌山駅）福知山管理部京都府福知山市駅前町415（最寄駅：福知山駅） 京都・大阪・神戸の3つの支社が2010年12月に統合されて発足。2022年10月に和歌山・福知山支社も統合し、和歌山以外の各支社の名称変更。
中国統括本部 名称所在地中国統括本部広島県広島市東区上大須賀町15-20（最寄駅：広島駅）岡山支社岡山県岡山市北区駅前町二丁目1-7（最寄駅：岡山駅）山陰支社鳥取県米子市弥生町2（最寄駅：米子駅）広島支社広島県広島市東区上大須賀町15-20（最寄駅：広島駅） 岡山・米子・広島の3つの支社が2022年10月に統合されて発足。
山陽新幹線統括本部 名称所在地山陽新幹線統括本部新幹線本部と同じ。福岡支社福岡県福岡市博多区博多駅中央街1-1 新幹線博多ビル6階（最寄駅：博多駅） 山陽新幹線統括本部は2022年10月設置。
その他の支社・支店 名称所在地金沢支社石川県金沢市広岡三丁目3-77 JR金沢駅西第一NKビル（最寄駅：金沢駅）
建設工事機関 大阪工事事務所 総務企画課 施設技術課 建築技術課 建設用地協議課 安全推進室 大阪工事所 うめきた工事所 なにわ筋線工事所 京都工事所 金沢工事所 岡山工事所 広島工事所 京都建築工事所 神戸建築工事所