旗本（はたもと）とは、元来は戦場で主将の旗下にあって主将を護衛する武士団のことを指す。 一般的には江戸時代の徳川将軍家直属の家臣のうち石高が1万石未満で御目見以上の家格だった武士の身分を指す。これに対し、御目見より下の家臣は御家人といった。維新後は、朝臣・静岡藩士・帰農商のいずれかの道を進み、朝臣と静岡藩士になった者は士族に列した。勲功者、維新立藩、南朝忠臣家などごく一部の旧旗本家のみ華族に列した。
戦国時代の旗本 戦国時代には、主君の指揮下に属する直属部隊の家臣を指す場合もある。おもに譜代の家臣で編成され、戦闘時には主君の本陣備を構成した。
戦国大名家における幕下層（国人領主等）は軍事的に大名家に従属していたものの独立的軍団を構成しており、領国経営においても独立性が強く、離反も珍しくなかった。これに対し、直属の家臣であった旗本は主君にとって信頼できる存在で、戦国大名家の政治権力においても中心的な役割を果たしたと考えられる。例えば、上杉謙信の家臣の千坂景親のように戦闘時に常に本陣周辺に配置されるため、華々しい戦果を残すことはあまりないが、大名家の家臣団の中枢を担ったのは旗本家臣層であった。
江戸幕府の旗本 定義 江戸時代における旗本とは将軍の直臣で禄高1万石未満のうち、将軍への謁見が許される「御目見」以上の家格の者を指す。一方「御目見」が許されない家格の直臣は御家人という。旗本と御家人を合わせて直参（じきさん）と総称した。
江戸時代初期には「旗本」の語は幕臣一般の総称として使われていたので、旗本と御家人の区別は明確ではなかったが、17世紀後半以降に「御目見」以上かそうでないかで両者を明確に区分する風潮が定着した。
数と構成 旗本の数には変遷があるが、寛政年間には5300人ほどであった。俗に「旗本八万騎」などと呼ばれたのは幕府の軍役規定に基づき旗本たちが召し抱えることになっていた陪臣6万7500人を含めたものだと考えられる。
旗本の出自は三河以来の譜代の家臣を中心として、戦国期の徳川家の膨張により支配下に組み込まれた駿河国・甲斐国・信濃国などの武士団、大名や旗本の分家、名家の子孫、御家人などから登用された者など様々であった。
また特殊な旗本として旗本でありながら参勤交代を行った交代寄合、旗本の中でも家柄がいい家を集めて儀式典礼や朝幕関係を司らせた高家があった。交代寄合と高家は一般旗本より家格が高かった。
旗本の役職
旗本の役職は軍事を司る番方と行政を司る役方に分かれており、はじめは番方の方が重視されたが、幕府行政の複雑化に伴い役方が重視されるようになった。番方は江戸城や二条城、大坂城の警衛、将軍への随従等に当たった役職の総称で、大番・書院番・小姓組・新番・小十人組の五番方があった。役方は町奉行や勘定奉行など行政・司法・財政などに関する諸役である。こうした役職に就くと足高や役料が支給される場合がある。また役職に付随する形で侍従・諸大夫・布衣といった官位や服制が付与された。
家禄3000石以上および布衣以上の役職にあった無役の旗本は寄合、それ以下の無役の旗本は小普請に列した。寄合と小普請は役職に付かない代償として禄高に応じた小普請金を幕府に上納させられた（100石までは1両、それ以上は100石増すごとに1両2分加算）。
俸禄 旗本の俸禄は200石以上であることが多く、それ以下だと御家人か一代抱えであることが多いが、例外もある。
旗本の俸禄には知行取と蔵米取の別があった。知行取とは、百姓（農民）が暮らしている土地を領地として与えられ、領地内で暮らす百姓から年貢として生産物の一部を徴収する領主になることである。知行3000石以上の旗本は領地に陣屋を設置して直接に領地支配にあたった。 一方3000石以下の旗本は領地支配は幕府の代官に委ねて年貢だけ徴収した。
一方蔵米取とは幕府が直轄領の百姓から徴収した年貢である蔵米の内から決まった額の米を支給される者である。蔵米取には切米取、現米取、扶持米取の3種が存在するが、もっとも多かったのが俵高で表示される切米取である。1俵は3斗5升の割合で計算されるので切米100俵であれば35石の米が幕府の米蔵から支給される。
御家人はほとんどが蔵米取だが、旗本は知行取が多く、18世紀後半の知行取の旗本は2908人で都合275万石余、蔵米取の旗本は2030人で都合45万俵余となっている。一方領地を直接支配した3000石以上の旗本となると全旗本5000家中250家程度にとどまる。
なお100石の知行所の広さとは土地の状況によっても異なるが、上田一反三石として、これを五合摺として一石五斗なので、おおよそ七町前後の田んぼである。付随した畑や山林も含めると十町の2倍から3倍ぐらいの土地が100石になると思われる。土地持百姓を一軒一町と計算すれば六、七軒の土地持百姓がいることになるが、実際には数町歩の百姓もいれば小作百姓もいるので、だいだい100石の土地には十軒前後の百姓が生活していると考えられる。
軍役や暮らし向き 旗本は原則として江戸在住が義務づけられていた。またすべての旗本は幕府の軍役規定により一定の人馬と武器を負担しなければならなかった。
100石級 100石級は諸藩では中士と呼ばれることが多いが、江戸幕府では100石級は「御目見」以下の御家人であることが多く、「御目見」以上の旗本であることは稀である。小十人組は百俵でも「御目見」以上であるので旗本というのであろうが、小十人組は勤めなので十人扶持がもらえる。なので小十人組は非役の百石・百俵よりはだいぶマシだったが、それでも「百俵六人の泣き暮し」と陰口されるほど倹約しても悲惨な生活を送った。
交代寄合に120石の岩松家がある。同家は新田家の支流にあたり（そのため明治以降に新田に改姓して華族の男爵家に列す）、家格だけは一般旗本より上位だったが、家禄は120石と旗本の中でも最低水準に近く、極貧生活を送った。幕末期の当主岩松俊純（維新後の新田俊純男爵）は糊口を凌ぐためにネズミ除けの猫の絵を描くなどしていたという。
百俵御家人は組屋敷（御家人は組頭の下に一か所に固まって「組屋敷」と呼ばれる屋敷町を作っていた）だが、旗本であれば百石でも開き門（両扉のある門）の構えである。ただし門番はいない。屋敷は旗本でも御家人でもない御目見以下の抱筋の130俵か230俵の町奉行配下与力が二百、三百坪ぐらいなので御目見の小十人組だともう少し広い屋敷を拝領したらしい。
100石取りは軍役により槍1本を持ち、登城には槍持と中間を連れて行かねばならず、家庭内にも下女や下男を使うことになっているのだが、収支の均衡から考えてそんな人数を使うのは不可能である。たいていは中間1人と下女1人ぐらいである。ちなみに当時の使用人の給料は現代では考えられないほど圧倒的に低いので、現代で使用人を使う感覚と同じに考えることはできない。現代では使用人が一人でもいれば裕福な家と見なされようが、当時は100俵級の貧乏武士も一人ぐらい使用人を使ったのである。
200石級 例外もあるが、基本的に200石取り以上が旗本であることが多い。200石級の旗本であれば軍役規定により侍1人、草履取り1人、槍持1人、馬の口取1人、小荷駄1人の計5人の使用人と主人用の馬1頭を用意し、事があればそれを引き連れて戦場に参じなければならない。が、実際には200石程度の旗本では馬を持つのは困難であり、5人の使用人も用意できる者は少なかった。
拝領する屋敷は600坪位で門は片番所付の長屋門である。
200石級旗本の生活は極めて苦しく、借金生活を送ることが多い。槍持と草履取は登城に欠かせないことから切り詰めることはできないが、若党や中間は経済状況に応じてよく減らされたため、200石の旗本の屋敷の門は門番無しのことが多く、徳利門番（潜りの脇門に緒をつけた徳利を釣瓶式に仕掛けて置く）の風習も生まれた。
非役であれば槍持、草履取りに中間下男の役を兼ねさせて2、3人の使用人で足りさせなければ、とても生活してゆけなかった。槍持、草履取らの給料が合わせて8両で下女が1両2分とすると、調味副食糧で7両で合計16両2分。残り64両で妻子入用、主人の交際費、吉凶費、武具武器の修理、家の修繕費等を出さねばならない。馬を飼ったりしたら飼育料だけで10両、さらに馬の口取の給料と食扶持がかかるので、馬一頭を持つ立場でありながら、そんなことはとても不可能だった。
生活困窮者の多い小禄旗本は六公四民などの高年貢を取り立てたり、領地の百姓の倅を引きずり出してきて中間や若党としてただ働きさせるといった悪領主となることが多かった。
300石級 300石取りの軍役は侍1人、甲冑持1人、槍持1人、馬の口取1人、小荷駄1人、草履取1人の計6人である。
300石でこんなに抱えるのは困難であり、たいていは渡り用人や渡り小姓を使い、1人ぐらいが譜代の侍である。こうした小禄旗本に仕える侍が町人から「三一（さんぴん）」と陰口された三両二分一人扶持の最貧層の武士である。三一侍は女も買えないし、結婚もできないし、現代と違って年々昇給などしないので、もっと率のいい仕官口を見つけられなければ（大名や大身旗本の家臣は家で固定されているためまず見つからないが）、死ぬまで三一の極貧生活である。若党や中間はさらに薄給で、下女に至ってはせいぜい1両といったところである。江戸中期以降には物価が上がって茄子鴨焼の初物が7両するのに三一侍たちは相変わらず年収三両二分一人扶持だった。彼らは一本3両する初鰹など見たこともなく、せいぜい豆腐を拍子木に揚げたあぶたまを菜に酒2合と飯の120文を御馳走とする生活である。それ以下の若党や中間はさらに悲惨を極め、16文の夜鷹蕎麦屋か、8文の金時蕎麦と、したみ酒くらいしか知ることはなく死んでいく。
ここまで人件費を切り詰めても300石級旗本ではぎりぎりの生活であり、使用人にも内職をさせねば、とてもやってはいかれない。また300石旗本は往々にして借金生活を送った。
200石級旗本よりはわずかに暮らし向きは良かったものの生活困窮ぶりに大差はない。300石や400石程度の旗本では娘を吉原に売る例も見られる。
400石級 400石取りの軍役では侍が2人になり、合計9人である。が、実際には用人・若党で3人も常傭していたらいい方である。
屋敷は片番所付きの長屋門の屋敷六七百坪ぐらい。400石程度の旗本では門番を数人も雇うのは無理なので二人が交代で務めることが多い（家によっては特定の門番はなく侍若党が交代で務めたり中間が代行するところもある）。
用人・若党は3、4人使うが、だいたいは2、3人に倹約する。槍持、挟箱持、草履取は登城に必要であり、400石級となれば馬も飼わねばならないので馬の口取も必要である。さらに炊飯下男、下女2人くらいを置くとなると10人くらいの使用人を持つことになる。しかし年収160両程度にはなる400石級旗本なら使用人を減らしたり、切り詰めた生活を送れば、何とか回していけるといったところである。ただ江戸中期以降は諸物価が高騰していたので大して楽というわけでもない。
500石級 500石取りの軍役は侍2人、甲冑持1人、槍持1人、馬の口取2人、小荷駄2人、草履取1人、挟箱持1人、立弓1人の計11人である。馬の口取2人ということは馬2頭を飼わねばならないということである。しかし500石の旗本ですら馬1頭飼っていればいい方だったらしく、中には馬に乗れない未熟者もあったという。
500石以上はあまり共連れを省略してしまうと家禄が低いように思われて世間体に響くのでなるべく軍役通りの共ぞろえをしようとする。平時の登城では侍2人（やはり最貧の三両二分）、槍持、草履取、馬の口取、挟箱持、中間の7人ぐらいの共連れをした。屋敷内には用人、門番、若党、炊飯下男、そして下女の4、5人はいないと500石の格がつかなかった。
元禄期に500俵以上の蔵米取は知行所に変えられたため、500石以上は大半が所領持ちである。500石以上になると知行所への連絡事務や収貢の取り扱いの係が存在した。このように500石以上になってくると使用人たちの職務分担がされはじめるので簡単に使用人を略すということができなかった。
旗本は500石前後が中堅で、役職もこの階級あたりからいい役職に付ける場合が出てくる。500石高の小納戸衆に500石の旗本がなることが多かったが、これは持高勤めにでき、役職手当を出さなくていいからだと思われる。
600石級 600石取りの軍役は侍3人、甲冑持1人、槍持1人、馬の口取2人、小荷駄2人、草履取1人、挟箱持1人、立弓1人、鉄砲1人の計13人である。
600石ともなると用人は支配人兼家老の立場で家政を取り仕切るようになり、使用人たちの取り締まりが厳しくなってくる。侍も4、5人はいるので3両2分1人扶持（三一）しか払ってなくても食扶持だけで負担は大きい。馬も2頭持つ必要が出てくる。門番は二人から四人ぐらいで交代でつかせる。奥の女中も奥様に付いたり諸雑用をやる者が2人ぐらい、下女は台所と洗濯掃除で3人ぐらい、炊飯下男1人ぐらいがある。
600石級の屋敷はだいたい七百、八百坪ぐらいで片番所付きの長屋門である。中間も5、6人はいるから中間部屋が大きくなる。中間は主に知行所の水呑百姓の倅を強制連行してきて確保して給料を略し、副食代も知行所から出させるから様々なところで経費が浮くはずだが、江戸中期以降は物価高と旗本の諸色万事派手のせいでなかなか厳しい財政だったようである。
700石級 700石取りの軍役は侍4人、甲冑持1人、槍持2人、馬の口取2人、小荷駄2人、草履取1人、挟箱持1人、立弓1人、鉄砲1人の計15人である。
平時の登城では侍3人から4人、挟箱持、中間、草履取、馬の口取、槍持ち2人が必要で槍は本来は2本だが、ほとんど1本槍でもう1人は手替になっている。合計10人ぐらいの供ぞろえである。
屋敷内では用人、侍、馬の口取、門番、女中、飯炊きなどで16、7人ぐらいは使う。600石・700石あたりは比較的余裕があり、なまじ堅苦しい1000石以上よりも気楽な生活がおくれたという。小普請に入れば年に14両の小普請金を収めているだけで、年貢を4公6民で取るとして実収280石、金にして280両の消費生活ができる。先祖の家柄の上に寝そべって毎日遊んで暮らせるというもので、それゆえに江戸幕府の中級の士は役に立たない者が多かった。
800石級 800石取りの軍役は侍4人、甲冑持2人、槍持2人、馬の口取2人、小荷駄2人、草履取1人、挟箱持1人、立弓1人、鉄砲1人、沓箱持1人の計17人である。
800石あたりからは知行所が2カ村以上に渡り始めるので、なるべく使用人を多くの知行所から使って安上がりにする。
800石級の拝領屋敷はおおむね加筆八百、九百坪で長屋門の門番所付である。中間階級も10人近くいるので大部屋が存在する。
900石級 900石取りの軍役は侍5人、甲冑持2人、槍持2人、馬の口取2人、小荷駄2人、草履取1人、挟箱持2人、立弓1人、鉄砲1人、沓箱持1人の計19人である。
登城は侍4人、槍持2人、馬の口取、挟箱持2人、草履取、中間の11人ぐらいを共連れにする。しかし侍の給料はやはり三一である。使用人は最底辺の賃金で働かせる一方主人は猟官運動に借金しても金を使う。そのためこうした旗本家の雇人は中間部屋で内職をしたり、武家屋敷に町奉行所の手が入らぬことを利用して賭場を提供したりした。大身旗本や大名家の屋敷だと出入りに厳しいが、この規模の旗本屋敷は出入りが比較的緩いので賭場にするのに持って来いだった。
こういう輩が多い階級なので劣悪な無能が多く、幕府が瓦解した後、新政府の兵学校生徒募集試験の折、応募してきた元900石級旗本が「酒井雅楽頭」「井伊掃部頭」の文字を読めず「がらくのかみ」「はらいべのかみ」と呼んだりして失笑を買ったりしていた。
1000石級 1000石取りの軍役は侍5人、立弓1人、鉄砲1人、槍持2人、甲冑持2人、草履取2人、長刀1人、挟箱持2人、馬の口取2人、押足軽1人、沓箱持1人、小荷駄2人の計21人である。馬は主人の乗用と乗換用2頭に小荷駄用2頭を用意しておくことになっていたが、大半はせいぜい乗馬2頭だけ用意した。
拝領する屋敷はおおむね三十間四方九百坪ぐらいで門は門番所付長屋門である。家臣の侍のうちから用人が選ばれて主人出勤中の屋敷の表を取り仕切り、奥には女中が奥様付きの老女を筆頭に5、6人いた。
1000石取りは四公六民とすれば400石の収入であり、使用人を三十人ぐらいとして、それらへの食料を53石程度と見積もると347石が残り、使用人への給料や諸経費を賄っても生活は比較的安定していた階級だったといえる。
またこの階級は幕府要職に就くことも多く、目付や使番などが適当な勤め場所だった。
2000石級 2000石取りだと軍役は侍8人、立弓1人、鉄砲2人、槍持5人、手明1人、甲冑持2人、手替1人、長刀1人、草履取1人、挟箱持2人、手替1人、馬の口取4人、沓箱持2人、雨具持1人、押足軽2人、小荷駄4人の合計38人である。平時はこんなに男性は使わないが、その代わりに女の使用人が多く、合わせるとだいたい30人ぐらいの使用人があった。
このあたりの階級からは数が少なくなるので、たいてい何かしらの役職を務めるようになる。
屋敷はだいたい三十三間四方約千坪くらいであり、門は門番所付長屋門である。
3000石級 3000石取りの軍役は侍10人（馬上共）、数弓2人、鉄砲3人、槍持5人、手替1人、立弓1人、長刀1人、馬印2人、草履取1人、挟箱持2人、手替1人、雨具持1人、馬の口取4人、沓箱持2人、押足軽3人、二騎口付2人、若党2人、具足持2人、槍持2人、箭箱1人、玉箱1人、小荷駄4人の合計56人である。人数で言えば軍隊における一個小隊とほぼ同数である。
また主人の他、侍2人にも200石級に当たる者が2騎いなければならない。しかし実際には騎士2人が200石もらうことはまずなく、せいぜい100俵くらいが支給されたにすぎない。これが家臣の中で主だった者となり、大名家で言えば家老に当たる。この下にも50俵や何両という下級侍が8人いる。そのため屋敷内には彼ら用の長屋がある。
屋敷はだいたい四十間四方位で門は屋根の出張った門番所付長屋門である。
この階級からは領地に陣屋を設けて直接領地の支配にあたる。またこの階級から無役の場合も小普請ではなく寄合と呼ばれるようになる。
4000石級 4000石取りの軍役は騎士3人、数弓2人、鉄砲3人、槍持5人、手替2人、侍9人、立弓1人、甲冑持2個4人、長刀1人、馬印3人、挟箱持4人、草履取1人、茶弁当1人、坊主1人、馬の口取4人、沓箱持2人、雨具持1人、押足軽4人、箭箱2人、玉箱2人、三騎の口付3人、若党3人、長持一棹4人、小荷駄五疋5人、槍持3人、具足持3人、小者3人の計79人となっている。戦時に主人に茶弁当と坊主がつくのはこの階級からである。馬は10頭飼うことになっていたが、実際には3、4頭といったところである。
この階級から主人の登城は駕籠になり、4人に担がせる。共連れの侍は6人から7人、押足軽1人、草履取1人、挟箱持1人、雨天の時は傘持1人、共槍は1、2本、若党2、3人ぐらいを連れる。
忠臣蔵で著名な高家の吉良家が4200石でこの階級だった。赤穂浪士の本所吉良邸討ち入り時に吉良邸にいた家臣の数は諸説あるが、家老から中間小者まで含めて60から70人ぐらいではないかと推測されている。幕府の調べでは「中間小物共八十九名」とあり、桑名藩所伝覚書では「侍分の者四十人程。雑兵百八十程」としているが、4200石の吉良家では多すぎるので疑わしい。なお召使の下女や妾は討ち入り時には不在だった。本所の吉良邸見取り図はここを参照。
4000石の実収はだいたい1600石として、家族使用人を55人とみてその食扶持100石を差し引いても1500石残る。主だった侍の家臣に少しばかり高い禄を払ったとしても侍全部で500石か600石ぐらいで、さらに扶持諸雑費引いても450両ぐらいは残ろうから、主人側の暮らしは楽な階級である。
拝領される屋敷は2000坪ぐらいである。知行所は場所にもよるがだいたい8ヶ村ぐらいである。余裕のある階級なので遊惰な旗本が多く、天明5年（1785年）には藤枝教行というこの階級の旗本が新吉原大菱屋お抱えの遊女綾衣と情死する事件なども起きている。
5000石級 5000石取りの軍役は騎士5人、数弓3人、鉄砲5人、槍持10人、手替3人、旗指6人、侍9人、立弓1人、手筒1人、長刀1人、甲冑持4人、馬印3人、草履取1人、挟箱持4人、茶弁当1人、坊主1人、馬の口取4人、沓箱持2人、雨具持1人、押足軽4人、箭箱2人、玉箱2人、五騎の口取5人、若党5人、槍持5人、具足持5人、小者5人、長持一棹4人、小荷駄五疋5人の計103人となっている。
5000石級の旗本家の騎士は家老格の用人でよくて200俵で、大半の騎士は100俵前後だった。侍9人は3両2分1人扶持（三一）か、それに毛が生えた程度である。四五十間四方の屋敷を拝領し、知行地にも陣屋を持つ。登城は4人に担がせた駕籠に乗り、槍は二本立て、30人ぐらいの供連れになり、ちょっとした大名行列にも見える。
5000石以上の役高の職で旗本になれる役はなく、この階級からはほとんどが持高勤めとなる。そのため昇進を心掛けなくなり、無能者が多かった。
9000石級 9000石取りの軍役は騎士8人、手替3人、数弓10人、鉄砲15人、槍持20人、手替3人、旗指6人、宰領1人、侍14人、立弓2人、手筒二挺2人、手替1人、長刀2人、甲冑持4人、茶弁当1人、坊主1人、雨具持1人、押足軽5人、箭箱2人、草履取1人、馬の口付6人、沓箱持3人、手替1人、玉箱2人、八騎の口付8人、若党8人、槍持8人、具足持8人、小者8人、長持一棹4人、宰領1人、小荷駄九疋9人の計193人となっている。
1万石を超えると大名になるので旗本としては最高峰が9000石代となる。とはいっても該当するのは9500石の横田家1家のみである。ここまでくると1万石級小大名との差はわずかであり、横田家の家政組織も小大名に準じており、家政、家老、奥には奥用人、老女がおり、ほとんどが小大名並みである。また8000石級以上の旗本は江戸の上屋敷と知行所の陣屋のほかに抱え屋敷という下屋敷も有していた。8000石級以上は部下に与える俸給も他の旗本より高めで、三一もいるが、徒士あたりでも三十俵位はやれる。参勤交代はじめ大名格式に伴う雑多な支出がかからないので1万石小大名より横田家の方が楽だったであろうとみられる。
明治維新後 以下、明治5年以前の日付は旧暦。
徳川幕府滅亡と旗本所領収公 前将軍の徳川慶喜は、慶応4年/明治元年（1868年）正月3日から4日にかけて京都で鳥羽伏見の戦いを起こすも惨敗して江戸へ逃亡。朝廷は7日付けで慶喜追討令を下したが、同時に「仮令賊徒ニ従ヒ譜代臣下之者タリトモ悔悟憤発、為国家尽忠之志有之候輩ハ寛大、思食ニテ御採用可被為在候」とあるように、朝敵徳川家に従う譜代臣下であっても悔悟憤発して国家に忠誠を尽そうという志を持つ者には朝廷への帰順を許す道を開いている。
鳥羽伏見の戦い後、西国の旗本領や朝敵藩の領地は朝廷に収公され、官軍諸藩にその仮管理が任された。たとえば正月12日には山陰道鎮撫総督西園寺公望の命令で福知山藩が丹後国久美浜やその周辺の旗本領の管理を任され、同月27日には土佐藩に近江国内の会津藩領および旗本領の管理が任されている。2月14日には東海道先鋒総督橋本実梁より大垣藩主戸田氏共に美濃国の旗本領の管理が命じられ、2月17日には北陸道先鋒総督高倉永祐より福井藩主松平茂昭に越前国の旗本領の仮管理が命じられている。また、有栖川宮熾仁親王を大総督（総司令官）とした東征軍が、江戸幕府征伐のため東進していたので、その移動に伴って仮管理される旗本領は刻一刻と増えていた。
こうして江戸に定府する旗本たちは領地を喪失。蔵米取りの旗本も幕府領収公のため同じ運命だった。一刻も早く朝廷に帰順しなければ、収入の道は完全に絶たれる状況に置かれた。
江戸へ逃亡した後の慶喜は、正月22日に譜代大名ではなく、旗本からなる幕府新人事を行うが、まもなく朝廷に恭順することを決意。2月3日に江戸の旗本たちに対し、采地に就いて朝命を遵奉すべきことを通達。これ以降、旗本の多くが江戸を離れていった。徳川家が幕臣に徳川家（江戸）から離れることを望んだのは、それが朝廷への帰順姿勢の表明になると考えたためだと思われる。
慶喜自身も2月12日から上野寛永寺で謹慎に入り、幕閣勝海舟に後事を託し、勝と東征軍参謀西郷隆盛の会談の結果、4月11日に江戸城は開城。徳川幕府は名実ともに滅亡した。
幕臣から朝臣へ 徳川幕府滅亡の過程の中で、多くの旗本が、朝廷の朝臣にしてもらうための請願運動を展開した。早いものでは、まだ慶喜が朝命遵守の通達を出す前の慶応4年正月末に高家や交代寄合といった特殊な旗本たちが集団で勤王誓書を政府に提出して朝臣編入を請願している動きがある。高家らの幕府からの逃げ足の早さは、彼らの旗本としての特殊性（徳川幕府に対する相対的な自立性）が背景にあると思われる。
2月3日に慶喜が采地に赴いて朝命を遵守するよう旗本たちに通達すると、さらに急増する。旗本たちは采地に向かうという名目で江戸を離れる許可を得ると、政府に本領安堵してもらうため京都に殺到し、次々と勤王誓書を提出した。政府議定松平慶永（春嶽）は「陸続徳川の家臣、朝臣となり候を願い候者有之、皆上京せり。実に千を以て数ふ也」とその状況を記している。続々と京都にやってくる旗本たちに対して政府の内国事務局は、4月23日に次の取り調べ項目を報告するよう命じている。
一、知行高・知行所付、並に高、陣屋在所 一、年齢席順、家督以後相勤候役向 一、諸侯（大名）に本系有之候はゝ、其筋並に家筋由緒の義、大簡易に書記。 一、上京着日限、並正月三日以後御用筋相勤候面々 一、武器所持の数類
その報告書を提出した上京旗本たちに対し、政府は5月15日付けで、朝敵徳川慶喜の臣である旗本は、本来ならば、個々人の反逆事実の有無と無関係に減封されるべきところだが、現在賊党となる旗本もある中で、朝廷に忠義を尽くすため上京してきた者に減封処分を下すのは忍びないとの格別の叡慮（天皇の御意向）があったため、本領安堵する旨の達を出した。そして翌日（5月16日）に参内を許された上京旗本たちは、本領安堵への感謝と、五箇条の御誓文の奉体、子孫永世にわたって違背なく王事に尽すことを天地神明に誓うことで、朝臣に列することを許された。
帰順を早くから願い出て朝臣となった旗本は「早期帰順者」に分類された。「早期帰順」の基点を明確に定めた法令はないが、概ね江戸城開城以前に帰順を願い出た旗本は「早期帰順」と認められたようである。早期帰順した旗本は、政府の支配力が行き届いていた西国の領地持ちか、室町時代の守護の末裔や近世大名の分家筋などで徳川家臣というより独立的な領主だった家が多く、こうした旗本家は勤王に転じやすかった。
ただし本領安堵といっても、それは旧来の封建領主としての地位の保障ではなく、貢租徴収権の保障という意味である。本領安堵直後の5月24日付けで、万石以下の領地の行政や司法に関する権限は私領・寺社領問わず、すべて府県に吸収されることが布告されているので、旧来のように旗本が領主として高札を建ててお触れを出したり、村役人の人事を仕切ったりすることは禁止された。