藤原 清主（ふじわら の きよぬし、生没年不詳）は、奈良時代から平安時代初期にかけての貴族。名は浄主とも記される。藤原南家、参議・藤原巨勢麻呂の孫。従五位下・藤原瀧麿の子。官位は正五位下・左馬頭。
経歴 桓武朝の延暦5年（786年）従五位下に叙爵する。その後、延暦10年（791年）丹波介、延暦15年（796年）内厩頭に任ぜられている。
従五位上に昇叙されたのち、平城朝の大同3年（808年）左馬頭に任官し、大同4年（809年）正五位下に至る。
官歴 『六国史』による。 時期不詳：正六位上 延暦5年（786年） 正月7日：従五位下 延暦10年（791年） 正月22日：丹波介 延暦15年（796年） 12月4日：内厩頭 時期不詳：従五位上 大同3年（808年） 6月9日：左馬頭 大同4年（809年） 12月9日：正五位下
系譜 『尊卑分脈』による。 父：藤原瀧麿 母：大中臣清麻呂の娘 生母不詳の子女 男子：藤原近継 男子：藤原甲斐人
参考文献 宇治谷孟『続日本紀 （下）』講談社〈講談社学術文庫〉、1995年 森田悌『日本後紀 （上）』講談社〈講談社学術文庫〉、2006年 森田悌『日本後紀 （中）』講談社〈講談社学術文庫〉、2006年 『尊卑分脈 第二篇』吉川弘文館、1987年