日吉町殿田（ひよしちょうとのだ）は、京都府南丹市の地名。2006年（平成18年）1月1日の南丹市発足以前は、船井郡日吉町の大字・殿田であった。かつて商店街があったことから、近隣の村と比べて農家が少ない。キャッチコピーは「ダム湖がつなぐ交流の里」。
本項では現在の地名について日吉町殿田、または殿田として記述する。
地名 地名の由来 日吉町の地名は、日吉神社に由来する。創建年代の古い順に、殿田の日吉神社（1489年創祀）、畑郷の日吉神社（1644年創建）、胡麻の日吉神社（1716年創建）がある。
殿田の地名の由来は明らかでないが、主な説として次の4説がある。
荘園説 殿を有力者（荘園）の意味とし、「荘園の直轄田」を意味するとする説。世木庄が荘園であったことを根拠とする。 寺領説 殿を有力者（寺院）の意味とし、「寺院の領有田」を意味するとする説。成就院の農地（現・ヒノ谷墓園）や小牧山観音堂の農地が、1876年（明治9年）まで免租地であったことを根拠とする。 外野説 「外野（との）」に後から「殿」の字が当てられたとし、「外野の田」を意味するとする説である。 湯浅荘発祥説 「世木の三姓」の一つ丹波湯浅氏は紀伊国の湯浅荘（現・和歌山県有田郡湯浅町）の武士団・湯浅党が出自で、湯浅宗朝が1393年（明徳4年）に丹波国船井郡世木荘を与えられたことで始まる。また、湯浅町には「大字湯浅小字殿田」の地名が存在する。
近隣の殿田 殿田中心部から約3 kmの位置にある園部町佐切（かつての仙洞御領所）の小字に、「殿田」の地名がある。日吉町殿田との関係は明らかでない。
小字名 南丹市が公示する日吉町殿田の小字コード（住所コード）および小字名は次のとおりである。なお、字名は、「日吉町殿田」に各小字名を付した名称である。 001 002 アチラ 003 イチバ 004 005 006 007 008 009 010 011 012 013 014 015 016 017 018 019 020 021 022 ダン 023 024 ハジキリ 025 026 027 028 029 030 031 032 033 034 035 ※井溝は雨水や湧き水などを排水する通水路に付けられる地目である。※かつて、イチバは「市場」、ハジキリは「端切」と表記されていた。
地理 立地
日吉町殿田は、南丹市中部の世木地区に位置し、淀川水系上流の桂川右岸および田原川沿いに集落が形成されている。
世木地区の地形は右手の手のひらに例えられ、親指を桂川、人差し指を中世木川、中指を木住川、薬指を田原川、小指を胡麻川に見立てる。これら5河川の合流部が日吉町殿田で、中世木川流域が日吉町中世木、木住川上流が日吉町生畑、下流が日吉町木住となり、この4地区で現在の世木地区を構成する。親指に当たる桂川沿いの日吉町天若と日吉町中は、1972年（昭和47年）に着手した日吉ダム建設に伴い廃村となった。
日吉町志和賀との境はアチラである。アチラは殿田住民が新田として開拓した場所で、町筋の車橋や小牧の日吉橋から古道を越えた先に位置する。日吉町中との境は小道津で、かつて中村とともに下世木之内に属したが、その後はそれぞれ独立して村を構成した。日吉町田原との境は東雲稲荷社のある小道、日吉町保野田との境は日吉駅前の藤林橋付近、園部町船岡との境は今井生コン先の紅春京都支店園部工場手前のカーブである。
殿田の面積は約3.406km2で、南丹市161地域中54位である。
渋谷の離村 志和賀川の支流八栄川流域にあった渋谷村（現・志和賀八栄）は、汁田（水はけが悪い田）が多いことから「汁谷村（しるたに）」とも揶揄されていた。この地は、かつて殿田村の人が開いた新田のあったところで、世木郷に属していた。豊臣秀吉政権時代の検地により水源単位の村に編成が改められ、志和賀川上流の本谷と流域統合し、渋谷は世木から離れた。志和賀八栄は、昔世木の一部であった背景と、山を下った先が上河内村や藁無村（現・園部町船岡）であることから、殿田で多い井尻姓と、船岡に多い内藤姓が人口の大半を占めている。
河川
河川コード：8606040167 桂川は、殿田東部を流れる淀川水系一次支流の一級河川。古代はと通称し、また大井川・大堰河・西河・などとも記されることがあった。現在の殿田では、大堰川と呼称している。大堰川の名称は5世紀以降の渡来人である秦氏が一族をあげて葛野郡（現・京都市）に大堰（取水堰）を築いて用水開発を行い葛野大堰と呼んだことによるという。かつての殿田では、大川や世木川とも呼称していた。 京都府により、環境基本法に基づく環境基準の河川A類型（渡月橋より上流）と生物B類型（世木ダムより下流）に指定（1970年9月）されている。 日吉ダムの利水補給計画による殿田地点の確保流量は、5月1日〜9月30日が5.4 m3/sから新庄発電所の使用水量を控除した量または2.67 m3/sのいずれか大なる水量、10月1日〜4月30日が2.0 m3/sである。 豪雨翌日などの増水時、日吉ダムの放流で茶色になった桂川の濁水と、濁っていない田原川の流れは、合流しても色が混ざることなく2色に別れたまま流れることがある。
河川コード：8606040303 中世木川は、淀川水系二次支流の一級河川。日吉町中世木の西牧山・東牧山の水を集め西流、日吉町中の京都府道364号中地日吉線の東で大堰川右岸に注ぐ。
河川コード：8606040296 木住川は、淀川水系二次支流の一級河川。日吉町生畑北部山中の水を集め南西流、日吉町木住（こずみ）を貫流し、小道津橋下流で大堰川右岸に注ぐ。
河川コード：8606040249 田原川は、殿田集落群に流れる淀川水系二次支流の一級河川。出口王仁三郎（大本の教主輔）が大正から昭和初期にかけて口述筆記した『霊界物語』に殿田川という表現も見られる。車橋から曹源寺までの右岸に桜並木があり、そこから150mほど下流の殿田前田で大堰川右岸に注ぐ。 殿田を含む日吉町の一部の地域は、田原川から水道取水している。環境基準の河川A類型に指定（1996年3月）されている。 104軒が熱失した大火（1941年4月）を教訓に、日吉橋から曹源寺橋の区間には防火用の取水のための階段が18ヵ所ほど設けられている。
河川コード：8606040250 胡麻川は、淀川水系三次支流の一級河川。日吉町胡麻平原の分水界で由良川水系の畑川（畑郷川）と、桂川水系の胡麻川に分かれて流下、保野田で志和賀川が流入し、南丹市立殿田小学校前で田原川と合流する。田原川との合流地点には、舟先のような形状の背割堤（瀬割堤）が設けられている。
滝谷川は、淀川水系二次支流の普通河川。大向山から西に流れ、大堰川左岸に注ぐ。
岩・淵・瀬 岩・淵・瀬に付けられた名前は次の通り。 なか岩日吉橋上流 おりん小牧町 長渕東町下の桂川 高岩旧世木小学校下 イボ岩天神町下 牛岩天神町下 しろぼう天神町下の元水泳場 平岩市場の下流 赤岩下大向 滝の口下大向 ヤナ瀬園部町船岡との境 曲淵日吉町中、中世木川と合流した辺りの大堰川 芝崎桂川と田原川の合流地付近
船岡峡谷
船岡峡谷は、殿田と園部町船岡の間にある大堰川（桂川）の峡谷である。この区間の大堰川は、亀岡断層による隆起部を横断するため、穿入蛇行の河流状態になっている。また、狭いながら谷底低地が分布している。
現在の南流している園部川は、かつて園部から北東流し、内林、船岡峡谷を通り、殿田で南東から流下してくる大堰川に合流し、北西に流れて胡麻方面から由良川に合流していた。谷中分水界のある上胡麻新町の広い河岸段丘は、大堰川が北流していた当時の流路形状やその後の河川争奪の跡である。
立壁 は、船岡峡谷（殿田－船岡）の桂川沿いに設けられた切り立った堤防を示す通称。立壁にある第一大堰川橋梁を立壁鉄橋と呼ぶこともある。
山岳 殿田断層の北東側、殿田から千歳山（622.3 m=八木町神吉）・鎌ヶ岳（623 m=神吉・京都市右京区）・三頭山（728.2 m=右京区）と連なる山地は、その南東延長にある朝日峯（688 m=右京区）の名をとって、朝日峯山地と呼ばれている。
丹波高地 丹波高地は、南西縁を三峠断層、南縁を殿田断層、南東縁を亀岡断層、東縁を花折断層、北縁を熊川断層、北西縁を上林川断層の各断層で境され、独立峰が林立する高地である。山々が定高性（尾根の高さがそろった山並み）の特徴を持つため、丹波高原や丹波山地とも呼ばれている。北東から南西方向に山地・低地が帯状に配列している。殿田断層が東西に横断している殿田は、北側半分が丹波高地に位置する。
※京都丹波高原国定公園の範囲は殿田を含まず、東方の小道津（日吉町中）からである『京都丹波高原国定公園 指定書及び公園計画書』環境省、2016年3月25日、12頁。殿田は国定公園の規制区域外である。
保安林 殿田地内にあるほとんどの山林が、地域森林計画対象民有林になっている。また、大向山の日吉大橋側と、日吉駅裏から日吉大橋までの山林（小牧山、城山、行者山、前山の範囲）が保安林となっている。
山
大向山は、殿田の南に位置する標高357mの山。大向山と天稚神社の景観が、「南丹市 景観の小窓」（第35景）に選ばれている『広報なんたんVol101，景観の小窓 第35景』南丹市地域振興課、2000年7月1日、10項。山の北側にある天稚神社から登山道に入り、日吉ダムを上から眺めることができる。下部はスギの植林地だが、上部には雑木林が残っている。山頂付近の日吉ダム側（東側）に京都府立大学の日吉演習林があり、マツタケの発生を促進する環境整備などが行われている。
城山は、殿田の西にある標高285mの山。山頂付近に城跡がある。危険度判定Cの山腹崩壊危険地、危険度判定Bの崩壊土砂流出危険地になっている。
行者山は「ぎょうしゃさん」とも呼ばれている。2022年（令和4年）から2023年（令和5年）にかけ、階段やチェーンスタンド設置などの山道の整備が住民の手で行われた『殿田情報誌Tonoda3SCommittee 第26号』殿田区集落支援事業推進委員会、2023年5月30日。
標高291m。山頂の真下の海抜184mの位置に新前山トンネル（JR山陰本線）がある。
公示では上ノ山だが、山陰本線のトンネルなどでは「上野山」と表記されている。中腹には梅若家屋敷跡があり、屋敷跡周辺にミツバツツジが植栽されている『殿田情報誌Tonoda3SCommittee 第24号』殿田区集落支援事業推進委員会、2023年3月27日。
地質・地層・地下水 殿田の地質は、秩父古生層に属する輝緑凝灰岩・チャート・頁岩・粘板岩・黒色千枚岩・砂岩で構成されている。丹波層群が基盤を成し、砂岩を特徴とする粘板岩層（殿田層）がある。珪石鉱床もあり、昭和初期から中期にかけて珪石の採掘が大向山で行われていた。
河床 殿田東方の大堰川河床には下位から上位に向かって塊状溶岩、枕状溶岩、ハイアロクラスタイトという一連の地層の連なりが繰り返す露頭がある。
緑色岩 河床に緑色岩類が見られ、塊状溶岩と枕状溶岩が主で、石灰岩を伴わないところから、比較的深い海底に静かに噴出したものとされ、この噴出形式は殿田型と区分されている。殿田や京北町中地などに分布する緑色岩は、サマリウム-ネオジム法（）による年代測定で、3億3400万～3億3900万年前（古生代石炭紀）の値がでている。
河岸段丘 殿田と周山（現・京都市右京区京北）付近では、大堰川の河岸段丘の堆積物が発達している。殿田では 3 段に大別され、高いものから高位段丘・中位段丘・低位段丘と呼ぶ。そのほかの河谷にも小規模な河岸段丘礫が点在する。
高位段丘堆積物 殿田東側や、その北方の下保野田には、標高220-250 mに厚さ10 mほどの礫層の堆積面がある。この礫層は南へ傾く覆瓦構造（底面の礫などが河川の流向に向く構造）を示している。これは当時の大堰川が現在とは逆に北流し、由良川に合流していたことを示す証拠とされる。また、この時代の由良川は福知山から現在の加古川への流路をとっていたことが知られている。大堰川が亀岡盆地に流れこむようになったのは、旧石器時代にあたる約30万年前とされる。 中位段丘堆積物 殿田付近で中位段丘堆積物は明瞭に識別でき、標高180-190 mの面を作っている。高位面との比高は40-60 mで、厚さ5 m程度の大礫より形成されている。 低位段丘堆積物 殿田付近と周山付近に河谷沿いの低位段丘がある。殿田付近では標高150 m前後の面をつくり、殿田東方の世木林で殿田断層によって変位している。
鉱床 珪石
大向山に珪石の鉱床がある。
マンガン 殿田を含む日吉町の各所にマンガンの鉱床がある。殿田鉱山（西村平三が稼行していたことから平三殿田鉱山とも呼ぶ鉱山）では、40トンのマンガンが採掘された記録がある。
殿田活断層
船井郡京丹波町中台付近から南丹市日吉町上世木南方にかけて殿田活断層（殿田断層）がある。
殿田断層は、約15kmにわたって連続した西北西走向の断層で、北側隆起と左ずれの変位が特徴となる。横ずれ地形は日吉町志和賀付近で顕著で、左ずれの累積は約200mとなっている。また、殿田付近では地質境界の右ずれも見られる。縦ずれについては、殿田付近の高位段丘で30–36m、中位段丘で12–15mの変位を見せ、世木林（日吉町天若）では低位段丘を切る低断層崖の発達が見られた。1997年（平成9年）、世木林地区でトレンチ調査が行われ、最新の断層活動が紀元前395年から紀元後100年の間に起こったことや、1万1000年前から現在までの間に3度の活動があったことが判明している。平均活動間隔は、3,500年～5,600年と推定されている。
世木林地区で見られた断層地形やトレンチ地点は日吉ダムの湛水により天若湖に水没したため、京都府レッドデータブックでは「消滅」と評価されている。しかし、殿田断層のはぎとり標本とトレンチ調査の結果は、ダム堤内のインフォギャラリーで展示されている。
地下水
日吉町における地下水利用高（Groundwater Use：GU）は、1日当たり0.25mm以下である。一方、殿田における地下水の涵養年間可能量、すなわち降水量から可能蒸発散量を差し引いた量は、1988年（昭和63年）から1997年（平成9年）までの10年間の平均値で、年間800～1000 mmである。
殿田にある生活用の井戸は、いずれも河川沿いの砂礫層などに浸透した地下水を利用する浅井戸である。
気候 殿田の気候区分 ケッペン区分 大気候 小気候 型 特性温帯温暖湿潤気候 太平洋側気候 未分類内陸性 日本海側気候 山陰型 殿田は山陰内陸性気候に属している。気候区分では右表のように分類される。
夏季の気候 梅雨期から台風期までの夏季は高温多湿で降水量が多い太平洋側気候の特徴を示し、京都市などの盆地に比べ比較的に涼しい高原的気象で昼夜の寒暖の差が大きい。
殿田水文観測所が観測したこれまで（1972年〜2021年）の最大雨量は、1日単位では2018年（平成30年）7月5日の182mm（7月豪雨）、3時間単位では同年8月24日1時からの91mm（台風20号）、1時間単位では1999年（平成11年）9月15日12時からの66mm（台風16号）である。
冬季の気候 冬季は冷え込み日較差が大きい内陸性気候を示す反面、日本海側気候の影響を受けて季節風が吹き、降雪や積雪がみられるが、丹波地方の北部に比べると比較的温暖で降霜・降雪量は少ない。晩秋から冬にかけては時雨れる日が多く、10～30cm程度の積雪がある。
植生・生態
木本 山林の植生区分は暖帯常緑広葉樹林（ヤブツバキクラス域）に属しているが、ほとんどがスギとヒノキの植林による代償植生となっている。
ニホンジカによる食害で、下層植生や植林木（幼齢木・成齢木）に影響を与えている。特用林産物（マツタケ・クリ・タケノコなど）については、南丹市全域の傾向として収穫時期に集中して被害が発生している『南丹市鳥獣被害防止計画 令和4年，被害の傾向』南丹市農林商工部農山村振興課、2022年、1-2頁。
スギ スギは1982年（昭和57年）に制定された日吉町の「町の木」で、林業やその運搬で栄えた殿田では、今でも植林されたスギが多く残っている。
ミツバツツジの植樹 ツツジは1982年（昭和57年）に制定された日吉町の「町の花」。それにあやかり、もとからミツバツツジが殿田の山中に自生していたことから、上ノ山の梅若屋敷跡周辺にミツバツツジが約150本植樹されて保護が続けられている。
小牧山観音堂のシラカシ 樹高約20m、樹誕1911年～1931年と推定されるシラカシが小牧山観音堂（日吉町神社）にある。枝腐れから幹腐れに進行している。
サクラ JR山陰本線の線路沿い、殿田ふれあいパークに枝垂桜の並木がある。桂川や田原川沿いに桜並木がある。
主な樹種は次の通り。
種名 環境省RLL 京都府レッドリスト 在来・外来 外来種区分 樹形区分ヤマイバラ －準絶滅危惧種在来 －つる性低木ヤマカシュウ －準絶滅危惧種在来 －つる性低木フユザンショウ －要注目種在来 －低木～小高木アベマキLC管理維持大向山のアベマキ群落在来 －高木スギ － －在来 －高木シラカシ － －在来－高木オニグルミNE －在来 －高木シダレザクラ － －在来 －高木ソメイヨシノ － －在来－高木コバノミツバツツジ － －在来－低木ミツバツツジ － －在来 －低木ジャケツイバラ － －在来 －つる性低木ナンキンハゼ － －外来総合対策外来種高木
草本 桂川沿いの平地の大部分が水田雑草群落となっている。
京都府全域と同様に殿田でも山地を中心にニホンジカの食害が広範囲に進行し、シダ植物ではまだレッドリストのランクレベルでの影響は少ないが、種子植物では影響が大きい。
主な草本は次の通り。
種名 環境省RL 京都府レッドリスト 在来・外来 外来種区分フジバカマNT絶滅寸前種在来 －ミズマツバVU絶滅危惧種在来 －ヤマシャクヤクNT絶滅危惧種在来 －オオヒキヨモギVU準絶滅危惧種在来 －エビネNT準絶滅危惧種在来 －オオカワヂシャ － －外来特定外来生物オオキンケイギク － －外来特定外来生物セイタカアワダチソウ － －外来重点対策外来種アメリカオニアザミ － －外来総合対策外来種アメリカセンダングサ － －外来総合対策外来種シロバナヨウシュチョウセンアサガオ － －外来総合対策外来種キダチダリア（皇帝ダリア） － －外来 －
魚類 殿田では、キタノメダカやミナミメダカ、オヤニラミなどが生息している。桂川下流域では見られない由良川水系の魚がいるのは、地殻変動のなごりという『殿田情報誌Tonoda3SCommittee 第10号』殿田区集落支援事業推進委員会、2022年1月22日。もともと殿田の川は今と違って日本海に流れており、地殻変動による縦ずれで殿田付近の高位段丘を30–36ｍ、中位段丘を12–15ｍ変位させて太平洋側の亀岡盆地に流れこむようになった。太平洋側に流れるようになったのは、約30万年前と考えられている。
特定外来生物のオオクチバス（ブラックバス）が1997年（平成9年）・1998年（平成10年）のモニタリング調査で確認されたが、それ以降では見られない。特定外来生物のブルーギルは断続的に確認されているが、増加傾向にはない。日吉ダムの下流である殿田では近年見つかっていないが、ダム上流には生息している外来生物（国内外来種を含む）として、ゼゼラ、ワタカ、カムルチー、ニゴロブナ、サツキマス（アマゴ）、ワカサギ、オオクチバスがいる。
日吉ダムによる湛水後、緩流域の砂礫底を好むイトモロコなどは減り、流れのある礫地を好むアジメドジョウ（LC）（地域名：ゴリン）は見られなくなった。また、水産上有用種であるアユの放流に伴って移入したヌマチチブ（緩流域から止水域を好む回遊魚）が増加傾向にある。
以下は、モニタリング調査（独立行政法人水資源機構、1996年-2000年）、河川水辺の国勢調査（2001年-2010年）、殿田区自治会殿田区集落支援事業推進委員会（2021年）により、殿田で確認された27種の魚類である。
種名 環境省RL 京都府レッドリスト 在来・外来 外来種区分イチモンジタナゴCR絶滅寸前種在来 －スナヤツメVU絶滅危惧種在来 －キタノメダカVU絶滅危惧種在来 －ミナミメダカLC絶滅危惧種在来 －カワヒガイNT絶滅危惧種在来 －ズナガニゴイ －絶滅危惧種在来 －アカザVU絶滅危惧種在来 －オヤニラミEN絶滅危惧種在来 －アブラボテLC準絶滅危惧種在来 －ヌマムツ －準絶滅危惧種在来 －ヤリタナゴNT準絶滅危惧種在来 －イトモロコ － －在来 －タモロコ － －在来 －オイカワ － －在来 －カマツカ － －在来 －カワムツ － －在来 －ギギ － －在来 －トウヨシノボリ － －在来 －カワヨシノボリ － －在来 －ニホンウナギEN －在来 －ブルーギル － －外来特定外来生物タイリクバラタナゴ － －外来重点対策外来種ハスVU －国内外来種総合対策外来種ゲンゴロウブナEN －国内外来種 －アユ － －国内外来種 －スゴモロコVU －国内外来種 －ヌマチチブ － －国内外来種 －
底生動物 日吉ダムの湛水後、石礫底に多く生息する造網性のトビケラ目や、流水域に多く生息する刈取食型カゲロウ目の増加傾向が見られる。
モニタリング調査（1996年-2000年）、河川水辺の国勢調査（2001年-2010年）、生物調査（殿田中学校科学工芸部、2018年）により、171種が確認されている。以下、確認された底生動物の一部。
種名 環境省RL 京都府レッドリスト 在来・外来 外来種区分 指標昆虫コオナガミズスマシVU絶滅危惧種在来 － －キイロサナエNT絶滅危惧種在来 － －キイロヤマトンボNT準絶滅危惧種在来 － －グンバイトンボ NT準絶滅危惧種在来 － －ヒラマキガイモドキNT準絶滅危惧種在来 － －オオタニシNT準絶滅危惧種在来 － －ヒメセトトビケラ －要注目種在来 － －コカクツツトビケラ －要注目種在来 － －イノプスヤマトビケラ －要注目種在来 － －コガタシマトビケラ －要注目種在来 － －イマニシマダラカゲロウ －要注目種在来 － －オオシロカゲロウ －要注目種在来 － －チノマダラカゲロウ －要注目種在来 － －ゲンジボタル －要注目種在来 －指標昆虫ヘイケボタル －要注目種在来 － －トランスクィラナガレトビケラ －要注目種在来 － －サワガニ －要注目種在来 － －オオシマトビケラ － － 在来 － －ヘビトンボ － －在来 － －スジエビ － －在来 － －アメリカザリガニ － －外来条件付特定外来生物 －サカマキガイ － －外来生態系被害防止外来種 －タイワンシジミ － －外来生態系被害防止外来種 －ハブタエモノアラガイ － －外来生態系被害防止外来種 －オオマリコケムシ － －外来 － －
鳥類 樹林性優占の植生のため、森林や林縁を好むヒタキ科やアトリ科などの鳥類が確認されている。また、河川内に草地や中低木がモザイク状に分布することから、ヒヨドリやホオジロなどが確認されている。カワウ、アオサギ、セグロセキレイの個体数が増加傾向にある。
モニタリング調査（1996年-2000年）、河川水辺の国勢調査（2001年-2010年）により、95種が確認されている。確認種の一部を以下に示す。
種名 環境省RL 京都府レッドリスト 種類オオタカNT絶滅危惧種猛禽類クマタカEN絶滅危惧種猛禽類ハヤブサVU絶滅危惧種猛禽類サシバVU絶滅危惧種猛禽類ツミLC絶滅危惧種猛禽類ミサゴNT絶滅危惧種猛禽類ハイタカNT準絶滅危惧種猛禽類ノスリ －準絶滅危惧種猛禽類ハチクマNT準絶滅危惧種猛禽類アオバズクLC準絶滅危惧種猛禽類トビ － －猛禽類ヤマセミLC絶滅危惧種水鳥・水辺性鳥類クイナLC絶滅危惧種水鳥・水辺性鳥類オシドリDD準絶滅危惧種水鳥・水辺性鳥類カイツブリLC準絶滅危惧種水鳥・水辺性鳥類ササゴイLC準絶滅危惧種水鳥・水辺性鳥類イソシギLC準絶滅危惧種水鳥・水辺性鳥類ウミネコLC要注目種水鳥・水辺性鳥類オカヨシガモLC －水鳥・水辺性鳥類オナガガモLC －水鳥・水辺性鳥類カルガモLC －水鳥・水辺性鳥類コガモLC －水鳥・水辺性鳥類ヒドリガモLC －水鳥・水辺性鳥類マガモLC －水鳥・水辺性鳥類カワセミLC －水鳥・水辺性鳥類カワウLC －水鳥・水辺性鳥類アオサギLC －水鳥・水辺性鳥類ゴイサギLC －水鳥・水辺性鳥類コサギLC －水鳥・水辺性鳥類ダイサギLC －水鳥・水辺性鳥類オオヨシキリLC －水鳥・水辺性鳥類キセキレイ － －水鳥・水辺性鳥類ハクセキレイLC －水鳥・水辺性鳥類セグロセキレイLC －水鳥・水辺性鳥類ヨタカNT絶滅危惧種陸域性鳥類ヤマシギLC絶滅危惧種陸域性鳥類クロツグミ －準絶滅危惧種陸域性鳥類サンコウチョウLC準絶滅危惧種陸域性鳥類トラツグミLC準絶滅危惧種陸域性鳥類イカルチドリLC準絶滅危惧種陸域性鳥類ツツドリLC準絶滅危惧種陸域性鳥類アオバトLC準絶滅危惧種陸域性鳥類ヤマドリNT準絶滅危惧種陸域性鳥類イワツバメLC －陸域性鳥類カワガラスLC －陸域性鳥類コヨシキリLC －陸域性鳥類ベニマシコLC －陸域性鳥類ホオジロLC －陸域性鳥類ヒヨドリLC －陸域性鳥類ハシブトガラスLC －陸域性鳥類ハシボソガラスLC －陸域性鳥類シジュウカラLC －陸域性鳥類カワラヒワLC －陸域性鳥類ホトトギスLC －陸域性鳥類アオゲラLC －陸域性鳥類コジュケイLC － 外来種ドバトLC －外来種
両生類 日吉ダムより上流では、ウシガエル（特定外来生物）が確認されている。また、チュウゴクオオサンショウウオ（特定外来生物）とオオサンショウウオ（特別天然記念物）の交雑による遺伝子汚染は、世木ダムが防波堤となり下流域（保津峡までの範囲）に拡散していない。その一方で、上流の人造湖（天若湖）には、遊漁や営利の目的で特定外来生物オオクチバス（ブラックバス）が持ち込まれた。1996年（平成8年）のモニタリング調査ではすでに生態が確認されている。
河川水辺の国勢調査（2003年）などにより、以下6種の両生類が殿田で確認されている。
種名 環境省RL 京都府レッドリスト 在来・外来 外来種区分トノサマガエルNT要注目種在来 －アカハライモリNT要注目種在来 －アズマヒキガエルLC要注目種在来 －タゴガエルLC －在来 －ニホンアマガエルLC －在来 －モリアオガエルLC －在来 －
爬虫類 ミシシッピアカミミガメ（条件付特定外来生物）が日吉ダムより上流では確認されていが、殿田では未確認である。
河川水辺の国勢調査（2003年）などにより、以下5種の爬虫類が殿田で確認されている。
種名 環境省RL 京都府レッドリスト 在来・外来 外来種区分ニホンイシガメNT要注目種在来 －ニホントカゲLC要注目種在来 －ニホンマムシLC要注目種在来 －ニホンカナヘビLC －在来 －シマヘビLC －在来 －
陸上昆虫類等 クロバネキノコバエが2014年（平成26年）、カメムシが2023年（令和5年）に大量発生している。
サクラ、ウメ、モモなどのバラ科樹木に被害を及ぼすクビアカツヤカミキリ（特定外来生物）が2024年（令和6年）7月以降、京都市や福知山市、綾部市などで見つかっているが、今のところ殿田での発生は確認されていない。
河川水辺の国勢調査（2003年）により1,514種（クモ目23科133種を含む）、そのほか地域の観測会で数種の陸上昆虫類が確認されている。以下、その一部。