『ゴジラアイランド』は、テレビ東京系列にて1997年（平成9年）10月6日から1998年（平成10年）9月30日までの間、毎週月曜から金曜7時25分 - 7時30分に放送された特撮テレビ番組、およびその劇中に登場する架空の島の名前。
概要 1995年の『ゴジラvsデストロイア』で平成ゴジラシリーズが終了した後も、児童層でゴジラの人気が根強かったことから、その人気を維持するために円谷映像に東宝が制作協力を依頼して制作された。明快なストーリーながら、子供のみならずマニア層にも人気を博した。
当初は過去のゴジラ映画から映像を流用しての製作が予定されていたが、放送枠が子供たちに人気のバラエティ番組『おはスタ』の後だったこともあって視聴率が5パーセントを突破するなど好調だったため、東宝のフィルムを使わない玩具中心のシナリオへと変更された。
怪獣たちは着ぐるみではなく、市販の玩具などを改造したものを使用して撮影された。俳優が演じた本編映像と玩具を用いた特撮のハイブリッド作品となっている。
ストーリー 第1シーズン トレマ登場編（第1 - 5話） 西暦2097年。人類は怪獣との共存の時代を迎え、太平洋上のとある島に、怪獣たちの楽園ゴジラアイランドを築いた。そこには保安組織Gガードの基地もあり、司令官の神宮寺餅介とコンピューターロボットのルーカスを始めとする人々が島を管理していた。 ある日、巨大円盤ヴァバルーダが地球に襲来。各地の都市を攻撃し、次いでゴジラアイランドに飛来した。司令官はこれに対し、モゲラ、メカゴジラ、ジェットジャガーを出撃させ迎え撃つが、全滅させられてしまう。ヴァバルーダに乗っていたのはX星地球攻撃隊隊長のザグレスであり、彼女は地球人に降伏を迫る。 だがその時、謎の宇宙船が現れ、ヴァバルーダを攻撃し、撤退に追い込んだ。宇宙船に乗っていたのは宇宙海賊トレマであり、彼女は司令官とX星人を撃退する契約を結ぶ。 その時、ゴジラがスペースゴジラの飛来を予言。司令官たちも、トレマの「ゴジラが戦いたいと言っている」という言葉を信じ、ゴジラに出撃を要請する。ゴジラはトレマとの無敵のコンビネーションによって、見事スペースゴジラを撃退した。 『ゴジラvsスペースゴジラ』のライブフィルムが使用された。
キングギドラ編（第6 - 15話） ゴジラアイランドにはしばしの平和が続いていた。しかし突然、怪獣たちが突然大喧嘩を始めてしまう。モスラだけは喧嘩に参加せず、怪獣たちを説得するが、聞く耳を持たない。そんな中、キングギドラが飛来し、Gガード基地を攻撃してきた。 怪獣たちが暴れだした件についてルーカスに疑われたトレマは基地を飛び出し、ゴジラアイランドに潜入していたザグレスと剣を交える。激戦の末、トレマはザグレスの毒を浴びせられたが、ザグレスの仕掛けた凶暴電波発生装置を時限爆弾で破壊することに成功。怪獣を狂わせていたのは、この装置から発せられる凶暴電波だった。 怪獣たちが元に戻ったのも束の間、再びキングギドラが襲撃してくる。ゴジラはラドン、モスラと協力してキングギドラを海に沈める。一方、ザグレスの毒で重傷を負ったトレマは、Gガード基地に瀕死の状態で現れる。 至急、医療班へ運ばれるトレマ。そしてザグレスは「滋養強壮・赤マンダドリンク光線」をキングギドラに浴びせ、以前の3倍にパワーアップさせて三度ゴジラと激突させる。パワーアップしたキングギドラはゴジラを苦しめるが、瀕死のトレマが放った「ミラクル念力（怪獣の中枢神経を狂わせる特殊念力）」に苦しみ、激闘の末、逃亡する。 トレマは司令官に自らの「遺言ビデオ」を手渡し、自分が地球に来たのはザグレスに故郷の星を滅ぼされたのと、自分と仲良しだった古代生物とゴジラが似ていたから、と告げて息絶えるが、司令官が今月トレマに払うはずだったギャラを怪獣救済基金「モスラの羽」に寄付しようとしていたのを聞きつけ、息を吹き返した。 『三大怪獣 地球最大の決戦』『怪獣大戦争』『ゴジラvsスペースゴジラ』のライブフィルムが使用された。 第8話では初の屋外ロケが行われた。
ゴジラ裁判編（第16 - 20話） トレマは、かつて仲の良かった古代生物を自分の手で撃ち殺した悪夢で目を覚ます。それと時を同じくして、夜の有楽町でゴジラが大暴れし、東京湾に姿を消した。 ゴジラアイランドの沖合いに姿を見せたゴジラに対し、地球政府はゴジラへの逮捕命令を出す。司令官はスーパーX2を出動させ、ゴジラを拘束すると、「怪獣裁判」を開廷し、トレマにゴジラの弁護人を依頼した。 裁判の結果、ゴジラのアリバイは立証できず、鉄格子の中に閉じ込められてしまう。そんな中、メガロとバトラがゴジラアイランドへ攻め込んできた。司令官はモスラ、ラドン、モゲラ、メカゴジラを出動させ、激しい空中戦の末に追い返す。 だが今度はゴジラが脱走し、新宿の街で暴れだした。地球政府はゴジラに抹殺命令を下すが、トレマはそれを阻止するために新宿に飛び立つ。 新宿のゴジラはトレマの宇宙船パンナトルテを熱線で撃墜。しかし、そこにもう1匹のゴジラが現れる。新宿を破壊していたのは、ザグレスが送り込んだ偽者だった。ゴジラはにせゴジラを撃退し、トレマと共にゴジラアイランドへ帰っていった。 『三大怪獣 地球最大の決戦』『ゴジラ（1984年版）』のライブフィルムが使用された。このエピソードを最後に、映画からの流用映像は一切使用されない。 このエピソードで、トレマの宇宙船の名前が判明した。
ジュニア誘拐編（第21 - 30話） トレマは怪獣病院の保育施設を出た「ジュニア」というゴジラの息子の存在を知る。すぐにジュニアと仲良くなるトレマ。しかしジュニアをザグレスが発見し、メガロを使って誘拐してしまう。 ジュニアが誘拐されたのは、隣島のマタンゴ島で、奥の砦のような場所に監禁されていた。48時間以内の撤退を迫るザグレス。トレマはパンナトルテで閉じ込められた檻ごとジュニアを運び出す作戦を強行するが、あと一歩のところでバトラに阻まれてしまう。 怒ったザグレスは、砦の防御に赤外線自動砲を設置。これは、怪獣でもロボットでも熱を持った物体が近づけばたちまちに攻撃する強力な武器である。何としてもジュニアを救い出したいゴジラは、無謀とも言える強行突破を図るが、失敗に終わり、危機一髪のところをラドンに救出された。 その姿を見た司令官は、撤退して白旗を上げることを決意。だが、トレマとモスラが作戦を立案し、再びジュニア救出作戦が始まる。その作戦とは、モスラの燐粉で自動砲の赤外線センサーを狂わせることだった。 トレマはモゲラでメガロを倒し、バトラもラドンに倒される。そしてゴジラの熱線が自動砲を破壊し、作戦は見事成功した。 ザグレスは、切り札デストロイアを送り込み、怪獣たちに立ち向かわせたが、これも撃滅に成功。事態は終息を迎える。
ガイガン編（第31 - 40話） 度重なる作戦の失敗に、ザグレスはX星の新聞で散々にこき下ろされていた。そんなザグレスの前に、ゴキブリそっくりの姿をしたM宇宙ハンター星人が現れ、幽閉された仲間の解放を条件に、宇宙一の殺し屋怪獣・ガイガンを貸し出す。 ガイガンはゴジラを倒すため地球に向かい、挑戦状が入った矢文を送りつける。その内容は、サンダ平原でゴジラと一対一の勝負をしたいというものだった。一騎討ちに向かおうとするゴジラを、キングシーサーが心配して止めるが、ゴジラは毅然とした態度でガイガンに挑む。 実力が伯仲するゴジラとガイガンの決闘は、互いに睨み合ったままで、膠着状態に陥る。膠着状態は一昼夜続き、業を煮やしたザグレスはバトラを送り込むが、それさえもガイガンは撃墜してしまう。 そして、長い睨み合いの末、遂にゴジラとガイガンが同時に動いた。一瞬の光が交錯した後、倒れたのはゴジラであった。駆け付けたモスラとラドンの助けでゴジラは一命を取り留め、ラドン温泉で傷を癒やす。キングシーサーがゴジラの具合を確認しているところにガイガンも現れ、ゴジラと共に温泉に浸かる。 ガイガンがとどめを刺さなかったのは、ゴジラの攻撃により自らも傷を負ったため、勝負を痛み分けにしたかったからだという。「今度こそ勝つ！」と闘志を燃やすゴジラは、キングシーサーと共に怪獣寺に篭り、修行を始めた。 翌日、ゴジラとガイガンは再び決闘を始める。戦いの最中、突然目を閉じるゴジラ。するとゴジラの体からオーラが出始めた。圧倒されるガイガンにゴジラは目をカッと見開くと、ガイガンの後方に向けて熱線を放射した。混乱したガイガンはゴジラに向けて突進するが、突然ゴジラの熱線が折れ曲がり、後方からガイガンに命中した。ガイガンが動揺した隙を突き、ゴジラが廻し蹴りを決める。倒れるガイガン。ゴジラが遂に勝利した。それは、キングシーサーが確信した通りだった。ゴジラは怪獣たちに祝福された。
モスラ編（第41 - 50話） ゴジラアイランドの片隅にあるゴラス火山。そしてその近くにあるモスラの洞窟では、成虫モスラの死期が迫っていた。 成虫モスラは子モスラに遺言を伝えていた。「愛されるより愛すること」「困難から逃げないこと」。トレマはそんなモスラの姿を見て、自分の母親を思い出す。 その時、突如としてゴジラアイランドに隕石が落下。隕石は島の下水処理施設を破壊するが、近くにあった科学プラント工場は破壊を免れた。 隕石を送り込んだのはザグレスではないかと疑うトレマ。さらにザグレスは、出前持ちや占い師に変装し、Gガード基地に盗聴器を仕掛け、科学プラント工場を爆破する。工場から立ち上った有毒物質を隕石が拡大させ、島中を化学物質が席巻。酸性雨や窒素酸化物の影響で怪獣たちがバタバタ倒れていく。 トレマはザグレスの裏をかき、中和剤を放射させて有毒物質を浄化するが、隕石から公害怪獣ヘドラが誕生した。ザグレスの目的はヘドラを成長させることだった。ゴジラを始めとする怪獣たちは有毒物質で身動きがとれず、ヘドラは唯一残るモスラを狙う。 モスラは接近したヘドラを迎え撃つが、逆にヘドラの光線に撃墜されてしまう。パンナトルテのビーム砲もヘドラには効かず、ゴジラが助けに入るが、有毒物質の影響で満足に戦えない。幼虫を守ろうとした成虫モスラは、ヘドラを火口へ放り込むべく、単身ヘドラを掴みゴラス火山まで空輸した。成虫モスラはヘドラを放り込むと逃げ出そうとするが、その時火山が噴火。成虫モスラも噴火に巻き込まれてしまう。 1か月後、繭となった子モスラは羽化する様子を見せなかった。親の死のショックで、成長を拒否していたのだ。トレマが親身に話しかけるが、子モスラは応答しない。すると再びゴラス火山が噴火し、パワーアップしたヘドラが姿を現した。 モスラの繭を踏み潰そうとするヘドラに、ゴジラが立ち向かう。ゴジラの戦いとトレマの懸命な説得に胸を打たれた子モスラは、グリーンの体色を持つ新生モスラへと羽化。ゴジラとモスラの共闘により、ヘドラは乾燥させられて倒された。 放送時期が、映画『モスラ2 海底の大決戦』の公開直前であり、エンディングには同作の映像が使用された。また、劇中にも同作の音楽が使用されている。
メカキングギドラ編（第51 - 63話） 度重なる敗戦で赤字財政のX星地球攻撃隊。膨れ上がった借金に苦しむザグレスは、怪獣自動販売機でグレードBのメカキングギドラを購入し、ゴジラアイランドに送り込んだ。 メカギドラはゴジラの前に着地するが、全く攻撃してこない。お互い動かない姿を見て、司令官とルーカスはガイガン戦を思い出すが、勝負はゴジラの一突きであっけなく終了してしまう。 トレマがX線やマイクロウェーブでメカギドラの体内をスキャンしてみたところ、電子頭脳やそれに相当するパーツが存在しなかった。ザグレスもこれを怪しみ、怪獣自動販売機のメーカーに問い合わせたところ、電子頭脳が別売りであることが判明。焦ったザグレスはメカギドラを取り返そうとヴァバルーダを発進させるが、燃料切れでエンストを起こしてしまう。その隙に、司令官がメカギドラに乗り込み、トレマのパンナトルテと共に攻め込んできた。 ここぞとばかりに光線を連発し、ヴァバルーダを攻撃する司令官。たちまちヴァバルーダは行動不能に陥る。だが、突如メカギドラに隕石が衝突した。バランスを崩したメカギドラを、トラクタービームで回収するザグレス。司令官は捕虜となり、トレマも一時撤退を余儀なくされる。 そしてザグレスの前に、暗黒大皇帝が現われた。先の隕石は、彼が送り込んだものだという。暗黒大皇帝は司令官に催眠術をかけるよう進言する。 地球へ戻された司令官は、モゲラとメカゴジラを使って怪獣たちに首輪をしてしまう。苦しむゴジラは怒りの形相でGガード基地を攻撃してきた。 トレマは機転を利かし、司令官の名前を連呼。「神宮寺べいすけ」という名前は連呼すると「すけべい」に聞こえるという幼いころのトラウマを思い出した司令官は正気に戻る。首輪を外す司令官。悔しがるザグレスだが、電子頭脳を搭載したメカキングギドラを再び地球に向けて送り込む。 敵に操られ、すっかり信頼を失った司令官を前に、怪獣たちはゴジラアイランドを出て行こうとする。そこに飛来したメカギドラは光線で怪獣たちを撃退し、Gガード基地を執拗に攻撃してきた。怪獣たちはGガードの危機を無視して立ち去ろうとするが、ゴジラだけは単身、メカギドラに立ち向かっていく。だがメカギドラの強力な攻撃に倒れるゴジラ。司令官は怪獣たちの信頼を取り戻そうと、自らもメカゴジラに乗り込み、メカギドラを攻撃する。心を打たれた怪獣たちは、キングシーサーの呼び声と共に、一斉にメカギドラに立ち向かった。 さすがのメカギドラもよってたかって攻撃されては歯が立たず、首を破壊されて逃げ出してしまう。司令官も無事に怪獣たちの信頼を取り戻すことができた。 監督曰く、ラストは『怪獣総進撃』へのオマージュが捧げられており、伊福部昭の「怪獣大戦争マーチ」が使用されたゴジラアイランド 第一シーズン【トレマ篇・２】 - 「第７話［メカキングギドラ編］」参照。
ゴジラアイランドの謎編（第64 - 68話） しばらく平和な日々が続くゴジラアイランド。ザグレスも攻めてこず、司令官も休暇を取って故郷に帰っていた。トレマとルーカスは、お互いの疑問を互いに聞き合い、解消していく。 総集編および設定解説エピソード。「モゲラとメカゴジラは自分たちの判断で動いている」「ゴジラアイランドにはどのような施設があるのか」など、以降のエピソードにも関わる事柄に触れられている。
スペースゴジラの悪霊編（第69 - 83話） メカキングギドラが破壊され、すっかりやる気を失ったザグレスの前に、「死霊界の営業マン」を名乗るドゴラが現われた。ドゴラは自らのリストラを逃れるために、ザグレスへの協力を持ちかける。直ちに地球に現れたドゴラは奇妙な呪文を唱え、ゴジラに呪いをかけた。 翌日、写真に凝っていたトレマは、ジュニアの悲鳴に呼ばれる。駆け付けたトレマが見たものは、脱水症状を起こして倒れているゴジラだった。司令官はメディカルジェットジャガーを出撃させ、ゴジラを怪獣病院に運ぶ。 ゴジラには過労との診断が下されるが、突然起き上がり、見舞いに来ていたラドンを襲い、オーラを吸い取ってしまう。赤い目をしたゴジラはどうも様子がおかしい。司令官たちがトレマの写した写真をチェックすると、ゴジラの背中にスペースゴジラの悪霊が憑いていた。これこそがドゴラの狙いだった。 ラドンを襲ったゴジラは続いてアンギラス、ゴロザウルスを襲い、オーラを吸い取っていく。司令官はキングシーサーに除霊を頼むため、トレマを悟りの森に向かわせた。ドゴラはそれを阻止しようとトレマに接触するが、結局何も出来ずに逃走する。 キングシーサーはトレマから事情を聞くと、お札を取りに怪獣神社へ向かう。だが逃げたかに見えたドゴラが時限爆弾を仕掛け、キングシーサーを生き埋めにしてしまった。 一方のゴジラはモスラを襲おうとしていた。司令官はモゲラとメカゴジラを出撃させ、ゴジラの足止めを狙うが、パワーアップし赤い熱線を吐くゴジラに歯が立たない。 モスラを襲ったゴジラは、次いでバラゴンを襲い、遂にGガード基地に迫る。強力な赤い熱線に破壊される基地。と、その前にお札を持ったキングシーサーとジュニアが現われた。ジュニアがキングシーサーを救出したのだ。 お札はゴジラからスペースゴジラの悪霊を解き放ったが、今度は実体化したスペースゴジラがゴジラを襲う。怪獣たちのオーラを吸い取ったスペースゴジラは強力だったが、ゴジラとジュニアの共闘で撃退に成功。怪獣たちも元気になった。 このエピソードで、初めてゴジラシリーズ以外の東宝怪獣映画から怪獣が登場した。また、ジュニアが初めて熱線を吐けるようになった。
人工太陽編（第84 - 93話） ある朝、トレマは猛烈な暑さで目が覚める。外を見てみると、太陽が空に2つ浮かんでいた。これこそ、ザグレスが設置した人工太陽だった。 灼熱地獄と化すゴジラアイランド。すると、突然島の片隅で森林火災が発生した。司令官はこの火災の鎮火のために、消防ジェットジャガーを出撃させる。 一方、火災現場のすぐ近くには怪獣刑務所があり、そこにはGガードの科学技術班によって再生されたデストロイアとメガロが収監されていた。火事の煙で苦しむ2匹を見た司令官は、やむを得ず彼らを解放させる。 自由の身となったデストロイアとメガロは司令官の予想に反して、消防ジェットジャガーを襲撃する。そこに怒ったゴジラが現れ、2匹と戦い始めるが、デストロイアとメガロには脱獄防止のためエネルギー抑制剤が注入されており、戦いはゴジラの圧勝に終わった。2匹は撤退し、森林火災も何とか鎮火できたが、人工太陽はまだゴジラアイランドの上空に燦々と輝き続けていた。 翌日、ルーカスが人工太陽の弱点を発見する。それは人工太陽の中心部にある無風地帯ゼロポイントを対空レーザー砲で撃ち抜くことだった。司令官は試作段階の対空レーザー砲にトレマを搭乗させ、人工太陽撃滅作戦を開始する。そうはさせじとザグレスはデストロイアとメガロを出撃させ、ゴジラとラドンがこれを迎え撃つ。 対空レーザー砲の欠点はエネルギーの充填に時間がかかることであり、焦った司令官は基地の電力を予備電源に切り替える。充填が完了した対空レーザー砲を発射するトレマ。しかし、あと少しのところでデストロイアに邪魔をされてしまう。再びエネルギー充填がゼロになってしまった対空レーザー砲を踏み潰さんと迫るデストロイア。ゴジラもすかさず反撃に転じるが、エネルギー抑制剤の解毒剤を注射されたデストロイアは、ゴジラが苦手とするオキシジェン・デストロイヤー光線を浴びせて苦しめる。 だがその時、ラドンが高空からメガロをデストロイアの頭上に落下させ、気絶させる。その隙を突いて、司令官は予備電源をもカットし、基地の全ての電力を対空レーザー砲に集中させた。エアコンや通信システムさえもストップさせる諸刃の剣のこの作戦は、再びエネルギーを増加させる。だがまたすぐ、エネルギーの充填が止まってしまった。さらに、復活したデストロイアがレーザー砲を狙う。 ゴジラは熱線でデストロイアを攻撃するが、デストロイアが避けた熱線は対空レーザー砲のソーラーパネルに命中。すると、エネルギーの充填が始まった。これに気付いたトレマがゴジラに熱線を放射するように促し、ゴジラも応えて熱線を照射する。エネルギー満タンになったレーザー砲が火を噴き、人工太陽は粉砕された。
メカゴジラ編（第94 - 103話） トレマは、やたらとうるさい工事の音で目を覚ます。外を見てみると、怪獣たちの遊び場であるはずの場所を、プロトモゲラが工事していた。敵の攻撃が巧妙かつ激しくなっているため、地球政府の命令でゴジラアイランドの要塞化が始まったのだ。 一方、要塞化の妨害を企むザグレスは、デストロイア、メガロ、メカキングギドラを一気に出撃させようとするが、そこに現われた暗黒大皇帝が彼女にクビを言い渡す。自暴自棄になったザグレスは、倉庫の片隅に眠っていたブラックメカゴジラに自ら乗り込み、地球へ向かった。ゴジラとメカゴジラの戦闘データを研究し、下請けの業者に作らせたこのメカ怪獣は、不良品のため廃棄処分されていたものだった。 地球に来たザグレスは、トレマにサンダ平原での決闘を申し込んだ。ザグレスが提案した決闘は、お互い背を向けて5秒間歩いてから行う西部劇式の早撃ち勝負。緊張が交錯する中、ザグレスは一瞬早く振り返り、トレマの乗るメカゴジラに攻撃を加えた。ザグレスは卑怯な戦法でトレマを倒そうとしたが、あと一歩のところでブラックメカゴジラがエンストを起こし、怒ったゴジラたちが一斉にザグレスに襲い掛かる。 捕まったザグレスは、ワープ機能を有するマントをも取られてしまい、すっかり袋のネズミとなってしまう。司令官とトレマの尋問にペラペラと答えるザグレスに、不信感を募らせる一同。その時、ブラックメカゴジラの体内から時限爆弾のセコンド音が響きだした。ブラックメカゴジラの体内には、ゴジラアイランドを一瞬にして吹き飛ばす超メガトン爆弾が仕掛けられていたのだ。 やむを得ずトレマはマントを基地に置いたままザグレスを釈放し、爆弾の解体にあたらせようとするが、トレマの隙を突いてザグレスはワープで逃げ出してしまう。何と、転送装置はマントだけではなかった。単身、トレマが爆弾の解体にあたるが、実はこれもフェイク。ザグレスの真の目的は、プロトモゲラを奪取し、建設中のGガード第2基地を破壊することだった。 バラゴンとアンギラスがプロトモゲラを止めようと近づくが、ザグレスは建設用に仕掛けられていた爆弾を爆破させ、2匹を退ける。そこにゴジラが参上し、モスラとラドンも加勢に入るが、プロトモゲラの厚い装甲と強力な光線に歯が立たない。 だがその時、プロトモゲラの後方から光線が命中した。トレマがブラックメカゴジラに乗り込み、ザグレスを攻撃したのだ。ビームやミサイルの集中砲火でプロトモゲラを攻撃するトレマ。焦ったザグレスは、プロトモゲラをヴァバルーダに回収させ、脱出を図る。 作戦こそ失敗したものの、敵の要塞化を阻止し、メカ怪獣まで奪取してきたザグレスは、一時解雇を取り消され、最後のチャンスを与えられた。
さよならトレマ編（第104 - 125話） ゴジラアイランドに突如、隣島のマタンゴ島に住むカマキラスが飛来した。どうやらカマキラスはメガロに追われているらしい。だがカマキラスが島の上空に差し掛かると、なぜかメガロは引き返してしまった。トレマがカマキラスに事情を聞こうとしたが、彼は力尽きてしまう。 怪獣病院に搬送されたカマキラスは、司令官たちに、ザグレスがマタンゴ島に100匹の怪獣軍団を集めていることを伝える。焦った司令官はトレマに、ゴジラを連れてマタンゴ島まで偵察に行くように命じる。 嫌な予感を覚えるトレマはゴジラと共にマタンゴ島を探るが、その予感は的中。待ち構えていたデストロイアとメガロが光線で落盤を発生させ、ゴジラとトレマを洞窟に閉じ込めてしまう。さらに地中からプロトモゲラが出現し、ゴジラに攻撃を加えた。 まるでモグラ叩きのような攻撃を繰り返すプロトモゲラに苦戦するゴジラだったが、トレマとの共闘で何とかこれを倒す。そして決死の力で穴を掘り、トレマだけは何とか洞窟から脱出させることに成功する。 ゴジラアイランドに戻ったトレマが目にしたのは、バタバタと倒れている怪獣たちの姿だった。基地は破壊され、司令官も大怪我をしたとルーカスから聞かされるトレマ。暗黒大皇帝がメカキングギドラを修理し、ザグレスがそれを使って攻め込んできたと言う。そしてメカキングギドラを先導していたのは、他ならぬカマキラスだった。100匹の怪獣軍団の話も、ゴジラを閉じ込めるための嘘だった。 カマキラスは怪獣たちに「ゴジラは死んだ」とさらに嘘をつき、彼らの結束を乱そうとする。その結果、バラゴンとゴロザウルスが敵に寝返ってしまう。他の怪獣たちが立ち向かい、司令官もメカゴジラで出撃するがバラゴンとゴロザウルスには攻撃できず、倒されてしまう。司令官とルーカスは、トレマにゴジラを呼んでくるように促す。 トレマは再びマタンゴ島に飛び、ゴジラの閉じ込められている洞窟に侵入した。すると、復活したプロトモゲラがゴジラをまたも攻撃していた。トレマはプロトモゲラをビーム砲で撃退するが、今度はプロトモゲラが故障し、あらぬ動きをし始める。そしてプロトモゲラが洞窟を塞いでいた岩を砕き、ゴジラとトレマは脱出に成功する。 外に出たゴジラだったが、そこにデストロイアとメガロ、さらにガイガンまでも現われた。絶体絶命と思われたが、ガイガンは何とゴジラに味方し、共にデストロイアとメガロを洞窟に閉じ込める。「お主を倒すのは拙者だ。その時まで無事でいろ」という言葉を残して去るガイガン。メガロの攻撃でパンナトルテが故障したため、ゴジラは単独でゴジラアイランドへ向かった。 大暴れするメカキングギドラだったが、ゴジラ相手では勝手が違った。ゴジラが戻ってきたことにパニックを起こしたザグレスは逃げ出し、メカキングギドラも再び寝返ったバラゴンとゴロザウルスを始めとする怪獣たちの総攻撃で完全に破壊される。 作戦が失敗し、今度こそ完全にクビを言い渡されたザグレスは、自暴自棄を起こし、単身ヴァバルーダでゴジラアイランドに向かってきた。司令官は人工太陽を撃ち落とした対空レーザー砲でヴァバルーダ攻撃に踏み切る。レーザー砲はヴァバルーダのビーム砲で破壊されてしまうが、ヴァバルーダ自体も半壊する大ダメージを負う。 大穴の開いたヴァバルーダにパンナトルテが侵入し、トレマはザグレスのいる操縦室へワープ。銃を突きつける。だが一瞬の隙を突いてザグレスはワープし、脱出艇を使って逃げ出してしまう。さらにヴァバルーダの自爆装置を作動させていた。トレマはゴジラアイランドを爆発から守るため、ヴァバルーダを宇宙へと運んでいく。トレマの身を案じ、脱出を命じる司令官とルーカスの前で、トレマはヴァバルーダの爆発に巻き込まれる。 間一髪、パンナトルテが飛来し、トレマは脱出に成功した。トレマはザグレスを追うために、ゴジラアイランドを後にすることにした。去っていくトレマを、司令官とルーカス、そしてゴジラたちがずっとずっと見守っていた。
番外編（第126 - 128話） トレマが去ってから1か月後、Gガード基地の復旧作業はほぼ完了していた。司令官とルーカスは、トレマのことを思い返す。ジュニアもトレマがいないことに寂しさを感じていた。ゴジラはキングシーサーと休息に入り、モスラも親の一周忌を偲んでいた。そんな彼らの姿を見ながら、司令官とルーカスは新たな決意を固めるのだった。 シーズン2の開始を新学期開始に合わせるために作られたエピソードゴジラアイランド 第一シーズン【トレマ篇・２】 - ページ一番下の節を参照。これまでの名場面をダイジェストにしながらも、新シーズンへの布石が数多く散りばめられていた。 このエピソードから放送時間が数秒短縮され、オープニングとエンディングの構成も大幅に変更された。
第2シーズン ミサト登場編（第129 - 148話） トレマとザグレスが地球を去ってから1年が過ぎた。ゴジラアイランドにはすっかり平和が訪れ、司令官もルーカスも緊張感を失っていた。 だがそんなつかの間の平和を破り、暗黒大皇帝がランデスという新たなる地球攻撃隊長を地球に差し向ける。ランデスはヴァバルーダでゴジラアイランドに向かうと、司令官に降伏を迫った。司令官はそれに対し、「破壊力のある対空レーザー砲があるぞ」とランデスを脅し、追い返すことに成功。しかし、ランデスが送り込んだ小型コンピュータロボットのキャメロンにより、対空レーザー砲が1発も撃てないことを暴かれてしまった。 ランデスは再びゴジラアイランドに進軍、ビーム砲で怪獣たちと基地を攻撃してくる。だがその時、謎の声と共に対空レーザー砲が火を噴いた。突然のことに動揺したランデスは撤退する。 そして基地に、1人の女性が現われる。彼女こそ、地球政府の辞令でゴジラアイランドに赴任してきた怪獣ドクターにして、司令官の一人娘・神宮寺ミサトだった。突然の娘の赴任に戸惑う司令官はミサトを追い出そうとするが、ミサトは断固としてそれを受け入れず、与えられた研究室で仕事を始める。