公訴時効（こうそじこう）とは、刑事手続上の概念で、犯罪が終わった時から一定期間を過ぎると公訴が提起できなくなる制度である。
概説 公訴時効制度はローマ法に起源をもつ制度で、犯罪後、法律の定める一定期間が経過すると被疑者を起訴することができなくなる制度である。
フランスやドイツなどの大陸法の国々で整備されてきた制度で、もともと公訴時効のなかった英米法の国々にもその例が見られるようになった。
公訴時効制度の存在理由については、伝統的には時間経過による社会的な処罰感情の希薄化（実体法的理由）、時間経過による証拠の散逸（訴訟法的理由）が理由とされてきた。公訴時効制度には様々な機能が論じられているが、処罰すべき犯人が罪を免れる場合が生じうるという副作用も有している。
大陸法系諸国 フランス フランスではローマ法にならって、古法にはすでに公訴時効が存在した。
フランス革命後、1791年フランス刑法典に公訴時効制度は導入された。
フランスでは集団殺害など人道に対する犯罪（刑法213-215条）については公訴時効がない。その他の重罪（無期自由刑、長期10年以上、短期1年以上の自由]を定める罪）は10年、軽罪（長期10年以下の自由刑または罰金を定める罪）は3年、罰金以下の刑を定める罪は1年の公訴時効となっている。
ドイツ ドイツでは民族謀殺（ジェノサイド）、殺人嗜好など特定類型の殺人については公訴時効にかからない法務省法制審議会「配布資料7 公訴時効制度に関する外国法制の概要」2009年11月16日 - 6ページ「4 諸外国における公訴時効制度」参照。
無期自由刑に当たる罪は30年、長期10年を超える自由刑に当たる罪は20年、長期5年を超える自由刑に当たる罪は10年の公訴時効となっている。また、長期1年を超える自由刑に当たる罪は5年、その他の罪は3年の公訴時効となっている。
ナチス犯罪の公訴時効 ナチスによるホロコーストなどについては、フランスなどで公訴時効を無期限停止した（たとえば「人道に対する罪に対する時効不適用を確認する法」など）。
2001年にはイタリアが、第二次世界大戦中に同国北部で大量虐殺事件に関わったとされる元ナチス親衛隊将校フリードリヒ・エンゲルの犯人引渡しを求めた。ドイツは引渡しを拒否する一方で翌2002年に同国のハンブルクで裁判を開始した。犯罪終了（終戦）から57年を経て公訴提起された例である。
ナチス時代の行為でドイツにおいて公訴時効が停止されているのは「謀殺罪（計画的殺人）」であるが、これはあくまでも謀殺罪一般の公訴時効が停止されているのであり、法律上はナチスと関係はない。また、謀殺罪以外のナチス時代の犯罪は全て時効が完成している（そもそもドイツの刑法上「ナチス犯罪」に関する法的定義は存在しない。このため「ナチス犯罪の時効を停止する」事は法律上不可能である）。しかし、ドイツにおける謀殺の時効は1871年以来、帝国刑法典が20年と定めていた。だが第二次大戦後、ナチスの虐殺が政権崩壊から20年を経た65年に時効になることが問題になり、連邦議会は起算点を西ドイツ成立の49年に変更した。その後、諸外国の圧力から時効を30年に延長し、その期限となる79年に謀殺の時効を廃止した。この背景によりしばしば「ナチス犯罪に時効は存在しない」という論調がなされることがある。
英米法系諸国 イギリス イギリスには公訴時効という制度は存在しない。なお、公訴時効制度とは異なるが略式起訴犯罪については犯罪後公訴提起まで6か月の期間制限がある。
アメリカ合衆国 連邦法 米国では、連邦法により死刑に当たる罪は公訴時効がないアメリカ合衆国法典18編213章3281条。しかし、それ以外の罪については、テロ犯罪、未成年者への犯罪などの例外を除き、一律 5年で連邦法上の公訴時効を迎える。
連邦法では性犯罪に限り、事件現場に残されている犯人のDNAに人格権を与えて起訴するDNA起訴ジョン・ドウ起訴JD起訴、「ジョン・ドウ」は英語で名無・太郎のことが導入されており、「人格があるとみなされたDNA」が起訴された場合は時効が停止する法務省法制審議会「配布資料18 アメリカにおけるDNA型情報により被告人を特定して起訴する取扱いについて」2009年12月21日。
州法 州法レベルでは、対象犯罪などが異なる場合がある。
ニューヨーク州の場合、重罪のうち死刑や無期自由刑が定められている犯罪には公訴時効期間はない。その他の重罪（長期1年以上の自由刑が定められている犯罪）は5年、軽罪（長期15日以上1年未満の自由刑が定められている犯罪）は2年、それ以外の罪は1年の公訴時効となっている。
日本法の公訴時効
日本では公訴時効は刑事訴訟法250条に定められている。
公訴時効の起算点は、基本的に犯罪行為が終わった時（結果犯についてはその結果が生じた時）である（後述「公訴時効の起算点」参照）。
刑法第31条から第34条の2までに規定する「刑の時効」は、「刑の言渡しを受けた者」が、当該条文にある期間の経過により、その執行が免除される規定であり、公訴時効とは制度的に異なる。また親告罪の告訴期間（告訴権者ごとに犯人を知った日から6ヶ月以内）とも制度的に異なる。
なお、刑事上の公訴時効と民事上の消滅時効は異なるため、公訴時効が完成した犯罪行為（業務上過失致死など）について、民事上の不法行為による賠償責任を追及することが可能な場合もある。
時効の性質 フランス法にならった治罪法（明治13年=1880年公布）の「期満免除」の制度が起源で、1924年（大正13年）に公布された旧刑事訴訟法には「時効中断」（旧刑事訴訟法第285条1項）の制度が基本であったが、第二次世界大戦後、GHQの勧告により「時効停止」の制度に変り。1948年4月ごろの刑事訴訟法改正協議会でGHQから出されたプロブレムシート第65問で「時効停止」が勧告されたため中断から停止に変ったとされている。、現在の刑事訴訟法は「時効停止」制度を採用している。
しかし、税法における通告処分については公訴時効の中断の効力を有するとしており（国税犯則取締法第15条、関税法第138条第3項、地方税法第74条の30等による国税犯則取締法の準用）、判例（昭和39年11月25日最高裁判所大法廷判決）では、時効制度は立法政策の問題であり、刑事訴訟法が、一般的には時効中断の制度をとらなかったからといって、国税犯則取締法第15条の公訴時効中断の効力を否定するものではないとしている。
「時効中断」とは公訴提起によってそれまで進行していた時効期間が元に戻ることであり、「時効停止」とは、公訴提起等の一定の事由により公訴時効の進行を停止させ、停止事由が消滅した後、再び残りの時間が進行することを指す。現行刑事訴訟法は、一般的には時効停止の制度のみを認める。例えば、殺人未遂罪（最高刑は死刑で公訴時効までの期間は25年）の事件から20年経過後に起訴され、その後、公訴棄却や、管轄違いの判決などを受けて、そのまま再び起訴されずに5年が経過すれば、公訴時効は完成する。時効が完成すれば、たとえ公訴提起されても、免訴判決（刑事訴訟法第337条4号）がなされることになる。
公訴時効制度に関する諸学説 日本では公訴時効制度が設けられている理由について次のような見解がある。
実体法説 時の経過とともに「犯人が憎い」「厳罰に処すべし」といった社会の復讐感情が減少し、また刑罰により一般人に対して犯罪を思い止まらせる必要性や、犯人に対する再教育の必要性が減少（可罰性が低下する）することで国家の刑罰権が消滅する点に本質があるとする説である。 この説に対しては、刑罰権が消滅しているのであれば無罪判決を言い渡すべきであるところ、法が免訴判決を言い渡すべきと規定すること（刑事訴訟法337条4号）との整合性がないという批判がある。 この批判に対して、他に免訴となる事由として、犯罪後の法令により刑が廃止されたとき（刑事訴訟法337条2号）及び大赦があったとき（刑事訴訟法337条3号）という明らかに刑罰権が消滅した場合が含まれることから、刑罰権の消滅と免訴判決は矛盾しないという反論がある。また無罪判決とは「公訴も刑事裁判も合法であるが、有罪の立証がなされなかったこと」を意味するのに対し、免訴判決とは「公訴自体、刑事裁判自体が違法であったこと」を意味する。国家が刑罰権を失えば、検察官は公訴権を失い、裁判所は刑事裁判権を失い、有罪無罪の実体判決を行う権利も失う。「刑罰権が消滅しているのであれば、無罪判決を言い渡すべきだ」という批判は、深刻な矛盾を抱えていると言える。 このような「無罪か免訴か」といった些細な技術的批判より、「時間の経過とともに刑罰の必要性が減る」という前提に対し、強い批判がある「時と共に処罰感情が薄れるとか、平均年齢の延びから希薄化の度合いが低下しているとか、全くナンセンスな根拠です」。 訴訟法説 時の経過とともに証拠物（凶器、写真などの物的証拠）が散逸し、または経年劣化による腐敗で長期間の保存と事実認定が困難になり、適正な審理ができなくなることを防止するため公訴権が消滅する点に本質があるとする説である。 この説に対しては、証拠が十分に存在する場合にも一律に公訴権が消滅することの説明がつかないという批判(i)がある。DNA型鑑定などの科学技術が飛躍的に向上したことにより、証拠の長期保全が可能になったことが批判の背景にある。また、刑事訴訟法250条が法定刑の重さにより時効期間に差を設けていることを説明しきれていないという批判(ii)がある。 しかし、批判(i)に対しては、長期に保存可能な証拠が存在しても、この証拠と犯罪事実との関係性や故意の認定については、結局、他の証拠に頼らざるを得ず、時の経過による事実認定の困難性は解決できるものではなく、また、科学技術が向上したとしても被告人に有利な証拠（アリバイなど）や無罪証拠は散逸を免れず、誤判の恐れに変わりはないという反論がある。 競合説 「実体法説」と「訴訟法説」の両方の理由があるとする説である。 両説に対する批判はこの説についても向けられるという批判がある安富潔 『刑事訴訟法講義』初版 168頁 「総合説は実体法説及び訴訟法説のそれぞれ疑問点がいずれも妥当する」『条解 刑事訴訟法』第3版増補版 弘文堂 452,453頁 「競合説（実体法説と訴訟法説を併せた説であるがこれに対しては両説に対する批判があてはまる）」白取祐司 『刑事訴訟法』 白取祐司 日本評論社 98頁 「両方の論拠を挙げるのが(3)競合説であるが、逆にいうと両説の難点を併有するともいえよう」。 しかし、競合説は実体法説に対する批判には訴訟法説で答え、訴訟法説に対する批判には実体法説で答えることに特徴があり、そのような批判は当たらないという反論がある。 新訴訟法説 犯人と疑われている者が一定期間訴追されない場合、その状態を尊重し、疑われた人の地位の安定を図るため公訴権が消滅すると説明する。殺人事件があった場合に家族や恋人が犯人視されることや、現金がなくなった場合に経理担当者が横領犯視されることがあるが、このような法的に不安定な状態を永遠に続けないために、公訴時効があるということになる「無実の者が捜査機関から一定の嫌疑をかけられ、一生訴追される危険から解放されないというのは、余りに酷であろう」（三島聡「「逆風」のなかの公訴時効－「見えにくい」利益の保護をめぐって」『法律時報』81 巻9号2009年8月）。 この説に対しては、公訴時効の本質論の説明を放棄していて、他の説と異質で次元を異にするものといわざるを得ないという批判がある P26 「なお、公訴時効制度の存在理由をめぐる議論においては、公訴時効制度は、一定の期間訴追されていないという事実状態を尊重する制度であると指摘する見解も見られるところである。これは、いわゆる新訴訟法説として位置づけられているものである。しかしながら、このような見解は、公訴時効制度の存在理由をめぐる従来の議論とは異質で次元を異にするものといわざるを得ない。すなわち、このような見解は、公訴時効制度が果たしている機能ないし効果を論じているにすぎないのであって、公訴時効制度の存在理由を論じているのではなく、したがって、理論的には明確に区別されるべきものなのである。以上のことからすると、このような見解に関して、公訴時効制度の存在理由をめぐる従来の議論と同一平面上に並べて論じるのは、いささか問題があるものといわざるを得ないように思われる。」。 しかし、実体法説が「時の経過により刑罰の必要性が減じる」と論じるのに対し、新訴訟法説は「時の経過により訴追の必要性が減じる」と論じ、「実体法説のいう刑罰を、ここでは訴追というものに置き換えたもので、一般の時効制度と共通の思想によって」パラレルに立論を行うのが新訴訟法説であるのだから、実体法説と新訴訟法説は、鏡写しのように似通った論考の過程を辿るのであって、異質とか、次元を異にするといった批判の根拠は明らかではない。 なお、『犯人と疑われている者』を『犯人』に置き換えた「『犯人』が一定期間訴追されない場合、『犯人』の地位の安定を図るために公訴時効があるとする説」は新訴訟法説ではなく、実体法説である。
その他の学説 アリバイなどの「無実の証拠」は時の経過とともに急速になくなるので、無実の者を誤って有罪にすることを防止するため、時間の制限があるとする説がある坂口裕英博士の説として「公訴時効は、処罰されるわれわれの『防御権』を保障する刑事訴訟法上の制度」（坂口裕英「公訴の時効」鴨良弼編『法学演習講座⑪刑事訴訟法（重要問題と解説）』259頁（法学書院、1971））を紹介している。訴訟法説との違いは、訴訟法説では「有罪証拠の散逸」あるいは「有罪証拠と無罪証拠の散逸」を理由するのに対し、この説では、もっぱら「無罪証拠の散逸」を理由として「被告人の防御権の保障」を時効の存在意義としている。 なお、上記の新訴訟法説とこの説を合わせて、実体法説でも訴訟法説でも競合説でもないという意味で、大括りに「新訴訟法説」と言う場合もある。
公訴時効の期間 現行法の公訴時効期間
2010年（平成22年）4月27日に公布・施行された改正刑事訴訟法により、「人を死亡させた罪であって（法定刑の最高が）死刑に当たる罪」については条文が削除され公訴時効が廃止されたため、時効が成立することはない。その他の罪の公訴時効期間については、いずれも刑事訴訟法（昭和23年法律第131号）第250条に定められている。まず、「人を死亡させた罪であって拘禁刑以上の刑に当たるもの（死刑に当たるものを除く）」（同条1項）と「“人を死亡させた罪であって拘禁刑以上の刑に当たるもの”以外の罪」（同条2項）に分け、その上で、法定刑の重さにより時効期間の長さが定められる。
刑事訴訟法第251条は、時効期間の標準となる刑について、複数の主刑から一を選択し、または複数の主刑を併科すべき罪については、重い刑によることを定める。例として、盗品等有償譲受け罪（刑法256条2項）は拘禁刑と罰金刑の必要的併科であるが拘禁刑によること、法人税法159条1項違反は拘禁刑、罰金刑およびと拘禁刑との併科の中から刑を選択するが拘禁刑によることを定める。よって、盗品等有償譲受け罪の公訴時効は7年、法人税法159条1項違反は5年である。なお、刑の軽重は刑法第10条によって定まる。
刑事訴訟法第252条は、刑の加重・減軽が行われる場合、時効期間を定める基準は、処断刑（法定刑に法律上・裁判上の加重減軽を加えたもの）ではなく、法定刑によることを定める。
条項罪の種類時効期間具体的な罪の例なお、特別法により刑が加重される場合（組織的な犯罪の処罰及び犯罪収益の規制等に関する法律、盗犯等ノ防止及処分ニ関スル法律など）は、加重された刑に応じて公訴時効期間も拡大されうる。2019年時点での各罪の法定刑に基づく分類である。－人を死亡させた罪であって死刑に当たる罪公訴時効なし 殺人、強盗致死、強盗・強制性交等致死、（往来危険）汽車転覆等致死、水道毒物等混入致死、航空機強取等致死など。250条1項人を死亡させた罪であって拘禁刑以上の刑に当たるもの（死刑に当たるものを除く） 無期の拘禁刑に当たる罪30年強制わいせつ致死、強制性交等致死など。長期20年の拘禁刑に当たる罪20年傷害致死、結果的加重犯のうち傷害の罪と比較して重い刑となる致死罪ガス漏出等致死罪、往来妨害致死罪、浄水汚染致死罪、水道汚染致死罪、浄水毒物混入致死罪、特別公務員職権濫用暴行陵虐致死罪、不同意堕胎致死罪、遺棄致死罪、保護責任者遺棄致死罪、逮捕監禁致死罪、建造物損壊致死罪など。、危険運転致死準酩酊・準薬物・病気運転によるものは、10年。ただし無免許運転をしていた場合は20年。など。上に掲げる罪以外の罪10年業務上過失・重過失・過失運転致死など。250条2項「人を死亡させた罪であって拘禁刑以上の刑に当たるもの」以外の罪『「人を死亡させた罪であって禁錮以上の刑に当たるもの」以外の罪』とは250条第1項に該当しない罪のことであって、具体的には「人を死亡させることが犯罪構成要件に含まれない罪、あるいは人を死亡させる事のなかった罪」と「人を死亡させた罪であって罰金以下の刑に当たるもの」に分解できる。現住建造物等放火罪、内乱罪、外患罪などは犯罪構成要件に人を死亡させることは含まないが最高刑は死刑に当たり、人を死亡させる事のなかった罪であって最高刑が死刑に当たる罪には殺人未遂がある。後者については過失致死罪くらいしか見当たらない。死刑に当たる罪25年殺人未遂、外患誘致・外患援助、内乱（首謀）、現住建造物等放火・浸害、爆発物取締罰則違反（公共危険）など。無期の拘禁刑に当たる罪15年内乱（謀議・指揮）、汽車転覆等、通貨偽造等、詔書偽造等、身の代金目的略取等、強盗致傷、強制性交等致傷、強盗・強制性交等、航空機強取等など。長期15年以上の拘禁刑に当たる罪10年外国通貨偽造等、強盗、傷害、往来危険、結果的加重犯のうち傷害の罪と比較して重い刑となる致傷罪ガス漏出等致傷罪、往来妨害致傷罪、浄水汚染致傷罪、水道汚染致傷罪、浄水毒物混入致傷罪、特別公務員職権濫用暴行陵虐致傷罪、不同意堕胎致傷罪、遺棄致傷罪、保護責任者遺棄致傷罪、逮捕監禁致傷罪、建造物損壊致傷罪など。、強制性交等、所在国外移送等、危険運転致傷準酩酊・準薬物・病気運転によるものは、7年。ただし無免許運転をしていた場合は10年。など。長期15年未満の拘禁刑に当たる罪7年内乱（従事）、内乱・外患予備陰謀、騒乱（首謀）、強制わいせつ、有印公文書偽造、有価証券偽造等、偽証、窃盗、不動産侵奪、営利目的略取等、詐欺、恐喝、業務上横領、発覚免脱無免許運転をしていた場合は、10年。、ひき逃げ自動車等の運転による場合で、事故に過失が有る場合。なお、発覚免脱罪（事例）や保護責任者遺棄致死傷罪（致死は20年、致傷は10年）、未必の故意による殺人（未遂）罪は別個に検討される。など。長期10年未満の拘禁刑に当たる罪5年内乱等幇助、私戦予備陰謀、騒乱（指揮・率先）、あへん煙輸入、水道汚染、特別公務員暴行陵虐、公正証書原本不実記載等、有印公文書偽造等、受託収賄、未成年者略取等、横領、業務上過失・重過失・過失運転致傷無免許運転をしていた場合は、7年。（なお未熟運転致死傷は、危険運転致死傷罪が適用される）など。長期5年未満の拘禁刑又は罰金に当たる罪3年内乱・騒乱（付和随行）、多衆不解散、偽造通貨等収得・知情行使、公然わいせつ、わいせつ物頒布等、殺人予備、強盗予備、放火予備、公務執行妨害、名誉毀損、暴行、住居侵入、過失傷害、過失致死、遺失物等横領、脅迫、強要、信用毀損・業務妨害、器物損壊など。拘留又は科料に当たる罪1年軽犯罪法違反など。
2010年（平成22年）4月27日に公布・施行された新法（刑法及び刑事訴訟法の一部を改正する法律（平成22年法律第26号））には、経過措置が定められている（同法附則3条）。この経過措置によれば、改正後の刑事訴訟法250条の規定は「この法律の施行の際既にその公訴の時効が完成している罪については、適用しない。」とし（附則3条1項）、改正後の刑事訴訟法250条1項の規定は「刑法等の一部を改正する法律（平成16年法律第156号）附則第3条第2項の規定にかかわらず、同法の施行前に犯した人を死亡させた罪であって禁錮以上の刑に当たるもので、この法律の施行の際その公訴の時効が完成していないものについても、適用する。」とされ（附則3条2項）、人を死亡させた罪であって禁錮以上の刑に当たるもので2010年（平成22年）4月27日までに公訴時効が完成していない罪については、すべて新法が適用されることとなる。公訴時効の延長や廃止する規定について、法の不遡及（憲法第39条）に違反するという指摘もあったが、上野市ビジネスホテル従業員強盗殺人事件に関する2015年12月3日の最高裁判決では「時効撤廃は憲法で禁止された違法性の評価や責任の重さをさかのぼって変更するものではなく、被疑者や被告人になる可能性のある人物のすでに生じていた法律上の地位を著しく不安定にする改正ではない」として合法とする判決を出している。
冤罪と時効について 殺人罪などに時効が存在した当時、無罪や再審無罪が確定した時には既に公訴時効が成立していることが多く再審無罪後に真犯人であると名乗り出た人物が時効2日前に殺人罪で起訴、公判中に自殺し、公訴棄却となった米谷事件のように時効が成立していなければ、再審無罪や無罪確定後に真犯人と思われる人物が立件された事例も一応は存在する。、その後再捜査は行われなかったり、真犯人が判明したとしても、罪に問えない場合もあった例:弘前大教授夫人殺し事件 (1949年発生、1964年時効、1971年真犯人出現、1977年再審無罪)、土田・日石・ピース缶爆弾事件等。しかし、2010年4月27日に公布・施行された改正刑事訴訟法により、この時点で時効が成立していない1995年4月27日以降に発生した殺人事件の時効が撤廃された。これにより、1997年発生の東電OL殺人事件も時効撤廃の対象となり、殺人罪での時効撤廃を受けて、再審無罪になった事件で再捜査が行われる初めてのケースとなった。
100歳送致 新法の施行により公訴時効が廃止された事件において、公訴時効期間に代わる新たな概念として採られたのが「100歳送致」である。これは被疑者が100歳以上の高齢者の場合、すでに死亡している可能性が高いとして書類送検し捜査を終了するものであり、事実上の公訴時効と言える。この場合、被疑者の年齢が判明している事件については、その被疑者が100歳に達するまでの年数が事実上の公訴時効期間となる。また、被疑者が特定されていない事件については、事件当時の被疑者の年齢を20歳とみなすことから、事実上の公訴時効期間は80年となる公訴時効が廃止された罪に係る事件に関する検察官への連絡及び送致の際の留意事項について。なお、公訴時効が成立しているわけではないため、その後に被疑者の生存が確認された場合、刑事訴訟法上は公訴することは可能であるが、調書等の証拠の取り扱いに課題が残るとされる。
この制度が初めて適用されたのは、1995年に発生した下関男性バラバラ殺人事件で、事件当時74歳の男性が指名手配されたが、それから26年が経過した2021年9月に（生きていれば）被疑者が100歳になってもなお逮捕できなかったことで死亡している可能性が高いとして書類送検・捜査終了となった。
かつての公訴時効期間 殺人罪の公訴時効期間は、2004年（平成16年）12月の刑事訴訟法改正により15年から25年に延長された（2005年（平成17年）1月1日施行）。なお、この時点における改正では時効期間の遡及適用については規定されておらず、改正法施行前に発生した事件に対する公訴時効については改正法附則3条2項により「従前の例による」と規定されていた。そのため、1990年12月に発生した札幌信金OL殺人事件は、延長の対象にならず、犯人を指名手配していながら2005年に公訴時効が成立、逮捕に至らなかった最高裁「殺人の時効撤廃、さかのぼって適用できる」なぜ「合憲」と判断したのか？ - 弁護士ドットコム（参考文章は、「2010年の改正前であれば、罪に問えないケース」全文。2023年1月20日閲覧）。遺族は民事訴訟で損害賠償請求を提起、請求が認容されているが、犯人が出廷しない欠席裁判で成立したため、賠償請求権の消滅時効が近づくたびに延長の訴訟を提起、請求認容をもらう状態が続いている。
いっぽう前述したとおり、2010年（平成22年）の改正では、改正法附則3条2項により「人を死亡させた罪で禁固以上の刑に当たるもの」については、平成22年4月27日までに時効が成立していなかった場合は公訴時効延長の対象となる。一方で、平成22年改正法附則3条2項の反対解釈として、2010年4月27日まで公訴時効が成立していなくても、2004年12月31日以前に発生した「人を死亡させた罪で禁固以上の刑に当たるもの」以外の犯罪（強盗致傷罪・強姦致傷罪・現住建造物放火罪など）については、なお平成16年改正法附則3条2項の適用を受け平成16年改正法施行以前の時効期間が適用されることになり、一連の公訴時効延長改正の適用対象外とされているので注意を要する。
条項罪の種類時効期間具体的な罪の例2005年～2010年4月27日2004年以前250条死刑に当たる罪25年15年殺人罪、強盗殺人罪など。無期の懲役又は禁錮に当たる罪15年10年（旧）強盗強姦罪など。長期15年以上の懲役又は禁錮に当たる罪10年7年「長期10年以上の懲役又は禁錮にあたる罪」でまとめられていた。強盗罪など。長期15年未満の懲役又は禁錮に当たる罪7年窃盗罪など。長期10年未満の懲役又は禁錮に当たる罪5年5年逮捕監禁罪など。長期5年未満の懲役若しくは禁錮又は罰金に当たる罪3年3年暴行罪など。拘留又は科料に当たる罪1年1年侮辱罪など。 （注意）「具体的な罪の例」については2004年から2010年頃の各罪の法定刑に基づく分類である。また罰則の重さは、各々の犯罪時点で有効であった刑法等に基づく。
公訴時効の期間の算定基準に関する問題 法律の改正があった場合について 時効期間の変更があった場合 犯罪行為が終わった後、起訴前に時効期間を変更する立法があった場合 #改正前の規定に服するのか（行為時説） #改正後の規定に服するのか（裁判時説）という問題がある。 前述の平成16年法律第156号による改正では経過規定が設けられ、改正前の期間によることとしている（刑法等の一部を改正する法律（平成16年法律第156号）附則第3条第2項）。 経過規定がない場合、時効制度を純然な訴訟上の制度と解して、裁判時説に立つ説（旧法以来の判例の立場）と、時効によって刑罰権が消滅するため、刑法6条を準用して、もっとも短い公訴時効期間に従うとの説がある（鈴木茂嗣、参考文献『注解 刑事訴訟法 中巻 全訂新版』265頁）。
法定刑の変更があった場合 当該犯罪についての法定刑が変更された場合、改正された後の法定刑に定められた罰条によって公訴時効が定まる（適用時法定刑説）。つまり、犯罪後の改正により法定刑が重くなった場合は、改正前の刑に基づくことになる（刑事罰不遡及の原則）。逆に軽くなった場合は、経過規定がある場合を除けば、刑法第6条により改正後の軽い刑に基づく。判例 は、この立場に立つ。
期間計算の標準となる刑について 科刑上一罪の場合、時効期間の算定基準に関しては以下の二つの説がある： 本来は数罪なので、各犯罪ごとに時効を決定するという、個別説（大部分の学説）。 一罪として処理されるので、一体としてとらえるべきで、その中の重い罪を基準とする、統一説（判例1 判例2 の立場）。 ただ、判例は、牽連犯について、時効期間を一体として考えると、手段行為の公訴時効は、目的行為が実行されない限り完成しない不都合が生じるので、各訴因について、時効期間を決すべきとする（判例1 判例2）。