サン・ファニーコ海峡(サン・ファニーコかいきょう、)別名、サン・ファニコ海峡(サン・ファニコかいきょう)、サン・ファニコ水道(サン・ファニコすいどう)は、フィリピン中部ヴィサヤ諸島の二つの大きな島、サマール島とレイテ島とを隔てる、フィリピンでも最も狭い海峡のひとつ。

狭い上に長く、曲がりくねった海峡なので大型船の運航には向かない。最も狭い場所では幅2kmほど。この海峡を、東南アジア随一の大橋サン・ファニーコ橋が結んでいる。

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関連項目 サマール海 レイテ湾 サン・ファニーコ橋