『メタルギアソリッド2 サンズ・オブ・リバティ』（メタルギアソリッドツー サンズ・オブ・リバティ、、略称: MGS2）は、コナミコンピュータエンタテインメントジャパンが開発したステルスゲーム。メタルギアシリーズ第4作目にあたり、メタルギアソリッドシリーズとしては第2作目である。
企画・監督・プロデュース・ゲームデザイン・脚本・演出を小島秀夫が務めた。
世界で700万本を達成するシリーズ最高の売り上げを記録している。
ゲームシステム 今作からプラットフォームをPlayStation 2に移行し、記憶媒体としてDVD-ROMを採用したことで、グラフィックやシステム面での性能が向上した。基本的に前作を踏襲するが、主観視点で武器を扱える、倒れた相手を抱きかかえて引きずる、敵をホールドアップさせるといった新要素が盛り込まれた。
武器及び装備品の選択画面も変更され、前作のL字型メニューから種類を縦に配置し、それぞれが横に展開する階層型を採用した。
麻酔銃（狙撃ライフル含む）と日本刀の「みね打ち」（突きを除く）が導入され、これを活用することで敵をボスも含め、スコア上は一人も殺さずにゲームを進めることができる。敵の殺害数はゲームクリア後の評価の一つとして表示されるため、いかに少ない殺害数でクリアできるかに挑むこともできる。
シリーズで唯一獲得称号やリザルトがゲーム中表示されず、代わりにパスワードが表示されるので、当時のKCEJの専用サイトにアクセスしパスワード入力してやっと確認できる仕様であった（公式サイトは閉鎖済み）。
その他、前作からの変更点は以下の通り。 60fps化によるダグラス・トランブル効果（45fps以上で動画が滑らかに見える手法）を実現させた。 ポリゴンデモムービーを挿入することができ、プレイヤーが選択した装備品などを反映しながら映画のような演出も可能になった。 巨大な構造物の描写が可能になり、遠くの建造物に行くことも可能であるなど、空間のリアリティは格段に向上した。特にプラント編で顕著であり、遠くに霞んで見えるプラントは物語のスケールの大きさを感じさせ、プラント上から見る海上のオイルフェンスは、足がすくむほどの恐怖感を与えている。前作までの南から北に向かうだけの一方向性だったステージ進行と打って変わって、巨大なステージを行ったり来たりして攻略する多方向性が実現したり、主観操作による遠距離の射撃が可能になった点で、ゲーム性にも大きな変化が現れた。 3DCGモデルのポリゴン数を抑え、ライティングにPlayStation 2の計算能力を大きく割り当てて制作されており、「ミドルポリゴン」を自称している。この制作方針により、美麗な色彩が実現し、ゲーム内の場面に応じた雰囲気や空気感の演出に成功している。 メタルギアシリーズで初めてドルビーデジタル 5.1chを採用した。オープニングデモムービーとエンディングデモムービーのみ対応。
ゲーム難易度 『インテグラル』に引き続き、今作でも難易度が設定できる。難易度によって、装備品・弾薬の最大所持数・敵兵やボスの耐久力・巡回ルート・血の量・達成しなければならない目標が変化する。
本作では初めてゲームをプレイする際に、「アクションゲームが得意か」や「前作をクリアしたか」といった質問が行われ、選択した内容によっては高難易度が選べない場合がある。
どの難易度でもレーダーをオフに設定することが可能。この設定だと、ノード（端末）にアクセスしてもソリトンレーダーが表示されなくなる。また、HARD以上の難易度では敵兵に見つかるとゲームオーバーになる設定が選択可能になる。
難易度の表記は日本版と海外版で異なる。海外版は1段階低く表記されており、日本版のNORMALが海外版のEASYに、日本版のHARDが海外版のNORMALに、日本版のVERY HARDが海外版のHARDになる。日本版のEASYは海外版ではVERY EASYとなっており、この難易度ではプラント編で最初のノードにアクセスすると、それ以降のエリアでもソリトンレーダーが表示される（レーダーをオフに設定していない場合）。
設定 物語のテーマは「ミーム（文化的遺伝子）」。インターネット社会におけるポスト真実、監視社会、情報統制、インフォデミックの問題を予見したような物語となっている。前作までのように単に任務が与えられて遂行するだけではなく、本作では情報錯綜の渦中で次々と明らかになる事実により任務の目的が揺らぐため、プレイヤーも疑心暗鬼になりながらゲームを進める事になる。本作はサイファーによる無人兵器の氾濫による問題を描いている。
ストーリー 本作は「タンカー編」と「プラント編」の2部構成になっており、それぞれ年表では「マンハッタン沖タンカー沈没事件」、「ビッグ・シェル占拠事件」と呼ばれる。プラント編は、メタルギアシリーズの原案となった映画『ニューヨーク1997』を模したシナリオとなっている。ゲーム冒頭の選択次第ではタンカー編が省略され、プラント編のみのプレイとなる。
マンハッタン沖タンカー沈没事件（タンカー編） シャドー・モセス島事件から2年後の2007年8月8日タンカー内の船倉に設置されたコンピュータの、ログイン画面に日付が表示されている。。シャドー・モセス島事件を生き延びたリボルバー・オセロットは核搭載二足歩行戦車「メタルギア」の技術情報を闇市場へ流し、世界中でメタルギアの亜種が誕生していた。ソリッド・スネークはオタコンと共に反メタルギア財団「フィランソロピー」を設立し、メタルギアの破壊活動を続けていた。ある時、アメリカ海兵隊がメタルギアの亜種に対抗すべく開発した、水陸両用型の新型メタルギア・RAYが演習のために極秘裏に輸送されるという情報を入手し、その調査のため輸送用の偽装タンカーに単身潜入を開始する。 しかし直後、謎の部隊がタンカーを強襲し、船の制御を乗っ取ってしまう。スネークはオタコンのサポートを受けつつ、彼らの正体を突き止めるべくタンカーを進む。やがて襲撃部隊の一員である女兵士のオルガ・ゴルルコビッチと戦闘になるも、麻酔銃で無力化する。彼らの正体はシャドー・モセス事件でテロ一味が合流しようとしていたゴルルコビッチ隊であった。スネークは海兵隊の目を盗んで船倉にあるメタルギアRAYの証拠写真を押さえるも、その直後にゴルルコビッチとオセロットが海兵隊の司令官を拘束する。しかしオセロットはゴルルコビッチを裏切り、タンカーを爆破して海兵隊もゴルルコビッチ隊も海に沈めてしまった。追い縋るスネークも振り切り、オセロットの乗るRAYは去っていく。スネークもまたタンカーと共に海へと消えるのだった。
ビッグ・シェル占拠事件（プラント編） プロローグ マンハッタン沖タンカー沈没事件から2年後の2009年4月29日。事件によって流出した多量の原油を処理するべくマンハッタン沖に建設された巨大海上除染施設「ビッグ・シェル」が、「サンズ・オブ・リバティ（自由の息子達）」を名乗るテロリスト集団に占拠された。施設の視察に訪れていたアメリカ大統領等を人質に取り、彼らが要求したのは現金300億ドル。要求を呑まない場合、ビッグ・シェルを爆破すると通告してきた。もしビッグ・シェルが爆破されれば、ビッグ・シェルが処理を行っている原油に引火してマンハッタン湾が火の海になるばかりか、海水殺菌に使用されている塩素系薬物も炎上することでダイオキシン類を始めとする大量の有毒物質が発生し、マンハッタン湾が向こう数百年死の海と化す恐れがあった。人質の救出とテロリストの武装解除のため、FOXHOUNDの新人隊員であるジャックは「雷電」のコードネームを与えられ、上官である「大佐」と、恋人のローズマリーの支援を受けてビッグ・シェルへ単身潜入を開始する。 序盤 「サンズ・オブ・リバティ」は対テロ特殊部隊「デッドセル」やオルガ率いるゴルルコビッチ隊の生き残りによる混成部隊であった。ビッグ・シェルに潜り込んだ雷電だったが、同時に突入していたSEALsがデッドセルによって呆気なく全滅。不死身の「吸血鬼」ヴァンプ、弾丸の当たらない「幸運の女神」フォーチュンといった超常的なデッドセルの面々に雷電は戦慄する。やがてSEALsの生き残りを名乗るイロコィ・プリスキン中尉と出会い、協力体制を取る。デッドセルの一員である爆弾魔ファットマンが仕掛けた爆弾を解体するべく、爆弾処理のスペシャリストであるピーター・スティルマンの支援を受けつつ爆弾を解体して回る雷電とプリスキン。しかしファットマンの罠によってスティルマンは命を落とし、プリスキンとも連絡が途絶える。雷電は残る爆弾を解体し、なんとかファットマンを倒す。手掛かりを失った雷電の前に突然、謎の忍者「ミスターX」が現れて情報を提供する。このプラントにはメタルギアが存在する、と。 中盤 ミスターXの情報により、雷電は大統領の居場所を知るSPのリチャード・エイムズの救出に向かう。しかしエイムズは大統領の居場所を話してすぐに心臓発作で死亡。雷電は大統領のいるシェル2中央棟を目指す途中でテロリストのボスであるソリダス・スネークと遭遇するが、プリスキンのアシストを受けてこれを撃退する。実はプリスキンの正体はソリッド・スネークであり、このプラントにある新型メタルギアを破壊するべくオタコンと共に潜入していたのだった。そしてここにはオタコンの義妹であるエマ・エメリッヒがいるという。 雷電は大統領を救出するが、彼は自身がテロに加担していたこと、合衆国の全てを裏から操る真の権力者「愛国者達」の存在、このビッグ・シェル自体が新型メタルギア「アーセナルギア」であることなど衝撃の事実を次々と明かす。ソリダスの正体は前大統領であり、アーセナルギアを奪って愛国者達を倒そうとしているという。しかし大統領はオセロットに撃たれ、エマを探すように言い残して死亡する。 雷電はヴァンプを退けてエマを救出。エマは光ニューロAI「G.W」の開発者であり、愛国者達はG.Wによってデジタル上の情報統制を行おうとしていると明かす。雷電はエマをオタコンの元へ送り届けようとするが、突如襲い掛かってきたヴァンプによってエマは致命傷を負わされてしまい、G.Wにコンピューターウイルスを流し込んで間もなくオタコンに看取られながら息を引き取る。ウイルスの注入も中途半端に止まり、アーセナルギアは起動してしまった。雷電とスネークはアーセナルギアに乗り込もうとするも、突然現れたミスターXに雷電は気絶させられる。ミスターXの正体はオルガだった。 終盤 雷電は全裸で囚われ、ソリダスと対面する。実は雷電はソリダスに教育・洗脳された少年兵であり、その記憶を消されていた。オルガの助けで脱出した雷電はスネークと合流し、オルガに託された刀を手にソリダスを倒しに向かうも、ローズの秘密や大佐の正体などの事実が明らかになり、彼の精神は追い詰められていく。やがてRAYの大群を相手に雷電は疲弊し、助けに来たオルガもソリダスに殺され、スネークもフォーチュンに敗れて拘束されてしまう。その時、ウイルスが発動してG.Wは破壊される。それでも各々の目的を全く諦めないソリダスとフォーチュンだったが、突然オセロットが、この事件は「S3」という計画を目論む愛国者達が雷電を使って行った演習であり、ソリダスやフォーチュンも最初から愛国者達の掌で踊らされていたと明かす。フォーチュンは倒され、オセロットはRAYで彼らの抹殺を目論むも、移植された右腕から突如としてリキッド・スネークの意識が発現し、オセロットの体を乗っ取って去っていく。スネークはリキッドを追って海に飛び込み、制御を失ったアーセナルギアはマンハッタンに突っ込んだ。 フェデラル・ホールにソリダスと共に投げ出された雷電に、大佐と偽のローズを通じて愛国者達が語り掛ける。S3計画とは愛国者達が人々を支配し続けるため、デジタル情報の検閲に加えて人間の意思を無意識下で制御・統制することであり、演習の真の目的は雷電を使ってその方法と手順を確立することであった。しかし愛国者達は、デジタル社会が生成する噛み合わない無数の「真実」とその飽和による世界の終焉を予言し、S3計画とはそれを食い止めるべく愛国者達が「真実を食い潰す大衆」に代わって「積み重なった真実の山から残すべき価値ある真実を選び紡ぐ」ものだと主張しながら雷電を翻弄する。ソリダスは子孫を残せないが故に自分の生きた証を残したいと考え、それを阻む愛国者達を倒して自由への解放を果たし、本当の意味の「サンズ・オブ・リバティ」になろうとしていた。そしてソリダスは雷電の両親を殺した張本人でもあった。雷電の脳内に残った愛国者達の手掛かりを欲するソリダス、過去への呪縛であるソリダスへと刀を構える雷電。220年前の同日、ジョージ・ワシントンが合衆国大統領に就任したフェデラル・ホールを舞台に二人は最後の戦い、チャンバラを繰り広げる。それが「演習」の完結と自覚しながらも雷電はソリダスに勝利した。 エピローグ 戦いには勝ったものの、雷電はもう何を信じればいいか分からなくなっていた。マンハッタンは通勤ラッシュの時間帯を迎え、一般人で溢れかえる。転落したソリダスの元へは警察が駆けつけるが、雷電が気に留められることはなかった。少なくとも一般人の服装から乖離した異様な風体の雷電の事はおろか、アーセナルギアが突っ込んだという異常事態でさえ、愛国者達に何らかの情報操作・規制が敷かれた事を示すかのように一般人達はほとんど気にせずそれぞれの日常を営んでいる。そこにスネークが現れ、何を信じるか、次の世代に何を残すのかは自分で決めることだと雷電に説き、これからどう生きるのかは雷電次第だと諭して、愛国者達に捕らわれているオルガの子供を助けるべく去っていく。「雷電」の役割と決別した"ジャック"は愛国者達の元から救出された本物のローズと再会し、プロポーズした。 一方、エマのウイルスを解析し終えたオタコンは、ソリダスも欲していた愛国者達の最高幹部「賢人会議」を成す12人の情報が書かれたリストを手に入れ、通信でスネークに報告していた。だが、リストの内容は彼ら12人全員が100年も前に死亡していたという事実を指すものであり、スネークは困惑しつつも得体の知れない「愛国者達」の強大さと存在を感じ取るのであった。「奴らは、一体…?」というスネークの呟きと共に、本作の物語は幕を閉じる。
登場人物 主人公 ソリッド・スネーク 声 - 大塚明夫 / 前作の主人公であり、今作ではタンカー編の主人公。メタルギアの脅威から三度も世界を救った伝説の英雄。シャドー・モセス事件の後はオタコンと共に反メタルギア財団「フィランソロピー」を立ち上げ、世界中に拡散したメタルギアの亜種を破壊して回っていた。海兵隊が極秘裏に開発しているという新型メタルギアの情報を得て、偽装タンカーに潜入する。 プラント編では既に死亡しているとされるが、実はビッグ・シェルに潜入しており、SEALs隊員の「イロコィ・プリスキン中尉」と偽名を名乗って雷電と出会う。
雷電 声 - 堀内賢雄 / クイントン・フリン プラント編の主人公であり、本作のメイン主人公。新生FOXHOUND隊員。本名は「ジャック」。実戦経験は無いが、FORCE21で数多くのVR訓練をこなしており、高い戦闘能力を誇る。今回の事件に際し、テロリストを武装解除するべくビッグ・シェルに単身潜入するが、やがて事件の真相と自身の真実に対面していく。
協力者 ハル・エメリッヒ（オタコン） 声 - 田中秀幸 / クリストファー・ランドルフ 元アームズ・テック社の技術者で、シャドー・モセス事件以来のスネークの相棒。スネークと共にメタルギアの亜種を破壊するべく行動しており、海兵隊の新型メタルギアの情報から偽装タンカーに潜入したスネークをサポートする。 プラント編では義妹であるエマが事件に関与していると知り、政府の技術者に偽装してスネークとは別ルートでビッグ・シェルに潜入する。
ローズマリー 声 - 井上喜久子 / ララ・コーディ 陸軍の内勤データアナリストで、雷電の恋人。愛称は「ローズ」。作戦中はセーブを担当する他、雷電を精神的に支える。大佐からは作戦中は雷電をコードネームで呼ぶように言われるが、直後に「雷電」と1回呼んだだけで、以降も常に本名の「ジャック」で呼んでいる。献身的な女性だが雷電に内心「わがまま女」と言われるほど自己中心的な面があり、料理の腕前も雷電に「俺はローズの手料理を食うぐらいなら、ずっと（作中でも味気ないとされる）レーションで過ごしたい」と評されるほどひどい。プラント編をプレイ中、「女子トイレに忍び込む」「カモメを殺す」「人質のスカートの中を覗く」などの行為に及ぶと非難し冷たい態度をとるようになり、セーブを拒否されることがある（ゲームのイベントが進行するか、何度か通信すると許してもらえる）。 軍人としてではなく雷電の恋人という一個人として作戦に参加しているが、普段より彼の素性や自分との関係性に対する不安に苛まれており、任務中にもかかわらずヒステリックに彼を問い詰めるなどの行動を取る。その一方で急に大佐と一緒になって迅速な任務遂行を促すなど、安定しない態度を見せる。実は「愛国者達」の命を受けて雷電に接近していた下級工作員であり、付き合い始めて以来2年に渡って彼の様子を監視・報告していた。終盤にそれを打ち明け、任務の枠を逸脱して雷電に好意を抱きつつその板挟みに苦悩していた旨を告白したが、雷電に失望と怒りの念を向けられる。しかし彼の子供を身籠もっていることを続けて明かし、その直後に通信を遮断されて身柄を拘束された。エンディングではソリッド・スネークの手で救出され、ニューヨーク市街地で雷電と再会している。 雷電を混乱させるためにアーセナルギアのAIは偽のローズの人格も作り出しており、大佐と共に彼を追い詰める。雷電もアーセナルギア内部にてスネークと再会し「大佐」が存在しない事を知った後、「ローズも実在しない」と疑念を抱いてしまうほどであった。劇中でローズの態度が安定していないのも、本物と偽物が状況に応じて入れ替わっていたからである。また、本物のローズはオルガの子供と同様に、雷電が死ぬと連動して死亡する仕掛けが施されている。 雷電の趣向に基づき、目の色（カラーコンタクト）や髪形を変えており、現在の容姿も雷電の好みに合わせた結果である。 大佐 声 - 青野武 / ポール・エイディング 雷電の所属するハイテク特殊部隊FOXHOUNDの司令官。ビッグ・シェル占拠事件の作戦指揮を執る。冷徹とすら言えるほどに冷静沈着な判断を下すが、プレイヤーの行動次第では雷電の奇行にコミカルな返しをしたりローズにセクハラ紛いの言動をすることもある。外見はシャドー・モセス島事件後に軍と縁を切ったはずの元FOXHOUND総司令官ロイ・キャンベルに酷似しており、雷電もキャンベル本人だと認識していた。 ストーリー終盤には言動がおかしくなり、無関係の事柄を長々と語ったり支離滅裂な発言やメタフィクションに走った発言、過去作ネタなどを織り交ぜて雷電を混乱させる。 その正体はアーセナルギアのAI「G.W」が、雷電の脳内のナノマシンを操って生み出した架空の人格。つまり前作に登場したロイ・キャンベル本人ではなかった。容姿をキャンベルに似せたのは、S3計画実行のため、雷電をスネークと同じ環境に置くためだったとされている。言動がおかしくなった理由はエマの作ったコンピュータウイルスが効きはじめたからであった。G.Wが崩壊した後は、G.Wとは別のAI（脚本段階ではJ.F.Kという予備AI）がそれまでと同様の「大佐」の幻を雷電に見せ、「愛国者達」の代弁者として今回の事件の全貌と目的を説明した。 ピーター・スティルマン 声 - 飯塚昭三 / 米海軍爆発物処理学校の元教官にして、ニューヨーク市警察爆弾処理班顧問。世界最高の爆弾処理技術者と誉れ高い人物で、ファットマンの師でもある。ビッグ・シェル占拠事件では最もファットマンを知る人物としてSEAL・チーム10に同行し、ビッグ・シェルに仕掛けられたC4爆弾解体の任に就く。当初はSEAL10ブラボー・チームと共に解体を行う予定でいたが、デッドセルによって全滅したため、潜入していた雷電とSEALS唯一の生き残りを名乗ったスネークに冷却スプレーによる瞬時冷却処理法を教示し、足が不自由な自身はC脚の食料貯蔵庫に籠り身を隠す。 2004年に爆弾解体中の事故で片足を失ったという逸話から「義足のピーター」の通り名を持っているが、これは爆弾解体に失敗し、人質を見捨てて逃げ出した後、その件で周囲からの非難、批判をかわすために片足を負傷し失ったと嘘をついたのが真相であり、実際には片足を義足に挿げ替えてなどおらず、杖をついた歩き方は演技であり両足ともに健在であった。 当初こそファットマンの教官らしく爆弾の在処をアドバイスしていたが、ビッグ・シェルを沈めるにしては設置場所や爆薬量が不適切であることに疑問を抱き、シェル2・H脚脚底部をプリスキンに調査させたところ、大量のC4爆弾が設置されていたこと、さらにファットマンが振りかける香水や気化ガスも発生しない無臭タイプであると知り、自ら解体すべきと判断。「その足では間に合わない」とプリスキンらに反対されるが、その際義足は嘘であったことを明かし、先述の真相をプリスキンらに語った上で「義足のピーターはもう終わりだ」と告げた後H脚脚底部へ降りた。シェル1・A脚脚底部にも同型のC4爆弾があると睨み、雷電を向かわせる一方で自身も目の前のH脚脚底部の爆弾の処理を試みようとしたが、時限装置の存在に惑わされた上にファットマンによるトラップに嵌ってしまい、失敗した事と自身の死が訪れる事を悟る。その直後、最期の瞬間まで通信で雷電を励ましながら作動してしまった爆弾の爆発で命を落とす。 雷電がシェル2中央棟B1を通りエマを助けに行く際、水没した通路に彼の遺体が残されていた。ファットマンは、スティルマンに勝利した証として、彼のドッグタグを奪っている。 プリスキン（スネーク）が本物のSEALSではないと見ていた（見抜いていた）が、信用に値する男ではあると確信しており、むしろプリスキンが信用できるのかと訝しむ雷電の方に、軽口としてではあるが「どっちかといえばあんた（雷電）の方が怪しい」と告げていた。 エマ・エメリッヒ・ダンジガー（E.E.） 声 - 山本麻里安 / ジェニファー・ヘイル アーセナルギアのA.l.開発スタッフ。オタコンの義妹でもあり、彼の実父であるヒューイの再婚相手ジュリー・ダンジガーの連れ子。オタコンからは「E.E.（イーイー）」と呼ばれている。ハードウェアに強い兄のオタコンに対し、妹のエマはソフトウェアに強く、ハッキング・クラッキングの力は兄を凌駕する。超多量情報分析の分野を得意とし、若いながらもビッグ・シェルのコンピュータ技術者に抜擢されていた。暗殺ウイルス「FOXDIE」を模したコンピュータウイルス（ワーム）を所持しており、アーセナルギアの起動を止められるのは彼女だけである。 性格は基本的には臆病で内向的だが芯の強く自分の意思を曲げない部分もある。幼少期は泳ぎは得意だったのだが、義父のヒューイのプールでの事故死に巻き込まれて以来、水に対して重度のトラウマを抱えている。この時にオタコンが自身を助けてくれず、その後逃げるように家を出て自身を置いて行き離れたとして彼を憎んでいた。虫が大の苦手で、ゲーム中登場するフナムシの群れに近付こうとすると悲鳴を上げて逃げ出してしまう。その為、虫がいる場所をエマを連れて通る際は何らかの対処が必要となる。助けてくれた雷電に対しては、見た目は「男前」だとは思いつつもカツラ疑惑を向けていたり「名前も着てるものも変」「手握る時も何かやらしー感じした」などと散々な評価をしている。 ジョンソン大統領の接触後からエマを救出するまでの間に大佐へ無線連絡すると、彼女の生い立ちの詳細について聞くことができる。プールでの事故によって義父ヒューイが死亡し、義兄ハルが家を出た後、イギリスに帰国。母親ジュリーはロビンソンという実業家と再婚して3人で生活を送ったが、ハイスクール卒業直前にこの義父から暴行を受けそうになり、両親と決別して単身オックスフォード大学に入学した。人工知能と複雑性理論に関する専門知識取得やGCHQ主催の暗号解読イベントに参加するなどの活動を経た後、クラッカー・グループのリーダー格として、2000年1月24日にNSAにハッキング攻撃を仕掛けてシステムを73時間に渡って機能不全に陥らせる。この事件によって世界中の諜報機関から一目置かれる存在となり、その中で彼女の生い立ちの上で欠かせない義兄ハルとの関係をアメリカ政府が把握。シャドー・モセス事件に関する情報提供とスカウトを受けて、2005年にNSA局員として極秘プロジェクトに参加し、2007年に退局したところまでが判明している。小説版『サブスタンスII』ではこのような行為に出た理由や心理が詳しく描写されている。 雷電によってアーセナルギア破壊のために救出されるも、ヴァンプの攻撃によって致命傷を負う。その後オタコンと再会し、自身が作ったウイルスをG.Wに打ち込ませるが、接続が遮断され不完全に終わる（後述）。しかしオタコンには事実を伏せて「成功した」と告げられ、死の間際にオタコンに本当は彼を男性として慕っていたこと、技術者になったのも憎しみではなく少しでもオタコンに近づきたかったからであるという本当の想いを打ち明けて息を引き取る。最期の願いはオタコンに「エマ」と呼んでほしいというものだったが、オタコンは複雑な感情からエマとすぐに呼べず「E.E.じゃ駄目かい？」と聞き返すと同時に事切れてしまい、その後でオタコンがいくらエマの名を叫んでも彼女には届かなかった。オタコンは哀しみに泣き崩れながらも、監禁されている人質を重量オーバー承知でヘリに載せなければならなかったために亡骸はそのまま安置され、アーセナルギア起動に伴って自立機能を失ったビッグ・シェルと共に水没した。打ち込んだウィルスは実はG.Wに致命的なダメージを与えてもおり、最終的には崩壊させる事に成功するが、それすらも愛国者達にとっては想定内であった。 電算室のオウムは彼女のペットだがフォーチュンと同型ないし同系列の電磁波兵器を装備しており、銃で撃っても弾は全て逸れ、グレネードも不発になる。また、エマが話し相手にしていた為、「オニイチャン、オニイチャン」「キンセイガニ〜」等とエマの言葉や口癖を頻繁に口にする。エマが事切れた後オタコンの手で自由にされるシーンでは「アイタイヨ」とまでオウムが口にしており、本物のエマを喪った後でオタコンは彼女の想いを改めて目の当たりにする事になり、声にならない叫びを上げて再び崩れ落ちてしまった。彼女の死はオタコンにウルフ同様重い影を落としたが、エマの懸命な生き様と行動は同時にオタコンを奮い立たせ、彼が前を向き行動していく原動力ともなった。
敵対者 ソリダス・スネーク（ジョージ・シアーズ） 声 - 大塚明夫 / テロ集団「サンズ・オブ・リバティ」のリーダーで、ビッグ・シェル占拠事件の首謀者。前アメリカ合衆国大統領ジョージ・シアーズの正体であり、ソリッド、リキッドに続く3人目のスネーク。シャドー・モセス事件の真の黒幕でもある。しかし事件後に大統領の座を追われ、愛国者達の手を逃れて地下に潜った末に「サンズ・オブ・リバティ」を組織。愛国者達に反旗を翻すべく今回の事件を起こした。
リボルバー・オセロット 声 - 戸谷公次 / 壮年の白人男性。神懸かった射撃技術とセンスを有している。コルトSAAを愛用しており、通り名のリボルバー・オセロットの由来ともなっている。シャドー・モセス事件で暗躍していた元FOXHOUND隊員。事件後はブラックマーケットにメタルギアの情報を流し、世界中にその亜種を拡散させた。今回もマンハッタン沖タンカー沈没事件、ビッグ・シェル占拠事件共に暗躍する。前作でサイボーグ忍者に切断された右腕はリキッド・スネークのものを移植して取り戻している。 リキッド・オセロット 声 - 銀河万丈 / カム・クラーク 移植した腕からリキッドに意識を乗っ取られたオセロット。肉体はオセロットだが、人格はリキッドのそれと化している。
ゴルルコビッチ隊 セルゲイ・ゴルルコビッチ 声 - 阪脩 / アール・ボーエン