只見線（ただみせん）は、福島県会津若松市の会津若松駅から新潟県魚沼市の小出駅までを結ぶ、東日本旅客鉄道（JR東日本）の鉄道路線（地方交通線）である。
福島県会津地方と、新潟県中越地方の魚沼地区を結ぶ。沿線のうち奥会津から新潟県側にかけては豪雪地帯であり、並行する国道252号で福島・新潟県境にまたがる六十里越付近は冬季通行止めとなり、その間は只見線が福島県只見地区と新潟県魚沼地区間の唯一の交通手段となる。このため、建設中に赤字83線に指定されるなど経営上の難がある閑散路線でありながら、国鉄再建法による特定地方交通線としての廃止対象から除外された。なお冬季の積雪量によっては只見線も運休する。特に新潟県側は降雪が多く、雪かき車が度々出動する。また一部の駅には、積雪量を示す目盛り入りの3メートル棒が線路脇などにある。
会津若松駅から会津坂下駅までは会津盆地の南方をU字状に大きく迂回し、その先は山間部に入り、屈曲し小ダムの多い只見川沿いの谷間を、上流へと奥深く遡って行く。田子倉湖付近から長大な六十里越トンネルで県境を越え、破間川沿いに谷を下り、破間川と魚野川の合流点近くにある小出駅で上越線と接続する。沿線の多くは只見川沿いの山村で、会津盆地・新潟県内も含め全線でローカル色の濃い車窓風景が続く。特に中央部は越後三山只見国定公園に属し、秘境ともいえる地域を縫うように走っており、いくつかの駅は秘境駅と呼ばれる。
路線データ
管轄（事業種別）： 会津若松駅 - 会津川口駅間、只見駅 - 小出駅間：東日本旅客鉄道（第一種鉄道事業者） 会津川口駅 - 只見駅間：東日本旅客鉄道（第二種鉄道事業者）・福島県（第三種鉄道事業者） 区間（営業キロ）：会津若松駅 - 小出駅 135.2 km（基本計画上は起点と終点が逆転） 軌間：1,067 mm 駅数：36駅只見線 おいでよ!南会津（福島県南会津地方振興局）2022年9月25日閲覧（起終点駅・臨時駅含む） 只見線所属駅に限定した場合、磐越西線所属の会津若松駅と、上越線所属の小出駅『停車場変遷大事典 国鉄・JR編』JTB、1998年。が除外され、34駅となる。 複線区間：なし（全線単線） 電化区間：なし（全線非電化） 閉塞方式：特殊自動閉塞式（軌道回路検知式） 保安装置： ATS-Ps（会津若松駅、小出駅構内） ATS-SN 最高速度：65 km/h 運転指令所： 会津若松駅 - 只見駅間：仙台総合指令室 (CTC) 只見駅 - 小出駅間：新潟総合指令室 (CTC) IC乗車カード対応区間：なし
小出駅 - 大白川駅間（旧・新潟支社管内）は長岡事業本部（線路設備管理は新潟事業本部）、只見駅 - 会津若松駅間（旧・東北本部管内）は福島事業本部（線路設備管理は仙台事業本部）の管轄である。正確には、大白川駅と只見駅間の六十里越トンネル内（会津若松駅起点95.7 km地点）に管轄境界がある。
2007年（平成19年）12月11日、小出駅午前7時4分着の列車をもって、大白川駅 - 小出駅間でのタブレット閉塞式の使用を終了し、特殊自動閉塞式に移行した（2007年12月4日新潟支社発表）。只見駅 - 大白川駅間は2008年（平成20年）9月26日に、西若松駅 - 会津坂下駅間は2011年（平成23年）10月7日に特殊自動閉塞式に移行している。JRの旅客線で最後のタブレット閉塞式区間として残っていた会津坂下駅 - 只見駅間についても、2012年（平成24年）9月23日に会津坂下駅 - 会津川口駅間が特殊自動閉塞式に切り替わり（会津川口駅 - 只見駅間はこの時点で災害により不通）、これをもってタブレット閉塞方式を行うJR旅客路線は無くなった。タブレット閉塞の設備は沿線の観光施設で保存されている。
歴史 若松（会津若松） - 会津柳津間は軽便鉄道法により計画された区間で、会津線の名称で1928年までに開業した。会津柳津 - 小出間は、改正鉄道敷設法別表第29号前段に規定する予定線「福島県柳津ヨリ只見ヲ経テ新潟県小出ニ至ル鉄道」である。会津柳津駅からは、そのまま会津線の延長として1941年に会津宮下駅まで、小出駅からは1942年に大白川駅までが只見線として開業した。
第二次世界大戦後は、田子倉ダム及び滝ダムの建設のため1956年に会津宮下駅 - 会津川口駅間が開業。会津川口駅から田子倉ダム建設現場までは、電源開発株式会社の専用鉄道として敷設され、1957年から1961年までダム建設輸送に使用された。田子倉ダム完成後は、会津川口駅 - 只見駅間を国鉄の営業線として使用するための改良が施され、1963年に国鉄線として開業した。また大白川地区では、1942年 - 1968年の間、珪石の採掘事業が行われ、その運搬用としても利用されていた。全通前の昭和30年代後半 - 40年代前半が最も利用者数・貨物輸送量が多かったとされる。
1971年、日本鉄道建設公団により「只見中線」として建設されていた只見駅 - 大白川駅間が開業、同時に支線であった西若松駅 - 会津滝ノ原駅間を分離して新たに会津線とし、只見線は小出駅 - 会津若松駅間の路線として全通を果たした。
会津線（会津若松駅 - 只見駅） 1926年（大正15年）10月15日 : 会津線会津若松駅 - 会津坂下駅間（21.6 km）が開業歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR 6号、22頁。西若松駅、会津本郷駅、会津高田駅、新鶴駅、会津坂下駅を新設。 1928年（昭和3年）11月20日 : 会津坂下駅 - 会津柳津駅間（11.7 km）を延伸開業。塔寺駅、会津坂本駅、会津柳津駅を新設。 1934年（昭和9年）11月1日 : 会津若松駅 - 会津柳津駅間でガソリンカー運転開始[ 『鉄道省年報. 昭和10年度』]（国立国会図書館近代デジタルライブラリー）。七日町駅、根岸駅、若宮駅を新設[ 「鉄道省告示第497号」『官報』1934年10月18日]（国立国会図書館デジタルコレクション）。 1941年（昭和16年）10月28日 : 会津柳津駅 - 会津宮下駅間（12.1 km）を延伸開業。郷戸駅、滝谷駅、会津檜原仮停車場、会津西方駅、会津宮下駅を新設。 1942年（昭和17年）6月1日 : 会津檜原仮停車場を駅に改める。 1956年（昭和31年）9月20日 : 会津宮下駅 - 会津川口駅間（15.4 km）を延伸開業歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR 6号、23頁。早戸駅、会津水沼駅、会津中川駅、会津川口駅を新設。 1957年（昭和32年）7月20日 - 1961年（昭和36年）12月 : 会津川口駅 - 田子倉停車場間で電源開発株式会社の専用鉄道貨物輸送を実施（管理運営は日本通運）。 1963年（昭和38年）8月20日 : 会津川口駅 - 只見駅間（27.6 km）を延伸開業。会津横田駅、会津蒲生駅、只見駅を新設。 1965年（昭和40年）2月1日 : 本名駅、会津越川駅、会津大塩駅、会津塩沢駅を新設。
只見線（小出駅 - 大白川駅） 1942年（昭和17年）11月1日 : 只見線として小出駅 - 大白川駅間（26.0 km）が開業。越後広瀬駅、越後須原駅、入広瀬駅、大白川駅を新設。 一ツ橋信号場（入広瀬駅 - 大白川駅間、専用線発着貨物取り扱い）新設。 1951年（昭和26年） 3月1日? : 藪神・魚沼田中・上条・柿ノ木の各仮乗降場を新設。 10月1日 : 藪神・魚沼田中・上条の各仮乗降場を駅に改める。 1954年（昭和29年） 10月1日 : 一ツ橋信号場を廃止。 12月10日 : 黒又川仮乗降場（入広瀬駅 - 柿ノ木仮乗降場間）を新設『読売新聞』昭和29年12月10日（新潟読売B）。 1965年（昭和40年）7月16日 : 黒又川仮乗降場を廃止。
全通以降 thumb|200px|right|貨車を牽引するC11-289号機。会津桧原駅－会津西方駅間（1973年11月撮影） thumb|200px|right|会津西方駅－会津宮下駅間（1973年11月撮影）
1971年（昭和46年）8月29日 : 只見駅 - 大白川駅間（20.8 km）を延伸開業（旅客営業のみ）。田子倉駅を新設。只見線の小出駅 - 大白川駅間を会津線へ編入して会津若松駅 - 小出駅（135.2 km）を新たに只見線とする。 1972年（昭和47年）10月2日 : 客車普通列車を廃止し、旅客列車を全て気動車化。 1974年（昭和49年）10月31日 : 蒸気機関車（SL）が最後の運転（後に観光用臨時列車としてSL運行を復活）。 1979年（昭和54年） : キハ40系気動車の運用を開始。 1980年（昭和55年） 10月1日 : 大白川駅 - 小出駅間（26.0 km）の貨物営業を廃止。 12月1日 : 会津宮下駅 - 早戸駅間で、線路にあった落石に上り回送列車が乗り上げて先頭車が鉄橋脇に転落し、2両目が脱線して運転士が負傷する事故が発生。 1982年（昭和57年）8月1日 : 西若松駅 - 只見駅（85.3 km）の貨物営業を廃止。 1987年（昭和62年）4月1日 : 国鉄分割民営化に伴い東日本旅客鉄道（JR東日本）が、第一種鉄道事業者として小出駅 - 会津若松駅（基本計画では起点・終点が逆転しているためこの順序））を継承。日本貨物鉄道（JR貨物）が第二種鉄道事業者として西若松駅 - 会津若松駅（3.1 km）で貨物列車を運行。柿ノ木仮乗降場を駅に改める。 1996年（平成8年）4月16日 : 会津水沼駅 - 会津中川間駅で脱線事故が発生。 1998年（平成10年） 8月4日：平成10年8月新潟豪雨のため会津川口駅 - 小出駅間で運転を見合わせ。 8月7日：会津川口駅 - 只見駅間で運転を再開。 9月2日：只見駅 - 小出駅間で運転を再開。 1999年（平成11年）4月1日: 日本貨物鉄道が西若松駅 - 会津若松駅（3.1 km）の第二種鉄道事業を廃止。 2001年（平成13年） 10月6日 : 全線開通30周年を記念して「SL&DL会津只見号」を会津若松駅 - 会津川口駅・只見駅間で運転（この年から「SL会津只見号」として毎年運行となる）。 12月1日 : 田子倉駅を臨時駅に改める（冬季休業化、時刻表に臨時駅の表示なし）。 2004年（平成16年） 10月23日 : 新潟県中越地震により只見駅 - 小出駅間が不通となる。 11月20日 : 只見駅 - 小出駅間の運行を再開。 2005年（平成17年） 3月12日 : 早戸駅 - 会津水沼駅間の下大牧付近にて雪解けによる大規模な斜面崩壊が発生、その土砂に下り列車が乗り上げ先頭車が脱線、運転士が負傷する事故が発生。会津坂下駅・会津宮下駅 - 只見駅間が不通となり、バス代行を実施（同年4月8日運行再開）。 事故当時の編成は会津川口側よりキハ40 559とキハ48 549であった - 航空・鉄道事故調査委員会（2006年4月28日）。 6月9日 : 会津中川駅 - 会津川口駅間の只見線を跨いで只見川に架かっていた町道の橋梁の撤去作業中に橋げたが一部ずり落ち、下り列車が接触して屋根が大破する事故が発生。負傷者なし。会津宮下駅 - 只見駅が不通となり、バス代行を実施（同年7月1日運行再開）。 上記事故による只見線用車両4両破損のため、2005年（平成17年）7月から2006年（平成18年）3月まで、JR東日本の東北地方他地区より車両を借り入れて運行した小牛田運輸区 キハ40 548、秋田車両センター キハ48 1507、八戸運輸区 第1次キハ40 558・キハ48 539、第2次キハ40 593・キハ48 1547。八戸の第2次車両は翌年3月まで只見線で運行された。。 2005年は3月の脱線事故と前後の冬の豪雪とあいまって、半年間近くがバス代行という状態になった。 2007年（平成19年）12月11日 : 大白川駅 - 小出駅間を特殊自動閉塞化。 2008年（平成20年）9月26日 : 只見駅 - 大白川駅間を特殊自動閉塞化。 2011年（平成23年） 7月23日 : 全線開通40周年を記念して「只見線全線開通40周年号」を会津若松駅 - 只見駅間で運転。 7月30日 : 新潟・福島を襲った豪雨により会津川口駅 - 会津大塩駅間で只見川第5 - 第7橋梁が流失、また会津坂本駅 - 会津柳津駅間で路盤が流出し、会津坂下駅 - 小出駅間が不通となる杉山淳一の時事日想：もうひとつの福島――「只見線」を忘れてはいけない - ITmedia ビジネス ONLINE、2012年12月28日 08時01分 更新（2015年4月9日閲覧）。 8月7日 : 会津坂下駅 - 会津宮下駅間が復旧。 8月11日 : 大白川駅 - 小出駅間が復旧。 8月28日 : 7月23日に続き、「只見線40周年号」を大白川駅 - 小出駅 - 長岡駅間で再び1往復運転只見駅まで運行予定だったが、豪雨災害で短縮運転。。 10月7日 : 西若松駅 - 会津坂下駅間を特殊自動閉塞化。 12月3日 : 会津宮下 - 会津川口間が復旧「3日に運転再開 只見線会津宮下―会津川口間 JR仙台支社」交通新聞（2011年12月1日）。 2012年（平成24年） 6月7日 : 只見駅 - 大白川駅間の復旧工事着手。冬前の復旧を見込む。 9月23日 : 会津坂下駅 - 会津川口駅間においてタブレット閉塞方式が廃止され、特殊自動閉塞化。 10月1日 : 只見駅 - 大白川駅間が復旧。不通区間は会津川口駅 - 只見駅間となる。ただし、田子倉駅は通過。 2013年（平成25年）3月16日 : 田子倉駅を廃止。柿ノ木駅を臨時駅に改め全列車通過とする。 2015年（平成27年） 3月14日 : 柿ノ木駅を廃止『JTB時刻表』2015年3月号（JTBパブリッシング）p.32。 9月10日 : 台風18号による豪雨により、西若松駅 - 会津本郷駅間の大川橋梁で軌道変位が発生。このため会津若松駅 - 会津川口駅間で会津鉄道会津線直通列車以外の運転を見合わせ。 9月14日 : 会津若松駅 - 西若松駅間および会津坂下駅 - 会津川口駅間の運転を再開。西若松駅 - 会津坂下駅間でバス代行。 9月29日 : 西若松駅 - 会津坂下駅間の運転を再開。 12月19日 : 冬期間、雪崩・落雪対策として会津若松駅 - 会津川口駅間で速度を落として運転するため、会津若松駅 - 会津川口駅間の列車と、会津川口駅 - 只見駅間の代行バスが冬期間の時刻に変更となる。 2018年（平成30年）6月15日 : 会津川口駅 - 只見駅間の復旧工事に着手。 2020年（令和2年） 3月：福島県包括外部監査において、只見線復旧事業について只見線が1本に繋がってこそ意味があり機能を発揮すると考えるのは共同幻想にすぎない。JR東日本が提示したバス転換案の方が地域振興に有効である旨指摘。 3月14日：ダイヤ改正に伴い、会津若松駅 - 会津川口駅間でキハE120形の運用を開始。それに伴い郡山総合車両センター会津若松派出所属のキハ40系の運用を終了。只見駅 - 小出駅間においても所定はキハ110形に変更となった。ただし暫定的にキハ40・47形が代走する形で継続されている『鉄道ダイヤ情報』2020年4月号の定期列車 編成変更情報に明記されている。。 11月16日 - 11月20日：橋りょう修繕工事実施に伴い、会津宮下駅 - 会津川口駅間が運休・バス代行。 2021年（令和3年） 6月30日：JR東日本が会津川口駅 - 只見駅間の第一種鉄道事業廃止の届出および第二種鉄道事業許可の申請を国土交通大臣に行う。福島県が会津川口駅 - 只見駅間の第三種鉄道事業許可の申請を国土交通大臣に行う。 7月10日：福島県の只見線利活用プロジェクト事業の一環で、会津鉄道所有の観光列車「お座トロ展望列車」が会津若松駅 - 会津川口駅間で団体専用列車として運転され、西若松駅 - 会津川口駅間に初めて乗り入れる 20ページ。 9月28日：「只見線鉄道施設群」として17施設が土木学会選奨土木遺産に認定。 11月30日：国土交通大臣が福島県に対して会津川口駅 - 只見駅間の第三種鉄道事業、JR東日本に対して同区間の第二種鉄道事業を許可。 2022年（令和4年） 7月20日：会津川口駅 - 只見駅間において試運転を開始。 8月1日：上下分離に備え、福島県生活環境部の出先機関として会津若松駅構内に「只見線管理事務所」を設置。 9月6日：会津川口駅 - 只見駅間で沿線住民ら約25人が参加する試乗会を開催（DE10形ディーゼル機関車が客車3両を牽引）「只見線 全線再開へ：新潟・福島豪雨 被害から11年」『読売新聞』朝刊2022年9月7日（社会面）2022年9月28日閲覧。 10月1日：会津川口駅 - 只見駅間が復旧し全線運転再開。同区間を上下分離方式に移行し、JR東日本が第二種鉄道事業者、福島県が第三種鉄道事業者となり、JR東日本の第一種鉄道事業を廃止。会津若松駅 - 只見駅間でワンマン運転を開始。 2024年（令和6年）3月16日：只見駅 - 小出駅間でワンマン運転を開始。 2025年（令和7年）：大雪のため、2月4日から運休していた只見駅 - 大白川駅間が4月17日に会津川口駅 - 只見駅間が5月16日に運転再開。 2026年（令和8年）7月1日（予定） - 支社制から事業本部制への再編に伴い、東北本部管轄区間の駅業務は福島事業本部、新潟支社管轄区間の駅業務は長岡事業本部の管轄となる。線路設備管理については、東北本部管内を仙台事業本部が、新潟支社管内を新潟事業本部が承継。
新潟・福島豪雨による長期路線寸断
2011年7月の新潟・福島豪雨により、只見線は小出駅 - 会津坂下駅間113.6 kmが不通（被害状況は前述）となった。特に橋梁流失などが複数個所で発生した会津川口駅 - 只見駅間27.6 kmは、当初復旧工事が行われなかった。もともと赤字路線であり（2019年度の赤字額は運行継続区間で18億8000万円）、沿線を中心とした両県では「このまま廃線になるのではないか」と危機感が強まっていた。
2013年1月、福島県知事および周辺自治体首長が、JR東日本に同区間の復旧・存続を要請した。また福島県は国に対し、JR東日本への財政支援を求めた。これは、JR東日本が東日本大震災で路線等に多大な被害を受けたものの、同社は2013年時点でも黒字経営東日本大震災の路線復旧をまだ一部区間のみ行っているだけで、経費をさほど支出していなかったため。であり、黒字経営の会社には鉄道軌道整備法の災害復旧援助が適用されないためである参議院国土交通委員会調査室編「」『立法と調査』No.329（2012年6月）p.169。
こうした動きに対して2013年5月、JR東日本本社側から復旧費用が85億円との試算で、着工から復旧まで4年以上かかるとの見通しが示された「只見線復旧費85億円」『読売新聞』2013年5月23日（福島版）（特に第八只見川橋梁の復旧だけで工期が4年かかる見込み）。またJR東日本単独での復旧は困難との見方をしており、福島県や沿線自治体の負担について調整を進める方針とした「JR、単独復旧「困難」 只見線不通区間 財政支援、県などと協議へ」『福島民報』2013年5月13日（2013年5月20日閲覧）。JR東日本は、2014年8月5日に金山町で行われた住民説明会で、福島県と沿線自治体から工事費の4分の1の負担を提示されていることを明らかにした上で「只見線、秋以降に復旧の可否判断へJR東日本が説明会で意向示す」『新潟日報』2014年8月5日、同区間の復旧の可否を同年10月以降に判断する方針を示した「復旧可否、10月以降に判断 JR東日本、金山で方針説明」『福島民報』2014年8月6日。
今回の只見線橋梁流出等の原因となった洪水被害については、只見線とほぼ並行して流れる只見川に、東北電力と電源開発が計10基のダムを建設したが、そのうちの一つである滝ダムについては堆積する砂が貯水容量の38%に達しており、各ダムの堆積砂による貯水容量の低下によって溢れた水が只見川で洪水を起こし、被害を拡大させる原因になった事を所有者の電源開発が認めている。只見線不通区間に位置する金山町の被災者150名でつくる「只見川ダム災害金山町被災者の会」は『只見川流域の安全対策を怠ったダム災害』と訴え、只見線をダムの堆積砂を運ぶ貨物線として活用してはどうか、との意見も出された節出典：『東京新聞』2013年3月17日26‐27面「ダム乱開発の人災」「大洪水で線路寸断」26面・27面節出典：『福島民報』2013年2月2日論説【只見線の全面復旧】公共交通自覚と責任を。
只見線復旧に向けて 不通区間の復旧に対して、福島県は復旧と再開に関するPRを行い、これに呼応して福島市に本店を置く東邦銀行が2013年（平成25年）に「福島県只見線復旧基金」へ寄付を行った。只見町観光まちづくり協会においてもPRおよび寄付による復旧費用を募るサイトを開設したほか、新潟県公式サイトでも福島県内における状況をPRしている。
2015年（平成27年）12月、福島県と沿線市町村は、只見線が運転を再開した場合に生じる赤字分を補填する方針を示した。また2016年（平成28年）3月には、黒字の鉄道事業者に対しても災害復旧事業費の補助を受けられるよう法改正を要望した。さらに、当初約85億円と見積もられていた復旧工事費は資材や人員不足で高騰し、100億円を超える見通しとなった。
2016年（平成28年）12月26日開催の「只見線復興推進会議検討会」では、福島県と沿線市町が施設と土地を保有しJR東日本が車両を運行する「上下分離方式」を採用し、鉄道で復旧させる方針が決まった。年間の費用負担はJR東日本が7100万円で県や沿線自治体が2億1000万円になる見込み。それを受けて、福島県は2017年（平成29年）1月下旬に第7回検討会議にて前述の上下分離方式の運営方法や、駅など鉄道施設の所有者、施設の維持費2億1000万円の負担割合を協議し、福島県と新潟・会津17市町村で構成する只見線復興推進会議で鉄道復旧方針の成案を年度内に決めるとした。
2017年（平成29年）1月、福島県や市町村、有識者で構成されるプロジェクトチームが設立され、鉄道復旧後の只見線を活用した地域振興策に取り組む方針が示された。また国会では、大規模災害で被害を受けた鉄道に対し、黒字の鉄道会社においても国が復旧支援が可能となる鉄道軌道整備法の改正案が検討されていることが明らかとなった。
2016年（平成28年）11月27日に会津若松市で開かれた復興推進会議検討会では、前回の会合で約108億円と提示した復旧費の総額について、只見町の第8橋梁の嵩上げを行わず、補強工事に留めれば約81億円にまで圧縮できるとし、工期もこれまで示してきた4年から3年に短縮されると説明された。その上で、復旧費はJR東日本が3分の1にあたる約27億円を支払い、残りの3分の2にあたる約54億円については、県と会津地方17市町村がこれまで約21億円積み立てた只見線復旧復興基金を充て、残額を新たに支出する方向で一致した。しかし、同年11月30日の会津美里町での検討会では、会津若松市と会津坂下町の住民から上下分離方式に対して「半永久的に膨大な費用がかかることが心配」「子どもたちに大変な負担になる」という反対・慎重意見もあった。
一方JR東日本では、2016年（平成28年）11月30日と12月1日に行われた市町村住民懇談会で、方針が正式に確定していないため、鉄道復旧とバス転換の両方の想定による説明を行った。
最終的に、2017年（平成29年）3月27日の復興推進会議において、上下分離方式での鉄道復旧が決定した。行政負担分の年間2億1,000万円にも及ぶ維持管理費の負担割合を「県が7割、地元17市町村が3割」とする確認書が了承された。2017年6月7日、福島県鉄道活性化対策協議会はJR東日本に対し鉄路維持の要望を改めて行い、JR側は「これまでの経緯や地元の思いを重く受け止め、上下分離方式の枠組みなどの検討を進めており、正式決定に向け取り組んでいる」と回答した。
2017年6月19日、JR東日本と福島県の間で基本合意書の締結が行われ、上下分離方式による鉄道復旧が正式に合意された。運休区間（会津川口駅 - 只見駅間）の復旧工事はJR東日本が行った上で、施設・土地を福島県に無償譲渡する。営業再開までに、福島県が第三種鉄道事業者、JR東日本が第二種鉄道事業者となる許可を取得し、営業再開後は当該区間の鉄道施設等を第三種鉄道事業者の福島県が保有し、第二種鉄道事業者のJR東日本が保有する車両で被災前の1日3往復を基本に列車を運行する。列車を運行するJR東日本は施設保有者の福島県へ線路使用料を支払うことになるが、運行経費が赤字とならないよう減免される。復旧費用の負担は福島県が3分の2、JR東日本が3分の1となる。福島県側の負担額54億円は県只見線復旧復興基金で積み立てた21億円を差し引いた33億円のほとんどを福島県が捻出して、会津地方17市町村の負担を軽減する方針である。
鉄道復旧の理由としては、会津地方は豪雪地帯であるために只見線への住民の信頼が高く、只見町と新潟県魚沼市間の国道252号が通行止となった場合に只見線が代替路となり、防災上の観点から鉄道復旧が適切と判断されたためである。また、復旧後は当該区間を含む只見線全線が厳しい利用状況であることを福島県が理解して、JR東日本と共に主体的に利用促進を行うことでも合意した。
2018年（平成30年）5月中旬から、除草などの復旧工事に向けた準備が進められ、6月15日に金山町の第七只見川橋梁付近で起工式が行われた。なお第六只見川橋梁については、2017年（平成29年）7月に豪雨被害を受けたことから、同年10月から前倒しで一部の撤去工事が行われた。
全線開通は2021年（令和3年）度中を目指すと報じられ、内堀雅雄福島県知事も運行再開について「平成33年（=令和3年）度中を目指す」と明言したが、この基本合意において営業運転再開時期は発表されておらず、復旧工事の進捗状況等を踏まえ設定するとしていた。
2019年（令和元年）11月28日には、第五只見川橋梁、第六只見川橋梁、第七只見川橋梁における橋脚等の完成および桁の架設の実施予定などが発表された。
2020年（令和2年）8月26日、第六只見川橋梁において地質条件が想定よりも悪いことが判明したため、橋梁の桁架設のための工法を再検討する必要が生じ、全線開通の時期が2022年（令和4年）度上半期にずれ込む見込みとなった。
2021年（令和3年）11月30日には、全線開通の時期について2022年（令和4年）秋頃を目指すと発表された。2022年（令和4年）5月18日に福島県とJR東日本仙台支社は同年10月1日に只見線全線で運転を再開すると発表した。復旧に備え福島県は只見線の利活用促進と安定的な維持管理に必要な体制のための部署として、同年8月1日に会津若松駅構内に生活環境部の出先機関である「只見線管理事務所」が設置された。
2022年（令和4年）10月1日、最後まで不通となっていた会津川口駅 - 只見駅間27.6 kmが復旧し、只見線は11年ぶりに全線で運転を再開した。しかし、下り一番列車の会津若松発小出行き423D（キハE120形）が塔寺駅 - 会津坂本駅間で車両故障を起こしたため、7時頃から全線で運転見合わせとなった。
福島県包括外部監査における指摘 2020年（令和2年）3月に、福島県の『平成31年度包括外部監査報告書（復興事業に係る事務の執行について）』が公表された。
その中で、只見線復旧事業については、下記のように、只見線が1本に繋がってこそ意味があり機能を発揮すると考えるのは共同幻想にすぎない。JR東日本が提示したバス転換案の方が地域振興に有効。只見線復旧事業費は別の事業で有効活用でき、上下分離に伴い今後の老朽化や災害復旧も県負担となる旨指摘されている。