この項目では日本の歴史（にっぽんのれきし/にほんのれきし）について記述する。
時代区分 日本の歴史における時代区分には様々なものがあり、定説と呼べるものはない。原始・古代・中世・近世・近代・現代とする時代区分法が歴史研究では広く受け入れられている。この場合でも、各時代の画期をいつに置くかは論者によって大きく異なる。
古代の始期については古代国家の形成時期をめぐって見解が分かれており、3世紀説、5世紀説、7世紀説があり、研究者の間で七五三論争と呼ばれている。中世については、中世を通じての社会経済体制であった荘園公領制が時代の指標とされ、始期は11世紀後半〜12世紀の荘園公領制形成期に、終期は荘園公領制が消滅した16世紀後半の太閤検地にそれぞれ求められる。近世は、太閤検地前後に始まり、明治維新前後に終わるとされる。近代の始期は一般に幕末期〜明治維新期とされるが、18世紀前半の家内制手工業の勃興を近代の始まりとする考えもある。さらに、第二次世界大戦での敗戦をもって近代と現代を区分することもあるが、最近は日本史においても、近代と現代の境目は冷戦構造が崩壊して、バブル崩壊で右肩上がりの経済成長が終わった1990年前後に変更すべきという意見もある。（以上の詳細→古代、中世、近世、近代、現代）
上記のような時代区分論は、発展段階史観の影響を少なからず受けており、歴史の重層性・連続性にあまり目を向けていないという限界が指摘されている。そのため、時代を区分する対象ではなく移行するものとして捉える「時代移行論」を提唱する研究者も現れ始めている。
一般によく知られている時代区分は、主として政治センターの所在地に着目した時代区分である。明確な画期に基づくものではないが、便宜上の区分として広く用いられている。文献史料がなく考古資料が残る時代は、考古学上の時代区分に従い、旧石器時代・縄文時代と区分する。文献史料がある程度残る時代以降は政治の中心地の所在地に従って、弥生時代後期〜古墳時代 (大阪市)・飛鳥時代（明日香村）・奈良時代（奈良市）・平安時代（京都市）・鎌倉時代（鎌倉市）・室町時代（京都市）・安土桃山時代（近江八幡市・京都市伏見区）・江戸時代（東京23区・旧東京市）と区分する。ただこれだけでは必ずしも十分でないため弥生時代後期から飛鳥時代前期に大和時代、鎌倉時代の後に建武の新政、室町時代前期に南北朝時代、室町時代後期に戦国時代、江戸時代後期に幕末という区分を設けており、このうち南北朝時代と戦国時代は中国の歴史の時代区分からの借用である。江戸時代の次は、天皇の在位期間（一世一元の制）に従って明治時代（明治天皇）・大正時代（大正天皇）・昭和時代（昭和天皇）・平成時代（明仁）・令和時代（徳仁）と呼ばれている。これらのうち、明治維新から1947年（昭和22年）5月2日までの時代（明治時代・大正時代・戦前昭和時代）を「大日本帝国時代」と、政体（憲法）に因んで呼ぶ例もある由井正臣著、岩波ジュニア新書『大日本帝国の時代―日本の歴史〈8〉』。また、北海道・北東北、南西諸島などの周縁部については、→日本史時代区分表）。
また、文化面に着目して、縄文文化・弥生文化・古墳文化・飛鳥文化・白鳳文化・天平文化・弘仁・貞観文化・国風文化・院政期文化・鎌倉文化・北山文化・東山文化・桃山文化・元禄文化・化政文化などが用いられる。
原始 旧石器時代
right|thumb|約2万年前の氷期最後の更新世後期の日本の高度地図
黒線は現代の海岸線を示す thumb|220px|right|群馬県みどり市の岩宿遺跡第1文化層出土の石器（明治大学博物館）。
戦前まで日本列島には旧石器時代は存在しないとするのが定説であったが、1949年（昭和24年）の岩宿遺跡（群馬県）の発見により、土器を伴わない旧石器時代の存在が証明された。
日本列島における人類史の始まり、つまり日本列島に初めて人類が到達した年代については、現在も多くの議論が行われている。5万年前、あるいは8-9万年前に遡るとされる岩手県遠野市の金取遺跡出土石器や、島根県出雲市の砂原遺跡出土石器の分析結果から、12万年前に遡るとする見解もあれば、現世人類（ホモ・サピエンス）以前の人類による列島への渡航能力と時期の問題や、石器の出土した土層の年代測定上の問題などから、4万年前以前に遡る可能性に否定的な見解などがあり、2020年代現在でも意見が分かれている。少なくとも現状では、日本列島の旧石器時代遺跡で、4万年前以前に遡る可能性が指摘されているものに、全ての旧石器時代研究者が肯定するものは存在していないとされる。
現生人類の最初の到来は、4-3.5万年前と考えられている。この時代の人々は、集落を造って一定の場所に長期間留まることをせず、テントのような簡易な住まいで寝泊まり（キャンプ）しながら集団で狩猟採集をして移動を繰り返す「遊動生活」をしていたと考えられている。後期旧石器時代の初期（4～3万年前）には、大規模な集団キャンプ跡と見られる環状ブロック群と呼ばれる遺構が出現し、千葉県印旛郡酒々井町の墨古沢遺跡や、長野県上水内郡信濃町の日向林B遺跡（野尻湖遺跡群の1つ）などの事例が知られる。
約4-3万年前の遺跡（日向林B遺跡など）からは、台形様石器のほか、世界最古級とされる磨製石器（局部磨製石斧）が多数発見されている。これにより、当時の人々は既に列島独自の磨製石器を使用していたと見られる。大分県豊後大野市の岩戸遺跡からは、約2万4千年前のものと見られるこけし型の岩偶が出土しており、旧石器時代にも何らかの信仰があったことがうかがえる。
氷期の海面低下により、北海道は樺太などを経て大陸と地続きになっていたが、九州と大陸間の対馬海峡は完全に陸化せず、狭い海峡として残存したと考えられている。この時代には本州・四国・九州を中心にナイフ形石器と呼ばれる石器が広く使用された。北海道においても白滝遺跡において広郷型と呼ばれる独自のナイフ形石器が出土している一方、奄美諸島以南の中・南琉球においては、ナイフ形石器は確認されていない小田静夫「琉球弧の考古学－南西諸島におけるヒト・モノの交流史－」（青柳洋治先生退職記念論文集編集委員会編『地域の多様性と考古学』雄山閣、2007年）。
この時代に属する遺跡は列島全体で1万箇所以上発見されているが、建物（竪穴建物や平地建物）の遺構が検出される事例は極めて稀で、確実に建物（住居）跡とみて良いものは、約2万2千年前の大阪府藤井寺市のはさみ山遺跡の例や、約2万年前の神奈川県相模原市の田名向原遺跡の例など、10例程度しか発見されていない。
一方、酸性土壌が多い日本列島の本土では旧石器時代の人骨が残存することは極めて稀であり、静岡県の浜北人などわずかな発見例に留まる。これに対し、石灰岩質の南西諸島（沖縄県）では、約2万2千年前の港川人や、さらに古い白保竿根田原洞穴遺跡の人骨などが良好な状態で発見されている。
旧石器時代の後半になると、槍の穂先として用いられた尖頭器（ポイント）が列島各地で発達した。また、約2万5千年前頃にはシベリアから新たに細石刃と呼ばれる小型の石器が北海道に伝わり、主に北日本で広がった。約1万4千年前頃には別の型の細石器が大陸から九州に伝わり、西南日本で広がったものと思われる。
約1万6千年前頃から、気候は徐々に温暖化に向かい始めた。これに伴い、植生が針葉樹林から落葉広葉樹林・照葉樹林へと変化し、ナウマンゾウなどの大型動物は絶滅へ向かった。この生態系の激変に適応する中で、新たな食料資源を調理・獲得するための土器や弓矢の出現、定住化の傾向といった人々の文化・生活に大きな変化が生じ、縄文時代（草創期）へと移行していった。その後、約1万1700年前には最終氷期が終わり（完新世の開始）、地球温暖化による海面上昇によって北方の陸橋なども海没し、日本列島は現在の島嶼環境となった。
旧石器時代人の遺伝子としてハプログループD-M64.1(M55)、ハプログループC-M8が想定されている崎谷満『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史 日本人集団・日本語の成立史』（勉誠出版 2009年）。
縄文時代
縄文時代（じょうもんじだい）は、年代でいうと今から約1万6,500年前（紀元前145世紀）から約3,000年前（紀元前10世紀）、地質年代では更新世の末期から完新世にかけて日本列島で発展した時代であり、世界史では中石器時代ないし新石器時代に相当する時代である。旧石器時代と縄文時代の違いは、土器の出現や、定住化に伴う集落（環状集落など）の形成、長期使用可能な建物（竪穴建物・平地建物・掘立柱建物）の普及、貝塚の形成などがあげられる。
草創期・早期・前期・中期・後期・晩期の6期に区分される。この頃の日本列島人は縄文土器を作り、早期以降定住化が進んで主に竪穴建物に住んだ。縄文土器については、青森県大平山元I遺跡にて約1万6,500年前頃の土器が出土しており、日本列島における極めて早い時期の土器として知られている。弓矢を用いた狩猟、貝塚に見られる漁撈、植物の採集などで生活を営み、打製石器、磨製石器、骨角器などを用いた。
堅果やマメ類などの半栽培も行われていたことが判明しており、三内丸山遺跡などで見られるクリ林の管理・選択や、ダイズ・アズキの大型化、野生のイヌビエから穀物のヒエへの栽培化のプロセスが追跡できるとする研究も公表されている。さらにエゴマやヒョウタンなども広く利用されていた。稲作については、約6,000年前の岡山県朝寝鼻貝塚から稲のプラント・オパールが検出されたとする報告があり、縄文時代前期における稲作の存在を示す可能性として提示されている。
縄文人の主要な遺伝子として、ハプログループD-M64.1(M55)、ハプログループC-M8が想定されている。
弥生時代 thumb|吉野ヶ里遺跡北内郭の大型建物
thumb|戦前の歴史学では初代神武天皇は西暦紀元前660年元旦（旧暦。新暦では2月11日にあたる）に日本国を建国したとされた。そのため日本国内では2月11日を建国記念の日として制定している。
紀元前8世紀頃から紀元後3世紀頃までは弥生時代と呼ばれる。時代区分名称は、この時期に特徴的に見られた弥生土器に由来する。弥生時代の開始期に大陸から弥生人が到達した。水稲耕作が普及し、青銅器や鉄器などももたらされた。
稲作を中心とする農耕社会が成立し、北部九州から本州最北端以北を除く日本列島各地へ急速に広まった。農耕社会の成立によって地域集団が形成された。農耕社会の発展とともに地域集団は大型化していき、その中心部には環濠集落が営まれた。当時多く築造された弥生墳丘墓は大型地域集団の首長墓と見られ、身分差が生じ始めていたことの現れだと考えられている。
当時の日本列島は中国から倭・倭国と呼ばれた。大型地域集団の中には中国王朝と通交するものもあり中国から「国」と称された。紀元前後には100前後の「国」が中国と通交していたとされる。倭の奴国王は後漢へ通使し金印を授与された。大型地域集団は次第に政治的な結合を強めていき、倭国連合と呼びうる政治連合体を2世紀初頭頃に形成した。その盟主は倭国王と称し、最初期の倭国王に帥升がいる。しばらく倭国は政治的に安定していたが、2世紀後半に倭国大乱と呼ばれる内乱が生じ、その後卑弥呼が倭国王となった。卑弥呼は魏との通交により倭国連合の安定を図った。この時期の倭の状況は中国の史料で確認できるが(→倭・倭人関連の中国文献)、3世紀の倭国が後のヤマト王権とどのように関係するかは不明である。
寒冷な北海道・北東北地方においては水田耕作が受容されず、続縄文時代に移行した。
弥生時代以降、ハプログループO-M122の渡来人が到達したとされる。
古代
古墳時代
thumb|平出遺跡公園にある、復原された古墳時代（西暦600年）の竪穴建物。
3世紀中頃から7世紀頃までは古墳時代と呼ばれる。この時期に通称古墳人が渡来したという説がある。3世紀中頃に近畿地方に出現した前方後円墳とそれに伴う墓制が急速に列島各地に広まっており、このことは畿内（ヤマト）・北部九州（筑紫）・北関東（毛野）・山陽（吉備）・山陰（出雲）に並立していた地域政治集団が糾合してヤマト王権を形成したことを表していると考えられている（前方後円墳体制）。ただし、これは初期国家と呼べる段階にはなく、王権の連合（連合王権）と見るのが適切とされている。この王権が後に国家としての体制を整え、さらに大和朝廷と称される政権に発展するが、どの時期以降をもって朝廷と呼ぶべきかに関しては、なお議論がある。
4世紀頃は文献での記述が途絶え「空白の4世紀」と呼ばれる。4世紀後半からヤマト王権は、列島主要部の支配を固めるとともに武器・農具の原料である鉄資源を求めて朝鮮半島への進出を開始し、半島諸国の国際関係にも介入するようになったが、これを契機として朝鮮や中国の技術と文物が倭国へ流入した。新羅や高句麗とも戦争を繰り返した。（倭・高句麗戦争、倭・倭人関連の朝鮮文献）
5世紀に入るとヤマト王権は朝鮮半島諸国との関係を優位にすべく朝貢することで、その目的に相応しい官爵を求めて中国の南朝との通交を活発に行った。中国史書に名の残るこの時期のヤマト王権の首長を倭の五王という。
「倭の五王」最後の「武」に比定されているのは、大初瀬若武（おおはつせわかたける）と称されていた雄略天皇である。このころより、大王や治天下大王と称するようになる。また朝鮮半島での勢力拡大を思うように行えなかったことから、それを目的にしていた中国の王朝への朝貢も行われなくなった。この時期の前方後円墳は、特に規模が巨大化しており強力な王権の存在を示している。
倭の五王の後、5世紀後半から6世紀前半にかけて、ヤマト王権では混乱が見られた。しかし北陸・近江根拠地の傍系王族から即位した継体天皇の登場と統治により、ヤマト王権の列島支配が強まり、これ以後は現天皇に繋がる体制が確立した。なお、継体天皇期には、北九州で磐井の乱などが起こっているが、ヤマト王権と北九州豪族磐井の関係については不明の点が多い。
またこの時代には、朝鮮半島諸国の国際関係への介入は大きく後退した。こうした内向な時期を経て、ヤマト王権による日本列島支配体制はさらに強化されていった。同時期にオホーツク海沿岸地域では、オホーツク文化が成立し、およそ13世紀まで続いた。
この時代（場合により次の飛鳥時代を含めて）を、大和時代と呼ぶことがあったが、現在は古墳時代とするのが一般的である。
飛鳥時代
thumb|法隆寺金堂と五重塔は国宝。法隆寺は、奈良県斑鳩町にある聖徳宗の寺院。ユネスコ世界文化遺産『法隆寺地域の仏教建造物』の一部。
6世紀末から8世紀初頭までは、大和朝廷の本拠が主に飛鳥に置かれたことから飛鳥時代と呼ばれる。6世紀後半には朝廷の国内支配が安定し、むしろ朝廷内部の大王位継承抗争が目立った。この時期には百済から仏教が伝来し、後の飛鳥文化・白鳳文化などの仏教文化へと発展していった。仏教・儒教・道教等の書物が入ってきたことで、この頃から文字の使用が普及する。
6世紀末、400年ぶりに中国を統一した隋の登場は、東アジア諸国の政治権力の集中化をもたらした。倭国でも7世紀前半にかけて推古天皇とその甥厩戸王（聖徳太子）が、崇峻天皇暗殺事件などを経て権勢を振るっていた有力豪族の蘇我馬子を牽制しながら大王（天皇）主権を確立しようとした。第1次遣隋使派遣の反省から、冠位十二階制定・十七条憲法導入などの国政改革が行われた。しかし豪族層の抵抗も根強く、権力集中化はその後も企図されたが、その動きは伸び悩んだ。第2次遣隋使では小野妹子が派遣され、中国の皇帝煬帝へ親書を渡した。その親書には「日出づる処の天子、書を日没する処の天子に致す」隋書 東夷伝 第81巻列伝46): "日出處天子致書日沒處天子無恙" とあり、あくまで朝貢外交の枠内ではあったものの、中国と冊封を受けずに自立した君主であることを認めさせることで、自主性を示す意図があった。
7世紀中頃の大化の改新も権力集中化の動きの一つであり、一定の進展を見せている。しかし、権力集中化への最大の契機は、7世紀後半の百済復興戦争における敗北（→白村江の戦い）であり、倭国内の諸勢力は国制整備を進めることで一致し、権力集中化が急速に進み始めた。さらに壬申の乱に勝利した天武天皇は権力集中を徹底し、天皇の神格化を図った。天皇号の制定時期は天武期と考えられている。併せて、天皇支配を具現化するために律令制の導入を進め、8世紀初頭の大宝律令制定に結実した。藤原に都城（藤原京）が置かれ、日本という国号もまた、大宝律令制定の前後に定められ、大宝以後は元号も定着した。天武天皇の命により、日本最初の本格的歴史書として『古事記』の編纂が開始され、元明天皇期の712年に太安万侶によって完成した。また、天武天皇期に勅命が下ったとされる現存する日本最古の勅撰正史『日本書紀』の編纂も並行して進められ、元正天皇期の720年に完成した。
なお、この時期北海道中西南部・青森県北部においては擦文時代を迎える。
奈良時代
thumb|東大寺金堂、奈良県奈良市。
8世紀初頭から末にかけては奈良時代と呼ばれ、奈良に都城（平城京）が置かれた。そして遣唐使を盛んに派遣し、律令国家体制の形成と深化が図られた。王土王民思想に基づく律令制は、天皇とその官僚による一元的な支配を志向しており、民衆に対しては編戸制・班田制・租庸調制・軍団兵士制などの支配が行われた。8世紀前半は、律令制強化への動きが積極的に展開しており、三世一身法・墾田永年私財法などの農地拡大政策もこうした律令制強化の一環だったと考えられている。しかし、この時期聖武天皇のときに中宮職が設置されるなど政治の中枢が変化し始めていた。また8世紀後半に入ると百姓階層の分化が始まり、逃散増加で税収が減るなどして律令支配の転換を迫る状況が生じていった。 thumb|復元された大極殿 また、新羅を蕃国とし、東北地方以北の蝦夷・南九州の隼人を化外民とする中華意識が高まり、日本は、新羅へ朝貢を要求するとともに、蝦夷・隼人らを「教化」して律令支配へと組み込もうとしていった。この頃の北方の領土は日本海側沿いの拠点にとどまり、領土拡大に努める日本は蝦夷に対して、帰順する蝦夷を優遇する一方、反抗する蝦夷は軍事力で制圧するという二面性の政策を取った。
この時代には干ばつ・飢饉・山火事などの災害や疫病の流行が多発した。特に、735–737年にかけて発生した天然痘のエピデミック（天平の疫病大流行）は貴族・庶民を問わず夥しい数の死者を出し、政権を担っていた藤原四兄弟も相次いで病死した。これらの災厄が自らの不信心に起因していると考えた聖武天皇は仏教への帰依を深め、東大寺創建を命じるなど国家的な仏教振興を推進した。
文化面では、『日本書紀』・『万葉集』・『風土記』などが編まれた他、遣唐使がもたらした大陸文化に影響を受けた天平文化が栄えた。仏教は政府により統制されたものの鎮護国家思想が強まり、聖武天皇の発願で東大寺・国分寺が国家護持の名目で建立された。工芸品では正倉院宝物が有名である。称徳天皇が作らせた百万塔に収められた百万塔陀羅尼は、現存する世界最古級の印刷物と言われている。
平安時代
8世紀末頃から12世紀末頃までは平安時代と呼ばれ、桓武天皇の築いた平安京が都とされた。平安前期には古墳時代の地方首長層に出自する古来の国造一族から任命された郡司階層の没落と百姓階層の分化が一層進み、前代から引き続いた律令国家体制に限界が生じていた。そこで朝廷は11世紀初頭頃から地方分権的な国家体制改革を精力的に推進し、王朝国家体制と呼ばれる体制が成立した。
王朝国家では、朝廷から大幅に統治権限を委譲された受領とその国衙機構による地方支配が展開した。この受領・国衙支配のもと、収取体系は従来の律令体制における、戸籍による個別人民把握と郡司層の百姓層に対する首長権に裏付けられた、人頭税方式の課税から、土地単位の課税と有力百姓階層や土着した元国司子弟などの富豪層への農地経営請負委託を組み合わせた、負名体制へと変貌した。地方統治を裏付ける軍事面においては、国衙軍制を通じて武芸の家として武装と武力の行使を公認された官人層である武士階層が、承平天慶の乱や刀伊の入寇などといった内外の軍事的危機の解決に与ったことを機会に台頭した。また、中央政治においては11世紀に藤原北家が天皇家の外戚として政権中枢を担う摂関政治が成立した。
12世紀に入ると王朝国家のあり方に変化が生じ、12世紀末から13世紀にかけて荘園の量的増加と、経営単位として自律した一円領地化という質的変化が著しくなり、権門を荘園領主とする荘園と、国衙が支配する公領が対等な存在として拮抗して並び立ち、このそれぞれにおいて荘園・公領間の武力紛争に耐えられる武士が現地の管理者として在地領主化する、荘園公領制と呼ばれる中世的な支配体制が確立した。同時期には上皇が治天の君として政務に当たる院政が開始しており、この時期が古代から中世への画期であるとされている。平安末期には保元・平治両乱を経て武士の軍事力が中央政界の政争の帰趨を左右するようになり、その結果、中央政界で政治の主導権を握った伊勢平氏によって原初的な武家政権と評価される平氏政権が登場した。
奈良時代から漸次的に進んでいた文化の日本化が国風文化として結実し、漢字を元に生み出された平仮名・片仮名が使われていくようになり、『源氏物語』・『枕草子』に代表される物語文学などが花開いた。密教や末法思想が広く信じられ、神仏習合が進み、寺院が多く建てられた。
東北地方では、11世紀頃から安倍氏・清原氏・奥州藤原氏などの半独立政権が興亡し、中央から派遣された鎮守府将軍をも交えてしばしば抗争した（前九年の役・後三年の役）。南西諸島においては、12世紀頃からグスク時代に入る。以降の詳細は、北から奄美群島の歴史、沖縄県の歴史、先島諸島の歴史などを参照のこと。
中世
鎌倉時代 thumb|元寇（「蒙古襲来絵詞」） thumb|150px|鎌倉大仏
12世紀末頃から14世紀頃までは鎌倉時代と呼ばれ、中央の公家政権と関東の武家政権が並立した。源頼朝を首長とする鎌倉幕府は、治承・寿永の乱で勝利して平氏政権を打倒し、その過程で守護・地頭補任権を獲得し、朝廷（公家政権）と並びうる政権へと成長した。13世紀前半の承久の乱の結果、公家政権は武家政権に従属した。その後、御家人筆頭である北条氏が幕府政治を実質的にリードする執権政治が確立した。
13世紀中期頃から、貨幣経済の浸透と商品流通の活発化、村落の形成、地頭ら武士による荘園公領への進出といった、大きな社会変動が生じ始めた。 13世紀後半には、1274年・1281年に、モンゴル帝国（元朝）および属国の高麗による2度にわたる対日本侵攻（元寇）があったが、幕府は撃退に成功した。しかし、十分な恩賞を与えられない幕府は徳政令を発布したり得宗専制をとったりして体制の維持を図ったが、御家人制度の動揺を抑え立て直すことはできなかった。在地社会では混乱に乗じて悪党・惣村などが出現し、荘園公領制の変質化が急速に進行した。
文化面では運慶と快慶の東大寺南大門金剛力士像など、写実的な美術が展開した。また宗教面ではそれまでの鎮護国家を目的とする顕密体制の仏教から発した鎌倉新仏教の成立により、民衆へ仏教が普及していった。北海道においては、13世紀頃から従来の擦文文化が、狩猟採集で得られた商品価値に富んだ産品の交易により深く依存を強め、またオホーツク文化と融合する中、アイヌ文化へと変遷を遂げた。
南北朝時代 thumb|南朝のあった吉野山
14世紀頃は南北朝時代と呼ばれ、大覚寺統後醍醐天皇流の南朝と足利氏が支援する持明院統の北朝に朝廷が分かれた。
鎌倉時代中期以降、皇室は大覚寺統と持明院統に分かれて皇位継承を巡り争い、鎌倉幕府の介入により両統迭立状態となっていた。大覚寺統から即位した後醍醐天皇は幕府を滅ぼそうとするも失敗し、廃位されたのち隠岐に流され、皇太子であった光厳天皇（持明院統）が即位した。しかし、隠岐を脱出した後醍醐天皇は再び討幕を呼びかけ、足利尊氏や新田義貞らにより鎌倉幕府を滅亡させる。
後醍醐天皇は、光厳天皇を退位させ、建武の新政と呼ばれる天皇専制の政治を行うが、公家や武士など様々な層の不満が増すと、尊氏はそれを背景に新政から離反し、光厳上皇の協力も得て建武政権を崩壊させた。京都で持明院統の光明天皇（光厳上皇の実弟、猶子）が即位したのち、後醍醐天皇は吉野に逃れ、南朝を成立させた。対する京都の朝廷を北朝と呼ぶ。荘園公領制の変質が、社会各層における対立を顕在化させ、南北朝の争いを大義名分とする全国的な抗争が展開した。情勢的には、一部期間（正平一統など）を除き、京都を掌握し武家政権を擁する北朝が優勢を誇り、大多数の公家や皇族、武士から支持を得た。
文化面では、ばさらに代表されるように、身分秩序を軽視し華美な振る舞いを好む傾向が見られた。また、連歌が流行し、『二条河原落書』など文化の庶民化への動きが見られた。
室町時代
thumb|3代将軍足利義満 サムネイル|鹿苑寺 14世紀頃から16世紀頃までは室町時代と呼ばれ、京都の室町に室町幕府が置かれた。京都に本拠を置いた幕府は、足利尊氏・足利直義兄弟による二頭政治を行った。観応の擾乱以前は、朝廷（公家政権、北朝）と幕府は協調・連動して徳政政策を行っていた田中奈保「貞和年間の公武徳政構想とその挫折―光厳上皇と足利直義の政治的関係から」『中世政治史の研究（阿部猛編）』、日本史史料研究会企画部、2010年、、p.812。。しかし、観応の擾乱を経て幕府は幕府権力を一つに統一し、対して朝廷は権威を失墜させると、幕府は朝廷の権能を次第に侵食したため、朝廷は政治実権や政治機構を失っていった。各国に置かれた守護も半済等の経済的特権の公認や守護請の拡大などを通じて、国内支配力を強め、国衙機能を取り込んでいき、守護大名へと成長して、守護領国制と呼ばれる支配体制を築いた。
足利義満は南北朝合一を遂げ、朝廷を北朝に統一した。また日明貿易を行い明皇帝から日本国王に冊封された。義満は守護大名の勢力抑制に努めたが、守護大名の拡大指向は根強く、幕府対守護の戦乱が多数発生した。幕府-守護体制は15世紀中葉まで存続したが、応仁の乱によって大きく動揺すると明応の政変を契機としてついに崩壊し、戦国時代へと移行した。1419年、李氏朝鮮が対馬に侵攻した（応永の外寇）。1429年に尚巴志王が琉球王国を作り上げ、日本や明などと国交を結び盛んに貿易を行った。本州から現在の北海道南部に進出した人々は道南十二館などの居住地を作り、和人と呼ばれた。アイヌと和人は交易をしたが、和人がアイヌを圧迫したため、1457年に大首長コシャマインを中心に蜂起するも（コシャマインの戦い）、蠣崎氏により鎮められた。
この時代の社会原則は自力救済であり、各階層内において連帯の動き＝一揆が浸透した。村落社会の自立化が進み惣村・郷村が各地に成立した。西日本では交易が活発化すると、その活動は朝鮮・中国に及んだ（倭寇）。文化面では、連歌・猿楽・喫茶など身分を超えた交流に特徴付けられる室町文化（北山文化・東山文化）が栄えた。この文化は禅宗の影響を受け、簡素さと深みという特徴も持っていた。
戦国時代
thumb|姫路城 15世紀後期から16世紀後期にかけての時期を戦国時代と呼ぶ。この時代は、守護大名や守護代、国人などを出自とする戦国大名が登場し、それら戦国大名勢力は中世的な支配体系を徐々に崩し、分国法を定めるなど各地で自立化を強めた。一円支配された領国は地域国家へと発展し、日本各地に地域国家が多数並立した。この地域国家内における一元的な支配体制を大名領国制という。地域国家間の政治的・経済的矛盾は、武力によって解決が図られた。16世紀半ばに登場した織田信長は、楽市楽座令を出すなどして流通政策を推進し、海外交易を保護・統制して、強大な軍事力を手にした。