兵庫県の二級水系一覧では、兵庫県を流れる水系のうち、兵庫県が管理する二級水系を記述する。2004年4月1日現在、92水系、350河川ある。
リストの順序は、河口の位置を基準に、瀬戸内海沿岸を大阪府境から西へ、日本海沿岸を京都府境から西へ、淡路島の河川を島の北端から時計回り、の順番に並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
水系名流路延長(km)流域面積(km2)河川数河口のある自治体備考 蓬川 2.416 1 尼崎市よもがわ 武庫川 65.709 46 尼崎市、西宮市 新川 2.381 1 西宮市 東川 5.289 2 西宮市 洗戎川 1.855 1 西宮市あらいえびすがわ 夙川 4.125 1 西宮市しゅくがわ 堀切川 0.812 1 西宮市 宮川 3.070 1 芦屋市 芦屋川 4.542 1 芦屋市 高橋川 1.410 3 神戸市東灘区 天上川 2.509 2 神戸市東灘区 住吉川 3.600 2 神戸市東灘区 西獺川 2.460 1 神戸市東灘区にしうそがわ 天神川 2.875 1 神戸市東灘区 石屋川 2.682 2 神戸市東灘区 高羽川 2.035 1 神戸市東灘区 都賀川 1.790 3 神戸市灘区 西郷川 2.322 4 神戸市灘区 西谷川 2.520 1 神戸市中央区 生田川 1.790 7 神戸市中央区 鯉川 1.725 3 神戸市中央区 宇治川 2.265 2 神戸市中央区 新湊川 4.665 5 神戸市長田区 妙法寺川 6.975 3 神戸市須磨区 千森川 1.925 2 神戸市須磨区 一の谷川 0.690 1 神戸市須磨区 塩屋谷川 3.460 2 神戸市垂水区 福田川 7.410 2 神戸市垂水区 山田川 3.835 1 神戸市垂水区 朝霧川 2.690 1 明石市 明石川 20.985 6 明石市 谷八木川 3.505 1 明石市 赤根川 4.305 1 明石市 瀬戸川 4.110 2 明石市 喜瀬川 8.380 1 播磨町 泊川 1.420 1 加古川市 （加古川） 96.000 1730 130 加古川市、高砂市一級水系 法華山谷川 15.947 2 高砂市ほっけさんたにがわ 天川 18.720 2 高砂市、姫路市 西浜川 1.941 1 姫路市 八家川 4.480 1 姫路市やかがわ 市川 77.554 26 姫路市いちかわ 野田川 3.635 2 姫路市 船場川 11.572 2 姫路市 夢前川 39.667 9 姫路市ゆめさきがわ 汐入川 3.380 1 姫路市 大津茂川 18.608 4 姫路市 （揖保川） 70.000 810 47 姫路市一級水系 富島川 2.295 2 たつの市 亀の尾川 0.977 1 相生市 大谷川 1.348 1 相生市 苧谷川 4.455 5 相生市おこくがわ 佐方川 1.715 2 相生市 千種川 72.155 57 赤穂市 大津川 6.735 7 赤穂市 （円山川） 68.000 1300 97 豊岡市一級水系 竹野川 21.218 8 豊岡市 須井川 2.300 1 豊岡市 安木川 1.900 1 香美町 佐津川 13.509 2 香美町 上計川 1.500 1 香美町あげがわ 香住谷川 2.109 1 香美町 矢田川 34.691 13 香美町 長谷川 1.745 1 香美町 西川 1.700 1 香美町 岸田川 23.852 15 新温泉町 大栃川 2.291 1 新温泉町 結川 2.150 1 新温泉町むすぶがわ 長谷川 0.373 1 淡路市 茶間川 1.800 1 淡路市 楠本川 3.600 1 淡路市 浦川 4.549 1 淡路市 砂川 0.600 1 淡路市 老松川 0.400 1 淡路市 佐野川 2.500 1 淡路市 生穂川 3.150 1 淡路市 大谷川 1.560 1 淡路市 志築川 2.200 2 淡路市 岩戸川 4.960 1 洲本市 洲本川 8.084 9 洲本市 天川 1.690 1 洲本市 本庄川 6.850 3 南あわじ市 塩屋川 5.250 1 南あわじ市 津井川 5.700 1 南あわじ市 三原川 11.127 20 南あわじ市 鳥飼川 4.749 4 洲本市 都志川 8.536 3 洲本市 山田川 4.000 1 淡路市 覗川 1.000 1 淡路市のぞきがわ 郡家川 15.927 1 淡路市 新川 3.790 1 淡路市 室津川 2.240 2 淡路市 育波川 2.509 1 淡路市 富島川 1.910 1 淡路市 野島川 3.755 1 淡路市
関連項目 河川 二級水系 日本の川一覧
出典・参考文献 日外アソシエーツ 『河川大事典』 日外アソシエーツ、1991年。 兵庫県県土整備部編集発行 『平成16年度 県土整備部概要（資料編）』 兵庫県、2004年。