日本の特許制度（にほんのとっきょせいど）は、専売特許条例が施行された1885年（明治18年）7月1日から始まった。ただし、それ以前の1871年（明治4年）に専売略規則が公布されたが、施行されることなく翌年に廃止されている。2023年現在、日本での特許制度は、1959年（昭和34年）4月13日に公布された特許法を中心として整備されている。以下、条文番号は特に説明しない限り、日本の特許法の条文で説明する。
保護対象 日本の特許制度で、保護の対象になるのは、2条1項で定義される「発明」である（1条）。すなわち、「発明」とは、「自然法則を利用した技術的思想の創作のうち高度のもの」をいう（2条1項）。以下この項目では、この定義に基づいて解説する。
自然法則の利用 「自然法則」とは自然界において経験的に見出される法則をいう。以下のものは自然法則を利用したものとはいえない。
エネルギー保存の法則、万有引力の法則などの自然法則自体 永久機関など自然法則に反するもの 経済法則など自然法則以外の法則、ゲームのルールそれ自体など人為的な取決め、数学上の公式、人間の精神活動又はこれらのみを利用しているものといった、自然法則を利用していないもの
ただし、いわゆるビジネス方法関連発明といわれる発明については、コンピュータソフトウエアを利用するものであって、ソフトウエアによる情報処理が、ハードウェア資源コンピュータなどの物理的装置やCPUなどの物理的要素をいう。を用いて具体的に実現されている場合は、保護の対象となる可能性がある。
技術的思想 「技術は一定の目的を達成するための具体的手段であって実際に利用できるもので、技能とは異なって他人に伝達できる客観性を持つものである」と判示されている（最高裁判所昭和52年10月13日第1小法廷判決・判例タイムズ335号265頁）。
ここで技術的思想でないものとして以下が挙げられる。
フォークボールの投球方法などの技能 機械の操作方法又は化学物質の使用方法についてのマニュアルなどの情報の単なる提示 絵画、彫刻などの単なる美的創造物
創作 「発明」は創作であるので、例えば新種の鉱物や生物を発見しても、その発見に対し特許を取得することはできない。ただし、鉱物や生物を精製して取り出される物質は特許されうる。また、既知の物質であっても、新規な性質を発見しこの性質をもっぱら利用するようなものは「用途発明」として認められる。例えば、すでに知られているDDT自身に対してもう特許は取れないが、（それまでに使用用途として発見されていなければ）「DDTを用いた殺虫方法」に対して特許を取る事は可能である。「発明」と「発見」の境界は、突き詰めて考えると曖昧であると指摘する研究者もいる。
高度のもの 「高度のもの」という部分は、実用新案法における「考案」の定義と区別するためのもので、実質的な意味はないと解される。
高度性と進歩性とを結びつけて考える説もあるが、どちらの立場をとっても実務上の影響はない。
発明のカテゴリ 特許法上、発明には３つのカテゴリがあり、カテゴリが不明確であることは明確性違反として拒絶理由となる。
物の発明（プログラム等を含む） 方法の発明（いわゆる単純方法） 物を生産する方法の発明
出願書類 特許権の付与を請求するためには、意思表示たる特許出願（36条）という要式行為をする必要がある。特許を受けようとする者は次の事項を特許庁に提出する必要がある。特許出願は書面主義を採用しており、発明品の現物を提出したり、口頭で出願したりする事はできない中山3版。なお、特許を受ける権利が共有に係るときは、各共有者は、他の共有者と共同でなければ、特許出願をすることができない（38条）。また、特許出願を放棄し、又は取り下げるには、仮専用実施権者（もしいれば）の承諾を得る必要がある（38条の5）。
願書 特許出願人の氏名又は名称及び住所又は居所 発明者の氏名及び住所又は居所 明細書 特許請求の範囲 要約書 図面（任意） 外国語書面（外国語書面出願する場合） 外国語要約書（外国語書面出願する場合）
外国語書面出願 明細書、特許請求の範囲、及び図面に含まれる説明を日本語で記載したものの代わりに経済産業省令で定める外国語で記載したもの（外国語書面）と、要約書の代わりにそれを外国語で記載した書面（外国語要約書面）を願書に添付して出願する事もできる（36条の2第1項)｡これを外国語書面出願という（同条2項）。
外国語書面出願の出願人は、その出願日ここでいう「出願日」は国内優先権出願、パリ条約（第4条C(4)、同条A(2)）による優先権出願を主張した場合には、その基礎とした出願日（36条の2第2項）。さらに２つ以上の優先権の主張を伴う特許出願の場合は、それらのうち最初の出願日と認められたものを指す（36条の2第2項かっこ書）。から原則１年4月以内外国語書面出願が出願の分割による子出願（44条第1項、詳細後述）、実用新案登録や意匠登録からの変更出願（46条）又は実用新案登録に基づく特許出願（46条の2第1項）の場合は、この期間が経過した後であっても、これらの出願を行った日から2月以内なら、外国語書面及び外国語要約書面の日本語による翻訳文を提出できる（36条の2第2項）。に外国語書面及び外国語要約書面の日本語による翻訳文を、特許庁長官に提出しなければならない（36条の2第2項）。この翻訳文は、それぞれ明細書等と、要約書とみなされる（36条の2第8項）
上述の期間内に外国語書面及び外国語要約書面の翻訳文が提出されなかった場合は、特許庁長官は出願人にその旨を通知しなければならない（36条の2第3項）。この通知を受けた者は、経済産業省令で定める期間内に、外国語書面及び外国語要約書面の翻訳文を特許庁長官に提出することができる（36条の2第4項）。この経済産業省令で定める期間内に外国語書面図面は除かれる（36条の2第5項かっこ書）図面について日本語の翻訳文を提出しなかった場合、出願が取り下げたものとみなされず、ないものとして（すなわち、願書に添付しなかったとして）取り扱われる。の翻訳文が提出されなかった場合は、出願が取り下げられたものとみなされる（36条の2第5項）。なお、このように取り下げられた場合でも、故意に、この経済産業省令で定める期間内に翻訳文を提出しなかったと認められる場合でなければ、経済産業省令で定める期間内に限り、翻訳文を特許庁長官に提出することができる（36条の2第6項）。
審査手続 出願された発明が特許されるためには、前掲の登録要件を満たさねばならない。これを判断する作業が「審査」である。特許出願が方式的な要件を満たしているかを審査する方式審査が特許庁長官によって行われ（17条3項）、方式審査を通過した出願について登録要件を満たすかどうかを審査する実体審査が行われる。実体審査には、各種の技術的・法律的知識が要求されるため、特に資格を定められた特許庁審査官によって行われる（47条）。
方式審査 方式審査では、出願書面に方式面の瑕疵がないかを審査する。瑕疵が発見されれば、下記のいずれかの対応がされる。
補正可能な方式違反がある場合、補正指令がされる（17条1項）。補正で解消すれば、実体審査に進むことができるが、解消しないか、指定期間内に補正をしなかった場合、出願は却下されうる（17条2項）。 不適法な手続きであって補正が不可能なものである場合、却下理由通知がされる（18条の2第2項）。弁明書で弁明が認められれば、実体審査に進むことができるが、弁明書で弁明が認められないか、指定期間内に弁明しなかった場合、出願は却下される（18条2項）。 特許出願の日の認定要件（38条の2第1項各号）を満たさない場合、補完指令'がされる（38条の2第2項）。補完が認められれば、手続補完書の提出日を出願日として、実体審査に進むことができる（38条の2第6項）が、補完が認められないか、指定期間内に補完しなかった場合、出願は却下されうる（38条の2第8項）。 明細書または図面の一部の欠落が発見された場合、補完指令がされる（38条の4第1項）。補完が認められれば、手続補完書の提出日を出願日として、実体審査に進むことができる（38条の4第5項）が、指定期間内に補完しなかったか、保管後に明細書等補完書を取り下げた場合、願書の提出日を出願日として、実体審査に進むことができる。
補正指令 補正指令を出す事ができるのは、以下のいずれかに該当したときである。
手続の主体的要件にかかる違反具体的には、①独立して法律行為をできない未成年が法定代理人によらず手続をしたり、成年被後見人が法定代理人によらず手続をした場合（7条1項）、②保佐人の同意を得ず、被保佐人が手続した場合（7条2項）、③後見監督人がいるにもかかわらず、その同意を得ずに法定代理人が手続した場合（7条3項）および④不利益行為を代理するための特別の授権を得ない代理人が手続をした場合（9条）が該当する。があるとき（17条3項1号） 手続が特許法又は特許法に基づく命令で定める方式に違反しているとき（17条3項2号）
手続に必要な規定の手数料が納付されないとき（17条3項3号）
手続の補正をするには、手数料を納付する補正をするときを除いて、手続補正書を提出しなければならない（17条4項）。ただし外国語書面出願の出願人が、誤訳の訂正を目的として、前項の規定により明細書、特許請求の範囲又は図面について補正をする場合は、手続補正書ではなく誤訳訂正書を提出する（17条4項、17条の2第2項、詳細後述）。
補正と記載事項の変更とは区別される。例えば、願書の出願人の記載に誤記を発見したときには、手続補正書で願書を補正する。一方、特許出願後に特許を受ける権利を譲渡して出願人が変わったときには、出願人名義変更届を提出する。もし出願人名義変更届に誤記があれば、手続補正書で出願人名義変更届を補正する。
補完指令 補完指令を出さねばならないのは、以下のいずれかに該当したときである。
以下の出願日の認定要件（38条の2第1項各号）に違反しているとき 特許を受けようとする旨の表示が明確でないと認められるとき（38条の2第1項1号） 特許出願人の氏名若しくは名称の記載がなく、又はその記載が特許出願人を特定できる程度に明確でないと認められるとき（38条の2第1項2号） 明細書外国語書面出願にあっては、明細書に記載すべきものとされる事項を第36条の2第1項の経済産業省令で定める外国語で記載した書面が添付されていないとき（先願参照出願を除く）（38条の2第1項3号） 願書に添付されている明細書又は図面外国語書面出願にあつては、明細書に記載すべきものとされる事項を第36条の2第1項の経済産業省令で定める外国語で記載した書面又は必要な図面でこれに含まれる説明を同項の経済産業省令で定める外国語で記載したものについて、その一部の記載が欠けていることを発見したとき（第38条の4第1項）
38条の2の補完指令には手続補完書を、38条の4の補完指令には明細書等補完書を提出する方式審査便覧29年度。
審査主義 日本の特許制度では、権利成立のために実体審査を経た後に特許登録を行う審査主義を採用している。審査主義をとることには、成立した権利が特許要件を満たしていることが保証された安定した権利であるという大きな利点がある一方、権利成立までに時間がかかり、多大な行政コストを要するという欠点もある。しかしながら裁判による事後調停、第三者監視負担を勘案すると社会全体のコストとしては無審査主義に比べ遙かに低コストとなる。
現在、ほとんどの国が特許について審査主義を採用している一方で、日本の実用新案のように、特許とは別の無審査登録の制度を採用し又は補完的に有している国も存在する。
無審査主義では、早期に権利が発生するという出願人にとってのメリットはあるが、第三者への権利行使に際しては自らの権利が新規性・進歩性を具備し、有効であることの立証が不可欠となる。なお、日本の実用新案では、権利行使に当たっては所定の技術評価書を提示し（実用新案法29条の2）、権利行使後にその実用新案権が無効にされた場合には、相手方に与えた損害を賠償しなければならない旨の規定が設けられている（実用新案法29条の3）。
出願審査請求制度 日本では、特許の審査を受けるためには、単に特許出願を行うだけでなく、出願審査の請求弁理士など知財業界では、出願審査請求を単に「審査請求」と呼ぶことが多いが、法律上、単に「審査請求」といった場合は、行政不服審査法に基づく請求（行政不服審査法3条、5条等）を指す。を行う必要がある（48条の2）。つまり、全ての出願が自動的に審査されるわけではない。
このような制度が設けられたのは、特許出願から審査までの間の技術的・経済的環境の変化などによって特許化の必要がなくなる出願があるためである。また、特許出願は、原則として、出願後1年6月で自動的に公開され（64条）、当該特許出願に開示された発明や、それにより自明な発明が後に特許されることを防ぐことができるため（29条、39条）、競合他社等の特許取得を防止するには十分である。このような、特許化を目的とせず、他社の特許取得を阻止することを目的とした消極的な出願はいわゆる防衛出願と言われる。
出願審査の請求は、出願から原則3年以内ただし、分割出願の子出願、実用新案登録や意匠登録からの変更出願、実用新案登録に基づく特許出願の場合、（原出願日ではなく分割等を行った方の）新たな出願日から30日以内に限り、出願審査の請求をすることができる事が定められている（48条の3第2項）。これは、「出願日」は遡及効により原出願日になってしまう為逐条20版、分割等を行った時点ですでに３年が過ぎている事もありうるため、出願審査請求を可能にするためである。なお、出願審査の請求期間は、2001年9月30日以前の出願については、出願日から7年以内であった。にしなければならない（48条の3）。審査請求は任意である為、出願人の意思により、あえて期限までに審査請求しない事も可能である。ただし、所定の手数料を納めさえすれば（第195条関係別表の9）、請求は出願人のみならず何人もすることができるので（48条の3第1項）、出願人でも発明者でもない全くの第三者が審査を請求する可能性もある中山3版。なお、この場合であっても補正等の審査手続きを行うのは出願人である中山3版。また特許庁長官は、特許出願人でない者から出願審査の請求があつたときは、その旨を特許出願人に通知しなければならない（48条の5第2項）。一度行った審査請求は、取り下げることができない（48条の3第3項）。この期間内に審査請求をしなかった場合は、出願は取り下げたものとみなされる（48条の3第4項）。なお、このように取り下げられた場合でも、故意に、この期間内に審査請求しなかったと認められる場合でなければ、経済産業省令で定める期間内に限り、出願審査の請求をすることができる（48条の3第5項）なお、出願が取り下げられた旨が特許公報に載ってしまうので、これを見た第三者が出願が取り下げを信じてその出願発明を実施（若しくはその準備を）してしまう事が起こりうる。しかし、その後、出願人がこの期限延長制度を用いて出願審査請求を行った場合、実際には取り下げにならず、その後特許が成立してしまっうことがある。こうした場合、上記の発明実施（準備）者は、所定の条件を満たせば、通常実施権が与えられ（審査請求期間徒過後で救済が認められるまでの間の実施による通常実施権、48条の3第8項）、権利侵害を回避できる。。
出願審査の請求があったときは出願公開の際又はその後遅滞なく、その旨が特許公報に掲載される（48条の5第1項）。
優先審査・早期審査 出願審査は、原則として審査請求が行われた順番で行われるが、優先審査制度や早期審査制度を利用する事で例外的に審査の時期を早める事ができる。
優先審査制度とは、第三者に実施されている特許出願を優先的に審査する制度である。特許庁長官は、出願公開後に特許出願人でない者が業として特許出願に係る発明を実施していると認める場合において必要があるときは、審査官にその特許出願を他の特許出願に優先して審査させることができる（48条の6）。出願公開になった発明を第三者が実施している場合、又は出願人からの警告を受けた場合、事情説明書の提出により、優先審査を行われる。ただし、優先審査をするか否かはあくまで特許庁長官の裁量であるので、優先審査が許可されなくても不服申立てはできない中山3版。
早期審査制度とは、出願人が研究機関や中小企業等である出願等の審査期間を短縮する制度である。具体的には、中小企業、個人、大学、公的研究機関等の出願、外国関連出願、実施関連出願、グリーン関連出願、震災復興支援関連出願平成２３年８月１日から当面の間、アジア拠点化推進法関連出願のいずれかに該当する時は、出願人は中山3版早期審査制度を利用できる：
実体審査 実体審査においては、
最初の拒絶理由が発見された場合、最初の拒絶理由通知がされる（50条）。 意見書、明細書等の補正で拒絶理由が解消し、他に拒絶理由が発見されなければ、特許査定がされる。 意見書、明細書等の補正で拒絶理由が解消したが、他に拒絶理由が発見された場合、再び最初の拒絶理由通知がされる。 意見書、明細書等の補正で新たな拒絶理由が発生した場合、最後の拒絶理由通知がされる。 意見書、明細書等の補正で拒絶理由が解消しなかったか、指定期間内に応答しなかった場合、拒絶査定がされる。 最後の拒絶理由が発生した場合、最後の拒絶理由通知がされる（50条）。 意見書、明細書等の補正で拒絶理由が解消し、他に拒絶理由が発見されなければ、特許査定がされる。 意見書、明細書等の補正で拒絶理由が解消したが、他に拒絶理由が発見された場合、再び最初の拒絶理由通知がされる。 意見書、明細書等の補正で新たな拒絶理由が発生した場合、補正を却下したうえで、拒絶査定がされる（52条）。 意見書、明細書等の補正で拒絶理由が解消しなかったか、指定期間内に応答しなかった場合、拒絶査定がされる。 拒絶理由が発見されない場合、特許査定がされる。
特許出願の実体審査は、特許庁長官が指定した審査官が行う（47条）。審査官はもっぱら書面で審査を行うが高橋5版、面接やテレビ面接で行うこともできる高橋5版面接ガイド。なお、審査官には除斥規定があり、その詳細は審判官の除斥規定（139条）が準用されている（48条）。 審査の質の維持と効率化を図るため、特許庁は先行技術文献調査を登録調査機関に業務委託外注している。登録調査機関では、特許庁が主催する調査業務実施者調査業務実施者検索者または特許サーチャーとも呼ばれる。と調査業務指導者検索指導者ともいう。の講習の講習を受講し、それぞれの講習内の特許庁審査官による試験に合格した者のみ当該作業の実務を行なっている。先行技術文献調査は、高度検索閲覧用機器を用いて、クラスタ検索と呼ばれる特許文献検索を、全文（テキスト）検索、フリーワード検索（審査官フリーワード）、Fターム検索、FI検索、CPC検索等を用いて行なわれる。
先行技術文献情報開示要件 既に述べたように、文献公知発明で特許を受けようとするものが知っているものがあれば、その文献を明細書に記述しなければならないが（36条4項2号）、この要件が満たされていないと審査官が認めるときは、特許出願人に対し、その旨を通知（第48条の7の通知審査基準27年度）し、相当の期間を指定して、意見書を提出する機会を与えることができる（第48条の7）。
拒絶理由 審査官は出願書類を読み、この出願を拒絶すべき理由（拒絶理由）を探す。拒絶理由としては49条に限定列挙されているもののみを選ぶことができ、これ以外の理由で拒絶理由・拒絶査定を受けることはない。審査官の恣意を防ぐためである。
その特許出願の願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面についてした補正が第17条の2第3項又は第4項に規定する要件を満たしていないとき〔すなわち、補正可能な範囲を超えているとき。詳細後述〕 その特許出願に係る発明が、外国人の権利の享有、産業上の利用可能性、新規性（公知、公用、刊行物記載）、進歩性、拡大先願、公序良俗、共同出願または先願に係る規定により特許をすることができないものであるとき その特許出願に係る発明が条約の規定により特許をすることができないものであるとき その特許出願が記載要件または単一性の要件を満たしていないとき 前条の規定による通知をした場合であつて、その特許出願が明細書についての補正又は意見書の提出によつてもなお第36条第4項第2号〔先行技術文献情報開示義務〕に規定する要件を満たすこととならないとき その特許出願が外国語書面出願である場合において、当該特許出願の願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項が外国語書面に記載した事項の範囲内にないとき〔原文新規事項〕 その特許出願人がその発明について特許を受ける権利を有していないとき〔冒認出願〕
拒絶理由通知 拒絶理由が見つかった場合、拒絶の理由を通知する拒絶理由通知を審査官は特許出願人に対して送る（50条、17条の2第1項1号）。したがって、反論の機会もなく、突然に拒絶査定がされることはない。拒絶理由通知は最初の拒絶理由通知（17条の2第1項1号）と最後の拒絶理由通知（17条の2第1項3号）の2種類に分かれる。なお出願人にはじめて通知する拒絶理由を含むものは最初の拒絶理由であるので逐条20版、出願人とのやり取り内容によっては「最初の拒絶理由通知」が複数届く場合もある。これは本来1回目に通知すべきであった拒絶理由を含んでいるという意味で「最初の拒絶理由通知」と呼ばれている審査基準27年度。
拒絶理由通知を受け取ったら、出願人は拒絶理由に対する意見を表明した意見書（50条）と出願書類の内容を変更する手続補正書（17条4項）の両方若しくは一方のみを提出する事ができる。ただし、明細書等の補正は時期が限定されており、しかも最初の拒絶理由通知の場合と最後の拒絶理由通知の場合で補正できる範囲が異なる（詳細は次節）。このほかにも、出願人は出願分割（44条）、出願変更（46条）、当該出願を基礎とする国内優先権の主張を伴った新たな出願（41条）、出願の放棄や取り下げといった措置を取りうる。特に、分割出願は、単一性違反（37条）の拒絶理由を解消するために有効である。
実際には、審査請求された出願のほとんどに対して拒絶理由通知が発せられているため、それに対する応答（意見と補正の内容）が特許の成否を分けることが少なくない。そのため、多くの観点からの請求項を含む特許請求の範囲や、上位概念的な請求項から実施例に対応した請求項まで多段階にわたる特許請求の範囲を出願時に作成しておいて、幅の広いクレームを作成することによって、審査上の進歩性の判断ラインを見極めやすくなるため、意見・補正する上で有利になる。
審査官は意見書や手続補正書を読み、拒絶理由が発見されないか、全て解消したと判断された場合には特許すべき旨の査定（特許査定）がされ（51条）、拒絶理由が解消しない場合はの出願を拒絶すべき旨の査定（拒絶査定）がされる（49条）。
明細書、特許請求の範囲及び図面の補正 出願手続をした者は、事件が特許庁に係属している場合に限り、出願書類を補正をすることができる（17条1項）。これは自発的に行うこともできるし、補正指令に対応する為に行う場合もある。ただし時期によって補正できる範囲は制約を受ける場合がある。
このように規定されている趣旨は、手続の円滑迅速な進行のためには、はじめから完全な手続が望ましい。しかし、そのような手続が望めない場合もあるので、手続の補正をして手続を完全にすることが認められている。
日本の特許法は先願主義を採用しているので、出願人は特許を取得するために急いで出願をする場合がある。したがって、はじめから完全な明細書、特許請求の範囲および図面を用意することを出願人に期待できないこともある。また、審査の過程で一部の発明について新規性や進歩性を否定する証拠が発見された場合でも、特許請求の範囲を補正できれば特許を受けることができることもある。そこで、一定の要件の下、明細書、特許請求の範囲および図面の補正が認められている。
補正可能な時期 まだ特許査定を受けていない場合、以下の時期にのみ、明細書、特許請求の範囲、及び図面を補正できる（17条の2第1項）。ただし、日本を指定国に含む特許協力条約に基づく国際出願（国際特許出願）については、国内段階に移行するまで補正をすることができない。より詳しくは、日本語による国際出願（日本語特許出願）については、国内書面を提出して国内手数料を支払った後でなければ、補正をすることができない。外国語による国際出願（外国語特許出願）については、翻訳文および国内書面を提出して国内手数料を支払った後であって翻訳文提出期間が過ぎるか出願審査の請求をした後でなければ、補正をすることができない（第184条の12第1項）。
拒絶理由通知を受け取っていない場合、いつでもできる。 最初の拒絶理由通知を受け取った場合、拒絶理由通知の指定期間内にすることができる。 拒絶理由通知を受けた後第48条の7の通知を受けた後、第48条の7の通知の指定期間内にすることができる。 最後の拒絶理由通知を受け取った場合、拒絶理由通知の指定期間内にすることができる。 拒絶査定不服審判を請求する場合、その審判の請求と同時にするときのみすることができる。
最初の拒絶理由通知を受ける前の期間 特許出願をしてから、審査官による最初の拒絶理由通知を受ける前までの間、明細書等の補正をすることができる。補正が新規事項を追加するものではないこと（補正の根拠）を示したい場合は、補正の根拠を特許庁長官あての上申書に記載し、手続補正書とともに提出する。
最初の拒絶理由通知の指定期間 審査官による拒絶理由通知には、出願人が意見書を提出することができる期間が指定される（第50条）。この指定期間は、現在の運用では、日本在住の出願人については60日、外国在住の出願人については3月となっている。この指定期間には、明細書等の補正をすることもできる。
通常、出願人が明細書等の補正をする手続補正書を提出するときは、拒絶理由通知に対する意見書とともに提出する。すなわち、拒絶理由を解消するために特許請求の範囲を減縮したり明細書の誤記を訂正したりする補正をして、意見書において補正が新規事項を追加するものではないことや補正によって拒絶理由が解消したことを主張する。
補正は新規事項を追加するものであると審査官が判断したとき、審査官はそのことを新たな拒絶理由通知で出願人に通知する。出願人は、その拒絶理由を解消するため、新規事項を削除する補正をすることができる。
最初の拒絶理由通知を受けた後、第48条の7の通知の指定期間 出願人は、特許を受けようとする発明に関係する発明であって文献に記載されたものを知っているときは、明細書のその文献の所在情報を記載しなければならない（第36条第4項2号）。審査官は、出願人がこれを怠っていると認めたとき、出願人にその旨の通知をする（第48条の7）。この通知には意見書を提出することができる期間が指定される。この指定期間には、明細書等の補正をすることができる。
このとき、出願人には、関係する発明を記載した文献の所在情報を明細書に追加する補正をすることが期待される。日本国特許庁の解釈によれば、特許文献の番号や論文の書誌情報を明細書に追加する補正は、新規事項を追加する補正とはされない。
最後の拒絶理由通知の指定期間