前任である福田康夫首相の辞任に伴う福田康夫改造内閣の総辞職を受けて発足した。
2009年（平成21年）7月21日に衆議院を解散し、8月30日の総選挙にて鳩山由紀夫率いる民主党に議席の過半数を奪われ、9月16日の鳩山由紀夫内閣成立とともに政権を明け渡したことから、本内閣は民主党への政権交代まで約10年続いた第1次自公連立政権最後の内閣である。
経過 組閣 第170回国会において2008年（平成20年）9月24日に内閣総理大臣指名選挙が行われた。前任の福田康夫就任時と同じくねじれ国会のあおりを受け、前回同様に衆参で首班指名が異なり、衆議院は自由民主党総裁の麻生太郎を指名し、参議院は、民主党代表の小沢一郎を指名した。両院協議会でも成案を得るに至らず、衆議院の優越により衆議院で指名された麻生太郎を国会の指名として衆議院議長が奏上した。指名当日に宮中における内閣総理大臣の親任式、並びに、国務大臣及び内閣官房副長官ら認証官任命式を経て正式に成立した。
通常、記者会見において閣僚名簿を読み上げるのは内閣官房長官であるが、麻生自らが閣僚名簿を読み上げ、併せて「それぞれの閣僚に具体的にやってもらいたい仕事」についても説明した。
2008年（平成20年）9月25日の閣議では内閣法第9条の規定に基づき、首相に事故があった場合の臨時代理就任予定者の順位を河村建夫、与謝野馨、鳩山邦夫、中川昭一、甘利明の順とすることを決定した。また、同日の閣僚懇談会では行財政改革の一環として、歴代内閣と同様に閣僚給与の1割を国庫に返納することを申し合わせた。
9月29日、麻生首相は記者団から内閣の名前を聞かれ、「ネーミングはみなさん（報道機関）がすること」と、自らは内閣へのネーミングは行わないことを表明した内閣の名前？「興味がない」と麻生首相 2008年9月29日MSN産経ニュース。
解散総選挙を求める声 自民党内の圧倒的人気を得た麻生首相は「選挙の顔」として朝日新聞、2009年7月21日、東京版夕刊、1面。、解散ができなかった福田にかわり朝日新聞、2009年7月14日、東京版朝刊、39面。「解散、総選挙を行うことを前提に」首相になったとも言われ御厨貴は2008年（平成20年）10月28日 TBS時事放談 、朝日新聞、2009年7月14日、東京版朝刊、15面でこう述べた。、野党も速やかな衆議院解散、総選挙の実施を要求した。「選挙管理内閣」などとメディア「決戦へ陣形が整った 麻生『選挙管理』内閣が発足」東京新聞社説2008年9月25日 、「「麻生カラー」前面に 事実上の「選挙管理内閣」」2008年9月24日朝日新聞、その他社説等・日本新聞協会 および野党第170回衆議院予算委員会平成20年10月07日岡田克也（発言者番号197）、第170回参議院外交防衛委員会平成20年10月28日牧山ひろえ（発言者番号163）、第170回衆議院本会議平成20年11月28日保坂展人（発言者番号9）はレッテル攻勢に終始し衆院解散に追い込むことを企図しており、また自民内部でも足並みが乱れ、当初から独自の政策を開陳する機会に恵まれなかった（→麻生おろし）。
記者の首相に対する「ぶら下がり」取材では、9月24日の内閣発足後1か月間に、28回中少なくとも17回で解散が話題になったが、麻生首相はいずれも解散・総選挙の時期の明言を避けた「首相VS記者団」アーカイブ、 毎日.jp、毎日新聞社.報道メディアが解散時期を探った背景に、テレビ局が選挙関連特番の日程を決められない、新聞社が投票日まで人事異動を凍結したといった事情を指摘する報道もある。Gendai.net大手マスコミ全部を敵に回した麻生首相 が、麻生自身も自らの論文で「国民に信を問おうと思う」との表現を使い、当初は就任直後臨時国会冒頭の解散を思い描いていたと見られる朝日新聞、2009年7月15日、東京版朝刊、3面。。すでに総裁選の最中、9月半ばには政務担当秘書官村松一郎に衆院解散の際に読み上げる「解散原稿」の準備を指示、また、民主党代表小沢一郎に所信表明への回答を10月3日までに要求する所信表明演説も準備され、この時点では各党の代表質問が終わる10月3日の解散を念頭に置いていたとされる「混沌政局」読売新聞、2008年10月31日、東京版朝刊、1面。。しかし、リーマン・ショックに端を発する世界金融危機により、10月16日に東京株式市場が史上2番目の急落を記録。麻生首相は財務大臣兼内閣府特命担当大臣中川昭一らと協議して、金融危機に対応するため、解散の先送りを決定した朝日新聞、2008年11月2日、東京版朝刊、2面 が、「解散の先送り」が問題視され、内閣支持率は急落した。朝日新聞によれば、麻生首相は11月19日夜、年末年始の解散の可能性について細田博之幹事長らと相談したが、内閣支持率の急落に伴い「今は麻生では戦えない」とする自民党内の懸念を感じた細田らに真っ向から反対されて断念した「麻生首相では戦えない―党内懸念」朝日新聞、2008年12月2日、東京版朝刊、1面。
支持率の推移 thumb|320px|alt=麻生内閣の支持率推移|発足から半年間の内閣支持率推移。12月調査で大きく支持を落とした。共同通信による電話世論調査結果に基づく 組閣直後の内閣支持率は50%前後と振るわず、その後も低迷した。2008年（平成20年）12月8日に公表された各新聞の世論調査では、内閣支持率が21%（読売・毎日）・20%（朝日）まで下落した。この頃には自民党内での分派行動も目立ち朝日新聞、2008年12月9日、東京版朝刊、1面。、麻生首相は選挙の顔としての評価を大きく落とした前田幸夫（東大准教授）、『自民の信頼喪失 底流に』、神戸新聞、2008年12月28日、14版朝刊、2面。
麻生内閣発足直後にはサブプライムローン問題に端を発した世界金融危機の影響を日本も受け始めており、麻生首相は、「当面は『景気対策』、中期的には『財政再建』、中長期的には『改革による経済成長』」という経済対策を表明した"当面は「景気対策」など3段階で経済財政政策進める＝基本方針案" ロイター が、その財源の裏付けとなる第二次補正予算案が年内の臨時国会ではなく、年明けの通常国会に提出するという国会運営が朝日新聞から批判された（読売新聞臨時国会閉幕 解散政局で「政策」が沈んだ や産経新聞 は与野党合意ができなかった自民党と民主党を共に批判した）。 低支持率の背景には、麻生首相が国会答弁で踏襲を『ふしゅう』と読み間違えたこと朝日新聞 2008年11月10日22時9分 「村山談話をフシュウ？」首相誤読 議事録は「踏襲」（藤田直央） が大きく問題視され、強い批判を受けた毎日新聞 2010年5月9日 東京朝刊 ""（毎日新聞論説副委員長・与良正男 「麻生前首相が資質を問われ始めたのは漢字の誤読が発覚してからだ」） こともあるが、支持率の急落は麻生首相のみの責任とは言えず、前任者（安倍、福田）2代連続の「政権投げ出し」で国民が自民党に不信感を持ったことも背景にあった。また、参議院で第1党の地位にある最大野党の民主党は当初、協力的な姿勢を見せていたが、解散総選挙の先送りが表明されると対立路線を明確にし国会運営が困難になった（ねじれ国会）。また、自民党の内部からも速やかな政策実現を求める有志議員の会が麻生内閣の政策を積極的に批判し、党内の重鎮津島雄二から「敵（民主党）に塩を送っている」と評された。
国会における与野党の対立や自民党内における麻生おろしは、麻生内閣のみならず自民党への支持を一層失わせることになったが、この時点では民主党が圧倒的に支持を得ている状況にはなっておらず、大連立や政界再編の可能性があると見られていた。
「言論NPO」が2009年（平成21年）1月6日に発表した「麻生政権100日評価アンケート」によれば、支持率は11.0%、不支持率は70.8%だった。また、読売新聞社が2009年（平成21年）1月上旬におこなった調査では不支持率が前回と比べ5.6ポイント増の72.3%となった。
2月17日には財務大臣中川昭一がローマでの「もうろう会見」への批判を受けて辞任、直後の調査では9.7%まで支持率が低下した。3月には、民主党代表の小沢一郎に関するスキャンダルなどの影響で内閣支持率が若干回復傾向となり、日本経済新聞とテレビ東京が4月26日に実施した合同世論調査では32％（前回比7ポイント増)、産経新聞とFNNが4月25日と26日の両日に実施した合同世論調査では28.2%（前回比7.4ポイント増）に上昇した。しかし、5月に入ると、鳩山由紀夫の民主党代表就任や日本郵政社長の進退問題に端を発して総務大臣鳩山邦夫が更迭されたことを境に再び下落に転じ、毎日新聞が6月中旬に実施した全国世論調査では19%（前回比5ポイント減）、産経新聞とFNNが実施した合同世論調査でも17.5％（前回比9.9ポイント減） となり、再び20％を割り込む事態となった。両紙は共に、「麻生内閣は再び危険水域に入った」と報じた。
「麻生おろし」の暗闘と衆議院解散 2009年（平成21年）2月の中頃から、自民党内でも「麻生おろし」の動きが表面化してきた。この状況下で民主党幹部の中には「私たちがやるべきことは首相を守ることだ。いたぶるけど辞めさせないことが大事だ」としてあくまで辞任に追い込みたい他の野党から一歩引いた姿勢を示すものもあった「麻生降ろし」戸惑う民主 本音は“麻生首相のままで選挙”2月19日 産経新聞。
追い込まれた麻生内閣は、郵政民営化路線を見直す方向に舵を切り党内に残る反民営化勢力に訴えることで「麻生おろし」に対抗しようとした。2月5日の衆院予算委員会での「（郵政民営化に）賛成じゃありませんでした」との発言。当時郵政行政を所管する総務大臣だった麻生首相の発言に批判が集まると「最初は賛成ではなかった。しかし2年間にいろいろ勉強させていただいて、（中略）民営化したほうがいいというように最終的に思いました」と2月9日に訂正した。郵政選挙で得た自公の衆議院過半数を基礎として成立している内閣が、解散もせず、その時点での選挙の民意である郵政民営化に逆行すると捉えられかねない動きをすることに対して、2月18日に小泉元総理が「呆れたを通り越して、笑っちゃう」と発言し一連の動きを抑え込んだ。しかし、日本郵政社長西川善文社長人事問題では「総務大臣が適切に判断されるものと思います」と西川社長の退任を図ろうとする総務大臣鳩山邦夫を繰り返し擁護。郵政造反復党組の消費者行政推進担当大臣野田聖子も「総務大臣が判断すればいい」と発言。しかし、5月18日の指名委員会による西川社長の続投が決まり、自分と差し違えても西川退陣を迫る鳩山邦夫を6月12日麻生首相は事実上の更迭を行い、郵政民営化路線の見直しにより麻生おろしへ対抗しようとした試みは最終的に挫折した。そして、麻生内閣の迷走と自民党内の分裂をますます印象づける結果となった。また、月末には総選挙前の党四役の交代人事に着手 しようとするも党内からの反発で断念するなど決断にぶれが多く出た結果、麻生離れは進行した。元幹事長の中川秀直が「自ら降りていただきたい」と述べるなど、党内からも公然と退陣要求が出た「麻生降ろし」へうごめき＝首相サイドは警戒2009年6月29日 時事通信首相に退陣要求＝「自爆解散」絶対阻止－中川秀氏 2009年6月29日 時事通信。
麻生首相は7月13日、21日に衆議院を解散し、8月30日投開票の日程で総選挙を断行する意向を異例の「解散予告」の形で表明した。民主党の首相問責決議案が参院で可決されることを想定し、7月14日の衆院解散も検討したが、2009年（平成21年）の東京都議選で与党が大敗し、立ち直るのに日にちをあけたいという事情に配慮して、与党幹部と協議し憲法の規定でもっとも遅くなる8月30日投開票で合意した。なお14日の問責決議案可決の結果、野党が審議に応じず、国会は会期末を待たず事実上閉幕した朝日新聞、2009年7月14日、東京版朝刊、1面。同15日朝刊、1、3面。。
7月13日の「解散予告」の後は、各種調査の議席予測等を受け、2008年（平成20年）秋に解散しておけばよかったという与党議員の不満も出た朝日新聞、2009年7月18日、東京版朝刊、17面。。解散直前まで自民党が首相に麻生を擁するか混乱した影響は大きく、前官房長官の町村信孝も地元で「自民が勝てば麻生政権が続くのか」と問われるなど、情勢悪化に歯止めがきかなかった朝日新聞、2009年8月30日、東京版朝刊、2面。。
その後も自民党では署名により両院議員総会を開催しての総裁選前倒しなどが企図されたが、開催は見送られ懇談会となった。不満な議員が別のマニフェストを作る分裂的な動きなども出たが朝日新聞、2009年7月18日、東京版朝刊、3面。、小選挙区制では党非公認だと比例区での復活の可能性がなくなることで牽制され朝日新聞、2009年7月19日、東京版朝刊、1面。、7月21日に予定通り衆議院は解散された。しかし、党利党略でさえない、「麻生おろし」を封じるための解散だったとも評された朝日新聞、2009年7月22日、東京版夕刊、1面。。
退陣・民主党へ政権交代
サムネイル|2009年9月14日、政権交代を前に会談する鳩山由紀夫次期内閣総理大臣（民主党代表）と麻生太郎内閣総理大臣（自民党総裁） 2009年（平成21年）8月30日の第45回衆議院議員総選挙では民主党への政権交代が確定し、自民党が記録的大敗を喫した。総務大臣佐藤勉、財務大臣与謝野馨、文部科学大臣塩谷立、国家公安委員会委員長林幹雄、行政改革担当大臣甘利明、消費者行政推進担当大臣野田聖子と6人もの現職の国務大臣が小選挙区で落選した（6人全員比例復活した）。また、2月に財務大臣・金融担当大臣を辞任した中川昭一は大臣辞任の影響もあり小選挙区で落選、比例復活も次点でできず、落選した。
その夜に麻生首相が選挙対策本部でのNHKとの中継会見にて事実上の退陣を表明した。
選挙後の9月に組まれていた国際会議について、G20財務大臣・中央銀行総裁会議では財務大臣与謝野馨が体調不良を理由に欠席し、WTO閣僚会合では農林水産大臣石破茂、経済産業大臣二階俊博が欠席したことに対して「閣僚としての責務と、最後の仕事を放棄した」との批判があった『読売新聞』「編集手帳」2009年9月6日、東京版朝刊、1面。。
2009年（平成21年）9月16日、麻生首相は特別国会の召集に当たり、憲法の規定に従い内閣総辞職を臨時閣議で決定した。麻生首相は退任記者会見で「残念ながら道半ばで退任することになった。」と述べ、内閣総理大臣官邸を後にした麻生内閣が総辞職 首相会見、最後は笑顔 朝日新聞 2009年9月16日。同日、後継政権として鳩山由紀夫内閣が発足した。
政策 経済 麻生内閣は景気対策最優先の政権運営で日本経済の立て直しを目指した。就任直後の2008年（平成20年）10月16日の平成20年度第1次補正予算成立を皮切りに、2009年（平成21年）明けに同第2次補正予算、平成21年度予算、同第1次補正予算と半年余りで4回の経済対策を行った。特に平成20年度第1・2次補正予算と平成21年度予算の3つを合わせて政府は「景気対策の3段ロケット」と称した。各対策の要点は以下の通り。
【平成20年度第1次補正予算】‐総額11．5兆円（「安心実現のための緊急総合対策」） 生活者への支援 ・高齢者の医療費負担軽減など‐2500億円 中小企業への支援 緊急保証枠‐6兆円 政府系金融の緊急貸出枠‐3兆円 地方の活性化 緊急防災・災害復旧等‐4400億円
【平成20年度第2次補正予算】‐総額27兆円（「生活対策」） 生活者への支援 定額給付金の実施‐2兆円 自治体による雇用機会創出‐4000億円（基金） 妊婦健診の無料化‐800億円 離職者への住宅・生活支援 中小企業への支援 保証・貸出枠‐30兆円に拡大 金融機関への資本注入枠‐10兆円追加 地方の活性化 地方活性化交付金‐6000億円 高速道路料金の大幅引き下げ‐5000億円
【平成21年度予算】‐総額37兆円（「生活防衛のための緊急対策」） 生活者への支援 非正規労働者への雇用保険適用‐1700億円 雇用保険料引き下げ‐6400億円 出産一時金の増額 住宅減税‐3400億円 エコカー減税‐2100億円 中小企業への支援 省エネ設備等の投資促進減税‐1900億円 中小企業への税率引き下げ等‐2400億円 地方の活性化 雇用創出のための交付金増額‐1兆円 地域活力基盤創造交付金‐9400億円
【平成21年度補正予算】‐総額15．7兆円（「経済危機対策」） 生活者への支援 雇用調整助成金、再就職支援、能力開発、雇用創出、住宅・生活支援等‐1．9兆円 社会保障、消費者政策の抜本的強化、防災・安全対策、治安体制の整備等‐1．7兆円 金融対策 中小企業等資金繰り、株式市場、住宅・土地金融等‐3兆円 地方の活性化 地方自治体への財政支援等2．6兆円 成長戦略 低炭素革命‐1．6兆円 底力発揮・21世紀型インフラ整備‐2．6兆円 健康長寿・子育て‐2兆円 家電エコポイント制度創設 - 2946億円
このほかにも、金融機能強化法改正、国民年金法改正、労働者派遣法改正、外貨準備高からIMFへ10億円の貸出など行った。 また、「当面は景気対策、中期的に財政再建、中長期的には改革による経済成長」と述べ、社会保障と税財政に関する「中期プログラム」と景気回復後に遅滞なくかつ段階的に消費税を含む税制抜本改革を行うとした税制改正に意欲を示した。
中小企業に対する支援 中小企業を金融危機の被害から保護するため、金融機関に対して日本政策金融公庫からの信用供与を実施し、中小企業に対する長期資金貸付・新発社債購入・コミットメント・ラインの設定、大企業向け融資を通じた関連の中堅・中小企業への資金供給および保証などを実施した企業の資金繰り支援のための危機対応業務の内容を拡充しました（平成21年7月3日）：財務省。また、中小企業向けの税金の優遇制度として、中小企業に対して、当期の欠損金を前期に繰戻すことで、前年度に納めた法人税の還付を受けることができる優遇制度である繰戻し還付金を導入した。
外交 「自由と繁栄の弧」構想の下で、価値の外交を推進した。代表的な例として、安全保障、経済、環境、エネルギーなど幅広い分野で両国の戦略的協調を進めるため、訪日したインドのマンモハン・シン首相との首脳会談で日印安全保障協力共同宣言に署名した。また、12月18日、オーストラリアとの防衛協力と情報共有を推進する日豪の安全保障協力促進の共同文書を発表した。
ロシア連邦に対しては、大統領ドミートリー・メドヴェージェフの招きに応じ、南樺太を訪問した。南樺太は帰属未確定地のため、日本国政府はロシアの領土とは公式に認めておらず、戦後の歴代政権は内閣総理大臣が訪問することを避けてきた が、麻生首相はロシア側の出入国手続きに則り南樺太を日帰りで訪問し、さらに帰京後に皇居で記帳を行った。皇居での記帳は「外国」から帰国した際に行われるため、麻生首相が南樺太をロシア領だと事実上認めたと受け止められ議論となった。第171回国会では、古本伸一郎が麻生首相の一連の行為を疑問視し「記帳はダメを押したのではないか」 と発言するなど、南樺太がロシア領だと追認したことになるとの指摘がなされた。これを受け、行政制度および地方行財政を所管する総務大臣鳩山邦夫が、麻生首相の行為について「正直、実に微妙な問題だなと思う」 と答弁した。さらに、南樺太での日露首脳会談では、麻生首相が北方領土問題について面積二等分論に言及し、四島一括返還論の放棄を示唆した。戦後の日本の歴代政権は一貫して四島の一括返還を主張しており、大きな方針転換となった。
2008年（平成20年）12月13日、福岡県太宰府市の九州国立博物館で初の単独開催となる日中韓首脳会議（「第1回日中韓サミット」）が開催された。
韓国が導入を目指し積極的に推進していたサマータイム制度については、2009年（平成21年）6月28日の日韓首脳会談後の記者会見において記者の問いに対し、麻生首相が「やるなら一緒にやるというのは極めて効果が大きい。」 と発言し、韓国と同時に日本でも導入すればより高い効果が見込めるとの考えを示した。
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ユーラシア・クロスロード構想 麻生首相は2009年（平成21年）6月に、中央アジア・コーカサス地方のインフラ整備を支援する「ユーラシア・クロスロード構想」を発表し、「この地域で安定と繁栄が相乗効果を上げれば、世界経済を大きく押し上げる。中国、インド、ロシアは、そのための重要なパートナーで、こうした構想に、今申し上げた国々が関心を持つことを歓迎する。」と周辺国に参加を呼びかけた。この構想の具体的な支援内容としては「中央アジアからアフガニスタンを経て、アラビア海に至るルートの道路や鉄道の整備」「中央アジアからコーカサスを経て欧州に至るルートにあるカスピ海沿岸の港湾整備」の2点が挙げられているブルームバーグ (2009/06/30 18:36 JST) 麻生首相：中央アジア支援に新構想、中印ロに連携呼び掛け－講演 -。
人事 特徴 本内閣の特徴としては、国務大臣の平均年齢が58.2歳と前内閣から4歳近く若返ったことがあげられる。これは、内閣府特命担当大臣で初入閣した小渕優子が任命時34歳と9か月と戦後最年少での国務大臣就任となったことを含めて50代以下が10人を占めたことによる。しかし、前内閣からの再任者が5名おり、初入閣も5人と安倍内閣の11人の半分以下で、平均当選回数（衆院議員のみ）は6.5回で安倍内閣と同じで小泉内閣の5.8回を上回り、必ずしも「若返り」を意図した結果ではない。
父または祖父が内閣総理大臣経験者である国務大臣が、吉田茂の孫である麻生太郎首相を筆頭に、鳩山、中曾根、小渕と4人おり、これらを含めた“世襲政治家”が福田改造内閣の9人を上回る11人の多数に及び、マスコミや野党は“世襲内閣”“若旦那内閣”などと称し、安倍に次いで“おぼっちゃま内閣”とまで揶揄したJ-CAST テレビウォッチ 麻生新内閣「親が大臣です。あっそう」2008年9月26日。また、小泉以来4代続いて地盤を世襲した政治家であること、安倍以来3代続いて祖父に内閣総理大臣経験者を持つことも批判された。
首相を除く無派閥が4人と小泉以降の4内閣の中では最も多かったが、麻生首相が自民党内少数派閥出身で他の多数派閥の支持により成立した経緯の上での派閥均衡・論功行賞人事とも指摘された。女性閣僚は野田と小渕の2人で、民間人閣僚は総務大臣増田寛也の退任により0人となった。
また、中央省庁再編によって“財政と金融行政との分離（財金分離）”が実行されて以降初めて、1人の国務大臣が財務大臣と内閣府特命担当大臣（金融）とを兼務した（小渕内閣以降の大蔵大臣および金融再生委員会委員長の時代を含む）。麻生首相はこの点を「役所を1つにするかは（兼務を）やってみなければ分からない」とし、旧大蔵省の復活を示唆した財務省と金融庁の再統合も 大臣兼務、両立に懸念 2008.09.24共同通信。
小泉内閣以降、組閣人事情報は一切漏らさない秘密主義が続いてきたが、麻生内閣の組閣に当たっては自民党総裁選の最中から、事前に人事情報が外部に漏れたためにたびたび報道され、総裁選から休日を挟んでの首相指名・組閣当日の朝には報道各社が閣僚名簿を発表するという、近年では異例の事態となった。
9月29日の臨時閣議で決められた副大臣および大臣政務官の人事についてであるが、橋本聖子が外務副大臣に、大村秀章が厚生労働副大臣にそれぞれ任命されたことを除いて全員が再任された副大臣・政務官人事/外務橋本、厚労大村氏 スポニチアネックス 2008年9月28日。
相次ぐ離任 内閣の発足から一年も経たないうちに、主要な役職に就く者の離任が相次ぐ事態となった。
組閣から5日後、国土交通大臣中山成彬が失言問題を理由に国務大臣を免官された。2009年（平成21年）1月には、松浪健太が定額給付金制度に反対して第2次補正予算案採決を棄権したため、内閣府大臣政務官を免官された。2月には、財務大臣中川昭一が先進7か国財務大臣・中央銀行総裁会議にて酩酊状態で会見を行ったため、国務大臣を免官された。3月には、平田耕一が国務大臣、副大臣及び大臣政務官規範違反の発覚のため財務副大臣を免官された。5月には、鴻池祥肇が女性問題と議員歳費法抵触の発覚のため内閣官房副長官を免官された。6月12日には、総務大臣鳩山邦夫が日本郵政社長の西川善文の続投に抗議し、国務大臣を免官された。同日、戸井田徹が鳩山の更迭に抗議し、厚生労働大臣政務官を免官された。
また、麻生首相の郵政民営化見直し発言に反発した早川忠孝が法務大臣政務官の辞任を表明するも「自民・早川氏が政務官辞任の意向――ブログでは麻生首相批判」『自民・早川氏が政務官辞任の意向 ブログでは麻生首相批判 - MSN産経ニュース 』産経デジタル、2009年2月10日。、慰留を受けて撤回した「早川政務官が一転『辞意撤回』――ブログでは麻生首相批判」『早川政務官が一転「辞意撤回」 ブログでは麻生首相批判 - MSN産経ニュース 』産経デジタル、2009年2月10日。。鳩山の更迭に反発した古川禎久も環境大臣政務官を辞任する考えを近未来政治研究会に伝えたが、その後撤回した「戸井田政務官が辞表提出――古川氏は辞任撤回」『戸井田政務官が辞表提出 古川氏は辞任撤回 - MSN産経ニュース 』産経デジタル、2009年6月12日。。
国務大臣の免官が相次いだが、2009年（平成21年）7月1日までに新任されたのは金子国土交通大臣のみであり、それ以外については、既存の国務大臣に複数の職を兼務させる手法を採ったため、同日までは国務大臣の数が中央省庁再編後において最小の内閣であった「閣僚数、省庁再編後で最少に＝麻生内閣、相次ぐ兼務で」『時事ドットコム：閣僚数、省庁再編後で最少に＝麻生内閣、相次ぐ兼務で』時事通信社、2009年6月12日。。その後の7月2日に、前の福田康夫改造内閣で入閣していた林芳正および林幹雄の2名が再入閣し、林（芳）国務大臣が与謝野国務大臣の内閣府特命担当大臣（経済財政政策）の職を、林（幹）国務大臣が佐藤国務大臣の国家公安委員会委員長および内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策）の職をそれぞれ引き継いだ。
内閣の顔ぶれ 国務大臣 所属政党・出身:
自由民主党（町村派） 自由民主党（古賀派） 自由民主党（津島派） 自由民主党（麻生派） 自由民主党（伊吹派）
自由民主党（山崎派） 自由民主党（谷垣G） 自由民主党（高村派） 自由民主党（二階派） 自由民主党（無派閥） 公明党
中央省庁・民間