敦賀駅（つるがえき）は、福井県敦賀市にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）・日本貨物鉄道（JR貨物）・ハピラインふくいの駅。4路線（北陸新幹線、北陸本線、小浜線、ハピラインふくい線）の全旅客列車が停車する。
北陸新幹線が敦賀駅に延伸開業した2024年3月16日以降は、当駅は暫定的に北陸新幹線の終着駅であり、北陸地方から京阪神や北近畿、東海地方への発着駅となるなど、北陸地方の玄関口を担う駅である。定期特急列車の発着本数は新幹線（かがやき、はくたか、つるぎ）81本、在来線（サンダーバード、しらさぎ）80本の計161本にのぼる。一方で特急以外の在来線定期旅客列車（新快速、快速、普通列車）の発着は135本である。この他、JR貨物の貨物列車の通過と運転停車が70本前後ある。
JR西日本金沢支社が管理する直営駅で、ハピラインふくいと共同使用する。事務管コードは▲541413を使用している日本国有鉄道旅客局(1984)『鉄道・航路旅客運賃・料金算出表 1984年4月20日現行』。。
概要 駅全体をJR西日本が管理し、3箇所ある改札口のいずれにも同社社員が配置されており、ハピラインふくいはまちなみ口（西口）駅舎内に営業窓口を、ほか構内に乗務員並びに技術社員の待機室・仮泊室を設置する形で入居している。共同使用となる際にJR西日本は駅長室をまちなみ口（西口）からやまなみ口（東口）へ移転したため、両社の住居表示が異なっている。
まちなみ口（西口）には「都恕我阿羅其等像」（都怒我阿羅斯等の銅像）、敦賀駅前商店街には『宇宙戦艦ヤマト』ならびに『銀河鉄道999』の銅像（敦賀港開港100周年を記念して設置）がそれぞれ設置されている（敦賀駅前商店街#シンボルロードも参照）。
ハピラインふくい線の当駅の次の南今庄駅とは北陸トンネルを挟んで16.6 km離れており、JR西日本北陸本線であった当時は、JR西日本の在来線で最も駅間距離が長い区間であった。なお、2024年3月16日の同区間のハピラインふくいへの経営移管後は、JR西日本の在来線では山陽本線の上郡駅 - 三石駅間（12.8 km）が最長となった。
北陸新幹線の当駅の開業までの延伸開業により、JR東日本の車両が定期運用で乗り入れる最西の駅かつ大阪駅から最も近い駅となったJR東日本発足から1994年12月までは、寝台特急「さくら」としてJR九州エリアの長崎駅が最西だった。以降は2006年3月まで寝台特急「出雲」として出雲市駅まで、2012年3月まで寝台特急「日本海」として大阪駅まで乗り入れていた。2015年3月の北陸新幹線金沢延伸と特急「北越」の廃止以降は、在来線乗り入れの最西は岐阜県の中津川駅で、長野支社の211系が乗り入れている。。
敦賀は「日本海側の交通の要衝」として栄えた街であり、かつては欧亜国際列車（ボート・トレイン）を運行したことがあった。なお、欧亜国際列車（ボート・トレイン）は東京駅 - 金ヶ崎駅（現在の敦賀港駅）間の鉄路と敦賀港 - ウラジオストク港間の航路（ウラジオストク航路）を経てシベリア鉄道に連絡してヨーロッパへ向かう国際連絡運輸のことをいう。これに関連する鉄道遺産のストーリー、「海を越えた鉄道 世界へつながる鉄路のキセキ」は2020年（令和2年）6月に日本遺産の認定を受け、敦賀市は日本遺産「海を越えた鉄道 世界へつながる鉄路のキセキ」ガイドブック（日本語版・英語版）を発行している。
乗り入れ路線 後述する北陸新幹線の当駅 - 金沢駅間延伸開業に伴う北陸本線の経営分離により、JR西日本とハピラインふくいとの境界駅となった。以後の定期旅客列車は4路線いずれもが当駅を起終点としており、貨物列車を除き当駅にて異路線へは直通していない。
新幹線 現在の北陸新幹線は、当駅を終点としている。
当駅 - 新大阪駅間のルートは長らく未定であったが、のちに東小浜駅西方・京都駅付近・松井山手駅を経由するルートで決定した。ただし、建設費の財源や地下駅となる京都駅が地下水に影響を及ぼす可能性等に関し京都府などが慎重なとりまとめを求め、京都駅付近のルート選択と着工の時期は定まっていない。
在来線 JR西日本は、当駅が終点となる北陸本線を所属線としており、当駅が起点となる小浜線が乗り入れている。加えて、2つ隣の近江塩津駅から分岐する湖西線の一部列車も乗り入れ運行系統上の終着駅となっている。そのため駅ナンバリングにおいては北陸本線と湖西線の2線の駅ナンバーを持ち、北陸本線がJR-A01、湖西線がJR-B08である。
ハピラインふくいは、当駅が起点となるハピラインふくい線が乗り入れている。
このほか、当駅からは元・敦賀港駅へ通じる北陸本線の貨物支線（通称「敦賀港線」）が分岐していた。この支線はJR貨物の第一種鉄道事業路線であったが、2009年3月いっぱいで貨物列車の設定がなくなり踏切の線路が埋められて、事実上休線となっていた。その後、2019年4月に正式に廃線となった（JR貨物は北陸本線、ハピラインふくい線の第二種鉄道事業免許を有している）。
歴史 北陸本線有数の難所である柳ヶ瀬越え・杉津越えに南北を挟まれた駅で、かつてはその歴史的背景から機関区などが所在したため広大な敷地を有する。駅構内の北東側には貨物駅と自動車（国鉄バス）区があり、東側には敦賀第一機関区と客貨車区があり、峠越えに備えた重装備のD51形蒸気機関車が多数配置され、機関車の交換や地域輸送列車の仕立てが多数行われていた。交流電化時には駅南側に敦賀第二交流機関区が設けられた。さらに駅南西側5万 m2には、国鉄敦賀総合庁舎や各種機関の敦賀支所、職員住宅などが置かれていた。
1960年代に入り近代化が行われ、「鳩原ループ線」・深坂トンネル・北陸トンネル建設による新線切り換え・複線化と交流電化が行われ輸送力の強化が図られた。
その後、電車化や貨物列車の削減および国鉄分割民営化に伴い、2つの機関区を統合して敦賀機関区として統合した上、車両検修部門および旅客関係の乗務員部門を敦賀運転所として分離し『鉄道ジャーナル』1987年5月号(No.246)pp.34-35、敦賀機関区はJR貨物の、敦賀運転所はJR西日本の所属となった。敦賀運転所はさらに組織変更が行われ、福井地域鉄道部敦賀運転派出、北陸本線の新疋田駅と小浜線の各中間駅を管理下に置く「敦賀地域鉄道部」を経て、2024年3月16日から乗務員は「敦賀列車区」、車両は「金沢車両区敦賀支所」、施設は「敦賀保線区」、電気は「敦賀電気区」となっている。また、北陸新幹線開業に伴い、「敦賀新幹線列車区」「福井新幹線電気区敦賀派出所」が設置された。交流電気機関車の営業用第一号となったED70 1号機は敦賀第二機関区に配置され、使用停止後も永らく敦賀運転所内に保管されていたが、現在は長浜鉄道スクエアにて屋内展示されている。
一方、貨物列車の中継としての機能もあった。前述の通称「敦賀港線」への貨物列車や専用線発着の私有タンク車による硫酸輸送などもあったが、現在は貨車による継走はなく、旧機関区や側線群が整理され島式ホーム2面4線の高架線を持つ北陸新幹線のホームが建設された。
、2015年3月13日の大阪行き臨時寝台特急列車「トワイライトエクスプレス」を最後に長時間停車する列車はなくなった。さらに、国鉄時代には特急列車も含めて当駅には全列車が停車していたが、民営化後は大阪・京都方面から福井・金沢・富山方面へ特急列車の増発や速達性を優先する関係で当駅を通過する特急列車が僅かながら設定されていた。
かつて北陸本線は、坂田駅以北が当駅も含め交流電化であり、京阪神からの新快速電車をはじめとする直流専用電車の乗り入れが不可であったが、坂田駅 - 長浜駅間が直流電化に変更され長浜駅まで新快速（電車）が乗り入れるようになると利用者が急増し長浜市が活性化した。そうしたことから同様の効果を期待して、2006年に湖西線永原駅 - 近江塩津駅間と北陸本線長浜駅 - 当駅間の直流化を実施し、当駅まで新快速（電車）を始めとする直流専用電車が乗り入れるようになった。なお、これらの直流化に先駆けて、大部分の費用を地元自治体が負担する形で非電化であった小浜線（当駅 - 東舞鶴駅間）を2003年に直流で電化している。
年表 1882年（明治15年）3月10日：官設鉄道の洞道口駅（後の洞道西口駅） - 敦賀駅間と敦賀駅 - 金ヶ崎駅（後の敦賀港駅）間（後の敦賀港線）の開業により、一般駅として設置される。 1884年（明治17年）4月16日：柳ヶ瀬トンネルの完成に伴い（同年3月30日に完成）、長浜駅 - 金ヶ崎駅間の全線が開業。 1895年（明治28年）4月1日：線路名称が制定され、東海道線の所属となる。 1896年（明治29年）7月15日：北陸線として当駅 - 福井駅間が開業する。 1897年（明治30年）9月20日：東海道線の当駅 - 金ヶ崎駅間の旅客営業が廃止される。 1902年（明治35年）11月1日：線路名称が改定され、東海道線の米原駅 - 敦賀駅 - 金ヶ崎駅間が北陸線に編入される。 1909年（明治42年） 6月1日：氣比神宮南西脇より現在地に移転する。 10月12日：線路名称が改定され、北陸線が北陸本線になる。 1910年（明治43年）：2代目駅舎が完成。 1917年（大正6年）12月15日：小浜線当駅 - 十村駅が開業する。 1919年（大正8年）1月11日：当駅 - 敦賀港駅間の旅客営業が再開される。 1945年（昭和20年）：敦賀空襲で2代目駅舎を焼失する。バラックによる3代目駅舎を建設する。 1951年（昭和26年）3月：4代目の駅舎（2024年以降の西駅舎）が完成する。 1957年（昭和32年）10月1日：北陸本線の木ノ本駅 - 近江塩津駅 - 当駅間の新線が単線開業および交流電化され、旧線は柳ヶ瀬線となる。 1962年（昭和37年）6月10日：当駅 - 今庄駅間に北陸トンネルが開通し、当該区間の切り替えに伴い交流電化、複線化される。新設6番・7番のりば（第3ホーム）を上り線用に使用開始。 1963年（昭和38年）9月30日：鳩原ループ線が開通し、新疋田駅から当駅間が複線化される。柳ヶ瀬線の疋田駅 - 当駅間が休止される。 1964年（昭和39年）5月11日：休止中の柳ヶ瀬線が廃止される。 1986年（昭和61年）11月1日：荷物の取り扱いを廃止。 1987年（昭和62年） 3月31日：敦賀港線の旅客営業を廃止する。 4月1日：国鉄分割民営化に伴い、JR西日本・JR貨物の駅となる。 1997年（平成9年）3月22日：定期貨物列車の設定がなくなる。 2003年（平成15年） 3月15日：小浜線が直流電化開業する。 10月26日：北陸本線、湖西線の直流電化工事が開始される。 2006年（平成18年） 9月24日：北陸本線、湖西線の直流送電が開始される。 10月21日：北陸本線長浜駅 - 当駅間の直流電化により、新快速が当駅までの乗り入れを開始する。 2010年（平成22年）10月22日：駅舎の待合室・便所部分解体、残部の耐震補強を含む改修に伴い、仮駅舎の使用を開始。 2012年（平成24年）12月16日：バリアフリー化工事が完了。エレベーター、エスカレーターの使用を開始。 2014年（平成26年）4月5日：「敦賀駅交流施設オルパーク」が開館。 2018年（平成30年） 3月17日：駅ナンバリングが導入される。 9月8日：自動改札機の使用を開始。 9月15日：「ICOCA」などの交通系ICカードの利用が可能となる（小浜線では利用不可）。 2019年（平成31年）4月1日：敦賀港線が廃線となる。 2022年（令和4年）8月5日：集中豪雨のため今庄駅周辺の線路が浸水、当駅 - 武生駅間が不通となる。同年8月8日から8月10日に、福井県が災害時緊急シャトルバスを当駅 - 武生駅間（直行：運賃無料）で運行する。 2023年（令和5年）3月18日：普通列車が当駅で系統分離され、当駅を跨ぐ列車は特急と貨物列車のみとなる。 2024年（令和6年）3月16日 北陸新幹線の金沢駅 - 当駅間が延伸開業 。 JR西日本の駅長室やみどりの窓口が従前からの駅舎であった西駅舎から新設の東駅舎へ移転。 福井県警察鉄道警察隊敦賀分駐所が敦賀警察署駅前交番内から当駅東駅舎（改札内在来線コンコース）へ移転。 北陸本線の当駅 - 大聖寺駅間がハピラインふくいに移管され、同社との共同使用駅となる。これに伴い、当駅を跨ぐ定期旅客列車が全廃された。同社は当駅西駅舎の旧券売機室跡に窓口（お客様カウンター）を設置（券売機室は事前に改札外コンコース内へ移転）。
北陸本線 - 湖西線の直流化
北陸本線の長浜駅と当駅までと、湖西線の永原駅と近江塩津駅までの直流電化への変更が滋賀県と福井県が主導となって決まり、2003年4月に工事協定を結び、同年10月26日に着工した。工事は2006年9月23日深夜から9月24日未明にかけて行われた電気設備切替工事をもって完了し、同年10月21日から京阪神方面との新快速をはじめとする直流電車の直通運転が始まった。これにより、朝8時台の福井行きと夕方16時台の長浜行き各1本以外の普通列車は、当駅で系統が分断された。
従来は、北陸本線長浜駅 - 虎姫駅間と湖西線永原駅 - 近江塩津駅間にあったデッドセクションが、当駅北1.7 km地点（北陸トンネル敦賀側坑口から400 m）に移設された。
敦賀市都市計画マスタープランでは北陸新幹線敦賀駅駅舎整備事業と平行して現在工場と農地が広がる木の芽川右岸を開発、中高層の高度利用も考慮した住宅地および商業地を整備する計画が存在するようだが、木の芽古道（旧北陸道）の歴史資源保全や森林保全から具体化には至っていない。
駅舎のリニューアル 当駅は完成から半世紀近くに渡り供用が続けられてきたが、2009年から2010年にかけて敦賀市が事業主体となって駅舎改築が検討されていることが明らかになった。概要は以下のとおり。
しかし、2007年末頃から北陸新幹線の敦賀駅までの延伸を考慮し、「新幹線の状況が決まらない以上、駅舎改築には同意できない」とJR西日本が表明し、駅舎改築計画は事実上凍結された。その後、現駅舎を大規模リニューアルする案が浮上、2008年11月25日に開かれた「敦賀駅周辺整備構想策定委員会」でその方針が明らかとなった。概要は以下のとおり。
費用は約6 - 8億円と見込まれ、2009年度当初予算へ盛り込んでJR西日本が2009年度に着手するバリアフリー化工事と同時着手、2年の工期をめどに同時完成を目指すとしていた。その後、駅舎デザインに関して市民からの提案があり計画は少々延期されたものの、2010年5月頃から仮駅舎を建設、10月22日に仮駅舎の使用を開始した。旧駅舎（待合室辺り）は解体された後、敦賀市が2013年の完成予定で建設する。
2014年4月5日、「敦賀駅交流施設オルパーク」が開館した。
なお、これらのバリアフリー設備については2012年12月16日に使用が開始された。
2024年3月16日の北陸新幹線の開業に合わせ、東口（やまなみ口）を開設し愛称も併記、従前の出入口は愛称を併記した西口（まちなみ口）とした。
駅構造 すべて島式ホームで、7面15線を有するターミナル駅。このうち在来線はすべて地上駅（橋上駅）で5面11線、北陸新幹線は高架駅3階フロアーの2面4線。のりば（ホーム）の番号は、1桁台（1番 - 7番のりば）が在来線普通列車、10番台（11番 - 14番のりば）が新幹線、30番台（31番 - 34番のりば）が在来線特急列車としている。20番台は7番のりばと31番のりばの間に存続する留置線、引上線などの7線であり、旅客営業列車は発着しない。
在来線ホーム 在来線は地上駅ではあるが、ホームはコンコースやまちなみ駅前ロータリーより一段高い位置にあるため高架駅のような構造となっている。また、跨線橋はその従来のホームのさらにその上に設けられているため、まちなみ口コンコースと跨線橋を結ぶ階段・エスカレーターは長くなっている。なお、駅構内図ではまちなみ口コンコースを1階、ホームを2階と表示している。在来線ホームのうち、西口（まちなみ口）オルパークに接する島式3面7線（1番 - 7番のりば）のホームが従来からあるホームで、うち中央の1面は南端部を切欠きホーム（4番のりば）とした3線となっている。これら3面のホームは、コンコースとの間、ないしホーム間は地下道及びエレベーターとエスカレーターを有する跨線橋で連絡している。
北陸新幹線開業に合わせ、新幹線との接続利便確保のため、北陸新幹線のホーム部の真下の1階に乗り換え用在来線特急専用の島式ホーム2面4線（31番 - 34番のりば）が新たに設けられた。このうち西側の1面2線（31番・32番）は大阪・名古屋方面からの在来線特急の主に降車ホーム、東側の1面2線（33番・34番）は主に乗車ホームに使用されるが、一部の列車では31・32・34番は到着・出発双方にも使用される。数本の列車は31・32番から折り返し出発し、数本のしらさぎは34番に到着する。
新幹線ホーム 新幹線駅舎はかつての敦賀第一機関区、客貨車区などがあった区域の西半分に設置され、現在の西口（まちなみ口、以前からの駅出入り口）から200m以上離れている。また駅北側で国道8号の高架を跨ぐためホームの地上高さが21mとなってしまい、在来線との乗り換えの利便性に関して懸念が指摘された。そのため2階コンコースとの間にエレベーター6基・エスカレーター24基、さらに2階の乗り換え改札口には19台の自動改札機と中央部に団体用2倍幅改札口、東側に有人改札口など合計21か所の乗り換え用改札口を設置している。
また、東口（やまなみ口）や新幹線及び特急列車のりばから、従来の在来線ホーム（1 - 7番のりば）までは200 m前後離れていることもあり、西口（まちなみ口）との間の連絡橋にムービングウォークを設置して、利便性の向上に配慮した。西口（まちなみ口）から東口（やまなみ口）までの道のりは跨線橋を経由しても「コ」の字型ルートとなるので300m前後の距離となっている。
新幹線駅デザインは「港町」をテーマとし、コンコースは天井部分に北前船の帆のモチーフでスケール感が出るように設営する。また、敦賀湾の波のきらめきな外観に、ホームは船の甲板をイメージした木調タイルにする。駅舎は2021年9月に着工し、2023年9月14日に完成した。整備新幹線の駅舎としては大型建築物ではあるが、1階在来線ホーム階を除く部分の2階乗り換え通路階と3階新幹線ホーム階の合計面積では、新大阪駅の同部分の17%に過ぎない。
ホームは島式2面4線であり、将来新大阪側に延伸した際は中央の12・13番のりばが本線となる構造である。延伸側の高架橋は北陸本線を越える手前で途切れ、車止めが設置してある。延伸側の線路については、11番のりばの線路は本線に合流する手前で車止めにより途切れており、白山総合車両所敦賀支所（敦賀車両基地）との入出庫はできない。また14番のりばの線路は白山総合車両所敦賀支所のみにつながっているが、延伸時には11・14番のりばとも本線に合流する線路が敷設できるように設計されている。
在来線ホームと新幹線ホーム間の乗り継ぎ 新幹線開業前の2024年1月18日に、一方通行（3階の新幹線から1階の在来線、階段通行は下りのみ）の乗り換え試験として約900名（E7系・W7系新幹線の1編成あたりの定員に相当）の乗客役（JR社員）が参加した公開模擬訓練が行われ、当駅着の新幹線つるぎから在来線特急しらさぎ、サンダーバードへと乗り換えた際に実際にかかる時間、導線などの確認が行われた。その結果1階のホームに下りる2階のエスカレーター2か所のうち手前に参加者が集中して混雑が発生したことなどが原因で、乗客全員が乗り換えを完了するまで想定した最短乗り換え時間である8分を超える13分を要した。JR西日本は混雑解消策として、2階コンコースでは床にサンダーバード用（青色）としらさぎ用（オレンジ）の2本のラインを新たに追加し、また1階の在来線特急出発用ホームである33番・34番のホームにおいてはサンダーバードとしらさぎの停車位置をおよそ60mずらして乗客の導線を分散させることで、混雑の緩和を図ることになった。また逆に在来線特急から新幹線への乗り換えについては、在来線特急の主に降車用ホーム31番・32番を使用することなどから大きな混乱は起きないと見られていたが、両方向からの同時乗り換え（新幹線→在来線、在来線→新幹線）が毎日20回以上行われるため、こちらも着発の折返し運行時や多客時の問題が発生している。開業後半年で、混雑時や列車遅延時など、自動改札機21通路の全面開放（無改札通行）が数十回発生している。
駅設備 駅構内には、まちなみ口改札外・やまなみ口改札外それぞれのコンコースにみどりの券売機またはみどりの券売機プラスが両改札外コンコースに加え新幹線乗り換え口付近（在来線エリア）に設置されている。みどりの窓口は現在のまちなみ口側にあったが新幹線開業とともに閉鎖、やまなみ口、並びに乗り換え口在来線エリアへ移転となった。新幹線ホームへは外部から直接入場することはできず、まちなみ口・やまなみ口ともに一度在来線の改札口を通った後に再度乗り換え改札口を通る必要がある。当駅からハピラインふくい線各駅への片道乗車券も在来線エリア両改札外にあるJR西日本の自動券売機で発売しているが、回数券・定期券など他のハピラインふくいの乗車券類の発売は、まちなみ口の同社有人窓口での取り扱いとなっている。ハピラインふくい発行の入場券も発売している。ジェイアール西日本デイリーサービスネット金沢がオルパーク1階にセブン-イレブンハートインJR敦賀駅店、新幹線駅舎2階におみやげ処敦賀店をそれぞれ設置している。構内南側には金沢車両区敦賀支所があり、車両が配置され夜間滞泊もある。
交通系ICカードの運用 コンコース設置の自動改札機は2018年9月8日に磁気券に限定して運用が開始され、9月15日からはICOCAのエリア拡大に伴い交通系ICカードの使用が可能となった。当駅へは大阪近郊区間を含んだ200 km圏内のJR西日本駅から使用可能となった。2024年3月16日からはハピラインふくい線内からの乗車では、当駅 - IRいしかわ鉄道線俱利伽羅駅間の各駅で利用可能である。大阪・米原方面から当駅を越えてハピラインふくい線の南今庄駅 - 大聖寺駅間を利用する場合は、連絡運輸範囲となっている北陸本線（当駅 - 米原間）・琵琶湖線・JR京都線（東海道本線、米原 - 大阪間）・湖西線（近江塩津 - 山科間）のJR各駅からのみ利用可能であり、草津駅を除く草津線、京都駅を除く奈良線・嵯峨野線（山陰本線）、大阪駅、新大阪駅、東淀川駅以外の大阪市内の各駅などからの利用はできなくなった。ハピラインふくい線から特急サンダーバード号、しらさぎ号、北陸線新快速、普通列車に乗り換えの場合（逆の場合も含む）、連絡通路には2社乗り継ぎ用のICカードリーダーが存在していなかった。そのため、例えば当駅 - 大阪間の乗車券・特急券をすでに所持していて、越前花堂駅から当駅までをICカードで乗車した場合、また大阪環状線の天王寺駅からハピラインふくい線の越前花堂までをICカードで乗車する場合等は、当駅で一旦改札口を出場して再入場する必要があった。ちなみに、小浜線では東舞鶴駅を含む全区間で、ICOCAなどの交通系ICカードを利用することができない。
JR西日本とハピラインふくいの両鉄道事業者のICカードのソフトウェアが合わないことが原因で当駅を跨いで乗車することができなくなり、それが原因で精算時にトラブルが生じたことを福井新聞が2024年4月20日に報じている。同記事では武生 - 大阪間の乗車券と当駅 - 大阪間の特急券がセットになった切符を購入した乗客がICカードで武生駅に入場し、大阪駅で出場しようとした時に（同駅の）駅員に「（当駅以北と当駅以南の）会社（鉄道事業者）が違うのでハピライン線（武生 - 当駅間）の精算はできない」と言われたことが報じられ、これと同様のトラブルが複数発生していたことも併せて報じている。この乗客は後日、武生駅で武生→当駅間の運賃（大阪方面へ向かった時の分）を精算している。なお、武生駅へ戻るときは当駅で一旦改札口を出場して再入場したため、トラブルは生じなかった。
JR西日本とハピラインふくいの両鉄道事業者が有するICカードのソフトウェアを変更するには多大な労力と費用が予想されるため、一般的な安価で容易な2社乗り継ぎ用ICカードリーダーの早期設置が望まれていた。全国的には私鉄や3セク側が開業時に設置しているが、ハピラインふくいは「広くするとそれだけコストも必要になる。サンダーバードが走っていた大阪までが最もニーズの高い区間と判断した」とコメントした後、「北陸新幹線とサンダーバードの乗り継ぎよりも、ハピラインふくいとJR線（サンダーバードなど）との乗り継ぎが多かった」と続けている（原文を基に再構成）。なお、ハピラインふくいは（JR西日本との）連絡改札の設置をJR西日本と協議していた。
2026年3月11日、乗り換え連絡通路の6・7番のりば付近に乗換用IC改札機が設置された。出場用→入場用の順にタッチすることで、改札を出ることなく敦賀駅までの精算と敦賀駅の入場処理ができる。乗換用IC改札機を使うことで、一旦改札を出ることなくハピラインふくい・JR線の連絡運輸範囲外（神戸駅、天王寺駅、亀岡駅など、IR線）にまたがって利用できる。設置にかかった費用は計2,000万円で、福井県が全額補助した。従来の連絡運輸範囲の運用は継続しているため、ハピラインふくい線内～JR大阪駅までの相互利用の場合は、乗換用IC改札機のタッチは必須ではない。
+ 乗換用IC改札機タッチ有無による利用範囲 利用法 JR西日本側 ハピラインふくい側 タッチ無し 大阪駅～新疋田駅間（北陸本線・東海道本線・湖西線経由） 敦賀 南今庄駅～大聖寺駅間 タッチあり JR西日本 敦賀駅より200km圏または大阪近郊区間末端 敦賀 南今庄駅～大聖寺駅～倶利伽羅駅（IRいしかわ鉄道）
のりば
のりば路線行先備考在来線ホーム1 小浜線小浜・東舞鶴方面 3・5 ハピラインふくい線福井・金沢方面朝時間帯のみ5 北陸本線・ 湖西線米原・京都・大阪方面新快速などJR西日本が主に使用6朝・夕の新快速・普通など7早朝の新快速 ハピラインふくい線福井・金沢方面ハピラインふくいが主に使用特急ホーム 31・32特急主に降車ホーム 33 特急 サンダーバード京都・大阪方面 34 特急 しらさぎ米原・名古屋方面新幹線ホーム11 - 14 北陸新幹線金沢・東京方面
付記事項 1・2番のりばには小浜線、3 - 7番のりばには北陸本線（深夜には1番のりば到着あり）、3・5・7番のりばにはハピラインふくい線の列車が発着する。 3番のりばと6番のりばは早朝と夕方のごく一部列車のみ使用し、他は当駅止まりや回送列車が使用する。 2番のりばと4番のりばは現在旅客列車の発車では使用されていない。 3番のりばと6番7番のりばは貨物列車（21両、長さ420m）の待機と運転士の交代にも使用する。 特急列車は北陸新幹線敦賀開業時から供用が開始された31 - 34番のりばからの発着である。 31 - 34番のりばから北方（福井方）の線路は余座踏切までに短縮され、その折返線経由で在来線の1番 - 3番、5番 - 7番、留置線4本、引上線3本に接続されているが、ハピラインふくい線の列車には使用しない。 北陸新幹線は11 - 14番のりばからの発着である。 「かがやき・はくたか」がおよそ1時間に1本運行されている（最短で東京駅から3時間6分、大宮駅から2時間43分、長野駅から1時間47分、富山駅から1時間1分）JR時刻表2026年3月号。 「つるぎ」が1時間に1 - 2本運行されている（福井駅まで約16分、金沢駅まで約40分）。 新幹線との乗り換え標準時分は「サンダーバード・しらさぎ」が8分、小浜線が9分、ハピラインふくい線が10分、北陸本線が12分。 「サンダーバード」が1時間に1 - 2本運行されている（京都駅まで約55分、大阪駅まで約1時間22分）。