インドネシア史（インドネシアし）では、インドネシアの歴史について述べる。
大まかに分類しても70余の民族が居住する多民族国家であるインドネシア共和国に国のまとまりが生まれたのは比較的新しく、狭義のインドネシア史は第二次世界大戦後の独立時代に過ぎない。そもそも、この地域が始めて一つの政治体によって統一されたのは、17世紀に建設が始まり20世紀初頭にようやく完成をみたオランダ領東インドの時代が最初であった。
先史時代 この地域での人類の活動は、スンダランドが陸化する以前の更新世の時代にまで遡る。スンダランドとは、氷期に陸化していたスンダ陸棚のことである深見純生「古代の栄光」、池端編、山川出版社、1999年、18-19頁。。1890年11月末、ジャワ島中部のソロ川上流にあるトリニルの洪積層で、オランダ人軍医、ウジェーヌ・デュボアが、下顎の骨を発見し、翌年の秋ごろに同じ場所で頭蓋骨を発掘した。さらに翌年、その頭蓋骨の発掘場所から15mほど上流で、大腿骨を発見した。これらが現在ジャワ原人として知られる直立猿人の発見だった。デュボアの発見後も、ジャワ島の中部・東部地方を中心に、石器とともに原人や旧人の化石人骨が発見され、旧石器時代にこの地域で人類が活動していたことが確実となった石井・桜井、講談社、1985年、26-27頁。。他にも、旧石器時代に生存した人類として、メガントロプス・パレオジャパニクス、ピテカントロプス・エレクトス、ピテカントロプス・ソロエンシスなどの原人の化石がブンガワン・ソロ川の河川敷一帯で発見されているイ・ワヤン・バドリカ著、明石書店 2008年 8ページ。
紀元前70000年頃から紀元前14000年頃にかけての氷期にはスンダランドは陸地であった。インドネシアが現在のような多島海に姿を現すのは、約1万年前に起こった海水面の上昇によって、それまでジャワ・スマトラ・カリマンタンなどをアジア大陸に繋いでいたスンダランドが水没してからのことである。紀元前12000年頃から紀元前4000年にかけて約8000年間にわたる海面上昇によりスンダランドは海底に没した。
紀元前2500年から紀元前1500年頃にかけて、中国西南地方から移住した民族があり、水稲耕作を行っていた。
後にインドネシアとなる東南アジア島嶼部には、紀元前2千年紀からオーストロネシア語族に属する言葉を話すマレー系の民族が渡り、各島に定着していった。
古代国家の時代
紀元前1世紀の頃からはインド洋を渡ってインドの商人たちが訪れるようになり、ヒンドゥー教の影響を受けた独自の文化が発展し始め、5世紀頃から、カリマンタン島東部にクタイ王国、西部ジャワにタルマヌガラ王国が繁栄し始める。クタイ王国は、インドからマラッカ海峡、フィリピン、中国に抜ける交易ルートに位置していたためにインドからの船が寄航し中継貿易の利で繁栄したと思われる。
535年、クラカタウが噴火。の原因となった。
7世紀にジャワ島西部にスンダ族がスンダ王国（669年–1579年）を建国。 7世紀から11世紀にかけてスマトラ島南部パレンバンを本拠とするシュリーヴィジャヤ王国（7世紀-13世紀）がマラッカ海峡を制圧し、南海貿易をコントロールし仏教文化が栄え繁栄を極めた。
ジャワでは、8世紀前葉に古マタラム王国とシャイレーンドラ朝（8世紀-9世紀）が建国された。シャイレーンドラにより8世紀末から9世紀初めにジャワ島の中部に建設されたボロブドゥール寺院は、底部の一辺が120m、高さ約42mという巨大な大乗仏教の石造ストゥーパである。カンボジアやベトナム南部のチャンパ王国まで遠征したという説があるが、もともとインドネシア半島にいたオーストロネシア系の人々を指すとする見解が近年は有力である。
古マタラム王国は、10世紀初め頃まで続き、壮大なヒンドゥー寺院であるプランバナン寺院群を建設した。
929年には、東部ジャワにクディリ王国が建国され、交易の利権を巡って、ダルマヴァンシャ王がシュリーヴィジャヤの覇権に挑んだが、結局1016年にダルマヴァンシャが殺害されて、シュリーヴィジャヤの勝利に終った。しかし、1025年に南インドを支配していたチョーラ朝のラージェンドラ1世の軍勢の遠征でシュリーヴィジャヤは打撃を受けたことで衰退することになる。
thumb|160px|マジャパヒト王国の宰相ガジャ・マダのテラコッタ・マスク。
その後、ジャワでは、1222年にによって、シンガサリ朝が建国された。最後の王クルタナガラのとき、モンゴル帝国、元朝の使者が来たが、その顔に刺青を入れて送り返したので、元の大ハーン、皇帝クビライは報復として大軍を派遣した。ジャワ島は元の遠征（モンゴルのジャワ侵攻）で被害を受けたが、やがて元軍を撃退したラデン・ウィジャヤが1292年にマジャパヒト王国を建国した。
マジャパヒトは、名宰相ガジャ・マダのもと、14世紀から15世紀にかけて繁栄した。1365年に完成させた『デーシャワルナナ Desawarnana（地方の描写）』（通称『 Nāgarakertāgama（聖なる教えによって完成された王国））』は、ジャワ島東部を本拠として今日のほぼインドネシア全域、フィリピンの一部やマレーシアを含めた広大な版図を支配したとする。。
イスラームの伝来と浸透 東南アジアの諸王朝でイスラームの受容が始まるのは、13世紀末頃のスマトラ島北部においてであり、その中心地はパサイ王国だった弘末雅士「交易の時代と近世国家の成立」、池端、1999年、94-95頁。。これに先だって、既に11世紀頃にはムスリム商人の往来が始まっており、彼らは現地の支配者層と密接な関係を築いていた今永清二「ジャワのイスラム化に関する一試論」、『史学研究』177号、1987年9月、1頁。。
ヒンドゥー教国だったマジャパヒト王国では、その末期に王が、チャンパからムスリムの公主を息子のの妃に迎え、また、国内ではイスラームへの改宗を容認した。15世紀にマジャパヒト王国を訪れた明の鄭和は雲南出身のムスリム中国人であった。クルタウィジャヤはムスリムの経済力に太刀打ちできず、王朝の権威は低下したがイスラーム化はしなかった。
ジャワ島におけるイスラーム国家成立の歴史は、15世紀末に建国されたドゥマク王国に始まる。ドゥマク王国は、1478年にマジャパヒト王国のブラウィジャヤ王に宗主権を認めさせた。また、ジャワ北岸のイスラム化した港市国家もマジャパヒトから離反し、内陸部に勢力を持つマジャパヒト王国は、海岸に面した良港を持つ北岸の諸国への影響力を失ったトメ・ピレス 『東方諸国記』、岩波書店<大航海時代叢書Ⅴ>、1966年、305頁。。ドゥマク王国は16世紀前半にマジャパヒト王国を倒して、ジャワ島で最初のイスラーム国家になった今永、同上、9-10頁。。ジャワ島西部でも、ドゥマク王国の支援を受けたバンテン王国がイスラームを受容し、ジャワ島全域でイスラームが浸透していった。
ジャワ島で活発な布教活動を行なったのはワリ・サンガ（九聖人）といわれるスーフィー聖者たちであり、彼らはジャワ島の各地にプサントレンを作って、そこを拠点にジャワ人子弟を教育し、民衆レベルでのイスラーム浸透に積極的な役割を果たした今永、同上、2頁。。
スマトラ島では、15世紀末には既に独立していたアチェ王国がイスラーム化しており、この海域での交易の中心地として発展を遂げた。また、16世紀前半には、マラッカ海峡に面するスマトラ東岸のほとんどの港市がイスラームに改宗していた弘末、同上、95頁。。
オランダによる植民地支配
16世紀になると、大航海時代のヨーロッパ勢力が香辛料貿易の利益を求めてこの地域に現れるようになった。
1602年、オランダ東インド会社がジャワ島に進出し、オランダによる植民地化の時代が始まる。オランダ人たちは前世紀にこの地域に到達していたポルトガルや、同じ時期にやってきた競争相手のイギリスを追いやってこの地域における主導権を握り、長い時間をかけて次第に支配地を現在のインドネシアの領域全体へと拡大していった。
その拠点として1619年に制圧されたのがバンテン王国の首都ジャカルタであり、オランダ人はこの町をバタヴィアと改名した。
1660年よりオランダ東インド会社は、スラウェシ島のマカッサル西海岸でとの戦争に突入し、1669年にスラウェシ島支配に関するが締結された。1665年から1667年にかけての第二次英蘭戦争で、バンダ諸島のラン島（香辛料貿易）とニューネーデルラント植民地のニューアムステルダム（毛皮貿易）の自治権とを交換して獲得し、香辛料貿易（ナツメグ、クローブ等）の独占を図った。イギリスは既に種子を持ち出しており、1815年頃からモーリシャスやグレナダなどでプランテーションを開始すると、香辛料はありふれた商品となってバンダ諸島の価値は相対的に下がっていくことになった。
18世紀には3次にわたるジャワ継承戦争（（1704年～1708年）、（1719年～1723年）、（1749年～1757年））と華僑虐殺事件（1740年）によってマタラム王国が4分割されてオランダ東インド会社の保護下に組み入れられると、ジャワ島全域がその支配下に置かれた。1825年にはスルタン家のディポヌゴロがオランダへの反乱を起こすが、1830年に鎮圧されている（ジャワ戦争）。
19世紀に入るとナポレオン戦争によるオランダ本国の混乱もあって一時支配力が弱まるが、オランダ東インド会社が解散されてオランダ本国による植民地直接統治が始まり、オランダ人によるプランテーション経営が広まって経済的な搾取は強まっていった。
1815年5月5日、スンバワ島のタンボラ山が大噴火。翌年、夏のない年と呼ばれる異常気象に見舞われた。
パドリ戦争（1821年 - 1837年）。 1824年に英蘭協約を締結したが、この条約がアチェ戦争（1873年-1913年）の導火線となり、オランダが勝利してスマトラ島の支配権も確立し、ポルトガル領ティモール（現東ティモール）を除き東インド諸島は全てオランダ領とするのは20世紀に入ってからとなった。
1883年8月26日、クラカタウが噴火（1883年のクラカタウの噴火）。
インドネシアの民族主義と独立運動 インドネシア民族主義運動の展開
20世紀初頭にオランダは従来の植民地政策を転換し、現地住民の福祉向上と、本国から植民地政府へ権限委譲を進める方針をとった。前時代の純益政策によって、植民地からオランダ本国に莫大な富がもたらされた一方で、過酷な搾取と「愚民化政策」のもとで、現地住民による初等教育の機会や産業の復興が制限され、その結果植民地の現地住民の窮乏化が進んだことを反省し、これまでより多くの恩恵を現地住民にもたらすことで、植民地における経済の復興を目指すという意図で始められたのが「倫理政策」と総称される一連の施策である。
これによって、現地住民には初等教育の機会が与えられ、また、親オランダ的な一部の住民エリートの子弟には、オランダ語での専門教育（行政学、経済学、医学など）の機会も与えられた。彼らの多くは、植民地政府の末端を担う下層行政官や、現地住民の福祉向上を担う医師となって、オランダ人の下で植民地統治の運営の一翼を担ったRobert van Niel, The Emergence of the Indonesian Elite, Dordrecht and Cinnaminson : Foris Publications, 1984.。しかし、これらの一部の親オランダ的なエリートを除く現地住民は、その後も初等教育以上のものを受ける機会は与えられなかった。
そのようにしてオランダ語で教育され、東インドに創設された大学や留学を許されたオランダ本国の大学で学んだ、親オランダ的な一部の学生たちの中から、民族の独立を志す者たちが現れた。その最初期には、ジャワの医学校で学ぶ学生たちを中心に、1908年に結成されたブディ・ウトモ（ジャワ語で「至高の徳」を意味する）のように、教育を通じてジャワ人の社会的地位を向上させようという、穏健な活動が始められた永積昭「ブディ・ウトモの成立と発展 -ジャワの民族的自覚の源流- (1)・(2)」、『史学雑誌』76巻2号、1967年2月、76巻3号、1967年3月。。また宗主国オランダでも、東インド出身の学生たちが東インド協会 (Indische Vereniging) を結成し、出身地方の枠を超えた東インドの民族的一体感に目覚めていった永積昭「オランダにおけるインドネシア留学生の活動（1908-17年）- 「インドネシア協会」成立前史 - 」、『アジア経済』18巻3号、1977年3月。。
1911年に結成されたサレカット・イスラーム（イスラム同盟）は、当初は中国革命の進展によって東インドでの商業活動を俄かに活発化させた華僑商人に対抗して、ジャワのバティック商人が結成したものであったが、組織の主導権が商人層からオランダ語で教育を受けた知識人層に移ると、ジャワ島外にまで支部を結成して、東インド全体に広がる最初の大衆組織となった。サレカット・イスラームの指導者は各地で集会を催し、熱気のこもった演説とカリスマ性で熱狂的な人気を博したサレカット・イスラーム（イスラム同盟）については次の深見純生の研究を参照。深見純生「成立期イスラム同盟に関する研究 - イスラム商業同盟からイスラム同盟へ - 」、『南方文化』2号、1975年9月、同「初期イスラム同盟 (1911-16) に関する研究 (1)・(2)」、『南方文化』3号、1976年10月、同4号、1977年7月。。
第一次世界大戦を経て、サレカット・イスラームの会員数は200万人を超え、独立と社会主義を掲げるようになった。このように組織の性格が変わった要因として、ロシア革命の成功も挙げられよう。1920年にはアジア初の共産党としてインドネシア共産党（前身は1914年にスマランで結成された東インド社会民主主義同盟）が成立し、コミンテルンに加盟した。インドネシア共産党は原住民党員をサレカット・イスラームに加入させ、その組織内部で共産党の影響力を強めていくという方針を立てたこうした方針を立てたのは、東インド社会民主主義連連盟結成に携わったオランダ人社会主義者スネーフリートの発案によるものであった。のちにスネーフリートは、中国における共産党と国民党の連携（国共合作）にも携わった。。その結果、サレカット・イスラーム内の主流派と共産派の対立が激化し、民族主義運動の潮流は分裂し、大衆の運動離れを招いた永積昭 『インドネシア民族意識の形成』、東京大学出版会、1980年、229-230頁。。サレカット・イスラームから排除されたインドネシア共産党は、その地方支部が1926年から1927年にかけて散発的に起こした武装蜂起によって、植民地政府による弾圧を招いた。党の指導者は海外へ逃亡するか、東インドに潜伏するなどしたため、以後の民族主義運動は、スカルノらが1927年に結成したインドネシア国民党など、世俗主義を掲げる民族主義団体によって担われていくことになった。
戦前のインドネシア民族主義運動の頂点となったのは、1928年10月27日に開催されたインドネシア青年会議における「青年の誓い」採択だった1928年10月27日から28日にかけて開催されたこの会議は、この組織が1927年に発足してから2回目の会議だった。この会議にはジャワ人青年だけでなく、東インド各地に結成された青年組織（青年スマトラ同盟、青年アンボン）やムスリム青年組織、そしてオランダから帰国した留学生たちも加わった。永積昭、1980年、254-261頁。。 われわれインドネシア青年男女は、インドネシア国というただ一つの祖国をもつことを確認します われわれインドネシア青年男女は、インドネシア民族というただ一つの民族であることを確認します われわれインドネシア青年男女は、インドネシア語という統一言語を使用します
ここにいたって、独立を求める人々は、オランダ領東インドの国名として、「インドネシア」の名を選び取り、この地域に住む様々な民族をインドネシア人として統一し、独立を達成する、という決意を内外に示したのである。
日本軍政下での変容と独立の準備
太平洋戦争（大東亜戦争）中の1942年2月、日本軍の侵攻によってオランダの植民地支配は崩壊した。日本は東インドを占領すると、地域を陸軍と海軍の管轄に分けて軍政を敷いた。ジャワは第16軍、スマトラは第25軍、その他の地域は海軍が管轄したH. J. de Graaf, "The Indonesian Declaration of Independence, 17th August 1945", Bijdragen tot de Taal-, Land- en Volkenkunde, 1959.。石油をはじめとする天然資源の確保や占領統治のため、現地住民の協力を得ることが重視された。
そのため日本は、オランダによって拘束・流刑されていたスカルノやハッタら民族主義運動の指導者を解放し、イスラーム系諸団体の指導者にも協力を求めた。日本側は彼らの影響力を利用して人的・物的資源の動員を進めようとした一方、民族主義者側も日本軍政下で与えられた組織や公的な場を利用して民族意識の形成を図ったGeorge McTurnan Kahin, Nationalism and Revolution in Indonesia, Cornell University Press, 1952.。こうした活動を通じて、スカルノらは戦後の独立運動を担う指導者としての地位を強めていった。
また、日本はオランダ統治期の教育制度を改編し、インドネシア語の使用を拡大するとともに、日本語教育を導入した。ジャワでは1942年4月から日本式の国民学校（Kokumin Gakkō）が設置され、教育内容も日本の占領政策に沿って再編されたChiyo Inui, 「The Education of Kokumin Gakkô (Sekolah Rakjat) in Java under the Japanese Occupation」, Southeast Asia: History and Culture, 1998.。イスラームについても、日本は宗教指導者や組織を統治に利用するため、一定の協力関係を築いたAlvin Noor Sahab Rizal, 「Pergerakan Islam Indonesia Masa Jepang (1942-1945)」, Jurnal Indo-Islamika, 2020.。
司法制度についても日本はオランダ統治期の制度を改編し、1942年の軍政下で複数の裁判所を再編した。その後、1944年の法令によって地方法院（Tihoo Hooin）がすべての住民を対象とする裁判所とされ、植民地期の人種別の司法制度における二重性が廃止されたPengadilan Negeri Tuban, 「Sejarah Pengadilan」.。
また、日本軍は兵力不足を補うため、兵補や郷土防衛義勇軍（PETA）を組織し、現地住民に軍事訓練を施した。PETAなどで訓練を受けた青年の一部は、戦後のインドネシア独立戦争においてオランダ軍と戦うインドネシア側の軍事組織の人的基盤となったHarry J. Benda, James K. Irikura and Koichi Kishi, "The Japanese Military and Indonesian Independence", Journal of Southeast Asian Studies, 1995.。
戦局が悪化すると、日本はインドネシアの独立を準備する方向へと政策を転換した。1944年9月には将来のインドネシア独立を認める方針が示され、同年にはインドネシア国旗の掲揚と国歌の斉唱が認められた。1945年3月には独立準備調査会（BPUPKI）が設置され、同年8月にはその後継として独立準備委員会（PPKI）が設置されたH. J. de Graaf, "The Indonesian Declaration of Independence, 17th August 1945", Bijdragen tot de Taal-, Land- en Volkenkunde, 1959.。
日本が連合国に降伏した後、1945年8月17日、スカルノとハッタはジャカルタでインドネシア独立宣言を行い、インドネシアの独立を宣言した。
インドネシア独立戦争
1945年8月15日、日本が連合国に降伏すると、インドネシアでは日本軍政下で活動していた民族主義者らの間で独立をめぐる動きが急速に進展した。スカルノとモハマッド・ハッタは同月17日、ジャカルタのプガンサアン・ティムール通り56番地にあるスカルノ邸で独立を宣言し、インドネシア共和国の樹立を宣言した。独立宣言はインドネシアの独立を宣言する簡潔な文書であり、その日付には皇紀2605年が用いられている。翌18日には憲法が制定され、スカルノが大統領、ハッタが副大統領に選出されたイ・ワヤン・バドリカ著、264ページ。
独立宣言後もオランダはこれを承認せず、第二次世界大戦前のオランダ領東インドにおける植民地支配の回復を目指した。日本軍の降伏後、イギリスを中心とする連合軍部隊が日本軍の武装解除や捕虜の収容などを目的としてインドネシア各地に進駐した一方、オランダ側もオランダ領東インド政府の復帰を進めた。この過程でインドネシア共和国側と連合軍部隊との武力衝突が発生し、特にスラバヤの戦いなどでは激しい戦闘が行われた。その後、イギリス軍の撤退が進むと、インドネシア共和国とオランダとの対立が中心となり、1945年から1949年にかけてインドネシア独立戦争が展開された。
独立派は共和国軍を中心に、各地の青年組織や武装組織などが加わって抵抗した。武器は竹槍などの簡易なものから、日本軍から入手した火器や弾薬まで多様であった。また、日本軍人の一部は独立戦争に協力した。
戦争は軍事衝突だけでなく、外交交渉と国際政治を伴うものとなった。1946年のリンガジャティ協定、1948年のレンヴィル協定などを経ても対立は解消されず、1948年12月にはオランダ軍が共和国の臨時首都ジョグジャカルタを占領し、スカルノやハッタら共和国指導者を拘束した。しかし、インドネシア側の抵抗が続いたことに加え、国際連合安全保障理事会による圧力やアメリカ合衆国などによる外交的圧力も強まり、オランダは交渉による解決を受け入れる方向へと転じた。1949年にはルーム＝ファン・ロイエン協定が成立し、共和国政府のジョグジャカルタ復帰などが進められた。
1949年8月から12月にかけてデン・ハーグでオランダ・インドネシア円卓会議（ハーグ円卓会議）が開催され、オランダ、インドネシア共和国および連邦諮問議会（BFO）の間で、インドネシアへの主権移譲などについて協議が行われた。会議の合意に基づき、同年12月27日、オランダはインドネシア連邦共和国（）に主権を移譲した。これにより、オランダによるインドネシアへの主権行使は終了した。
ただし、これはインドネシアの独立が1949年に初めて成立したことを意味するものではなく、インドネシアは1945年8月17日に独立を宣言している。オランダは長くこれを承認していなかったものの、2005年には当時の外相ベルナール・ボットが1945年8月17日をインドネシア独立の歴史的起点として認める発言を行った。さらに2023年6月、オランダのマルク・ルッテ首相は、オランダ政府がインドネシアの独立を1945年8月17日から「完全かつ無条件に」認めると表明した。
独立後の歩み 議会制民主主義期（1950–1959）
1949年12月27日、ハーグ協定の署名式が行われ、この日に主権はオランダからインドネシア連邦共和国に委譲された。この連邦共和国は、16の国・自治地域から構成され、各構成国・自治地域は以下の通りである：インドネシア共和国、東インドネシア国、パスンダン国、東ジャワ国、マドゥラ国、、、中部ジャワ自治国、バンカ自治国、ビリトン自治国、リアウ自治国、、、、、首藤もと子 『インドネシア - ナショナリズム変容の政治過程』、勁草書房、1993年、127頁、脚注26。。そのうちインドネシア共和国は、ジャワの約半分とスマトラの大部分を有し、人口でも、連邦共和国全体で4600万人のうち、3100万人を占めていた深見純生・早瀬晋三「脱植民地化の道」、池端編、1999年、374頁。。
インドネシア共和国以外の構成国の多くは、独立戦争の最中にオランダが自らを利するために現地支配者層と結んで作った傀儡国家であった。しかし、独立戦争末期にはこれらの諸国でも「オランダ離れ」が進んでおり、政治指導者たちの間でも、オランダよりもインドネシア共和国と協調したほうが現実的であると考えられるようになっていた首藤、同上、118頁。。自治国の一つだったパスンダン国のバンドンで、元蘭印軍大尉の私兵Legioen van Ratu Adil（APRA）が破壊活動を行うなどの逆行する流れもあったが（:en:APRA coup d'état）、1950年1月、このパスンダン国は解散し、共和国に合流した。同年3月には他の11国がこれに倣い、最終的には同年8月15日、連邦共和国は解散されて、残りの国も含めた単一のインドネシア共和国が発足した深見・早瀬、354-375頁、増田与 『インドネシア現代史』、中央公論社、1971年、237-238頁。。同日にインドネシア共和国暫定憲法（以下、1950年憲法と略す）を公布・施行し、議会制民主主義のもとで国政を運営していくことになった。
なお、ハーグ協定によって、インドネシア連邦共和国とオランダは、オランダ女王を首長とする () を形成すると規定されていたが、1951年1月にはインドネシア国民党を始めとする諸政党が連合破棄を求め首藤、同、149頁。なお、ハーグ協定ではオランダ女王の首長としての地位は象徴的なものとされ、オランダ政府にも具体的な権限はなかった。、1954年8月、このオランダとの連合国家の解消が宣言された。
1956年にはハーグ協定を正式に破棄して、西側に属するオランダと決別し、非同盟中立国家として歩むことを目指した。さらに1957年12月には、植民地時代から蓄え続けていた自らの利権を死守すべくインドネシア国内に残っていたオランダ人を追放した。
インドネシアは、オランダによる地域の統合をそのまま引き継いだ為、民族や文化に統一的なアイデンティティを求めることは難しかった。1955年9月29日に実施されたインドネシアでの国民議会議員選出の最初の総選挙（および12月15日の制憲議会議員選挙）には、様々な支持母体を持つ政党が参加し、3900万人以上のインドネシア国民が投票を行った。その結果は、インドネシア国民党、マシュミ、NUナフダトゥル・ウラマー党、インドネシア共産党の4大政党が票を分け合い、複雑な政治的対抗軸を形成した。民族・宗教・イデオロギーを異にする政党同士に妥協の余地は少なく、議会は空転し、この時期の内閣はいずれも短命に終わったこの1955年選挙についての分析は、Herbert Feith, The Indonesian Elections of 1955, Cornell Modern Indonesia Project, Cornell University Press, 1957、を参照。。
また、独立戦争期を通して、行政や国軍の内部では権力の分散化が進み、中央政府あるいは軍中枢からの統制は、必ずしも地方に及んでいなかった。イスラーム国家の樹立を目指すアチェ州のダウド・ブルエの反乱は独立戦争の最中から1965年まで続き、西ジャワのセカルマジ・マリジャン・カルトスウィルヨの（1962年銃殺）、南スラウェシ州のの反乱、そして1956年から1958年まで続いた西スマトラのおよび同年から1961年まで継続して活動したインドネシア共和国革命政府プルメスタ（Permesta - Perjuangan Semesta = 全体闘争）は西スマトラを中心にした反中央政府運動。1958年2月に革命政府の樹立を宣言し、これにはマシュミやインドネシア社会党の有力指導者も加わっていた。これに呼応して東インドネシアでも運動が広がった。など、インドネシアは国家分裂の危機に瀕していた。