ハビタット評価認証制度（はびたっとひょうかにんしょうせいど、）は、日本生態系協会が2008年12月に創設した、生物多様性の保全や回復に資する取り組みを評価、認証する制度。
概要 アメリカ合衆国内務省により開発されたハビタット評価手続き（HEP）を応用して、日本で新たに構築された制度。「動物評価種のすみやすさ（HSI）」と「みどりの地域らしさ（VEI）」の観点から、生態系や生物多様性の相対的な価値を客観的、定量的に評価する。企業・団体・行政等による生物多様性の保全や回復に資する取り組みを評価し、12段階にランク付けすることで、生物多様性の保全に貢献する事業を普及させることを目的としている。
認証された取り組み（初回認証年順） 再認証されたものもある。 一般国道140号皆野秩父バイパス道路法面工事における環境対策（秩父土建） アークヒルズ仙石山森タワー（アークヒルズ 仙石山森タワー管理組合・森ビル） グランダ大森山王（ヒューリックプライベートリート投資法人） ヒューリックコート雪が谷（ヒューリックプライベートリート投資法人） グランカーサ緑地公園（旧・ヒューリックレジデンス千里山）（大和証券リビング投資法人） アリスタージュ経堂（ヒューリック株式会社・ヒューリックリート投資法人） 大崎フォレストビルディング（東洋製罐） くぬぎの森（花木園第9,11～15）里地里山プロジェクト（石坂産業） 武蔵野銀行事務センター新別棟（武蔵野銀行） oak omotesando屋上庭園（大林新星和不動産） グランダ学芸大学（ヒューリックリート投資法人） アリア代々木上原（三菱ＵＦＪ信託銀行株式会社） ホスピタルメント武蔵野（ヒューリックプライベートリート投資法人） ヒューリックレジデンス調布柴崎（ヒューリックプライベートリート投資法人） ヒューリックレジデンス新宿戸山・チャームスイート新宿戸山建設事業（ヒューリックプライベートリート投資法人・ヒューリックリート投資法人） 二子玉川ライズⅡ-a街区（二子玉川ライズⅡ-a街区管理組合、東急株式会社） チャームスイート石神井公園（ヒューリックリート投資法人） ヒューリック世田谷（ヒューリック株式会社、ヒューリックプライベートリート投資法人） 虎ノ門ヒルズ（東京都・森ビル） 新ダイビル堂島の杜（ダイビル） 島津製作所 E1号館・島津の森（島津製作所） ウエリス豊中桃山台 こもれびテラス（NTT都市開発・長谷工コーポレーション） BRANCH神戸学園都市（大和リース） 大山ダムホタルビオトープ（水資源機構・熊谷組） 小山事業所1号館エリア生物多様性プロジェクト［日立ハイテクサイエンスの森］（株式会社日立ハイテクアナリシス） ダイヘン本社ビル（ダイヘン） プラウドシティ武蔵野三鷹（武蔵野・中町3丁目計画）（野村不動産） おおはし里の杜（首都高速道路） 前田建設工業株式会社 ICIラボ（前田建設工業） ホスピタルメント本郷（ヒューリックリート投資法人） ロイヤルシティ阿蘇一の宮リゾート～ASONOHARA草原育成プロジェクト～（大和ハウス工業株式会社） 佐川東京ロジスティクスセンター（STLC）（合同会社おおぞら） 讃岐緑想（株式会社菅組） 大和ハウスグループみらい価値共創センター（大和ハウス工業株式会社、株式会社フジタ） 武蔵野銀行本店ビル（武蔵野銀行） 佐藤工業株式会社技術センターSOU(つくばのみどり)（佐藤工業株式会社、箱根植木株式会社） KDXレジデンス津田沼（旧・ヒューリックレジデンス津田沼）（KDX不動産投資法人） KDXレジデンス津田沼Ⅱ（KDX不動産投資法人） 慶應義塾大学 日吉学生寮（西松建設） ロイヤルパークス豊洲（大和ハウスリート投資法人） クラレ倉敷事業所 小鳥の森（株式会社クラレ倉敷事業所） 加和太建設 本社（加和太建設株式会社） （仮称）御成門計画（鹿島建設株式会社） 所沢市第２一般廃棄物最終処分場（やなせみどりの丘）（所沢市）
星のや軽井沢・ピッキオビジターセンター（星野リゾート・リート投資法人・株式会社星野リゾート・アセットマネジメント）
参考文献
佐藤伸彦『生物多様性への影響をどう評価するか－実践的ツールとしてのJHEPシリーズ－』（進化する金融機関の環境リスク戦略[藤井良広編]）金融財政事情研究会 2011年。。
外部リンク 公益財団法人日本生態系協会 ハビタット評価認証制度 U.S. Fish and Wildlife Service: Habitat Evaluation Procedures Handbook