|- |colspan="2" style="padding:0;"| 漫画
『魔法科高校の劣等生』（まほうかこうこうのれっとうせい、The Irregular at Magic High School）は、佐島勤による日本のライトノベルおよびそれを原作とするメディアミックス作品。略称は「魔法科」。原作小説の出版は電撃文庫（KADOKAWA アスキー・メディアワークス）からで、担当編集は三木一馬。イラストはキャラクター担当の石田可奈の他、メカニックデザインをジミー・ストーン、カラーコーディネートを末永康子が担当する。
続編として『続・魔法科高校の劣等生 メイジアン・カンパニー』、主人公の異なるシリーズ作品として『魔法科高校の優等生』、『魔法科高校の劣等生 司波達也暗殺計画』、『新・魔法科高校の劣等生 キグナスの乙女たち』『魔法科高校の劣等生 夜の帳に闇は閃く』がある。
2023年7月時点で原作小説の累計部数は1400万部、シリーズ累計部数は2500万部をそれぞれ突破している。「みんなで選ぶベストラノベ2011」では新人部門で2位を獲得している。『このライトノベルがすごい！2020』にて発表された「2010年代総合ランキング」では第8位に入っている。
あらすじ かつて「超能力」と呼ばれていた先天的に備わる能力が「魔法」という名前で体系化され、強力な魔法技能師は国の力と見なされるようになった。20年続いた第三次世界大戦が終結してから35年が経つ西暦2095年、魔法技能師養成のための国策高等学校の一つ、国立魔法大学付属第一高校に、エリートとして将来を約束された「一科生（一課生）」の妹と、その補欠である「二科生（二課生）」の兄が入学した時から、卒業するまでの物語である。
四葉家という秘密主義の家系の次期当主候補として将来を縛られた妹・深雪と、そのガーディアンとしてやはり束縛されている兄・達也が、自分たちの自由を掴み取ろうとする物語が大筋となっている。兄妹の高校在学期間を舞台とし、「優等生」も「劣等生」もひっくるめた、学内・学外を問わない多数のキャラクターの物語が繰り広げられる。
2020年9月刊行の32巻「サクリファイス編 / 卒業編」をもって一応の完結となったが、それ以降も達也たちの卒業後を描く「続・魔法科高校の劣等生 メイジアン・カンパニー」、新キャラクター達を主人公とした「新・魔法科高校の劣等生 キグナスの乙女たち」、達也の従妹弟である黒羽亜夜子・文弥を主人公とした「司波達也暗殺計画」の実質的続編「魔法科高校の劣等生 夜の帳に闇は閃く」の3シリーズが並行して刊行中である。
エピソード一覧（魔法科高校の劣等生）
本作品は、単独で完結する複数のエピソードから構成されており、各編は1巻から3巻の長さがある。Web掲載時に各編は「第〜章」とナンバリングされていたが、文庫版では「第〜話」の単位に変更され、また第二話より後はナンバリング自体がされていない。「来訪者編」はWeb掲載時では二編構成であったが、文庫化時に一編に統合された。「二年度の部」からは商業化以降に公開されるエピソードとなる。
初年度の部 第一話「入学編」（上・下） 司波達也と司波深雪はそろって国立魔法大学付属第一高校に入学した。深雪と同じクラスの北山雫、光井ほのか、達也と同じクラスの千葉エリカ、西城レオンハルト、柴田美月らと兄妹は親しくなり、しばしば行動をともにするようになる。深雪は生徒会の一員となる。一方、一高の風紀委員長を務める渡辺摩利は、校内における一科生と二科生との対立を解消するという思惑から、達也を風紀委員会に迎え入れた。 新入部員勧誘週間を迎え、風紀委員の一人として校内を巡視していた達也は、剣道部の壬生紗耶香と剣術部の桐原武明の衝突に端を発した両部の乱闘を一人で制してしまう。一年生でしかも二科生である達也が校内有数の実力者である桐原をあっさり制圧したことで、校内から彼の注目が集まった。 その後、紗耶香を含めた「学内の差別撤廃を目指す有志同盟」が二科生の待遇改善を求めて放送室を占拠する。生徒会長の七草真由美は、彼らの要求を受けて開催した公開討論会で、堂々とディベートに臨み「同盟」を圧倒するが、その会場に政治結社「ブランシュ」のメンバーが奇襲をかけてきた。 この奇襲は陽動にすぎず、その間に他の同盟メンバーが図書館に侵入し魔法大学の機密データを盗み出そうとしていた。図書館侵入メンバーに加わっていた紗耶香は、自分の信じる目的と行動との乖離に戸惑いを覚える。侵入メンバーたちは乗り込んできた達也と深雪によって制圧され、紗耶香はその場を逃げ出すが、行先に待ち構えていたエリカとの真剣勝負に破れ、負傷して病院に運ばれる。実は紗耶香は催眠術によって過去の記憶を改ざんされ、ブランシュに利用されていたことが判明する。 自分と深雪の日常を損なうものは排除するとして、達也はブランシュの壊滅を決意する。達也たちは課外活動連合会（部活連）の会頭・十文字克人と桐原とともにブランシュ日本支部に乗り込む。日本支部代表の司一は、達也たちをも洗脳して味方に引き入れようとするが、手の内を見抜かてしまった上、紗耶香を利用されたことに怒る桐原に右腕を切り落とされ拘束される。 後日、腕の治療と記憶改ざんの影響排除のために入院していた紗耶香が退院することになり、達也と深雪は花束を持って祝福に出向く。入院の間に紗耶香はエリカと互いを愛称で呼び合う仲になり、毎日のように見舞いに通っていた桐原とも親密になっていた。 第二話「九校戦編」（上・下） 達也とレオは、体育の授業をきっかけに同級生の吉田幹比古と親しくなる。幹比古は神童とも称された古式魔法の名手だったが、スランプに陥り、二科生の立場に甘んじていた。校舎内で精霊魔法の鍛錬を行っていた幹比古は、その場にたまたまやってきた美月が「水晶眼」の持ち主であることに気づき興味を持つ。 全国の魔法大学付属高校が魔法競技で競い合う「九校戦」が近づく。達也はCAD調整を担当するエンジニアに抜擢され、深雪は新人戦のエースとして大会に臨むことになる。 大会準備で多忙を極める傍ら、達也は魔法工学の難問とされていた「飛行魔法」の実験に成功し、四葉家と関係のある魔法工学機器メーカー「フォア・リーブス・テクノロジー」（FLT）の牛島らの協力の下、早急に製品化を進める。 国防軍独立魔法大隊の風間晴信少佐は、香港系犯罪組織が九校戦を狙っているらしいことを達也に告げ、注意を促す。競技会場に向かっていた一高の選手一行の乗るバスに事故車両が突っ込んできたり、ホテルの敷地内に不審な集団が侵入してきたりと不穏な状況が続く。 大会前夜、全高校の関係者が集うパーティが開催される。挨拶に立った魔法界の長老・九島烈は、自分がデモンストレーションした魔法をすぐに理解した達也に興味を持つ一方、彼が四葉深夜の息子であることに気づく。一方、同じパーティー会場にいた第三高校一年生のエース・一条将輝は、深雪に一目惚れしてしまう。 バトル・ボードの試合に臨んでいた摩利は事故に巻き込まれて負傷し、以降の出場をキャンセルせざるを得なくなる。チームリーダーの真由美は摩利の代わりに深雪を本戦のミラージ・バットに出場させることにする。 大会中盤に実施される一年生による新人戦で、モノリス・コードに挑んだ森崎たちが試合中に突然崩れたビルの下敷きとなって重傷を負ってしまう。これを受けて達也がレオ・幹比古とともに急遽モノリス・コードに出場することになる。彼らは順調に勝ち進み、将輝ひきいる強豪・三高チームとの決勝戦を戦い、これを制する。達也がCAD調整を担当した一年生女子選手たちは、深雪との直接対決となった雫を除いて全員が全勝を飾った。こうして新人戦は一高の優勝で終わる。 本戦後半のミラージ・バットで、一高三年生の小早川景子が試合中に突如魔法が使えなくなって高所から転落しリタイアを余儀なくされる。しかし深雪は飛行魔法を使用して優勝する。これをもって一高の総合優勝が確定する。 一高の周辺で事故が続いたのは、九校戦を利用した賭博を主催していた犯罪組織「ノー・ヘッド・ドラゴン」（無頭竜）が、本命だった一高を敗北させ利益を出そうとしていたためだった。達也は独立魔法大隊の助力も得て、横浜・中華街の本拠地に集まっていた幹部たちを一掃する。 大会後のパーティーで、将輝は達也と深雪が兄妹であることにやっと気づいて驚愕するが、達也の許しを得て深雪とダンスを踊る機会を得る。克人は達也に、十師族の一員を相手に勝利したことの意味は軽くないと告げ、結婚を経て十師族の一員になれと助言する。 「夏休み編+1」（短編集）※書き下ろし 夏の休日 達也たちは雫の別荘へ行く。 友情と信頼とロリコン疑惑
会長選挙と女王さま 真由美は生徒会長引退に伴い、ある人物を指名する。 「横浜騒乱編」（上・下） 2095年10月30日、日本魔法協会主催が主催する全国高校生魔法学論文コンペティション（論文コンペ）が横浜国際会議場で開かれる。15時30分、横浜を大亜細亜連合が襲撃し、会場にも対魔法師用ライフルを携えたテロリストが乱入してきたため、会場にいた者たちは対応に追われる。 論文コンペ翌日の10月31日、達也は国防軍の一員として、日本侵攻に向け鎮海軍港に集結していた大亜細亜連合艦隊および鎮海軍港を消滅させる。この一件を機に日本と大亜細亜連合は講和条約を締結することになった。のちにこの出来事は「灼熱のハロウィン」と呼ばれるようになった。 「追憶編」 達也の入学から3年前の2092年、深雪はガーディアンである兄の達也に対して「何を考えているのかわからない」という理由で苦手としており、時には八つ当たりをすることもあった。 ある日、兄妹はそろって沖縄へ行き、先島防空隊の恩納空挺隊の一員である桧垣 ジョセフと出会う。その際、ジョセフが深雪に手を出そうとしたため、達也が撃退する。その後、桧垣は上司の風間とともにある事件のため取り調べとして兄妹と再会する。また、兄妹が基地を訪れた際に彼は雪辱として達也に組み手を挑み敗北。達也の実力を認め友人となった。
そのさなか、亜細亜連合（以下、大亜連合）が沖縄に奇襲をかける。日本側も予期していなかった大亜連合軍の侵攻により慶良間諸島周辺の制海権を早々に失い、さらに沖縄本島の国防軍基地では内部で大亜連合に内応した叛乱事件も起こり、敵軍に上陸を許すなど国防軍は圧倒的劣勢に陥る。その際侵攻軍と内通していた国防軍の裏切り者が深雪を傷つけたことから、達也は国防軍に志願する。達也を組み込んだ国防軍恩納空挺部隊の反転攻勢により地上部隊を降伏に追い込み、大亜連合艦隊の艦艇も達也の「マテリアル・バースト」にて殲滅された。後日の捕虜交換にて、大亜細亜連合本国にも達也のことは謎の魔法師・摩醯首羅（マヘーシュヴァラ）の噂が広まり、軍が情報統制する事態となった。のちにこの出来事は「沖縄防衛戦」と呼ばれるようになった。 「来訪者編」（上・中・下） 雫がUSNAに交換留学に行くことになり、同国からアンジェリーナ・クドウ・シールズ（愛称リーナ）が一高に入学する。達也は彼女の正体がUSNAの魔法師部隊「スターズ」総隊長のアンジー・シリウス少佐であることを見抜く。 一方、USNAでは魔法師の血が抜き取られる「吸血鬼事件」が起きており、リーナが来日したのはその犯人の追跡と、「灼熱のハロウィン」の大爆発の容疑者候補である達也と深雪への接触だった。 そうこうしているうちに、東京でも「吸血鬼事件」が起こる。吸血鬼の正体はパラサイトと呼ばれる寄生体であり、マクシミリアン・デバイス日本支社のセールスエンジニア「本郷未亜」ことミカエラ・ホンゴウにとりついていた。パラサイトは一高に潜入した際に達也たちと交戦して器であるホンゴウの肉体を自爆させて消滅した。その後、このパラサイトはロボット研究部にあったお手伝いロボット・ピクシーにとりつき、ほのかの想念をコピーして自我を形成し、彼につき従うことにした。 ピクシーからパラサイトのことを知った達也は、他のパラサイトを倒すべく、青山霊園に乗り込む。 その後、九島家がパラサイトを回収する。 二年度の部 「ダブルセブン編」 2096年4月、達也と深雪は二年生に進級し、達也は今年度から新設された魔法工学科に在籍することとなり、3月に第一高校を卒業した真由美の双子の妹である香澄と泉美が新入生として入学する。 第一高校の生徒会では卒業した真由美・摩利・克人の後任として、あずさ・花音・服部がそれぞれ生徒会長・風紀委員長・部活連会頭となり、司波兄妹は副会長として籍を置くこととなる。新入生総代となった七宝琢磨も顔合わせに訪れるが、達也に対する彼の素っ気ない態度に憤慨した深雪に睨まれ恐縮し、達也も七宝の性格がトラブルの火種に成りかねないと危惧する。自己顕示欲や上昇志向が人一倍強く、特に自身の「七宝家」と同じく名字に『七』の字を持ち"十師族"の一端を担う「七草家」に異常なまでのライバル心を抱く七宝は、事あるごとに香澄に対して挑発的な言動を取り、ひょんな事から七宝と香澄・泉美ペアの"模擬戦"が行われる羽目になる。両者とも互角の戦いを繰り広げていたが、七宝の「ミリオン・エッジ」と香澄・泉美の「ナイトロゲン・ストーム」「ヒート・ストーム」の鬩ぎ合いになったところで、審判を務めていた達也は「試合を続行すれば、双方が危険な状態に陥る」と判断し、「グラム・デモリッション」で七宝たちの魔法を強制的に無力化し、"双方ともに、魔法の威力のコントロールが不十分であったため失格と見なす"という裁定を下す。香澄・泉美は渋々受け入れるが、納得のいかない七宝は達也の裁定や指摘に耳を貸そうとせず、挙句の果てには彼を「雑草（ウィード）」呼ばわりする。すると達也たちと共に試合を観戦していた十三束鋼が怒りを露にして七宝を思い切り殴り付け、彼の言動を「自分勝手で無礼千万な行為」と批判して一騎討ちを申し込む。 そして二日後、審判役の服部と司波兄妹・桐原・沢木・幹比古の立ち会いのもと、十三束と七宝の模擬戦が行われる。七宝は試合開始直後から「ミリオン・エッジ」を何度も仕掛けるが、驚異的な防御力と近接戦闘能力を誇る十三束には殆どダメージを与えることが出来ないまま敗北。七宝を壁際に運んで休ませた十三束は、「君の実力を七宝に見せてほしい」として試合を申し込む。服部や深雪の後押しもあり、達也は十三束との勝負を受け入れる。近接戦闘を得意とする「レンジ・ゼロ」の異名み持つ十三束は達也と互角に渡り合うほどの格闘センスを発揮し、試合を観戦している深雪たちを驚かせるも、最後は達也のカウンター攻撃を受けて敗北する。達也と十三束が互いの実力を認め称え合う中、何故か七宝は逃げるようにその場を去り、校庭で何度も木を殴り付ける。そこへ偶然通りかかった香澄から、十三束との勝負に言及された七宝は「自分と同じ高校生なのに、何でアイツら（達也と十三束）は あんなに強いんだ!?」と苛立ちと悔しさをぶつける。香澄は「私の力の殆どは"才能"のおかげ」としつつ、「七宝が感じた"強さ"は、"才能"とは別のものに由来するかもしれない」と語る。その言葉に七宝は悔し涙を浮かべ、香澄は無言でその場を後にした。 「スティープルチェース編」 2096年7月、「九校戦」のルールおよび競技種目が大幅に変更され、各校に動揺が走る。国防軍の酒井大佐は九島家と共に、パラサイトを憑依させた女性型の機械兵「パラサイドール」の運用実験として九校戦の新種目スティープルチェース・クロスカントリーへ妨害役として投入しようとするが、独立魔装大隊およびピクシーの支援を受けた達也が競技直前にすべて破壊する。 その後、酒井はスポンサーの意向を受けた四葉家によって失脚する。また、横浜の中華料理屋の店主である周公瑾はこれまで数々の事件の裏で糸を引いてきたが、「九校戦」の裏で暗躍していたことが露見して、京都にある古式魔法結社・伝統派に身を寄せる羽目になった。 「古都内乱編」（上・下） 論文コンペが近づく中、達也は四葉家当主の真夜から黒羽姉弟を通じて周を捕まえてくれと頼まれる。京都で烈の孫・九島光宣と出会った二人は周を探すも、なかなか収穫は得られなかった。 一方、真由美の父にして七草家の現当主である弘一は四葉の弱体化をもくろんで、執事の名倉に周と協力させていた。ところが周とのつながりが四葉に知られることを恐れた弘一は、名倉に周の抹殺を命じる。名倉はその戦闘で逆に返り討ちに遭う。その後、名倉の死を知った真由美も京都に乗り込んだほか、達也も将輝を呼び寄せる。 そして、一行の前に周が現れる。名倉が死に際に残した自分の血液によって周は追い込まれ、焼身自殺を遂げる。 事件翌日の2096年10月28日に新京都国際会議場にて開催された論文コンペでは、急病の第二高校予定発表者に代わり、光宣が発表した「精神干渉系魔法の原理と起動式に記述すべき事項に関する仮説」が優勝した。 「四葉継承編」 深雪は新年の集い『慶春会』の招待状を受け取る。それは、彼女が四葉家次期当主に指名されることを意味していた。 四葉分家の者たちからの妨害を潜り抜け、本家に到着した達也を前に、真夜は「達也と深雪は兄妹ではない」というでっち上げを出す。 また、分家のひとりである新発田 勝成は、大晦日の会食で四葉家次期当主候補を返上、代わりに真夜にガーディアンの琴鳴との結婚を口添えしてもらい、慶春会の場で婚約を発表する。 「師族会議編」（上・中・下） 達也と深雪の婚約発表に対し、一条家は異議申し立てと同時に深雪と将輝の婚約を申し込む。 その衝撃も冷めやらぬ中、「ブランシュ」の総帥の顧傑（ジード・ヘイグ）は弟子である周の死亡を受け、箱根で開かれる十師族選定会議の会場である箱根のホテルに、死体による自爆テロを起こした。このテロにより、魔法師は世界中から白眼視される。 2097年2月、エリカの異母兄にして警部・千葉寿和は部下の稲垣とともに、独立魔装大隊がロッテルバルト経由で流した情報を得て、顧傑の同志とされる近江円磨のもとを訪れる。その際、稲垣は円磨に意識操作の魔法をかけられ、寿和をおびき寄せるための餌にされる。そして、罠にかかった寿和は顧傑によって稲垣もろとも傀儡にされる形で殺され、達也たちに差し向けられる。 「南海騒擾編」 2097年3月、達也たちは久米島沖の人工島・西果新島竣工記念パーティーに招かれ、卒業旅行で訪れていたあずさらと顔を合わせる。 ところで、この島には日本との講和条約に反対という理由で大亜連合軍からの脱走兵や、オーストラリア軍の兵士二人組もいた。 うち、オーストラリア軍の兵士は「ジャスミン・ジャクソン」と「ジェームズ・ジャクソン」という偽名のもと、親子としてふるまっていた。ジャスミンは大亜連合軍の工作員に捕らえられそうになるのを事情を知らない服部たちによって助けられ、面識を持つ。 ジャスミンらは主力部隊の壊滅で作戦が成功しないことを見越し、花音たちを巻き込んだ騒ぎを起こすものの、ジャスミン同様幼い見た目のあずさの策にかかり、失敗に終わった。追いつめられたジャスミンたちは戦略級魔法「オゾンサークル」によるオゾンガス攻撃を展開するが、達也の魔法師無効化魔法「ゲートキーパー」によって封じられる。おまけに、大亜連合軍特殊工作部隊のリーダーだった陳 祥山の鬼門遁甲で方向を狂わされ場所を誤認させられたことに気づいたジャスミンは、観念してとらえらえる。 また、脱走兵のリーダー格ダニエル・劉は、オーストラリア軍と手を組み西果新島でテロを企てるも、協力者である「ジェームズ・ジャクソン」もといジェームズ・J・ジョンソン大尉が達也にマークされていたことにより居場所を突き止められ捕縛される。その後、ダニエルに代わりブラッドリー・張が作戦の指揮を引き継ぐが、戦犯の身から解放された呂 剛虎によって倒された。 三年度の部 「動乱の序章編」（上・下） 2097年4月、克人は達也と深雪を、十師族・師補十八家の後継者たちによる会合に誘う。この会合の場での達也の発言が波紋を呼んだ。 さらに、 十師族「三矢家」の一員である三矢 詩奈が消息を絶ってしまう。 「孤立編」 大亜連合が戦略級魔法「霹靂塔」を発動したことにより、魔法や魔法師に対する非難が起こる。 USNA国家科学局所属の科学者エドワード・クラークは、達也を宇宙に追放すべくディオーネー計画を発案・提言する。 「エスケープ編」（上・下） エドワードの息子レイモンドは「七賢人」として日本の放送機関に対しトーラス・シルバーの正体が達也であることを伝え、達也にディオーネー計画に参加させるよう呼び掛けるメッセージを送り付けた。 そのころ達也はディオーネー計画に対抗すべく、恒星炉を用いたプロジェクト『魔法恒星炉エネルギープラント計画』を発表する。 同時期、光宣は周の亡霊に襲われるが、霊体を隷属させる魔法によって逆に周の人格と知識を吸収した一方、自身が健康な肉体になるにはパラサイトを自身に取り込むしか方法がないと思い悩む。 そして、ベゾブラゾフが一回目の戦略級魔法トゥマーン・ボンバを放った際、水波が達也たちを守るべく過剰な防壁魔法を使用して、魔法演算領域のオーバーヒートを引き起こしてしまう。これがきっかけで、光宣は水波を救うために自身にパラサイトを取り込むことを決意する。 ベゾブラゾフによる達也の抹殺が失敗に終わったことでディオーネー計画は事実上頓挫した。 「インベージョン編」 ポール・ウォーカー大佐は、スターズの関係者を呼び出し、達也の『魔法恒星炉エネルギープラント計画』に対する破壊工作と彼の暗殺を命じる。2097年6月15日、ダラス郊外の国立加速器研究所で再開されたマイクロブラックホール生成・蒸発実験に際し、警備センターから日本の工作員を発見・確保するためにスターズの面々は監視に当たるが、実験でこの世界に再びやって来たパラサイトが自我を有していない存在であったため、スターズ第三隊隊長のアレクサンダー・アークトゥルス大尉をはじめその場にいたスターズ隊員たちはパラサイトに同化される。また、結果を見届ける為に潜入したレイモンドもパラサイトに同化された。 その後、アークトゥルス大尉は他の隊員たちにリーナが反乱を起こすと吹聴し、それを信じたレイラ・デネブら一部隊員が2097年6月18日の早朝にリーナを襲う。カノープス大佐はスターズ第十一隊のシャウラ少尉からの報告を受けてアルゴル少尉やミルファク少尉を含めた四人でリーナを基地から脱出させることに成功するが、アルゴル少尉たちと共に捕らえられる。そして、彼らは略式裁判の末にミッドウェー島の魔法師用軍事刑務所に送られることになった。 時は前後して2097年6月16日の夜明け前、 光宣は旧第九研に侵入して、パラサイトを自身に取り込む儀式を実行した。強固な精神力でパラサイトを屈服させて、自我を保ったままパラサイトを取り込むことに成功し、同時に驚異的な自己治癒能力を得て健康な肉体になった反面、脳の一部が変容してしまう。そして、彼は水波の入院する調布碧葉医院を訪れるが、彼女の治療方法の方針の違いから達也たちと対立する。それでも諦めずに水波を病院から連れ出す為の戦力を得るべく、パラサイドールを狙って旧第九研を襲撃するが、滞在していた祖父・九島烈を交戦の末に意図せず殺害してしまう。そして、巳焼島へ救援に向かった達也の隙をついて調布碧葉医院を襲撃し、水波を拉致する。 「急転編」 2097年6月28日、大亜連合の戦略級魔法師である劉 麗蕾はベゾブラゾフの死亡説を受けた大亜連合の新ソ連への進軍作成に参加するも、7月4日に戦線に復帰したベゾブラゾフのトゥマーン・ボンバにより大亜連合側が敗北する。 麗蕾は達也抹殺を図るベゾブラゾフと新ソ連の策略により日本との交戦の口実を作るための戦犯に仕立て上げられてしまい、自身の護衛部隊の隊長を務める林衣衣少尉の手引きで日本へ亡命する。達也の助言を受けた風間の口添えにより、麗蕾は一条家に預けられることになった。 2097年7月11日、麗蕾を暗殺すべく、呂剛虎率いる工作部隊が日本に送り込まれたことを知った林少尉は基地の外にある薬局へ向かうも、剛虎に捕縛されて、麗蕾を薬局へ誘き寄せるように強要される。林少尉を追跡していた修次と摩利は薬局に侵入し、その薬局に店員として潜入していた新ソ連のスパイ・サーシャは林少尉を射殺する。また、剛虎は修次との激戦の末に死亡する。 麗蕾は林少尉の死だけでなく、少尉が新ソ連のスパイとして自分を利用していたという事実に愕然とするが、将輝が林少尉をかばうことによって慰められた。これがきっかけで将輝に心を開くようになった。 「追跡編」（上・下） 2097年7月、光宣と水波は周が生前に用意していた青木ヶ原樹海の隠れ家に到着する。 そのころ、暗殺専門の魔法師部隊、通称『イリーガルMAP』の3つの分隊の一つ「ホースヘッド分隊」は殺しすぎということでミッドウェー監獄に収監されていたところ、 ペンタゴン内部の対日強硬派の意向を受けたウォーカー大佐の命令で日本に潜入する。達也暗殺のためにほのかと美月を誘拐し人質にすることを目論むも、失敗に終わる。追いつめられた分隊は、2名が自害し、ヘリで逃走していた残りのメンバーが達也を襲って返り討ちに遭い、全滅に終わった。 2097年7月12日、光宣を追跡していた達也の前に、烈の娘婿・長正が立ちはだかる。激戦の末、長正は意識不明の重体の状態で駆け付けた黒羽家に確保される。 そのころ水波は内心で深雪を裏切った罪悪感に苦しみ、光宣からの提案に悩んでいたが、隠れ家に侵入した九重八雲からの情報を聞いて、達也と深雪の将来の布石の為に2人で全水没型輸送艦『コーラル』に搭乗して、日本から脱出する。 「奪還編」 光宜と水波はレイモンドとともに、ミッドウェー島の軍事刑務所・パールアンドハーミーズ環礁基地まで逃げる。そこへパラサイトを排除しようとするUSNA軍の過激な一派から兵士が送り込まれ、水波は銃撃から光宣を守る為に防護魔法を使用したことで容体が更に悪化し、意識を失ってしまう。これ以上水波の同行が困難だと判断した光宣には、魔法を使えないようパラサイトを使って彼女の魔法能力を封印して基地に置き、レイモンドと共に『コーラル』に搭乗して基地から脱出する。 2097年7月17日、カノープスの大叔父であるワイアット・カーティス上院議員が非公式に訪日し、パールアンドハーミーズ環礁基地に幽閉されているカノープスの脱獄を達也に依頼する。 達也は、ワイアットの甥マイケルが艦長を務める原子力潜水空母『バージニア』に搭乗して基地に潜入して、カノープスや水波らを救出する。 四葉家に保護されていたリーナと合流し、カーティスの意向を受けたバランス大佐は統合参謀本部の上層部にウォーカー大佐の所業を明かす。これにより、ウォーカー大佐はスターズの基地司令官を解任され、内部監察局への出頭を命じられた。 「未来編」 これまで達也の排除に動いてきたエドワードはUSNA内部での立場の危うさから、ついに達也の暗殺を強行するまでに追いつめられる。クラークは国防長官のリアム・スペンサーとの交渉に臨み、自分の思い上がりに打ちのめされるも、達也の暗殺にUSNA国籍を持つ「人間」を使わないことを条件に承認を得る。計画のためにスターズ内部のパラサイトと、作戦「成功後」に市民権を与えるという条件を餌に集めた帰化を希望する外国籍の兵士、さらにブラジルの戦略級魔法師ミゲル・ディアスを戦力として集め、2097年8月4日に強襲揚陸艦と二隻の駆逐艦を率いて巳焼島に侵攻するも、四葉家の戦力の前に歯が立たず、計画は失敗に終わる。エドワードはあらかじめ買収していた操艦スキルを持つ下士官と共に強襲揚陸艦『グアム』に乗って逃亡を図るが、達也に沈められた挙句、肉体を元素レベルにまで分解され死亡した。その後、達也のメッセージを受けたUSNA政府により、新ソ連のエージェントとされ、全ての責任を負わされる形となった。 また、ベゾブラゾフも達也にCADをこわされた恨みなどから、この作戦に便乗して復讐図るも、チェインキャストを完全に見破られ、達也の返り討ちに遭った。 その後、達也は新ソ連による巳焼島への侵略行為への自衛行動として、ビロビジャンミサイル基地の破壊とベゾブラゾフの抹殺を世界中に公表した。新ソ連は事実無根として否定するも、USNAが破壊されたビロビジャン基地の衛星写真を公表したことで、達也の行動に信憑性があると証明された。 「サクリファイス編/卒業編」