京都大学iPS細胞研究所（きょうとだいがくアイピーエスさいぼうけんきゅうじょ、）は、京都府京都市左京区にあるiPS細胞（人工多能性幹細胞）の研究機関で、京都大学が擁する附置研究所の一つ。
2010年4月1日設立。略称はCiRA（サイラ）。
概要 iPS細胞に関する基礎研究および応用研究を行い「再生医療の実現に貢献する」ことを設立理念に掲げ「iPS細胞およびiPS細胞技術の医療応用」をミッションとする。後述の財団設立に伴う2020年4月の組織改正以前は一時、大部分を占める非正規雇用の職員と大学院生を含め約200人が働いていた"研究の原点 米の精神" 2012年10月11日付『朝日新聞』夕刊（大阪本社3版）1面（2012年時点）。研究所は地上5階、地下1階の建物で、各研究室間の仕切りを取り払い、研究者同士で自由な議論をすることができる「オープンラボ形式」が特徴である。iPS細胞に関する研究だけでなく、知的財産の管理や規制当局への対応、広報活動も業務のうちの一つとしている。
2012年には当時の所長の山中伸弥がノーベル生理学・医学賞受賞が決まったことを受け、文部科学省は以降10年間にわたって長期的に研究費を助成する方針を掲げた。また、2019年9月6日に京都大学が一般財団法人京都大学iPS細胞研究財団を設立した（のちに2020年4月1日公益財団法人へ移行）。2020年4月1日に財団が活動開始するにあたりCiRAから約80名の職員が財団へ移籍するとともにiPS細胞研究基金の残高のうち100億円を財団へ移し替えた。これによって、財団からiPS細胞を全国の医療現場に届ける体制へと移行した。
共同プログラム T-CiRA T-CiRA（Takeda-CiRA Joint Program for iPS Cell Applications）とはCiRAと武田薬品工業が2015年4月17日に発表した共同研究契約締結である。研究はiPS細胞技術と創薬技術を用い、心不全、糖尿病、精神・神経疾患、がんなどを対象に共同研究していくとしている。2015年9月1日には、神奈川県藤沢市のタケダ研究所内に「CiRA湘南分室」が設置されている。 2026年2月3日、CiRAは契約期間を終え、延長はせずT-CiRAを2025年度末に終了すると発表した。学会発表や論文発表などの成果をあげたが、具体的な新薬の実用化には至らなかった。
沿革 2008年 - 前身となるiPS細胞研究センターを立ち上げ。 2010年4月1日 - iPS細胞研究センターを改組する形で「京都大学iPS細胞研究所」開所。 2012年10月7日 - 田中眞紀子文部科学大臣が視察。 2013年 - iPS細胞の研究により第44回星雲賞自由部門を受賞した。 2019年10月28日 - 全国農業協同組合連合会（JA全農）と業務連携協定JA全農が京大iPS細胞研究と業務提携JAの活動ニュース（2019年10月28日）2019年11月14日閲覧。。 2020年4月1日 – iPS細胞ストックプロジェクトが京都大学iPS細胞研究財団に移管。 2020年6月12日 - 新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) に対するPCR検査機器を貸与する協定を大阪府と締結「大阪府、京大iPS研究所と連携 新型コロナの検査強化」『日本経済新聞』2020年6月13日（2020年6月15日閲覧）。
歴代所長 歴代所長は以下の通り。 代氏名在任時期専門部門備考初代山中伸弥2010年4月1日 - 2022年3月31日未来生命科学開拓部門現 名誉所長2012年ノーベル生理学・医学賞受賞者第2代髙橋淳2022年4月1日 - 2026年 3月31日臨床応用研究部門第3代江藤 浩之2026年 4月 1日 - 現職臨床応用研究部門
組織 研究部門 https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/about/organization_division.html 未来生命科学開拓部門 増殖分化機構研究部門 臨床応用研究部門 基盤技術研究部門 上廣倫理研究部門
研究支援組織 https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/about/organization_research.html 研究推進室 医療応用推進室 国際広報室 基金室
刊行物 https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/publication.html CiRAニュースレター アニュアルレポート CiRAパンフレット 幹細胞ハンドブック CiRA設立10周年記念誌
京都大学基金「iPS細胞研究基金」 アメリカ合衆国の研究所を手本として「iPS細胞研究基金」を募っている。 募集期間 期間の定めなし 目標額 各年度 10億円
助教による論文不正事件 2018年1月22日、2017年2月にアメリカの科学誌『ステム・セル・リポーツ』に掲載された、研究所に所属する36歳の特定拠点助教が発表した血液脳関門機能を持つ細胞を作ったとする論文の図に改竄があったことを記者会見で発表。同助教と山中所長に対する処分の意向を発表した「iPS論文で不正認定＝助教が改ざん、処分へ－京大」時事通信（2018年1月22日配信）。京都大は同年3月28日付で、論文の11のデータを捏造・改竄したことで「大学の信用を傷付ける行為をした」として同助教を懲戒解雇処分とし、山中所長も監督責任があるとして処分した。ただし山中所長の処分は懲戒処分ではないため処分内容は公開しなかった「京大 iPS論文不正 助教を懲戒解雇 山中教授も処分」NHKニュース（2018年3月28日配信）。
准教授による論文不正事件 2026年3月31日、研究所に所属していた小田裕香子准教授（論文発表当時は京都大学ウイルス・再生医科学研究所 豊島文子研究室所属の助教）が2021年11月にアメリカの科学誌『Science Advances』に発表した論文の図に改竄があったことを公式HPで公表した。京都大学は小田裕香子氏がどのような改竄を行ったのかについて情報を明らかにしておらず、「不正行為が認定された図に関する実験結果は（…）論文の結論に関わるものではない」と結論づけている。また大学は小田裕香子氏について「今後、処分を検討する」としているが、具体的な処分内容については明らかとなっていない。
告発者に対するハラスメント疑惑 2026年5月12日、小田裕香子准教授の研究不正を告発した研究者が、不正告発後数ヶ月で雇い止めの通知を受けていたことが科学ジャーナリストの須田桃子氏によってスクープされた。記事によると、告発者は研究不正告発後に机と椅子だけのスペースでの勤務を提案された。また、小田氏が告発者からのメールに返事しないなど直接的なコミュニケーションを取らなくなったり、実験申請文書や実験器具利用票から名前を削除するなど、ハラスメントと受け取られるような言動があったことを京都大人権調査委員会が認めている。小田氏による上記のような言動が事実認定されたにも関わらず、京都大学が「ハラスメントには該当しない」と結論付けた事に対し、外部有識者からは疑問の声が上がっている。
研究不正調査の矮小化疑惑 小田裕香子氏の研究不正を調査する目的で設置された調査委員会が、研究不正の内容を公正に認定せずに矮小化していた可能性について報道された。記事によると、小田裕香子氏の論文の主張に都合の悪いマウスが意図的に除外されていたり、実験中に行方不明となっていたマウスがいたりした可能性があるにも関わらず、調査委員会はこれらを不正と認定しなかった、あるいはそもそも調査の対象としなかったことが明らかとなっている。また、調査委員会が大学に提出した調査結果報告書には不可解な点が存在することも指摘されている。京都大学の調査委員会の報告について、外部有識者らは「（小田氏の研究は）もはや実験として成立していない」、「研究不正以前の問題だ」と厳しく調査の不備を指摘している。
非常勤職員の懲戒解雇訴訟問題 2020年3月31日、機密情報が記載されたメールを無断で閲覧したとして、研究所に所属していた非常勤職員を懲戒解雇したと公表した。この機密情報とは、iPS細胞研究所所属の助教が行った研究不正に関するものであることが明らかとなっている。一方で解雇された元職員は違反に該当するような行為は思い当たらないと主張している。懲戒解雇の背景には研究不正が発覚したことによる研究室の体制変化があったのではないかと新聞では報じられている。2020年7月に元職員は大学を相手取り、地位の確認と退職勧奨時のパワハラに対する慰謝料を求める訴訟を京都地裁に起こしたが、2024年5月に京都地裁は懲戒解雇は有効でありパワハラはなかったとして請求を棄却した。なお元職員は控訴する方針であると報じられている。一連の訴訟問題をめぐり、iPS細胞研究所による懲戒解雇を問題視する団体は、京都大学が主張する懲戒事由には客観的証拠が乏しいなどと指摘している。また、元職員が懲戒解雇されるに至った具体的な経緯が電子書籍の形式で公表されている。
歴代所属研究者
井上治久 江藤浩之 長船健二 小田裕香子 斎藤通紀 齋藤潤 櫻井英俊 高橋和利 髙橋淳 中畑龍俊 山中伸弥
脚注
関連項目 再生医学 培養細胞 生命倫理学 クローン 物質-細胞統合システム拠点
外部リンク 京都大学iPS細胞研究所 「iPS細胞研究基金」申込みサイト 公益財団法人 京都大学iPS細胞研究財団