は、日本の歴史のうち、江戸幕府が政権を握っていた時代（江戸時代）の末期を指す。本記事においては、黒船来航（1853年）から戊辰戦争（1868年）までの時代を主に扱う。
概説 幕末の期間に関する厳密な定義はないが、1853年7月8日（旧暦嘉永6年6月3日）の黒船、即ちマシュー・ペリーが率いるアメリカ海軍艦隊の来航をその始期とする見方が一般的であり、王政復古の大号令（1868年）においても「抑癸丑（1853年）以来未曾有の国難」が体制変革の画期として指摘されている。
終期については、1867年11月9日（慶応3年10月14日）に徳川慶喜が大政奉還を行った時点、翌1868年5月3日（慶応4年4月11日）の江戸開城の時点など、様々な見方があり得る。また、旧幕府軍による抵抗が終わった箱館戦争の終結（1869年）、幕藩体制が完全に終結した廃藩置県を断行した1871年8月29日（明治4年7月14日）、西欧式の太陽暦であるグレゴリオ暦を採用する前日の1872年12月31日（明治5年12月2日）なども終期となりうる。
幕末は、「西洋の衝撃」を受けた国防意識の高まりとナショナリズムの勃興を背景に、水戸学のような日本型華夷思想を基盤として国体意識が高まり、徳川将軍が事実上の国家主権者として君臨する幕藩体制が解体され、国内の政治権力の再編が進む過程である。その中心を担ったのは薩摩藩、長州藩、土佐藩、肥前藩などの、いわゆる西南雄藩であった。
この時期に「鎖国」を放棄して開港した日本は、外国との自由貿易の開始によって、経済面において欧米列強を中心とする植民地主義と資本主義市場経済に組み込まれた。それと同時に、一部での排外主義（尊王攘夷運動）の高まりにもかかわらず、欧米列強の圧倒的な存在感により社会自体が西洋の文明・文化の影響を受け、劇的に変化していった。この幕末の過程は、たとえば島崎藤村の長編小説『夜明け前』など多くの文学作品にも描かれている。
政治的側面においては、幕末を、単なる過渡期とするか、あるいはそれ以前以後とは異なった独自の政治体制とするかの2つの見方に分かれる。一方で、国際関係史的には「近代」として扱われ、一連の条約の締結により日本が西洋近代システムへの参入を果たした幕末から、第二次世界大戦で敗れて天皇を主権者とする帝国主義国家が崩壊するまで、即ち開国（1854年）から第二次世界大戦敗北（1945年）までを「近代」とする見方も存在する。幕末とそれに続く明治時代は「幕末・明治」として一括されて呼ばれることも多い。
政治史 黒船来航以前については幕末の砲艦外交を参照。
条約締結と将軍継嗣問題（1853年 - 1858年） thumb|left|外国勢を迎え撃つために、品川台場に設置されていた80ポンド青銅製カノン砲（口径250mm、砲身長3830mm） 1853年7月8日（嘉永6年6月3日）、アメリカ合衆国が派遣したペリー提督率いる4隻の黒船が浦賀沖に来航し同日、久里浜で浦賀奉行以下60人が大筒ボンベン・モルチール砲の砲撃訓練をしていた。訓練は三日目に入っていた。夕方、異国船4隻が沖合を通り過ぎ、浦賀沖に投錨した。そのうち2隻が蒸気軍艦であった。（井上勝生『幕末・維新』シリーズ日本近現代史① 岩波書店 〈岩波新書1042〉 2006年 2ページ）、江戸幕府に開国を迫る大統領国書をもたらした。老中首座の阿部正弘（備後福山藩主）は、海防参与徳川斉昭（前水戸藩主）らや、松平慶永（春嶽、越前藩主）・島津斉彬（薩摩藩主）ら親藩・外様大名をはじめ、庶民にいたるまで対応意見を求めた。こうした激動の中、将軍徳川家慶が死去し、世子の家定が13代将軍に就任する。
翌1854年2月13日（嘉永7年1月16日）に再来したペリーは、重ねて開国を要求する。全権の林復斎（大学頭）らとの交渉により、1854年3月31日（嘉永7年3月3日）日米和親条約が締結され、いわゆる「鎖国」体制は終焉した。また、英国のスターリングと水野忠徳の交渉で1854年10月14日（嘉永7年8月23日）に日英和親条約、ロシア帝国のプチャーチンと川路聖謨らの交渉により1855年2月7日（改元して安政元年12月21日）に日露和親条約、やや遅れて1856年1月30日（12月23日）には 日蘭和親条約調印が締結された。国交を樹立した幕府での体制再編のため阿部は幕府や外部からの人材登用、研究教育施設の創設、軍事体制の再編を行っている。永井尚志・岩瀬忠震・大久保一翁の海防掛目付登用や長崎海軍伝習所や蕃書調所の設置などもそのひとつである。開国以前より継続していたこれらの改革は安政の改革と呼ばれ、勝海舟もこの動きの中から注目される。
日米和親条約では、薪水の給与のための下田・箱館開港と並んで、両国の必要に応じて総領事が置かれることとなり、1856年（安政3年）米国はハリスを下田に派遣する。ハリスは自由貿易と開港を目的とした通商条約の締結を幕府に迫る。阿部死後、老中首座となった堀田正睦は徳川斉昭を罷免し、ハリスを下田より上府させ、1857年12月7日（安政4年10月21日）には将軍徳川家定に拝謁させた。ハリスは江戸で第二次アヘン戦争における清の敗北などの世界情勢を堀田に伝え、英仏が日本に不利益な条約を強制する危険があると主張した。この事態を避けたければアメリカとの条約を先に締結するべきとするハリスの発言について、堀田は虚偽を含む主張と承知しながらも通商条約締結は不可避と判断し、交渉を進めた。合意した内容は、領事裁判権を認め、関税自主権を有さず、かつ片務的最恵国待遇を課した不平等条約であった但し、領事裁判権はむしろ幕府が求めたものであり、関税に関してもこの時点では妥当なものであった。むしろ問題は金銀等価交換を認めたことであった→幕末の通貨問題。 サムネイル|幕末の期間、帝位に在位していた孝明天皇 条約内容に合意した後、堀田は孝明天皇の勅許を求めるべく、上洛して関白九条尚忠を通じて工作をおこなわせた。しかし、孝明天皇は異国人撫恤のための薪水給与は認めていたが、開市（外国人の国内の居住）や開港には反対しており、また岩倉具視ら多くの公家が関白の幕府寄りの姿勢を批判したため（廷臣八十八卿列参事件）、勅許は得られなかった。一方、病弱であった将軍家定に子がなかったため、将軍の継嗣を誰にするかについても国内世論が二分した。紀州藩主徳川慶福を推す南紀派と、一橋徳川家当主徳川慶喜を推す一橋派が激しく対立し、条約問題とともに江戸・京都での政治工作が熾烈化した（将軍継嗣問題）。一橋派では橋本左内（越前藩士）・西郷隆盛（薩摩藩士）、南紀派では長野義言（彦根藩士）ら下級武士がこれら工作に活躍した。のちに島津斉彬はこれらの問題の解決を図るため、率兵上京を試みるが、決行の直前に病を得て急死した。
安政の大獄と桜田門外の変（1858年 - 1860年） 1858年6月4日（安政5年4月23日）に大老に就任した井伊直弼（彦根藩主）は、将軍継嗣問題と条約問題とを強権的な手法で一気に解決をはかった。すなわち、将軍職については、大老就任直後の1858年6月11日（安政5年5月1日）紀州慶福を後継に決定する。慶福は家茂と改名し、江戸城へ入った（将軍就任は安政5年10月25日）。直弼自身は勅許は必要と考えていたが、勅許不要とする老中の松平忠固に押され、7月29日（安政5年6月19日）、勅許の降りないまま井上清直と岩瀬忠震を全権として日米修好通商条約を調印した。調印直後に井伊は堀田と松平忠固の二老中を罷免し、代わって老中在職経験のある太田資始（道醇、前掛川藩主）・間部詮勝（鯖江藩主）・松平乗全（西尾藩主）を老中に任命した。その後、日米修好通商条約と同様の条約がイギリス・フランス・オランダ・ロシアとも結ばれた（安政の五ヶ国条約）。開市開港は段階的に行うとされたが、これについては井伊の後継である安藤信正が派遣した文久遣欧使節によりロンドン覚書が調印され時期をずらすことになる。
こうした直弼の強権的手法には反撥が相次ぎ、徳川斉昭・徳川慶勝（尾張藩主）・松平慶永らは抗議のため登城するが、無断で登城したことを理由に逆に直弼によって謹慎処分を受けることとなった。孝明天皇を無視する形で条約調印が続くと幕府寄りだった関白・九条尚忠は天皇の信頼を失い孤立していくが、それでも「内覧」権を有する関白は依然として最重要人物であった。それが1858年9月14日(安政5年8月8日)に内覧を経ずに幕府と水戸藩へ戊午の密勅が出され、その後に九条関白が幕府のために情報を壟断していた事実が明らかとなり辞職を求める内勅が出されて内覧は停止された。
失地回復を図るべく老中の間部詮勝、京都所司代の酒井忠義が上洛し、この密勅に関わったとして近藤茂左衛門、梅田雲浜を逮捕したことを皮切りに、尊攘志士の頼三樹三郎や、前関白の鷹司政通の家臣の小林良典など、公家の家臣も含めた井伊が主導する幕府に反発する人物が次々と捕らえられた。この威嚇を背景に、間部は九条関白の復職と慶福改め家茂の将軍宣下を実現権威させ、事実上の条約勅許まで獲得した。間部のさらなる朝廷への威圧により、攘夷派の左大臣近衛忠煕・右大臣鷹司輔煕が辞官し、前関白の鷹司政通・前内大臣三条実万とともに落飾・出家するに至った。
江戸においても、井伊によって弾圧が行われた。特に水戸藩への弾圧は苛烈を極め、家老の安島帯刀は切腹、奥右筆の茅根伊予之介は斬罪、密勅を江戸に運ぶのに関わった鵜飼吉左衛門・幸吉父子はそれぞれ斬罪・獄門となった。大名や旗本では徳川斉昭が永蟄居、一橋慶喜・伊達宗城（宇和島藩主）・山内容堂（土佐藩主）らが隠居謹慎に処されたほか、一橋派と目された幕臣の岩瀬忠震や永井尚志が免職のうえ永蟄居を命ぜられ、さらには老中の太田資始・間部詮勝も罷免された。また、逮捕された三条家家臣の飯泉喜内の手紙から、検挙者が増え、橋本左内なども捕縛された。京都で捕らえられた人物は江戸に送られ、江戸の逮捕者とともに取調べが行われた。取調べの結果、橋本左内・頼三樹三郎・飯泉喜内・松下村塾の主催者吉田松陰は斬罪となった。梅田雲浜や小林良典、密勅に関わった薩摩藩士日下部伊三治らは獄死した。これら世論や朝廷へ働きかける運動家、オピニオンリーダー、その保護者やシンパである封建諸侯、幕府内部の実務官僚らが標的となった政治的弾圧を「安政の大獄」と呼ぶ。水戸藩内では戊午の密勅返還問題を巡りセクト主義に陥り、激派と鎮派（暫進的改革派）に分裂、彼等と対抗する門閥派の諸生党と混迷を極める結果になる。
安政の大獄は、旧一橋派や攘夷派・尊皇派の反撥を招く。度重なる弾圧に憤慨した水戸藩の激派や薩摩藩の浪士は、密かに暗殺計画を練り、1860年3月24日（安政7年3月3日）、江戸城登城の途中の直弼を桜田門外にて襲撃して暗殺を決行した（桜田門外の変）。政権の最高実力者に対する暗殺という結果は、幕府の権威を大きく失墜させることとなった。
公武合体策と尊王攘夷派の擡頭（1860年 - 1863年） thumb|300px|「長崎海軍伝習所絵図」鍋島報效会蔵。オランダの軍人を教師に、幕府海軍の海軍士官を養成した。 井伊直弼の死から、幕閣は久世広周（関宿藩主）と安藤信正（磐城平藩主）が実質上の首班となって運営された。幕府は朝廷の権威により幕威を回復せんと公武合体を推進。万延元年4月12日(1860年6月1日)、皇女和宮親子内親王の徳川家茂への降嫁を朝廷へ奏請したが、孝明天皇は帥宮熾仁親王との婚約を命じており拒絶をした。幕府は請願を繰り返しつづけ、孝明帝の侍従であった岩倉具視は公武合体を通じて穏やかに王政回復の機会を得るべきと進言した。幕府が「七八カ年乃至十カ年」という期限をつけて条約破棄か武力撃攘を約束したことで孝明天皇は降嫁を認め、和宮は文久元年11月15日(1861年12月16日)に江戸城に入った。孝明天皇は幕府の外交措置を信頼しようとするが廃帝を画策しているとの噂が立っており、勅使として岩倉と千草有文が関東へ下向。徳川家茂より自筆で忠誠を誓う誓書を書かせた。文久2年4月7日(1862年5月5日)、孝明天皇は幕府と決めた期限に必ず攘夷を為す意思を明らかとした。結果として幕府は自らの約束に縛られる結果となった。
安政6年6月2日(1859年7月1日)に横浜港が開港した。居留地が置かれ外国人が住居往来したがキリスト教の日本への布教は認められていなかった。貿易は生糸、茶が輸出され、綿糸、織物が輸入された。国内と国外の金貨銀貨はそれぞれ同一質量で交換されたが、日本の金銀比価の問題より短期間に大量の金、一説に10万両と云われる大量の金の海外流出を招いた『もういちど読む山川日本近代史』鳥海靖。万延元年4月10日（1860年5月30日）、幕府は万延小判を発行して混乱に対応した。しかし従来の天保小判に比して金の量を約1/3とした万延小判は既存の小判を含有金量に応じて増歩通用としたため混乱を招いた。横浜商人など利益を得た者がいたが、地廻り経済圏の在郷商人は生産地より江戸の問屋に物資を廻送せず品不足と物価高騰が発生した結果、都市の打ち壊しや地方の一揆が激増した。経済の混乱のため五品江戸廻送令が出されるがイギリスは生糸の輸出制限に不満を募らせた。今日から見ると珍しく輸出にも関税をかけていたが関税収入を幕府が独占したため西南雄藩は不満を持った。こうした問題は薩英戦争後に英国と薩摩藩が接近していく素地となり、横浜鎖港と兵庫開港にみられる貿易統制をめぐる幕府と雄藩との軋轢を生む要因となった。
他方、外交では、横浜での貿易が盛んに行われるなかで、1861年2月にロシア軍艦ポサドニック号が占領を企てて対馬に滞泊するロシア軍艦対馬占領事件が発生する。ロシア側が芋崎に兵舎を建設して付近の永久租借権を要求する事態に発展し、対馬藩や島民が抵抗して、幕府も外国奉行の小栗忠順を派遣し撤退を求めた。しかし、ロシア艦は動かず、結局イギリス公使オールコックの協力の申し出によりイギリス艦2隻が派遣され、8月にようやく退去した。
幕府の公武合体が停滞する中で大名は中央政界に国論を引っ提げて乗り出した。長州藩は長井雅楽を京都へおくり「航海遠略策」の建白書を朝廷へ上らせ、長井は文久元年6月2日(1861年7月9日)に御嘉納されたことを伝えられ御製の和歌を賜った。また同年8月3日(1861年9月7日)に安藤信正と面会し持論を述べる機会を得た。長州藩の公武周旋の動きは薩摩藩を刺激した。文久2年、京都所司代の酒井忠義を無視するかのように続々と志士が入京した。彼らは和宮降嫁を主導した酒井や関白・内覧九条尚忠といった公武合体派を敵視していた。真木和泉、久坂玄瑞を中核とする草の根のネットワークが形成されオルグ活動では清河八郎の九州遊説が貢献した。関東の雄藩である水戸藩では井伊暗殺の実行者を追討する一方、激派の要人を参政に登用する形で安定を図った。しかし攘夷の意思が固い激派は長州藩の桂小五郎、松島剛蔵と提携し実力行使による幕政改革を志向していたが、長州藩は航海遠略策が藩論となり動きがとれなくなった。激派は宇都宮藩の大橋訥庵と提携し文久2年1月15日(1862年2月13日)、安藤信正を江戸城坂下門外で襲撃した。安藤は負傷し命は助かったものの後に失脚した（→坂下門外の変）。幕府から睨まれた宇都宮藩は蒲生君平が踏破調査（山陵志）をしていた天皇陵を修補するという奇策を用いて公武の間に運動をしていき責任者の戸田忠至は幕府では若年寄、新政府では参与となるが、当然に治定としては矛盾が続いている。また、過激尊攘志士による「異人斬り」が横行した。安政6年にロシア使節の護衛艦隊の乗組員が襲撃されて2名が死亡し、同7年にはオランダ船長と商人が殺害されたほか、万延元年にはアメリカ公使ハリスの通訳ヒュースケンが薩摩藩士に襲撃され、命を落とした。また、文久元年には水戸藩士がイギリス公使館を襲う東禅寺事件が勃発した。
文久2年4月16日(1862年5月14日)、薩摩藩の最高実力者である島津久光は公武合体を実現すべく藩兵を率いて上京した。事前に大久保一蔵を使者にたて上京の勅許奏請を工作したが婉曲に断られ、天朝の危機に、勅命を奉じて幕政改革を実行させる意欲のもと独断で京都へのぼった。志士の動向に怯えていた朝廷は久光へ浪士鎮撫の勅命を与えた。一方久光は前左大臣の近衛忠煕に開国・軍備増強を建白した。ただ、気がかりは薩摩藩内の尊王攘夷派の暴発であり、有馬新七は薩摩藩を尊攘派に引きずりこむためにテロを計画し酒井所司代と九条関白を対象とした。久光は彼らに監視をつけて説得にあたらせたが、尊王攘夷派が上京して船宿に入ったため、やむなく粛清を行った（→寺田屋騒動）。
久光の朝廷工作により、幕府改革への勅使として大原重徳が遣わされるという事態となる。幕府側にはそれを拒否する力は無く、安政の大獄で失脚した徳川慶喜を将軍後見職、松平春嶽を政事総裁職とするなどの人事を含む改革を余儀なくされた。そして、幕政に返り咲いた慶喜・春嶽や、春嶽のブレインである横井小楠らにより、松平容保（会津藩主）の京都守護職任命や、参勤交代制の改革などが行われた（→文久の改革）。いっぽう久光率いる薩摩藩兵は帰国途中の1862年9月14日（文久2年8月21日）生麦村で行列を横断しようとした英国人に斬りつける事件を起こす（→生麦事件）。イギリス側は犯人の処刑を要求するが、国父の久光が開国論でありながら内部では未だ開国論に統一されていない薩摩藩では、この要求に従うことができず、後に禍根を残すこととなる。その後、京都へ凱旋した久光だが京都は尊王攘夷派に政局が占拠されており、長州藩では桂や久坂、真木和泉のため長井は失脚させられ藩論は尊王攘夷へ転換されていた。憤りが収まらない久光は鹿児島へ引き上げた。
尊王攘夷派に占拠された京都では、長州藩、土佐藩の尊王攘夷派が朝廷の圧力を利用して将軍上洛運動を強要した。土佐藩に関しては、藩主の山内豊範が土佐勤王党の武市瑞山らを率いて上京しており、長州藩と密接な連絡をとって朝廷に働きかけていた。こうした運動が実を結び、三条実美・姉小路公知が江戸に下り、幕府に攘夷決行と将軍上洛を督促した。幕府内では、御側御用取次の大久保一翁が開国論を説いて朝廷に拒否されたならば大政奉還をせよと主張したため左遷され、幕閣は将軍上洛を受け入れることを決めた。そして、1863年4月21日（文久3年3月4日）、家茂は将軍としては200年ぶり（3代家光以来）に京都に入ったが、朝廷のペースに巻き込まれ、1863年6月25日（文久3年5月10日）をもっての攘夷決行を約束させられてしまう。但し、幕府は攘夷を武力行使ではなく条約の撤回と解釈し、老中の小笠原長行（唐津藩世子）が、独断というかたちで生麦事件の賠償金を支払う一方、横浜からの一時退去を諸外国に申し入れたが、これを拒否されているなお、小笠原としては本気で交渉して鎖港するつもりはなく、横浜の商人に対しては、交易は従来通り許すから安心するよう布告している。。
他方、攘夷決行の日である6月25日、長州藩は久坂玄瑞らの指揮の下、関門海峡を通過する外国商船に砲撃を加える。しかし20日後にアメリカ合衆国、さらにその4日後にはフランスからの報復攻撃を受け砲台を占拠されるなど、攘夷の困難さを身をもって知ることとなる（→下関戦争）。また藩兵の軟弱さを嘆いた長州藩士高杉晋作は、新たに武士以外の身分を含む奇兵隊を結成、それに続いて諸隊が次々と結成され、後の長州藩の武力となっていく。また、生麦事件の賠償問題がこじれたことから1863年8月15日（文久3年7月2日）、薩摩藩と英国の間にも戦争が勃発（→薩英戦争）。薩英戦争では、イギリス艦隊による鹿児島城下砲撃と、それに反撃する薩摩藩砲兵との間で戦闘が発生した。イギリス側の人的被害が大きかった一方、鹿児島市街の一部が焼失し、薩摩藩もまた攘夷の不可能性を悟り、藩論を開国に統一することとなった。この交渉によりイギリスは薩摩藩が実は開国論に立っていることを知り、以後薩摩藩と急速に接近していくこととなる。
尊攘派の蹉跌（1863年 - 1864年） サムネイル|left|禁門の変を嚆矢として、日本国内の争いは内戦へと発展していく。 thumb|300px|攘夷と称して外国船に砲撃を繰り返した長州藩は、イギリス・フランス・オランダ・アメリカの列強四国によって砲撃を受けた。 このころ、京都へ尊王攘夷派の志士が集い、「天誅」と称して反対派を暗殺するなど、治安が極端に悪化していた。安政の大獄に関わった九条家家臣の島田左近の暗殺に端を発したこれらのテロ行為は、幕臣や公家を恐怖に陥れた。逆に、尊攘派の代表と見られた姉小路公知が暗殺される事件（朔平門外の変）や尊攘志士の本間精一郎が暗殺される事件も起きた。岩倉具視ら公武合体派の公家は排除され、三条実美ら尊王攘夷派の公家が朝議を動かすようになり、公武合体派の勢力は低下した。。
こうした尊攘派により討幕が行われることを憂う孝明天皇の思惑とは裏腹に、尊王攘夷派の真木和泉らは討幕・王政復古を実現させるべく運動し、1863年9月25日（文久3年8月13日）、天皇が神武天皇陵・春日大社に行幸して攘夷を祈願して親征の軍議を行うという詔が出る。これを受け、かねてより中川宮朝彦親王を介して天皇の真意を知っていた薩摩藩の高崎左太郎は、会津藩の秋月悌次郎を通じて松平容保を説いた。容保は帰藩途中の会津藩兵を呼び戻し、中川宮とともに綿密な計画を練り、天皇の同意のうえで薩摩藩と30日（文久3年8月18日）に宮廷の御門を制圧し、長州藩兵および三条ら7人の公卿を長州へ撤退させるクーデタを決行し（八月十八日の政変、七卿落ち）、真木や久坂玄瑞ら長州藩系の尊攘勢力の一掃に成功した。
いっぽう1864年2月7日（文久3年12月30日）以降、徳川慶喜・松平春嶽・松平容保・伊達宗城（宇和島藩主）・島津久光による初の諸侯会議となる参預会議が開催され、神奈川鎖港談判、長州藩の処置、大坂港の防備強化などの議題が話し合われた。春嶽・久光ら諸侯は持論の開国論を唱えるが、幕府を代表する慶喜が横浜鎖港を主張して対立し、結局幕府の思惑どおり何の実績もあげられぬまま、翌年3月に解散となった。春嶽らは帰国し参預会議体制はわずか数ヶ月しか持たなかった。薩摩藩はこれを機に幕府や慶喜との確執を深めていくこととなる。この後、朝廷から禁裏御守衛総督・摂海防禦指揮に任ぜられた慶喜は、京都守護職松平容保（会津藩主）・京都所司代松平定敬（桑名藩主）兄弟らとともに、江戸の幕閣から半ば独立した動きをみせることとなる（一会桑体制）。
このころ、各地で尊攘過激派による実力行使の動きが見られたが、いずれも失敗に終わっている。1863年9月29日（文久3年8月17日）、大和では公卿中山忠光、吉村寅太郎・池内蔵太（土佐藩士）、松本奎堂（三河刈谷藩士）、藤本鉄石（岡山藩士）、さらには河内の大地主水郡善之祐らも加わった天誅組の変が勃発し、続いて但馬では澤宣嘉（前年京都から追放された七卿の一人）・平野国臣（福岡藩士）らによる生野の変が連鎖的に発生した。また土佐藩では一藩勤皇を唱えた武市瑞山が率いる土佐勤王党（前年に藩執政吉田東洋を暗殺）が公武合体に戻った元藩主の山内豊信により弾圧され尊攘勢力は後退した。
さらに水戸藩では1864年5月2日（元治元年3月27日）、藤田小四郎・武田耕雲斎ら天狗党が筑波山で挙兵。水戸藩の要請を受けた幕府軍の追撃により壊滅させられる事件も発生した（→天狗党の乱）。
このような状況下、前年の八月十八日の政変以降影響力を減退していた尊王攘夷派の中心・長州藩では、京都への進発論が沸騰。折から京都治安維持に当たっていた会津藩預かりの新撰組が、池田屋事件で長州藩など尊攘派の志士数人を殺害したため、火に油を注ぐこととなり、ついに長州藩兵は上京。1864年8月20日（元治元年7月19日）、京都守備に当たっていた幕府や会津・薩摩軍と激突し、御所周辺を巻き込んだ合戦が行われた（→禁門の変）。この戦で、一敗地にまみれた長州藩は逆賊となり京から追放され、幕府から征伐軍が派遣されることとなる。さらに9月5日（元治元年8月5日）には、前年の下関における外国船砲撃の報復として、イギリス・フランス・アメリカ・オランダ4国の極東艦隊が連合して下関を攻撃。装備に劣る長州はここでも敗れ、長州藩は窮地に陥った（四国艦隊下関砲撃事件）。
薩長同盟と幕長戦争（1864年 - 1866年） 逆賊となった長州藩に長州への征伐が発令され、総大将に徳川慶勝（尾張藩主）、副将に松平茂昭（福井藩主）、参謀に西郷隆盛（薩摩藩士）が任命された。元治元年9月大坂での勝海舟との会談を経て長州藩への実力行使の不利を悟った西郷は開戦を回避し、長州藩からの謝罪を引き出す方針をとる。四国艦隊下関砲撃事件での敗戦以降、松下村塾系の下級藩士を中心とした攘夷派勢力が後退し、椋梨藤太ら譜代家臣を中心とする俗論派が擡頭していた。幕府への恭順路線を貫き、責任者の処刑など西郷が提示した降伏条件の受け入れを承認したため、第1次長州征伐は回避されることとなったなお、このとき幕権強化を唱えるタカ派の幕閣は、毛利敬親・毛利広封父子や五卿を江戸へ送らせようとしたが、慶勝はその指令が届く前に撤兵を命じた。。
しかし長州藩内で旧攘夷派の粛清が続くなか、同年末に野村望東尼に激励された高杉晋作が奇兵隊などの諸隊を糾合し長府功山寺にて挙兵（功山寺挙兵）。翌年初頭、藩中枢部の籠もる萩城を攻撃し、俗論派を壊滅させて再び藩論を反幕派へ奪回した。藩論の再転換により、既定の降伏条件を履行しない長州藩へのいらだちは高まり、小笠原長行・勘定奉行小栗忠順ら強硬派による長州再征論が浮上し、将軍家茂は再度上洛する。
一方、安政条約に明記されながらいまだに朝廷の許可が無いため開港されていなかった兵庫（神戸港）問題を巡って、英国公使パークスが主導する英仏蘭連合艦隊が1865年11月4日（慶応元年9月16日）、兵庫沖に迫った（兵庫開港要求事件）。攘夷派への配慮からわざと幕府が外交を停滞させているとみたパークスらは薩長が攘夷策を放棄した時点で障害はのぞかれたはずであるとして、兵庫開港か条約勅許を求めて威圧を行ったものである。譲歩案として英国は下関戦争賠償金の引き下げに応じる姿勢も見せた。幕府主導の外交を狙う老中阿部正外・松前崇広らはこの動きに対して幕府単独の開港方針を決めるが、朝廷との連携を重視する徳川慶喜は難色を示す。独断で兵庫開港を決めた阿部・松前に対して朝廷から老中罷免の令が出されるという異常事態となった朝廷による現実の幕政介入という事態に、慶喜に対する疑念が幕臣たちの間で深まり、家茂が将軍辞職を漏らすなどの混乱がおきた。慶喜は家茂を説得する一方で条約勅許、兵庫開港をめぐって在京の諸藩士を集めた上で、11月22日（慶応元年10月5日）朝廷に条約勅許を認めさせた（兵庫開港は延期）。また関税改正の合意を得るというイギリスの目的も達成されたことで四国艦隊は兵庫沖から去った。翌1866年6月25日（慶応2年5月13日）に改税約書が調印され、輸入関税が大幅に引き下げられたことにより、日本の輸入は急増した。大量生産による安価な綿製品に太刀打ち出来ず、日本の手工業的綿織物は大打撃を受けた。
こうしたなか、薩摩藩は徐々に幕府に非協力的な態度を見せ始め、駐日公使ハリー・パークス、アーネスト・サトウの助言のもと、長州藩との提携を模索する。薩摩藩の庇護下にあった土佐浪士坂本龍馬や、同じく土佐浪士で下関に逼塞していた三条実美らに従っていた中岡慎太郎らが周旋する形で、薩摩長州両藩の接近が図られる。逆賊に指名され表向き武器の購入が不可能となっていた長州藩に変わって薩摩が武器を購入するなどの経済的な連携を経た後、1866年3月7日（慶応2年1月21日）、京都薩摩藩邸内で木戸孝允・西郷らが立ち会い、薩長同盟の密約が締結された。
偶然ではあるが、幕府は薩長同盟が締結された翌日に第二次長州征伐を発令した。7月18日（慶応2年6月7日）に開戦するが、薩摩との連携後軍備を整え、大村益次郎により西洋兵学の訓練を施された長州の諸隊が幕府軍を圧倒。各地で幕府軍の敗報が相次ぐなか、1866年8月29日（慶応2年7月20日）家茂が大坂城で病死。徳川宗家を相続した慶喜は親征の意志を自ら見せるものの、一転して和睦を模索し、広島で幕府の使者勝海舟と長州の使者広沢真臣・井上馨らの間で停戦協定が結ばれ、第二次長州征伐は終焉を迎えた。
大政奉還と王政復古（1866年 - 1867年） thumb|「大政奉還図」 邨田丹陵 筆