足利 義昭（あしかが よしあき）は、室町幕府の第15代（最後の）征夷大将軍（在職：1568年〈永禄11年〉- 1588年〈天正16年〉）国史大辞典（吉川弘文館）上田正昭、津田秀夫、永原慶二、藤井松一、藤原彰、『コンサイス日本人名辞典 第5版』、株式会社三省堂、2009年 32頁。。
父は第12代将軍の足利義晴。母は近衛尚通の娘・慶寿院。第13代将軍の足利義輝は同母兄。
概要 足利将軍家の家督相続者以外の子息として、慣例により仏門に入って、覚慶（かくけい）と名乗り、一乗院門跡となった。
兄の義輝が永禄の変で三好三人衆らに殺害されると、細川藤孝ら幕臣の援助を受けて南都から脱出し、還俗して義秋（よしあき）と名乗る。その後、朝倉義景の庇護を受け、義昭に改名した。
そして、織田信長に擁されて上洛し、第15代将軍に就任した。その後、信長と対立し、武田信玄や朝倉義景、浅井長政らと呼応して信長包囲網を築き上げる。一時は信長を追い詰めたが、やがて京都から追われ、一般にはこれをもって室町幕府の滅亡とされている。
しかし、義昭は京都追放後も将軍として活動を続けており、河内国や和泉国、紀伊国に滞在したのち、備後国の鞆へ下向した。そして、毛利輝元の庇護を受け、亡命政権たる鞆幕府を樹立し、信長に対抗した。
信長が本能寺の変によって横死したのち、豊臣政権が確立すると帰京し、豊臣秀吉から山城国槇島に1万石の所領を認められた。そして、昌山道休（しょうざん どうきゅう）と号して出家し、正式に将軍を辞した。
義昭は前将軍であったので、殿中での待遇は大大名以上であり、また秀吉の御伽衆に加えられるなど、貴人として遇された余生を送った。
生涯 一乗院門跡として
天文6年（1537年）11月3日、室町幕府の第12代将軍・足利義晴の次男として、京都で誕生した。母は近衛尚通の娘・慶寿院。幼名は千歳丸（ちとせまる）。
天文9年（1540年）7月、千歳丸が3歳の時、父の義晴は南都の興福寺一乗院に入室させる契約を行った。兄に嗣子である義輝が既におり、跡目争いを避けるため、嗣子以外の息子を出家させる足利将軍家の慣習に従う形となった。また、興福寺が大和一国の国主（大和の守護でもあった）であることから、寺社との結びつきを強める目的があり、将軍の若君が入室することによって、将来的に興福寺をはじめとする大和の寺社勢力が将軍家を扶助する体制を構築しようとしたとされる。
天文11年（1542年）9月11日、千歳丸が6歳の時、寺社奉行の諏訪長俊が義晴の使者として興福寺に向かい、将軍の「若君」が11月に一乗院門跡・覚誉の弟子として入室するので、よく世話するようにと伝えた。興福寺は寺領に段銭をかけ、その費用を調達した。
11月20日、千歳丸は伯父・近衛稙家の猶子となって、興福寺の一乗院に入室し（『親俊日記』『南行雑録』）、法名を覚慶と名乗った。覚慶は近衛家の人間として、一乗院門跡を継ぐ修行を行った。
その後、覚慶は一乗院門跡となり、権少僧都にまで栄進し、何事もなく二十数年を興福寺で過ごした。覚慶はやがて興福寺別当となり、高僧としてその生涯を終えるはずであった。
南都からの脱出・近江での生活 thumb|right|200px|足利義輝 永禄8年（1565年）5月19日、13代将軍である兄の義輝が京都において、三好義継や三好三人衆、松永久通らによって殺害された（永禄の変）。このとき、母の慶寿院や、弟で鹿苑院院主の照山周暠も殺害された。
義輝の死後、覚慶は松永久秀らによって、興福寺に幽閉・監視された。久秀らは覚慶が将軍の弟で、なおかつ将来は興福寺別当の職を約束されていたことから、覚慶を殺すことで興福寺を敵に回すことを恐れて、幽閉にとどめたとされる。実際に監視付といっても、外出禁止の程度で行動は自由であった。ただし、大覚寺門跡の義俊が上杉輝虎（謙信）に宛てた手紙では、厳重な監視としている（『上杉古文書』）。
やがて、覚慶を興福寺から脱出させるべく、越前の朝倉義景が三好・松永に対して、「直談」で交渉を行った。だが、この交渉は不調に終わり、謀略を使って脱出を行うことになった。
7月28日夜、覚慶は兄の遺臣らの手引きによって、密かに興福寺から脱出した。義俊の書状によると、立役者は義俊と朝倉義景とのことだが、実際には義輝の近臣であった細川藤孝と一色藤長が脱出において活躍したと考えられる。藤孝の画策により、米田求政が医術を以て一乗院に出入することで覚慶に近づき、番兵に酒を勧めて沈酔させ、脱出に成功させたと伝わる。
覚慶とその一行は、奈良から木津川をさかのぼり、伊賀の上柘植村を経て、翌日には近江甲賀郡の和田に到着した。そして、和田の豪族である和田惟政の居城・和田城（伊賀 - 近江の国境近くにあった和田惟政の居城）に入り、ここにひとまず身を置いた。この地には藤孝が案内したという。
覚慶はこの地において、足利将軍家の当主になることを宣言し、各地の大名らに御内書を送った。この呼びかけに、覚慶の妹婿で若狭の武田義統、近江の京極高成、伊賀の仁木義広らが応じたほか、幕臣の一色藤長、三淵藤英、大舘晴忠、上野秀政、上野信忠、曽我助乗らが参集している。
また、覚慶は諸国の大名に御内書を発することで、その糾合に努めた。その初期には、関東管領・上杉輝虎（謙信）らに室町幕府の再興を依頼しているほか、安芸の毛利元就、肥後の相良義陽、能登の畠山義綱らにも書状を出して出兵を要請した。これらには和田惟政の副状が発給され、輝虎のみならず、越前の朝倉義景、河内の畠山尚誠、三河の徳川家康らより、覚慶に協力する旨の書状が惟政に送られた。
11月21日、覚慶は近江の六角義賢の好意を得て、甲賀郡和田から京都に程近い野洲郡矢島村（守山市矢島町）に移り住み、在所とした（矢島御所）。覚慶の身辺は、六角氏配下の矢島越中守を惣領とする矢島氏によって護衛された。
当時、京都においては、三好義継ら三好氏が義秋の従兄弟・足利義栄を将軍に就任させようとしていたが、松永久秀と三好三人衆の間では確執による内部分裂が発生しており、覚慶はこれを上洛の好機と捉えたとみられている。だが、六角氏は観音寺騒動による影響をまだ引きずっており、軍事行動に出る余裕はなかった。
この時、和田惟政は尾張の織田信長に上洛への協力要請を取り付けるため、尾張に滞在しており、惟政には無断の移座であった。後日、惟政が激怒していることを知った覚慶は惟政に謝罪の書状を送っている/所収:。
永禄9年（1566年）2月17日、覚慶は矢島御所において還俗し、義秋と名乗った。義秋の名は、僧侶の勧進によるものだったらしい。
4月21日、義秋は吉田神社の神主・吉田兼右の斡旋により、朝廷から従五位下・左馬頭の叙位・任官を受けた。この叙任は本来、武家伝奏を経て朝廷に申請するのが正式な手続きであったが、足利義栄が摂津の普門寺まで進出している政治事情を配慮して、吉田兼右の斡旋で「御隠密」に行われた。その後、同年12月に義栄も同様に叙任を受けたが、左馬頭は次期将軍が就く官職であり、朝廷が義秋を義栄より先に任じたことは、義秋を正統な後継者として認識していた可能性が高い。
義秋は矢島御所において、近江の六角義賢、河内の畠山高政、越後の上杉輝虎、能登の畠山義綱らとも親密に連絡をとり、しきりに上洛の機会を窺った。特に高政は義秋を積極的に支持していたとみえ、実弟の畠山秋高をこのころに義秋へ従えさせた。六角義賢は当初は上洛に積極的で、和田惟政に命じて、浅井長政と織田信長の妹・お市の方の婚姻の実現を働きかけている。
義秋はまた、輝虎と甲斐の武田信玄・相模の北条氏政の3名に対して講和を命じたほか、美濃の斎藤龍興と交戦していた尾張の織田信長と通交して、出兵を促した。義秋の構想は、相互に敵対していた斎藤氏と織田氏、六角氏と浅井氏、さらには武田氏・上杉氏・後北条氏らを和解させ、彼らの協力で上洛を目指すものであったと考えられている。
信長との交渉は、和田惟政が折衝を行っていることが確認でき、上洛の交渉には細川藤孝も加わっている。藤孝は現地に赴き、尾張と美濃の和議を図り、その奔走によって、信長と龍興はこれに応じた。和議の成立によって、信長は8月22日に出兵することを約束した。信長は美濃から六角氏の勢力圏である北伊勢・南近江を経由して、上洛することになった。
8月3日、義秋の行動に対して、三好三人衆の三好長逸に矢島御所で内通する者がおり、その軍勢3,000余騎が矢島を攻撃すべく、坂本まで進出した。だが、この時は坂本で迎撃し、義秋の奉公衆の奮戦により、からくも三好方を撃退することが出来た。信長の上洛計画が現実味を帯びたことで、三好氏が先制攻撃を仕掛けたと考えられる。
8月29日、信長は上洛の兵を起こし、美濃の国境に軍を進めた。だが、藤孝の仲介で和議を結んでいたにもかかわらず、閏8月8日に斎藤龍興が織田方を襲撃し、信長は美濃を通過できなくなってしまった（河野島の戦い）。このとき、敗れた信長の軍勢は「前代未聞」の敗戦ぶりであったといい、斎藤方から嘲笑を受けるほどであったという。
同29日、近江の六角義賢・義治父子が叛意を顕然とさせた。斎藤龍興と六角義賢の離反がほぼ同時に起きているのは、三好方の調略による巻き返しがあったとみられている。また、『続応仁後記』には、六角氏が三好氏と和議を結んだという風聞も流れていたと記されている。
結局、信長は美濃を通過できず、さらにはその先の近江も不穏となったため、尾張に撤退せざるを得なくなった。
若狭・越前での亡命生活 thumb|250px|越前国一乗谷の足利義昭御所跡 永禄9年8月29日、六角氏が叛意を見せたことに加え、三好側が矢島を襲撃するという風聞も流れていたこともあって、義秋は同日夜に矢島を離れた。このとき、義秋は身辺の護衛をしていた矢島一族には何も告げずに離れ、4、5人の供のみを従えるだけであったという。
そして、義秋は夜陰に乗じて琵琶湖を渡ると、妹婿の武田義統を頼り、若狭国へ移った。義秋は矢島にいた際、若狭武田氏から若狭国内は大丈夫なので、国境線まで来てよいとの連絡を受けていた。また、若狭武田氏は越後の上杉輝虎と連絡を取り合い、義秋の上洛に協力することを約束していた。
しかし、若狭武田氏は当主の義統と息子の武田元明の家督抗争や重臣の謀反などで国内が安定しておらず、もはやかつての隆盛を失っており、義秋の上洛に協力できる状況でなかった。そのため、義統は出兵の代わりとして、弟の武田信景を義秋に仕えさせた。
9月8日、義秋は若狭から越前国敦賀に移動した。その後、朝倉景鏡が使者として赴き、義秋は朝倉義景のいる一乗谷に迎えられた。義景は細川藤孝らによる南都脱出の立役者であったとする見方がある/所収:一方で、すでに足利将軍家連枝である鞍谷御所の足利嗣知（足利義嗣の子孫）も抱えており、義秋を奉じての積極的な上洛をする意思を表さなかったため、滞在は長期間となった。
義秋は一乗谷において、朝倉氏と加賀一向一揆との講和を行ったり、上杉輝虎に上洛を要請したりしたものの、これらは実現に至らなかった。このころ、義秋のもとには上野清信（清延）・大舘晴忠などのかつての幕府重臣や、諏訪晴長・飯尾昭連・松田頼隆などの奉行衆が帰参した。
永禄10年（1567年）11月21日、義秋は一乗谷の安養寺に入った。義秋はここで改めて、朝倉氏と加賀一向一揆との講和を再度図り、義景が応じたことで和議が成立した。その後、双方の間で人質交換が行われ、国境の城と砦が破却された。
義秋はまた、輝虎と甲斐の武田信玄・相模の北条氏政の講和を図っている。なお、義秋は朝倉氏よりも上杉輝虎を頼りにしていたという。だが、輝虎は武田信玄との対立と、その信玄の調略を受けた揚北衆の本庄繁長の反乱、越中の騒乱などから上洛・出兵などは不可能であった。他の大名からも積極的な支援の動きは見られなかった。この時期、義秋の御内書には、義景の副状が添えられている。
永禄11年（1568年）2月8日、義秋の対抗馬である足利義栄が摂津の普門寺に滞在したまま、将軍宣下を受けた。血筋や幕府の実務を行う奉行衆の掌握といった点で次期将軍候補としては対抗馬である義栄よりも有利な環境にありながら、いつまでも上洛できない義秋に対して、京都の実質的支配者であった三好三人衆が擁する義栄が、義輝によって取り潰された元政所執事の伊勢氏の再興を約束するなど、朝廷や京都に残る幕臣への説得工作を続けた結果でもあった。
3月8日、義秋が朝廷へ上奏したことにより、義景の母が従二位に叙された。その酒宴は終日終夜に及んで行われた。
4月15日、義秋は一乗谷の朝倉氏の館において元服式を行い、「秋」の字が不吉であるとし、名を義昭と改名した。加冠役は朝倉義景が務めているが、兄の義輝が六角定頼を管領代として加冠役にした前例に倣い、義景を管領代に任じたうえで行われた。
義昭の元服に際し、前関白の二条晴良が京都から一乗谷に招かれている。晴良は関白の近衛前久が義栄を擁する三好方に接近したことを受け、前久への対抗上、義昭に接近すべく越前に下向したのであった。なお、山科言継も招かれる予定だったが、費用の問題から晴良だけになった。
6月21日、義昭は紀伊の粉河寺に対し、畠山氏と協力して馳走するように求めた。
上洛と畿内平定 thumb|200px|織田信長 義昭が越前に滞在していても、織田信長は義昭からの上洛要請を忘れず、それを果たすため、永禄10年には松永久秀と結び、近江の山岡氏や大和の柳生氏にも働きかけていた。また、信長は美濃での戦いを有利に進め、永禄10年8月には斎藤氏の居城・稲葉山城を落とし、翌11年には北伊勢も攻略するなど、着々と準備を進めていた。
そして、義昭は朝倉氏の家臣であった明智光秀の仲介により、信長との交渉を再開した。またこの時、義昭が光秀に対し、信長に仕えるよう密命を下した、と桑田忠親は指摘する桑田忠親『流浪将軍 足利義昭』。信長もまた、家臣の村井貞勝、不破光治、島田秀満らを越前に派遣し、和田惟政もこれに加わっている。
永禄11年7月13日、義昭は一乗谷を出発し、16日には信長の同盟者・浅井長政の饗応を小谷城で受け、25日には信長と美濃岐阜の立政寺で対面した。義昭は美濃に入ると、同月28日に多喜越中守に道中の警護を、服部同名中に道中の斡旋をそれぞれ命じ、上洛の準備に入った。
9月7日、信長が尾張・美濃・伊勢の軍勢、及び同盟関係にあった三河の徳川氏の軍勢を率いて、岐阜から京都へと出発した。義昭と歩調を合わせて、上洛の準備を整えてからの出兵であった。
9月8日、信長は近江高宮に着陣したが、六角義治が山に逆木をして道を塞いで妨害していたため、2、3日を費やした。その後、信長は浅井氏の城・佐和山城に入り、六角氏に「天下所司代」を約束して投降を呼びかけたが、六角氏は三好氏と同盟していたため応じなかった。
9月12日申の刻（午後4時頃）、信長は浅井氏とともに六角氏の箕作城を攻めた（箕作城の戦い）。ここで城兵の頑強な抵抗にあったが、信長は兵を入れ替えて攻撃を繰り返し、13日丑の刻（午前2時頃）に六角勢が撤退、城を攻め落とすことに成功した。この戦いは上洛戦で最大の戦いとなった。
9月13日、信長は六角氏の居城・観音寺城を攻めたが、六角義賢・義治父子や城兵は夜陰に乗じて甲賀に逃げており、残兵も降参したことから、難なく城を攻略した（観音寺城の戦い）。六角氏の家臣だった国衆も次々に投降し、江南ニ十四郡は織田勢に制圧された。やがて、観音寺城の落城が京都に伝わると、京中の人々は戦場になることを恐れ、騒然となった。
9月14日、信長は兵を休めるとともに、不破光治を使者として岐阜に送り、義昭に近江を平定したことを報告した。義昭もこれを受け、21日に織田軍に警護されて上洛を開始した。
9月22日、義昭はかつて父の義晴が幕府を構えていた近江の桑実寺に入った。同日、信長の先陣が勢多から渡海し、23日に山科七郷に着陣した。
9月23日、信長が守山から園城寺極楽院に入り、大津の馬場・松本に着陣した。義昭も信長の後から渡海し、園城寺光浄院に入った。
9月26日、信長は山科郷粟田口や西院の方々を経て、東寺に進軍したのち、東福寺に陣を移した。また、細川藤孝に御所を守らせた。一方、義昭も東山の清水寺に入り、遂に上洛を果たした 。
9月27日、三好方の五畿内と淡路・阿波・讃岐の軍勢が山崎に布陣しているという情報が流れ、信長の先陣を派遣したところ、すでに軍勢は撤退していた。信長は河内方面に軍を進め、山崎・天神馬場に着陣した。義昭は清水寺から東寺に移り、西岡日向の寂勝院に入った。
9月28日、信長は三好長逸と細川昭元が籠もる畿内支配の拠点・芥川山城に軍を進め、翌29日にはその麓に放火し、河内の各所も放火した。長逸と昭元は27日夜に逃亡しており、行方知らずになっていた。義昭は天神馬場まで進んでいる。
9月30日、義昭が芥川山城に入城し、将軍家の旗を掲げ、ここから摂津・大和・河内の敵対勢力への征討が行われた。織田軍は大和郡山の道場と富田寺を制圧したのち、摂津池田城の池田勝正を攻めた。勝正は抵抗しきれず、子息ら5人の人質を出して恭順し、所領を保証された。同日、病気を患っていた14代将軍の義栄が死去し、側近の篠原長房らは阿波に引き返した。
10月2日、三好長逸と池田日向守が降参し、義昭に出仕した。また、河内では三好方の飯盛山城と高屋城が降伏し、摂津でも高槻城や入江城、茨木城が攻略されるなど、摂津と河内の制圧が進んだ。
10月4日、松永久秀、三好義継、池田勝正らが芥川山城に「御礼」のために出仕し、久秀には大和一国の支配が認められた。また、同日に興福寺が義昭に使者を派遣して礼を述べたのをはじめ、武家のみならず、多数の寺社が安堵を求めて芥川山城に集った。これにより、近江・山城・摂津・河内・和泉の五畿内は義昭と信長に制圧され、さらには丹波と播磨の国衆も赴いたことで、五畿内近国も「将軍の御手に属す」領域となった。
10月6日、朝廷は戦勝奉賀の勅使・万里小路輔房を芥川山城に派遣し、義昭には太刀、信長には十肴十荷がそれぞれ下賜された。義昭が芥川山城で各氏の「御礼」を受け、勅使を迎えたことは、三好政権からの政権交代を印象付けた。
10月8日、松永久秀は義昭から細川藤孝と和田惟正、信長から佐久間信盛を大将とする軍勢2万の援軍を受け、総勢3万の軍勢で大和攻略にあたった。久秀はこの援軍を以て、筒井城の筒井順慶や窪城の井戸良弘、十市氏、豊田氏、楢原氏、森屋氏、布施氏、万歳氏などの大和の国人衆を攻めた。これらの国人衆は10月5日に芥川山城に赴いたが、信長は久秀との連携もあって、十市氏以外を赦さなかった。久秀は三好長慶から大和北部の支配を認められていたが、大和一国にその支配を拡大し、義昭からも認められる形となった。この久秀の大和平定は信長の畿内平定戦の一環として行われ、その終結とともに畿内平定戦も集結した。
10月14日、義昭は織田方による畿内平定を受けて、信長の供奉を受けて再度上洛し、六条の本圀寺に入った。本圀寺では、公家の菊亭晴季や山科言継、庭田重保、葉室頼房、聖護院門跡の道澄など僧俗数十人が訪れた。なお、当時の人々の間では、新興勢力である信長は義昭に従う供奉者として認識されており、信長側でも信長は御供衆の1人であるという認識があった（池田本『信長記』）/所収:。
将軍就任と幕府再興 250px|thumb|足利義昭像（東京大学史料編纂所蔵）。江戸時代に等持院像を粗描したもの 永禄11年10月16日、義昭は本圀寺を出て、上京の細川屋形（細川氏綱の旧邸）に入った。この屋敷は細川氏の当主の邸宅であり、細川氏そのものは凋落していたが、その屋敷は健在であった。移座の理由としては、将軍宣下を受ける際、寺では慶事に相応しくないとされたとする見方がある。
義昭が細川屋形に入ると、信長も清水寺から訪れ、義昭に太刀と馬を進上した。義昭はこれに対し、信長に自ら盃を与え、御剣を授けている。このとき、能登の畠山義胤が使僧を遣わして、義昭に畿内平定の祝詞を述べたほか、多くの人々が義昭のもとに「御礼」に訪れている。
10月18日、義昭は朝廷から将軍宣下を受けて、室町幕府の第15代将軍に就任した。同時に、従四位下・参議・左近衛中将にも昇叙・任官された。
10月24日、義昭は信長を最大の功労者として認め、「天下武勇第一」と称えるとともに、足利家の家紋である桐紋と二引両の使用を許可した。また、幕閣と協議した末、信長に「室町殿御父（むろまちどのおんちち）」の称号を与えて報いた。義昭が信長に対して宛てた10月24日の自筆の感状では、「御父織田弾正忠（信長）殿」と宛て名したことは、ことに有名である。
さらに、義昭は信長の武功に対し、副将軍か管領（または管領代）への任命、斯波氏の家督継承、その当主の官位である左兵衛督の地位、五畿内の知行など、褒賞として高い栄典を授けようとしたが、信長からそのほとんどを謝絶された。結局、信長は弾正忠への正式な叙任、桐紋と二引両の使用許可のみを受け取った。また、信長は堺・草津・大津を自身の直轄地とすることを求めていることから、虚名より実利を選択したと考えられる。
将軍に就任した義昭は上洛戦での論功行賞を行い、所領の宛行・守護の補任を行った。摂津では、池田城主の池田勝正、伊丹城主の伊丹親興に本領を安堵し、さらには和田惟政に芥川山城を与え、彼ら3人を守護に補任し、摂津三守護とした。河内では、高屋城主の畠山秋高と若江城主の三好義継を、それぞれ半国守護とした。大和では、多聞山城主の松永久秀に一国の支配が委ねられた。山城国には守護を置かず、三淵藤英を伏見に配置するなどして治めた。これらの守護補任は三好氏による京都侵攻を阻止するため、軍事的に非常に大きな意味を持った。
義昭は二条昭実（二条晴良の嫡子）らに自身の偏諱を与えたほか、領地を安堵し、政権の安定を計った。幕府の治世の実務には、兄の義輝と同じく摂津晴門を政所執事に起用し、義昭と行動を供にしていた奉行衆も職務に復帰して幕府の機能を再興した。また、義昭は伊勢氏当主も義栄に出仕した伊勢貞為を廃し、弟の貞興に代えさせて仕えさせた（原論文:2010年・2012年）。また、当時の記録（『言継卿記』・『細川両家記』など）には、義昭期の奉公衆として三淵藤英・細川藤孝・和田惟政・上野秀政・曽我助乗・伊丹親興・池田勝正の名前が確認できる。さらに、兄の義輝が持っていた山城の御料所も掌握した。
このように幕府の再興を見て、島津義久は喜入季久を上洛させて黄金100両を献上して祝意を表したほか、相良義陽や毛利元就らも料所の進上を行っている。
11月、義昭は関白の近衛前久を、義輝の殺害及び足利義栄の将軍襲職に便宜を働いた容疑で追放し、12月に二条晴良を関白に復職させた。他方、近衛家は義昭の生母であった慶寿院以来、将軍の御台所を輩出してきたが、前久追放による関係の冷却化によって正室を迎えることが出来なくなった。
本國寺の変と二条御所の建設 thumb|200px|足利義昭の御所であった旧二条城跡 永禄11年10月26日、信長は京都に一部の宿将とわずかな手勢を残して、美濃に帰還した。信長としてはこれほど早い畿内平定は予想外であり、兵糧などが欠乏していたと考えられる。
だが、信長の兵が領国に帰還すると、義昭は三好三人衆の巻き返しに晒されることになった。三人衆は京都周辺から追われたものの、兵力は維持しており、反撃の準備を進めていた。そのため、信長の帰国は絶好の機会であり、四国から兵を呼び寄せ、畿内各地で蠢動した。
10月29日、義昭は細川屋形から本能寺に移り、次いで本圀寺に入った。
11月、義昭は三好三人衆の動きを警戒し、京都の東郊外にある将軍山城を整備し、京都の防衛を固めている。かつてここには、義昭の兄・義輝も籠城したことがあった。
12月24日、松永久秀が大和を離れ、岐阜にいる信長の下へと向かった。おそらく、信長に新年の賀辞を述べようとしたのであろうが、これにより京都の防備が手薄となった。
永禄12年（1569年）1月5日、三好三人衆はこれを見逃さず、京都へと進軍し、将軍山城を焼き払った。そして、5日に京中に攻め入り、義昭のいた本圀寺を包囲・襲撃した（本圀寺の変）。
このとき、義昭も兄の義輝と同様の運命になるかとも思われた。だが、奉公衆および、摂津の池田勝正・和田惟政・伊丹親興、河内の三好義継らが駆けつけて奮戦したことにより、6日にこれを撃退した。
信長はこの知らせを聞くと、すぐさま美濃を出国し、1月10日に京都へと入った。また、久秀も同日に上洛し、信長の領国である尾張・美濃・伊勢のみならず、山城・近江・摂津・河内・和泉・若狭などから、総勢8万人が援軍として上洛した。
1月7日、義昭は豊後の大友宗麟（義鎮）に毛利元就との講和を勧め、13日には毛利氏に聖護院道澄を、大友氏に久我晴通を派遣し、互いに講和して三好氏の本拠である阿波に出兵させようとした。
1月14日、義昭は信長より、殿中御掟という9箇条の掟書を承認させられた。だが、義昭が殿中御掟を全面的に遵守した形跡はなく、以後両者の関係は微妙なものとなっていった。
同月、信長は先の襲撃を受けて、義輝が居城とした二条御所の再興・増築を決め、同月27日（または2月2日）より築造が開始された。信長としては義昭に御所を提供することで、将軍を守護すると同時に、自身を「将軍の忠臣」として天下に示すことができた。
3月1日、朝廷は信長を副将軍に任じようとし、正親町天皇の勅旨が下された。だが、信長はこれに返答しなかった。
3月27日、義昭は自身の妹（義晴の娘）を三好義継に嫁がせた。
4月14日、義昭の将軍邸たる二条御所が完成し、義昭は本國寺からここに移動した。この御所は二重の水堀で囲い、高い石垣を新たに構築するなど防御機能を格段に充実させたため洛中の平城と呼んで差し支えのない大規模な城郭風のものとなったことから、二条城とも呼ばれる。
4月21日、信長は二条御所の完成を受けて、義昭に帰国の暇乞いをした。義昭は涙して感謝し、門外まで送り出したばかりか、粟田口にその姿が消えるまで見送ったという。
6月22日、義昭は従三位・権大納言に叙任した。
信長との共闘 thumb|織田信長 永禄12年8月、信長は自ら伊勢国の北畠氏を攻め、本拠地である大河内城を包囲・攻撃した（大河内城の戦い）。だが、北畠氏の抵抗で城を落としきれず、信長の要請を受けた義昭が仲介に立つ形で、10月に講和が成立した。
10月11日、信長が凱旋のために上洛したが、その後すぐ、17日に京都から美濃に帰ってしまった。『多聞院日記』によると、信長の帰還は「上意と競り合いて下りおわんぬ」と記されていることから、北畠氏の征討や講和条件を巡って、義昭と対立したと考えられている。これは朝廷でも騒動になり、正親町天皇が事態を憂慮して、女房奉書を出している。
10月26日、義昭は伊丹氏や池田氏、和田氏からなる摂津三守護の軍勢を播磨に派遣し、浦上氏や山名氏を攻撃させた。これにより、浦上内蔵介を討ち、山名氏を没落させた。
永禄13年（元亀元年、1570年）1月23日、信長が殿中御掟に5箇条を追加し、義昭はこれを承認した。これら5箇条は前年よりもさらに厳しいものであったため、義昭は信長に強い不満を抱いた。
同日、信長は二十一ヶ国におよぶ大名・国司・国衆・諸侍衆に対して「触状」を発し、上洛したうえで、義昭に「御礼」を申し上げることを求めた。 ここでは、畿内近国の大名らのみならず、東は武田信玄や徳川家康、東は越中の神保氏、西は備前の浦上氏や出雲の尼子氏にまで通達されている。戦国時代以前の室町幕府の将軍は、「二十一屋形」と称される在国大名によって支えられており、信長が二十一ヶ国の大名らに上洛を求めたのは、この旧来の「二十一屋形」の再興を目的としていたからとされる。
3月13日、「触状」による上洛要請により、信長や畠山高政、畠山秋高、三好義継ら守護や大名、大舘晴忠や大舘昭長以下の幕府御供衆・御部屋衆・申次・公家衆が、義昭に祇侯した。また、公家身分で姉小路頼綱が同席していたほか、但馬の山名氏や備前の浦上氏などから進物が山のように届いていたことから、相当数の大名が要請に応じていたと考えられる。これは、義昭が理想とした幕府体制の実現であり、信長が上洛した武士らを披露する務めを果たしたと考えられる。