NHK教育テレビ深夜アニメ枠はNHK教育テレビ（Eテレ）で放送されている深夜アニメ枠。
概要 NHK教育テレビでは2004年度 - 2005年度に「ETVアンコールアワー」（水曜24:00-24:50）、2006年度に「アニメアンコールアワー」（木曜24:00-24:25）として、深夜アニメ枠が編成されていた。
2014年度前期はNHK Eテレの金曜25:00枠でアニメの再放送枠が設けられた。
月曜22時50分枠 全日帯と深夜帯にまたがっての放送。 銀河英雄伝説 Die Neue These 2020年4月6日 - 2020年9月14日 本放送は2018年にファミリー劇場ほかにて実施。 SHIROBAKO 2020年10月19日 - 2021年3月29日 本放送は2014年にTOKYO MXほかにて実施。 不滅のあなたへ（第1期） 2021年4月12日 - 2021年8月30日 本枠で放送された唯一の新作。当初は2020年10月放送予定であったが、新型コロナウイルス感染症拡大によるスケジュールの乱れにより延期となった。
金曜25時00分枠 ファイ・ブレイン 神のパズル 2014年4月4日 - 2014年9月19日 第3期 再放送 ベイビーステップ 2015年10月2日 - 2016年3月 第2期 再放送
金曜25時25分枠 ログ・ホライズン 2015年10月2日 - 2016年3月 第2期 再放送
水曜24時00分枠 十二国記 2004年4月7日 - 2005年3月2日 再放送 今日からマ王! 2005年3月8日 - 2005年12月13日 第1期 NHK教育テレビ初放送 無人惑星サヴァイヴ 2005年12月21日 - 2006年3月15日 再放送 2話連続 おでんくん 2006年3月22日 - 2006年3月29日 再放送
水曜24時25分枠 サンダーバード 2004年4月7日 - 2004年7月7日 NHK教育テレビ初放送 ※日曜19時00分枠から移動 プラネテス 2004年7月14日 - 2005年1月26日 NHK教育テレビ初放送 ふたつのスピカ 2005年2月2日 - 2005年6月15日 NHK教育テレビ初放送 無人惑星サヴァイヴ 2005年6月22日 - 2006年3月15日 再放送
木曜24時00分枠 今日からマ王! 2006年4月6日 - 2006年12月14日 第2期 NHK教育テレビ初放送 2006年12月23日 - 2007年2月15日 大全集（総集編） NHK教育テレビ初放送 5分アニメ 5話連続放送 2007年2月22日 ジャングルビート 2007年3月1日 ブルーナの絵本 ミッフィーとおともだち 2007年3月8日 カペリート 2007年3月15日 スキマの国のポルタ
金曜25時30分枠 ログ・ホライズン 2015年4月3日 - 2015年9月18日 第1期 再放送 2015年9月25日 第2期 再放送
関連項目 NHK教育テレビ少年少女・若者番組 NHK教育テレビ午後枠のアニメ NHK総合テレビ深夜アニメ枠