Vitskapsåret 1699 er ei oversikt over hendingar, prisvinnarar, fødde og døde personar tilknytte vitskap i 1699.
Teknologi 14. juni: Thomas Savery demonstrerte sin første dampmaskin, ei dampdriven pumpe, for Royal Society. Engelskmannen Edward Lhuyd stod bak den første vitskaplege unersøkinga av ein dinosaurdel då han skildra tanna til ein sauropod funne nær Whitney i Oxfordshire og gav han artsnamnet Rutellum implicatum (ca. 1699) Isaac Newton utvikla ein oktant.
Fødde 23. mars: John Bartram, naturforskar og oppdagar rekna for å vere «grunnleggjaren av amerikansk botanikk» (død 1777) 17. august: Bernard de Jussieu, fransk botanikar (død 1777) 12. september: John Martyn, engelsk botanikar (død 1768)
Døde 21. mars: Erhard Weigel, tysk matematikar, astronom og filosof