thumb|300px|Den første store beleiringen av Malta (1565), maleri av Matteo Perez d'Aleccio, har stor symbolsk betydning for Maltas historie. thumb|300px|Maltas beliggenhet i Europa.
Maltas historie begynner en gang rundt 5200 f.Kr., da de maltesiske øyene – den største øya Malta, den litt mindre Gozo og fire andre små øyer sør for Italia (som også samlet blir henvist til som «Malta») – ble befolket fra Sicilia. islandofgozo.org/history Senere kom fønikere og grekere til Malta. De sistnevnte kalte øya for Μελίτη (Melite) i betydning «søt honning» eller «honningbie». Tallrike folk og makter har erobret eller annektert øya i århundrenes løp. Rundt 200 f.Kr. ble Malta lagt inn under Romerriket. Siden ble øya erobret av arabere og normannere. I 1530 ble øya gitt til korsfarerordenen Malteserordenen for å beskytte Roma mot tyrkere.
Den første store beleiringen av Malta stod tyrkerne for i 1565, men øya overga seg aldri. Den andre store beleiringen skjedde under den andre verdenskrig da aksemaktene bombet øya, og hindret tilførsel av forsyninger, men fortsatt uten at øya overga seg. For denne anstrengelsen ble Malta gitt hedersutmerkelsen Georgskors av den britiske kongen for å være «vitne til dets folks heltemot og oppofrelse». Georgskorset er i dag en del av nasjonens flagg.
Etter napoleonskrigene ble Malta overtatt av Storbritannia, og etter 164 år som britisk koloni fikk Malta uavhengighet fra Storbritannia i 1964. Malta ble medlem av Den europeiske union i 2004, og er i tillegg medlem av Samveldet av nasjoner og De forente nasjoner (FN).
Forhistorie thumb|left|Skjelett fra dvergelefant, Ghar Dalam Museum. thumb|left|«Maltas fete dame», forhistorisk hodeløs skulptur.
Geologisk ligger Malta (og de øvrige maltesiske øyene) på en undervannsrygg som strekker seg fra Nord-Afrika til Sicilia. En gang i fjern fortid var Malta nedsunket, noe som vises av sjøfossiler i fjellet på øyas høyeste punkt. Etter hvert som ryggen ble presset oppover og Gibraltarstredet ennå var lukket, var vannstanden i Middelhavet lavere. Malta utgjorde da en bro av tørt land som strakte seg mellom de to kontinentene Europa og Afrika, omgitt av store innsjøer. Noen grotter på Malta har avslørt bein fra elefanter, flodhester og andre store dyr som nå kun finnes i Afrika, mens andre har vist bein fra dyr som kun finnes i Europa. Etter hvert som havet steg, ble Malta til en øy, og i likhet med så mange andre isolerte øysamfunn ble da elefantene – i fravær av rovdyr – mindre og mer beiteeffektive før de til slutt døde ut.Endemic elephants of the Mediterranean Islands: knowledge, problems and perspectives (Rome 2001)
thumb|Detalj fra megalittempelet Ħaġar Qim på Malta.
Mennesket kom først til Malta en gang rundt år 5200 f.Kr. Disse første neolittiske folkene innvandret sannsynligvis fra Sicilia som ligger omtrent 100 km lenger nord. Dette var et folk som hovedsakelig livnærte seg ved jordbruk og fiske, men det er også en del bevis for jakt. De levde tilsynelatende i huler og utendørs. I løpet av århundrene som fulgte, er det bevis på kontakter med andre kulturer som påvirket disse samfunnene, blant annet på formgivingen av keramikk og bruk av farger.
En av de mest bemerkelsesverdige periodene i Maltas historie er tempelperioden som begynte en gang rundt 3600 f.Kr. Det forhistoriske tempelet Ggantia på Gozo, den nest største av Maltas seks øyer, er den eldste av frittstående bygninger i verden. Mange av templene har form som fem halvsirkelformete rom forbundet i sentrum. Det har blitt foreslått at disse kan ha representert hode, armer og føttene til guddommen, ettersom en av de vanligste typer statuer som er funnet i disse templene er av en fet kvinne, et symbol på fruktbarhet. Tempelperioden varte fram til rundt 2500 f.Kr., da det synes som om den sivilisasjon som reiste disse store monolittene forsvant. Det er fortsatt diskusjon om de ble jaget, eller om de ble assimilert i nye folk som innvandret.Archaeologie-news: Gozo Ggantija Megalithic Temple
thumb|«Hjulsporene» ved Clapham Junction.
Etter tempelperioden kom bronsealderen. Fra denne perioden er det avdekket et antall bosetninger og landsbyer foruten også steindysser – alterlignende strukturer som ble satt sammen av store steinplater og deretter dekket med jord (som nå er forsvunnet). En bevart bautastein, som ble benyttet for å bygge templer, står på Kirkop, en av de få som fortsatt er i god stand.
Blant de mer mystiske levninger fra denne tiden, er de såkalte vognspor som kan ses på et sted som kalles for «Clapham Junction».Navnet ble etter sigende gitt av en engelskmann fordi sporene minnet ham om den store jernbanestasjonen Clapham Junction i London. Se Megalithic.co.uk: Clapham Junction Cart Ruts Disse er par av parallelle kanaler som er skåret ned i overflaten på fjellet, og strekker seg over betydelige distanser, ofte i en nøyaktig rett linje. Deres bruk er ukjent. Et forslag er at disse kanalene ble benyttet av trekkdyr som trakk vogner etter seg, slik at de ble forhindret i å forville seg. Eller at varer ble transportert på sleder som gravde spor i fjellet. Eller at det er en form for vanningssystem. I tillegg har langt mer fantasifulle forslag blitt fremsatt.
Fønikere og grekere Det samfunnet som bygget disse veldige strukturene døde neppe ut, men ble blandet med nye folkegrupper som kom til øya. En gang mellom 1100 f.Kr. og 800 f.Kr. kom et handelsfolk sjøveien fra den østlige delen av Middelhavet til Malta. Dette var fønikere fra byen Tyr i Midtøsten. Fønikerne kalte den store øya for MLT (Malet) og den mindre øya for GL (Gol). Flere tiår med ekteskap mellom lokalbefolkningen og handelsfolket fra øst førte til en etnisk blanding, hvor befolkningen tok opp i seg fønikiske skikker og kultur. På Malta ble det reist et fønikisk tempel. Fønikerne benyttet Malta som utpost for videre utforskning og kolonisering av den vestlige delen av Middelhavet, og de bygget også ut øyas havner. Det synes som om øyene var selvforsynte, men det finnes ingen rapporter som indikerer hvilke varer det ble handlet med. Antagelig var olje et viktig produkt, og fønikerne innførte produksjonen av keramikk ved hjelp av dreiehjul.
thumb|80px|right|Symbolet for den puniske gudinnen Tanit er funnet på Gozo.
Da Tyr gikk inn i en nedgangsperiode, ble Malta overtatt av punere fra Kartago i Nord-Afrika, som selv var en gammel fønikisk base, en gang rundt år 400 f.Kr. Igjen kom det nye guder, og i en hule på Gozo er det avdekket symbolet for den puniske fruktbarhetsguddommen Tanit, og ved Ras iL-Wardija i nærheten av landsbyen Santa Lucija sørvest på Gozo er det funnet en punisk helligdom hugget ut av fjellet.
Kartago synes å ha gitt en økonomisk oppgang for Malta. Øya var et viktig knutepunkt for handelen med linstoffer, olivenolje og honning. Egypt var en handelspartner, noe som vises ved at det er funnet skarabéamuletter på Malta fra den aktuelle perioden. I havnene ble det reist skipsverft for å bygge og reparere puniske skip.
Det er funnet gamle greske mynter, påskrifter og keramikk på Malta som viser at antikkens grekere begynte å gjøre seg gjeldende i den vestlige del av Middelhavet. I år 392 f.Kr. ble øya okkupert av den greske tyrannen Dionysios den yngre (ca. 397–337 f.Kr.). Grekerne kalte øya for Melite (fra det dorisk greske ordet for «søt honning» eller «honningbie»). Selv om punerne var overlegne sjøfolk, ble Malta allikevel stadig herjet av pirater som bortførte deler av befolkningen som slaver.
Da Roma begynte å ekspandere som en militær likeverdig motpart til Kartago ble Malta en base mot romerne. I den første punerkrigen, som begynte i år 264 f.Kr., ble øyas dype, naturlige havner betydningsfulle for puniske krigsskip. På begynnelsen av den andre puniske krigen i 218 f.Kr. ble punerne forvist fra Malta av romerne.
Romerriket (217 f.Kr. – 395 e.Kr.) thumb|Romerne gjorde Medina til hovedstad, i dag Mdina.
Romerne gjorde Malta romersk, slik de behandlet alle erobrede land. De endret navnene fra Malet og Gol til Melita og Gaulus. Antagelig har Melita sin opprinnelse i det latinske ordet for honning, mel. Maltas strategiske posisjon kan være årsaken til at romerne ga innbyggerne mange innrømmelser, som å beholde deres eget språk og guder. Ved slutten av den tredje punerkrigen i 146 f.Kr. var Malta omgitt av romerske provinser, og de romerske installasjoner på Malta og Gozo brakte en sikkerhet til øyene som forhindret dem fra å bli hærtatt og herjet av pirater.
Øya blomstret under romersk styre, og de ble betraktet som Municipium, den nest høyeste klassifiseringen av en romersk by, og en Foederata Civitas. De mange romerske oldsaker som er funnet, vitner om en tett forbindelse mellom de maltesiske innbyggerne og Roma. Romerne konstruerte også byen Melita (nå Mdina) på en tidligere punisk festning på øyas høyeste sted. Tilsvarende var Victoria på GozoNavnet er av nyere dato, påtvunget øyas befolkning i 1887 av engelskmennene. Dagens innbyggere refererer isteden til det gamle navnet, Rabat et høydedrag som besto av en bygdeborg i bronsealderen, utviklet videre av punere, men ble bygget om til et komplekst Akropolis av romerne.
Romerne innførte vanning ved hjelp av akvedukter, og dette gjorde det mulig med et mer omfattende jordbruk. De viktigste landbruksproduktene var lin, voks, hvete, olivenolje og honning. Andre kilder til inntekter var reparasjon av romerske skip. Øyenes økende velstand og en voksende romersk overklasse førte til en fortrengelse av de gamle fønikiske og puniske guddommene fra det maltesiske dagliglivet. Det ble innviet et tempel for Juno i Marsaxlokk, et Apollontempel i Melita og for Proserpina i Mtarfa.
Kristendommen thumb|left|150px|Sankt Paulus skriver, fra et tidlig manuskript av Paulus' brev, 800-tallet. Württembergische Landesbibliothek Stuttgart
I år 59 eller 60 e.Kr. ble øyene besøkt av apostelen Paulus. Han var blitt holdt fange på Kreta og ble deretter fraktet til Roma for å bli dømt av keiseren, noe som var hans rett som romersk borger. Isteden skal han ha forlist på bredden av det som nå kalles for «Saint Paul's Bay» (Sankt Paulus’ bukt), noe som bevitnes av en del detaljer i Apostlenes gjerninger, men også av arkeologiske utgravninger ved San Pawl Milqghi. Studier av nåværende og alminnelige vinder fra tiden gjør det mer sannsynlig at skipbruddet skjedde i eller i nærheten av St. Thomas Bay i Marsaskala.
thumb|Solnedgang over Saint Paul's Bay.
På Malta holdt Paulus seg skjult i en grotte ved Melita, men skal samtidig ha konvertert flere maltesere til kristendommen. En betydningsfull mann på Malta var Publius, den romerske guvernøren, som tok imot Paulus etter at han gikk i land. Paulus skal ha kurert Publius’ far fra dysenteri, og av denne grunn lot Publius seg kristne og ble senere Maltas første biskop. Sankt Publius gjorde Malta til den første kristne nasjonen i vest, og en av de første i verden. Etter tre måneder skal havet igjen ha blitt seilbart, og lastet med gaver fra sine maltesiske venner dro Paulus videre til Roma og hans påfølgende martyrium.Saint Paul
Det er reist en kirke på det sted hvor Paulus etter tradisjonen skal ha helbredet Publius’ far, og etter mange ombygginger har stedet i dag en katedralkirke dedisert Sankt Paulus ved Mdina. Kristendommen spredte seg jevnt på Malta, men utøvelsen av religionen ble gjort i hemmelighet for å unngå forfølgelse. De store katakombene, blant annet ved Mdina, tjente som bønnerom og gravplasser. I årene 305–311 flyktet mange kristne fra Sicilia til Malta, men to år senere gjorde keiser Konstantin den store kristendommen til statsreligion.
Da keiser Theodosius den store døde i 395 ble Romerriket delt mellom hans sønner i en vestlig og en østlig del. Malta lå geografisk og politisk innenfor den vestlige delen, men kirken tilhørte den østlige delen, det senere bysantinske imperiet.
Germansk og bysantinsk styre (395–870) thumb|left|Romerriket ble delt i en vestlig og en østlig del ved Theodosius den stores død i 395