Botnfjorden er en fjordarm av Leirfjorden i Alstahaug kommune i Nordland. Fjorden er 7,5 km lang, og går fra innløpet sør for Helgelandsbrua mot sørvest inn i øya Alsta øst for Sandnessjøen.
Den innerste delen av Botnfjorden, ved garden Botn, er ei langgrunn vik med lang fjære. Lenger ut er Botnfjorden svært dyp, opptil 340 meter. Dette dypeste området er på sjøkartet markert som dumpefelt for ammunisjon. Botnfjorden er et værhardt område ved østlig vind, med kraftige fallvinder fra Sju søstre.
I Botnfjorden er det både friluftsbad og industriområde.
Referanser Alstahaug kommune: Alstahaug i tall
Danner nytt baseselskap, Helgeland Arbeiderblad, 8. november 2006
Sommerdukkert i nesten ferdig bad, Helgeland Arbeiderblad, 4. juni 2007
Botnfjorden på Norgeskart.no fra Statens kartverk
Kategori:Fjorder i Alstahaug