Mikrokjerne er en arkitektur for operativsystemer som holder det absolutt minste antall tjenester mulig innenfor kjernen. Andre tjenester bygges i lag oppå.
Eksempler på operativsystemer med mikrokjerner er Mach, Minix, QNX og AmigaOS.
Se også Monolittisk kjerne
fr:Noyau de système d'exploitation#Systèmes à micro-noyaux it:Kernel#Microkernel fi:Käyttöjärjestelmän ydin#Mikroydin