mini|Fra Franz Walter Stahleckers rapport til Heydrich om Einsatzgruppe As gjennomførte jødehenrettelser («durchgeführte Judenexekutionen») fra 16. oktober 1941 til 31. januar 1942. For Litauen er drepte jøder angitt, mens Kaunas (tysk: Kauen) getto hadde internerte. Holocaust i Litauen var utryddelsen av jøder i Litauen under andre verdenskrig. Minst 95 prosent av landets jødiske innbyggere ble massakrert under den tyske okkupasjonen fra sommeren 1941, noe som utgjør det største tap av menneskeliv i Litauens historie. I Litauen og i nabolandet Latvia ble den jødiske befolkningen nesten totalt utslettet. Drapene i Litauen ble i hovedsak utført av lokal litauisk milits under tysk ledelse.
Litauen ble tvangsinnlemmet i Sovjetunionen i juni 1940, og samtidig ble Vilnius overført fra det da oppløste Polen til Litauen. Den tyske invasjonen av Sovjetunionen i 1941 var trolig en hovedgrunn til tilintetgjørelsen av jødene.
Litauens jødiske innbyggere var holocausts første ofre. Omfattende og systematiske drap på jøder begynte i Litauen dagen etter invasjonen. Først ble voksne menn drept, senere på sommeren ble massedrapene utvidet til å omfatte jødiske kvinner og barn. Før juni 1941 var jødene i tyskkontrollerte områder utsatt for brutal forfølgelse, og i det okkuperte Polen også for enkeltstående massakrer. I juni 1941 så den tyske ledelsen fortsatt for seg at «jødespørsmålet» hovedsakelig skulle løses ved tvangsflytting. Det er uklart om massemordet i Litauen ble igangsatt etter direkte ordre fra Berlin, eller om det begynte som et initiativ av tyske ledere på stedet.
To dager etter at tyske styrker krysset grensen til Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før), begynte massakrene på landets over jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført i regi av Schutzstaffel (SS) og politi i Øst-Preussen og Memelland. Massakrene i Litauen var i hovedsak metodiske og i skjul for offentligheten ved at ofrene ble skutt og dumpet i massegraver i litt utenfor bebodde områder. Denne fremgangsmåten ble senere brukt over det meste av sovjetisk område, inkludert Baltikum.
Massakrene foregikk med bistand fra lokale kollaboratører. Jødene i Litauen ble som regel skutt og dumpet i massegraver nær hjemstedet og det forekom massakrer i gatene der jødene ble slått i hjel i med stokker. Fra juni til desember 1941 var 80 prosent av jødene drept.
Bakgrunn
Polen-Litauen mini|En jødisk gravlund i Kaunas. Litauen hadde hatt jødiske innbyggere siden middelalderen. I 1566 ble jøder pålagt å bruke spesielle klær, blant annet gult hodeplagg. Zaporizjakosakkenes opprør (under ledelse av Bohdan Khmelnytskyj) i 1648 resulterte i en pogrom som raserte mange jødiske institusjoner i Polen-Litauen og det gikk særlig hardt utover Vilnius. På den tiden var det omkring jødiske innbyggere i Litauen. Jøder med bakgrunn i Storfyrstedømmet Litauen omtales ofte som litvak. I Israel benyttes litvak til dels om ortodokse jøder som følger en «litauisk» (askenasi og ikke-hasidisk) lære og livsstil.
Litvak var jøder med historisk tilknytning til Litauen, Latvia, Białystok og Suwałki samt deler av Hviterussland innenfor Polen-Litauen og senere tsarens rike. På 1600-1700-tallet strakk storhertugdømmet Litauen seg østover og omfattet blant annet Vitebsk, Minsk, Mahiljow og Polotsk.Gaunt, D. (2010). Reichskommissariat Ostland. In The Routledge History of the Holocaust (pp. 230-240). Routledge. De fleste jøder i Litauen var fattige.
Litauen under tsaren Litauen ble innlemmet i tsarens russiske imperium i 1795 som det litauiske gubernia. I 1801 ble delt i to: Vilnius og Grodno, og i 1842 ble Kaunas (Kovno) skilt ut som eget administrativt område. På den tiden ble innbyggerne pålagte ha familienavn. Under tsaren ble litauisk språk og kultur undertrykt; for eksempel var det forbudt å skrive litauisk med latinske bokstaver. Litauen og Litauens historiske territorium var multietnisk, der litauisk, polsk, jiddisk og hviterussisk språk ble brukt. I 1897 snakket flertallet av innbyggerne i Vilnius-provinsen hviterussisk.
I det jødiske bosetningsområdet utgjorde jødene i alt 11 prosent av befolkningen på 1800-tallet, men utgjorde flertallet i flere litauiske og hviterussiske byer, blant annet i Vilnius. De fleste av disse jødene var fattige, noen av dem levde under svært dårlige kår. Vilnius (polsk: Wilna, jiddisk: Vilne/Vilna) ble blant jøder regnet som sentrum for jødisk kulturelt, intellektuelt og religiøst liv i Øst-Europa - omtalt som «Jerusalem i nord» eller «Litauens Jerusalem». Kongress-Polen hadde andre lover enn det russiske imperiet ellers. Etter det polske opprøret i 1863 fikk jødene i Polen betydelig større frihet og rettigheter enn i selve Russland noe som ble etterfulgt av omfattende jødiske utvandring til Polen.
Bush, J. A. (2016). Nuremberg and Beyond: Jacob Robinson, International Lawyer. Loyola of Los Angeles International and Comparative Law Review, 39, 259.Rosenne, S. (1978). Jacob Robinson—In Memoriam. Israel Law Review, 13(3), 287–297. doi:10.1017/S0021223700014291
Aleksander II av Russland døde i 1881 etter et attentat utført av gruppen «Folkeviljen», der ett av medlemmene var jødisk. Det gikk da et rykte om at «jødene hadde drept tsaren» og myndighetene tilskyndet brutal forfølgelse av jødene i riket. I 1882 ble det innført nye lover som forbød jødene å drive handel på søndager. De fikk heller ikke bosette seg utenfor byer eller shtetl, de fikk ikke eie eller leie jord, og antallet jødiske elever i videregående skole skulle ikke være over 10 prosent. Mange jøder i Litauen flyttet til industribyene i Polen, og bidro til at Polen fikk Europas største jødiske befolkning. Mange jøder flyttet også sørover til Ukraina.
I 1905 var det en bølge av pogromer i tsarens rike. En del jøder emigrerte også til Vest-Europa. Pogromer og diskriminering gjorde at om lag 1,85 millioner jøder forlot Russland i perioden mellom 1880-årene til første verdenskrig. Antisemittisme var utbredt og vanlig hos respekterte litauiske forfattere som Simonas Daukantas og Vincas Kudirka.
Litauen hadde i likhet med Polen, deler av Latvia og Hviterussland vært en del av de jødiske bosetningsområdet i tsarens Russland og hadde relativt stor jødisk befolkning. Jødiske litauere bodde ofte i byer og virket særlig som faglærte håndverkere og kjøpmenn.
Mellomkrigstiden Etter første verdenskrig gikk imperiene Russland og Østerrike og til dels Tyskland i oppløsning, der særlig Russland ble satt økonomisk tilbake. Tidligere russiske områder i vest ble etter revolusjonen til de nye statene Finland, Polen, Estland, Latvia og Litauen.Rozett & Spector (2013) s. 5-6 mini|Sovjetiske styrker inntar Vilnius, 19. september 1939 etter Molotov-Ribbentrop-pakten. Vilnius ble kontrollert av Polen etter første verdenskrig og formelt innlemmet 1922. På tampen av første verdenskrig var det kortvarige kriger mellom Litauen og Sovjetunionen og mellom Litauen og Polen. I 1918 var det en kortvarig sovjetrepublikk i Vilnius med omland. Vilnius' befolkning var for en stor del jødisk og etnisk polsk. Polen tok militær kontroll over Vilnius med omland (omkring 6000 km2), noe som ikke ble akseptert av Litauen som brøt de diplomatiske forbindelsene.
Striden om Vilnius var det vesentlige temaet i Litauens utenrikspolitikk i mellomkrigstiden og Kaunas ble betraktet som midlertidig hovedstad. Hviterussland var et kjerneområde i Polen-Litauen og det var etnisk like naturlig at Vilnius ble en del av Hviterussland. Litauen innenfor grensene i mellomkrigstiden ble kalt Kovner Lite (Kaunas-Litauen) av jødene selv. På grunn av en lang felles historie innenfor Polen-Litauen og Det russiske keiserriket gjorde den jødiske befolkningen i Litauen og Polen (inkludert den vestlige delen av det senere Belarus) til et felles område demografisk og kulturelt.Rosenne, S. (1978). Jacob Robinson—In Memoriam. Israel Law Review, 13(3), 287–297. doi:10.1017/S0021223700014291
Litauen ratifiserte traktatene om minoritetenes rettigheter og minoritetsrettene ble tatt inn i landets grunnlov av 1922. Både regjeringen og nasjonalforsamlingen i den nye republikken hadde jødiske medlemmer. Jødisk selvstyre ble undergravd utover 1920-årene og var avviklet omkring 1930. Etter statskuppet i 1926 ble jøder nektet å arbeide blant annet i offentlige virksomheter, slik at mange gikk inn i frie yrker. Svært mange jødiske litauere arbeidet som kjøpmenn, leger eller jurister. Etniske litauere arbeidet hovedsakelig i landbrukssektoren.
«Litauiseringen» som begynte på 1920-årene førte til at de ble presset ut av disse sektorene. Jødisk kultur ble generelt tolerert og det ble utgitt flere aviser på jiddisk; i hovedstaden Kaunas var det fire dagsaviser på jiddisk. Vilnius, «Jerusalem i Litauen», ble regnet som sentrum for jødisk kultur og religion i området. I tiden under polsk styre ble Vilnius en bakevje. Antisemittisme var vanlig i Litauen, men mindre utpreget enn i russiske og polske områder.
Ved universitetet i Vilnius var det relativt flere jødiske enn polske studenter. Den polske studentforeningen krevde kvotering slik at andelen jødiske studenter skulle gjenspeile andelen jødiske innbyggere. De polske studentene sørget også for å dele klassene slik at de to etniske gruppene satt hver for seg. I 1933 demonstrerte etniske polske studenter mot de jødiske.
Memelland ble i 1924 en del av Litauen etter Klaipėdaopprøret i 1923. Høyreradikale og nasjonalistiske offiserer avsatte den valgte regjeringen ved et militærkupp 17. desember 1926 og nasjonalisten Antanas Smetona ble innsatt som president. Næringslivet og den katolske kirken var tilfreds med kuppet. Nasjonalisten Augustinas Voldemaras var statsminister fra 1926 med Vilnius-striden som hovedsak. Smetona innførte trinnvis et autoritært styresett, undertrykte opposisjonen og avsatte i 1929 Voldemaras da denne mislykkes med Vilnius-saken. Smetona regjerte etter dette tilnærmet diktatorisk.
Smetonas-regimet bekjempet fascistiske bevegelser (der den avsatte Voldemaras var involvert) og nasjonalister som var mer ytterliggående enn Smetona selv. Da Litauen overtok Vilnius etter Sovjetunionens okkupasjon av det østlige Polen høsten 1939, innledet den litauiske regjeringen en tvungen «litauisering» av byen noe som gjorde de jødiske og etnisk polske innbyggerne skuffede og sinte. Omtrent 15 000 jøder flyktet nordover fra Polen til Vilnius. Fra Suwałki-området forsøkte tyske styrker å jage jødiske polakker over grensen til Litauen, opp mot 2000 jøder krysset grensen. Mot slutten av 1930-årene innførte polske myndigheter anti-jødiske tiltak i Vilnius.
Rett før andre verdenskrig hadde Litauen rundt 1 % av verdens jødiske befolkning.Levin, D. (2000). The Litvaks: a short history of the Jews in Lithuania. Berghahn Books. Den russiske folketellingen i 1897 viste at Kaunas-provinsen (mesteparten av Litauen) hadde 1,5 millioner innbyggere hvorav 67 % var etniske litauere og 14 % jøder; videre 9 % polske og 4 % etniske russere. En folketelling i 1897 viste at Vilnius hadde 41 % jøder (inkludert noen karaitter), 36 % katolikker, 23 % ortodokse og et mindre antall muslimer og lutheranere. Morsmål var 40 % jiddisch, 30 % polsk (noe som trolig inkludert etniske litauere som brukte polsk), 20 % russisk, 4 % hviterussisk og 2 % litauisk. Rett før andre verdenskrig hadde Vilnius 65 % etniske polske innbyggere og 28 % jøder. Ved folketellingen i 1923 hadde det uavhengige Litauen 2,03 millioner innbyggere hvorav over 80 % var etnisk litauiske og de fleste var jordbrukere, mens 7,6 % var jøder. Litauen var på den tiden hovedsakelig et jordbruksland.
Høsten 1939 kom det mange flyktninger fra Polen og Vilnius jødiske befolkning økte da fra 60.000 til 80-90.000.
Antisemittisme thumb|Forfatteren Vincas Kudirka uttrykte antisemittiske holdninger i sine skrifter. Her avbildet på en minnemynt i 1999.