SARS-CoV-2 Kappa-varianten er en sublineær variant av SARS-CoV-2, viruset som forårsaker covid-19. Den er en av tre versjoner av Lineage B.1.617 som også kjent som Delta-varianten.
Beskrivelse SARS-CoV-2 Kappa-varianten er også kjent som Lineage B.1.617.1 og ble først oppdaget i India i desember 2020. Mot slutten av mars 2021 stod Kappa-subvarianten for mer enn halve sekvensene som ble innrapportert fra India. Den 1. april 2021 ble den designert Variant Under Investigation (VUI-21APR-01) av Public Health England. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 10, London, Public Health England |date=7. mai 2021 (A variant first detected in India was designated under investigation on 1. april 2021 as VUI-21APR-01 (B.1.617.1).
Mutasjoner Kappa-varianten har tre betydningsfulle endringer i aminosyresekvensene, som alle gjelder virusets piggproteinkode. Disse er substitusjonene L452R, E484Q og P681R
E484Q. Denne mutasjonen i posisjon 484, en glutaminsyre-til-glutamin-substitusjon, gir B.1.617-varianten et sterkere bindingpotensial til hACE2 (den humane ACE2-reseptoren), og dessuten en større evne til å unngå immunsystemet det står overfor enn det andre varianter har. L452R. Denne mutasjonen i posisjon 452, en leucin-til-arginin-substitusjon, gir en sterkere affinitet i piggproteinet for ACE2-reseptoren og immunsystemets evne til å oppdage viruset svekkes. P681R. Denne mutasjonen i posisjon 681, en prolin-til-arginin-substitusjon, kan, ifølge William A. Haseltine, øke smittespredende evne på cellenivå (boost cell-level infectivity). - «by facilitating cleavage of the S precursor protein to the active S1/S2 configuration»
Disse mutasjonene er hver for seg ikke unike for varianten; det er at de er tilstede samtidig som er det unike.
European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) oppfører også en fjerde piggmutasjon av interesse: D614G. Denne mutasjonen i posisjon 614 er slik at G (glycin) der har erstattet D (asparaginsyre). Varianter som har mutasjonen D614G knyttes til økt smitteevne.
Referanser
S10