Nikolaikirken kan vise til kirker oppkalt etter St. Nikolaus på en rekke steder: Nikolaikirken på Gran, Oppland Nikolaikirken i Oslo, fra middelalderen, antakelig sognekirke for områder utenfor byen Nikolaikirken i Bergen, fra middelalderen, antakelig sognekirke for nordmenn Nikolaikirken (Leipzig) Nikolaikirken i ruinparken, Borgarsyssel museum i Sarpsborg Kunsthallen Nikolaj, tidligere Sankt Nicolai kirke i København nedbrent 1795. Køge kirke, også kjent som Sankt Nicolai kirke.