Wilhelm Wagner kan syfta på bland andra:
* Wilhelm Wagner (1843–1880), tysk klassisk filolog Wilhelm Wagner (1875–1953), tysk arkitekt Wilhelm Wagner (1884–1970), tysk geolog Wilhelm Wagner (1895–1977), tysk entomolog Wilhelm Wagner (1904–1946), tysk SS-Hauptscharführer Wilhelm Wagner (1909–1978), tysk SS-Hauptsturmführer Wilhelm Wagner (1915–2002), svensk militär
Se även Willi Wagner (född 1941), tysk löpare Friedrich Wilhelm Wagner (1814–1857), tysk klassisk filolog Johann Wilhelm Ernst Wägner (1800–1886), tysk teolog