2000年代のJRダイヤ改正（2000ねんだいのジェイアールダイヤかいせい）では、2000年代にJRグループ各社線で行われた各ダイヤ改正について記す。
2000年（平成12年） 1月22日 東日本では、営団東西線（2004年4月1日より東京メトロ東西線）で妙典駅が開業したことに伴い、行徳駅発着の全列車が妙典駅発着に改められた他、中央・総武線各駅停車の時刻修正が行われた。
九州では、筑肥線で下山門駅 - 筑前前原駅間の複線化によるダイヤ改正が行われた。増発用としてJR九州が開発した車両で初の直流通勤型電車となる303系が投入された。
3月11日 各地でダイヤ改正。
新幹線 山陽新幹線で、従来の700系から仕様を若干変更した700系7000番台により、「ひかり」をてこ入れする目的で「ひかりレールスター」が運転を開始した。これにより「ウエストひかり」は一部を除き「ひかりレールスター」に置き換えられた（この時点でビュフェも営業終了）。 100系V編成（「グランドひかり」）の食堂車の営業が終了した。
北海道 宗谷本線でキハ400系・480系による札幌駅 - 稚内駅間の急行「宗谷」・「サロベツ」・「利尻」をキハ183系と新たに開発されたキハ261系を使用して特急に格上げし、「スーパー宗谷」・「サロベツ」・「利尻」として運転を開始した。宗谷本線系統では初の特急列車である。これに伴い旭川駅 - 稚内駅間の急行「礼文」が廃止され、北海道から昼行急行が姿を消した。
東日本 新造のE751系により、特急「スーパーはつかり」が運用を開始した。 中央・総武線各駅停車・宇都宮線では、E231系が投入された。 仙石線では仙台駅 - 陸前原ノ町駅間が地下化され、あおば通駅が設置された。
西日本 京阪神地区在来線 新快速が全列車223系に統一され、130km/h運転を全列車に拡大した。これに伴い京都駅での毎時0・15・30・45分発が崩れた。日中の快速は芦屋駅 - 東灘信号場間で外側運転に変更した。大阪方面の大半の快速が東加古川駅で通過待ちを行うようになったほか、夕方の姫路方面の快速も土山駅で通過待ちを行うようになった。大阪発備前片上行きの外側快速が廃止された。 阪和線・JR宝塚線に221系が転属し、快速の速達化を図った。運用も効率化され、宝塚線は外側快速、阪和線は和歌山線経由で送り込むようになった。阪和線では関空快速・紀州路快速を除く日中の快速が221系に統一され、この時間帯の御坊駅への乗り入れが廃止された（和歌山駅で系統分割）。JR宝塚線・福知山線では日中の大阪駅発着の快速を「丹波路快速」と命名し、この時間帯は篠山口駅で乗り換えになった。221系が福知山駅まで来るようになった。 関西発着の寝台特急も整理されることになり、「彗星」と「あかつき」が門司駅まで併結運転になり、「あかつき」の佐世保駅発着編成も消滅した。これにより佐世保駅への寝台特急列車の乗り入れがなくなった。
その他の地区 広島地区では、山陽本線に前空駅が開業したデータで見るJR西日本2012（西日本旅客鉄道）P.80-81。
九州 885系が運転開始した。主に「かもめ」で使用され、長崎本線・佐世保線の特急から485系の運用から離脱した。また、「みどり」・「ハウステンボス」には、783系が投入された。 「にちりん」が削減され、延岡駅 - 南宮崎駅・宮崎空港駅で「ひゅうが」が運転を開始した。 博多駅 - 門司港駅間の通勤特急に「きらめき」の愛称が与えられた。 久大本線に久留米大学前駅が開業した。 肥薩線・吉都線（えびの高原線）経由で運行されていた急行「えびの」が廃止された。
4月21日 山陽新幹線で「ひかりレールスター」用の700系7000番台の所定の編成がそろったため、「ウエストひかり」の運転が終了した。これに伴い、0系のグリーン車が運用を離脱した。
9月23日 西日本の嵯峨野線（山陰線）を中心にダイヤ改正。
嵯峨野線の二条駅 - 花園駅間に円町駅が開業し、日中のダイヤが大幅に改編された。この時間帯に京都駅 - 園部駅間の快速列車を設定したほか、普通列車も増発された。
10月1日 東海道新幹線でダイヤ改正。
「のぞみ」が新横浜駅に増停車（16→32本）し、東京駅発着の山陽新幹線直通の「のぞみ」が下り岡山行きの1本を除きすべて新横浜駅に停車することになった。また、朝時間帯に「のぞみ」1往復（41・42号）を増発したほか、700系の増備に伴って「のぞみ」の700系充当列車を増発し、前述の41･42号を除く「のぞみ」の全列車を700系・500系に統一した。
12月2日 東日本を中心にダイヤ改正。
東日本 特急｢東海｣号の停車駅に川崎駅および平塚駅が追加された。併せて2号および3号の時刻が修正された。 E351系のリフレッシュ工事に伴い、特急「スーパーあずさ」の一部が183・189系「あずさ」に変更された。 京葉線では、快速の一部が千葉みなと駅にも停車するようになった。 武蔵野線では、南船橋駅発着列車の一部が海浜幕張駅まで延長された。 常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線では、小田急電鉄との直通列車を増発した。 五能線では、陸奥黒崎駅が白神岳登山口駅に改称された。
貨物 総武本線 - 新金貨物線 - 常磐線 - 武蔵野線のルートで運転されていた千葉方面発着の貨物列車の大部分を京葉線・武蔵野線経由に変更し、所要時間が大幅に短縮された。
2001年（平成13年） 3月1日 西日本では、ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ) のプレオープンに伴って桜島線にユニバーサルシティ駅が開業し、3月1日・2日は桜島線と大阪環状線が特別ダイヤで運転された。また、桜島線には「JRゆめ咲線」の愛称が与えられた。
3月3日 西日本方面で改正。
東海 関西線の春田信号場が春田駅として旅客駅に格上げされた。 「セントラルライナー」の増発および区間延長が行われた。 「ホームライナー大垣」の一部の運転区間を関ケ原駅まで延長した。 関西線、紀勢線（多気駅 - 新宮駅間）および飯田線（天竜峡駅 - 辰野駅間）でワンマン運転を開始した。
西日本 在来線優等列車 日本海縦貫線における運転系統の整理から、1961年（昭和36年）10月の「サンロクトオ」改正以来日本最長距離を走る昼行特急列車として運行していた「白鳥」が廃止された。 夜行急行「能登」の金沢 - 福井間が廃止され、上野 - 金沢間の運転となった。 683系の追加投入で「サンダーバード」が増発され、運転区間も大阪駅 - 富山駅（1往復は魚津駅発着）・和倉温泉駅間となった。これに伴い「雷鳥」の発着駅は金沢駅に統一された。「雷鳥」の新潟駅発着列車は季節運転の「ふるさと雷鳥」のみとなった。系統分割された富山駅 - 新潟駅間は、「北越」の増発により対応した。 七尾線では、のと鉄道七尾線の穴水駅 - 輪島駅間が4月1日に廃止されるのに伴い、急行「能登路」（上り2本、下り3本）のうち、キハ58系で運行されていた輪島駅発着の1往復（1・2号）と415系800番台で運行されていた金沢発和倉温泉行きの下り1本（5号）が廃止され、代替列車として七尾駅発着の快速1往復が増発された。のと鉄道区間については普通列車に変更して対応した。 早朝に紀伊田辺始発の「くろしお」が新設された。 京阪神地区在来線 USJの開園に先立ち大阪環状線からJRゆめ咲線（桜島線）への直通運転列車を増発した。特急「はるか」も一部列車を除き西九条駅に停車するようになった。 JR神戸線では、朝ラッシュ時間帯の快速はすべて西ノ宮駅（現在の西宮駅）に停車するようになった。この時間帯の御着駅での通過待ちは廃止された。 大和路線では、大和路快速が久宝寺駅にも停車するようになった。 関西線では、亀山駅 - 加茂駅間の普通列車の奈良駅への乗り入れが廃止された。また、日中の加茂駅 - 伊賀上野駅間の区間系統も廃止された。 奈良線では、京都駅 - JR藤森駅間および宇治駅 - 新田駅間の複線化、単線区間における信号機の増設および行違い設備改良などの輸送改善工事が完成し、列車の大幅な増発およびスピードアップが行われた。 朝夕の快速・区間快速と日中の「みやこ路快速」が設定された。 京都駅 - 城陽駅間の普通も増発された。 宇治駅 - 新田駅間にJR小倉駅が開業した。 きのくに線（紀勢線）では、周参見駅折り返しの削減が行われた。 その他の地区 富山港線では、日中の列車が電車から気動車に置き換えられた。 加古川線・姫新線・美祢線などで本数削減や保守工事運休を設定、芸備線でも休日運休や広島駅発着列車の2往復の車種の変更が行われた。木次線や三江線では始発・最終を土曜日と日曜日運休にした。長門市駅 - 仙崎駅間の終発が20時台から17時台になった。
四国 「南風」を２往復増発した。 ホームライナー的性格を持った特急列車の「ミッドナイトEXP高松」・「ミッドナイトEXP松山」が新設された。
九州 「ソニック」用の885系電車を増備し、「にちりん」が小倉駅発着となった。それに伴い485系電車の博多駅乗り入れがなくなった。福岡地区のホームライナーが特急に格上げされた。 鹿児島本線に弥生が丘駅が開業した。
3月29日 西日本では、3月31日のUSJのグランドオープンを前に、大阪環状線からJRゆめ咲線への直通運転列車の所要時分を見直すなどのダイヤ修正を実施。
4月1日 東日本の仙台地区の東北本線・仙山線・仙石線でダイヤ改正を実施。このうち仙山線では平日ダイヤと土休日ダイヤの運用を開始。土休日ダイヤでは特別快速が復活。あわせて同線から455系が定期運用から離脱した。
4月21日 西日本の山陽新幹線でダイヤ改正を実施。ひかりレールスターの増発が行われた。 この翌日、東海道線 (静岡地区)の掛川駅 - 袋井駅間に愛野駅が開業した。
6月4日 西日本の芸備線でダイヤ改正を実施。広島発志和口行き最終列車の時刻が繰り下がり、志和口駅への到着が日付変更後になった。この影響で三次駅最終の広島駅到着が繰り上げとなった。
7月1日 北海道 昼行便のキハ183系による特急「おおぞら」をすべてキハ283系による「スーパーおおぞら」に置き換え、1961年（昭和36年）以来の伝統がある愛称の「おおぞら」は消滅した。また、夜行便の「おおぞら」は愛称が「まりも」に変更された。 石北本線の天幕駅・中越駅・奥白滝駅と宗谷本線の下中川駅・上雄信内駅・芦川駅が廃止され（中越駅・奥白滝駅は信号場に格下げ）、これによりJRの在来線で駅間距離が最も長い区間は石北本線の上川駅 - 上白滝駅間(34.0km)となった（これまでは石勝線トマム駅 - 新得駅間33.8kmであった）。
西日本 和田岬線が電化され、列車の増発が実施された。
7月7日 西日本の山陰線でダイヤ改正を実施。 高速化により米子駅 - 益田駅間の快速にキハ126系が投入されたが、運行本数の見直しで本数が微減した。 鳥取駅 - 益田駅間の特急「くにびき」が西日本初の新型特急形気動車キハ187系に置き換えられ「スーパーくにびき」に変更された。 特急「いそかぜ」の発着駅が益田駅になった。 このほかに木次線・三江線では時刻変更が行われた。
7月20日 西日本では、大阪環状線からJRゆめ咲線への直通列車の西九条駅における停車ホームの変更とJRゆめ咲線のUSJ輸送ピーク時における運転間隔の見直しなどのダイヤ修正を実施し、USJへの利便性を向上させた。
9月29日 東日本では、東北本線に国府多賀城駅が開業した。
10月1日 新幹線 東海道区間では「ひかり」の1時間に1本を「のぞみ」に置き換えて定期「のぞみ」が約30分間隔で運転されるようになった。ダイヤパターンも「2-7-3」から「3-6-3」になった。 新横浜駅・新神戸駅停車列車の増発、「ひかり」の速達化が実施された。 700系および300系が「ひかり」としての運行を開始した。 0系Q編成（4両編成）が運用を離脱した。 なお、同年夏にはJR西日本でも700系16両編成（3000番台・B編成）の投入を開始した。
東海 在来線では名古屋鉄道から高山線に乗り入れる特急「北アルプス」が廃止された。
西日本 岡山駅では、新幹線と四国方面の特急列車との接続が改善された。 「スーパーやくも」が増発され、陰陽連絡特急の所要時間が大幅に短縮した。 アーバンネットワークでは日中時間帯の草津駅折り返しの新快速が野洲駅折り返しに延長された。また、奈良線東福寺駅には、快速・区間快速が停車するようになった。
10月6日 九州で筑豊本線・篠栗線の電化に伴う改正が行われた。
博多駅 - 直方駅間に特急「かいおう」が設定された。 817系も運転を開始した。 50系客車による定期普通列車の運行が廃止された。 筑豊地区での運転系統の再編が行われた。 電化された筑豊本線の折尾駅 - 桂川駅間および篠栗線に「福北ゆたか線」、非電化区間の若松駅 - 折尾駅間に「若松線」、桂川駅 - 原田駅間に「原田線」の愛称がそれぞれ与えられた。 これに伴い、後藤寺線から筑豊本線・篠栗線方面への直通列車が消滅した。
12月1日 東日本でダイヤ改正2001年12月 ダイヤ改正について - 東日本旅客鉄道 プレスリリース 2001年9月21日。
新幹線 上越新幹線では、夕通勤時間帯の「Maxたにがわ」にE4系16両編成を投入。東京駅 - 新潟駅間の「あさひ」を1往復増発し、越後湯沢駅での特急「はくたか」との接続を見直し。燕三条駅への停車を拡大した。 長野新幹線（当時の通称）では、「あさま」の高崎駅・佐久平駅・上田駅への停車を拡大した。 東北新幹線では、朝時間帯に「なすの」を増発。大宮駅への停車を拡大。また、秋田新幹線「こまち」のグリーン車を全席禁煙化。
在来線 中央本線で特急「あずさ」・「かいじ」にE257系を導入開始した。E351系のリフレッシュ工事が完了し、特急「スーパーあずさ」は8往復に戻された。 特急「成田エクスプレス」の一部列車において、成田駅・千葉駅 - 東京駅・新宿駅・池袋駅間を定期券と指定席特急券で利用できるようになった。 特急「わかしお」は1往復が増発され、特急「わかしお」・「さざなみ」の海浜幕張駅への停車を拡大した。 長野駅 - 新潟駅間の特急「みのり」1往復（2・3号）が廃止された。 上野駅 - 水上駅間の新特急「水上」1往復（7・10号）が廃止された。 中央本線の急行「アルプス」長野発新宿行きが臨時列車に変更された。 山手貨物線・品鶴線を経由し新宿駅を越えて東海道線・横須賀線と宇都宮線・高崎線間を直通運転する湘南新宿ラインの系統が新設された。ただし、池袋駅・新宿駅の改良工事が完成していなかったために、池袋駅・新宿駅発着の列車も設定されていた。 ホームライナーの見直しも行われ、高崎線の「ホームライナー鴻巣」が増発された。中央線では、従来のホームライナーが「中央ライナー」「青梅ライナー」に名称変更・増発された。また乗車整理料金を「ホームライナー料金」として500円に値上げすることになった。 首都圏の50km未満の自由席特急料金と急行券を500円に値下げした。 宇都宮線では宇都宮発黒磯行きの終電が繰り下げられた。京葉線・武蔵野線の夜間と埼京線の夕夜間帯が増発された。 中央・総武線各駅停車は年度内にすべてE231系に統一された。 この改正で115系の高崎線における運用が廃止された。 東北地区では、羽越本線に岩城みなと駅が、五能線にウェスパ椿山駅がそれぞれ開業した。
2002年（平成14年） 3月16日 北海道で改正。旭川方面から新千歳空港方面へ直通するエル特急が「スーパーホワイトアロー」に変更された。
3月23日 東日本 山手線にE231系500番台が投入され、4月21日より営業運転を開始した。また常磐線（上野駅 - 取手駅間の快速）にもE231系が投入され、直前の3月3日より営業運転を開始した。 小田急電鉄の大規模ダイヤ改正に伴い、相互直通の常磐線各駅停車 - 営団地下鉄（現在の東京メトロ）千代田線でダイヤ修正が行われた。日中の相模大野駅発着列車（小田急線内準急）を唐木田駅発着（小田急線内多摩急行）に変更した。 磐越西線の特急「ビバあいづ」は、土曜・休日は特急「ホリデービバあいづ」の名称で運転されるようになった。
西日本 在来線特急列車 特急「はくたか」の一部列車の最高速度がほくほく線内で160km/hに引き上げられ、西日本所属の485系による定期運用は消滅した。 特急「くろしお」の新大阪発紀伊田辺行きが1本増発され、終発が繰り下げになった。 京阪神地区在来線 学研都市線（学研都市線）では、京田辺駅の折返し設備新設および橋上化ならびに大住駅の行違い設備新設等完成に伴い白紙改正が行われた。 快速の停車駅に星田駅が追加された。 松井山手駅 - JR三山木駅間の輸送改善工事が完成し、増解結実施駅が松井山手駅から京田辺駅に変更された。これに伴い207系（2000番台）が24両（3両編成4本・4両編成3本）追加投入され、一部の列車が京田辺駅発着に変更された。 京橋駅 - 四条畷駅間のみ快速運転を行う区間快速が増発された。 日中の京橋駅 - 四条畷駅間の往復区間運転が廃止された。 JR神戸線では、西ノ宮駅に平日朝晩の快速が停車するようになった。 朝の大阪発姫路方面行きの快速1本の運転経路を見直し、須磨駅・垂水駅・舞子駅に停車するようになった。 平日朝に大阪発姫路行き、夜に姫路発大阪行きの新快速が増発された。 JR京都線では朝ラッシュの終わりの上り快速を京都駅 - 高槻駅間で普通に変更した。 琵琶湖線では朝の大阪方面で各駅に停車していた新快速を通過運転に変更し、夕方の快速は安土行きを米原行きに延長した。 JR宝塚線・福知山線の篠山口駅での接続改善が行われた。 湖西線では朝夕の快速を雄琴駅（現在のおごと温泉駅）に停車させた。 奈良線では22時台まで快速・区間快速が運転されるようになった。 山陰線（嵯峨野線）では、快速の全列車が円町駅に停車するようになった。 阪和線では夜の列車の削減が行われた。 和歌山線では大和路線直通区間快速の運転区間が五条駅までに短縮され、221系の和歌山駅への乗り入れが消滅した。和歌山発23時台の終電を五条行きから粉河行きに見直して五条駅の終電が繰り上げになり、日付を越える列車が廃止された。 紀勢線（きのくに線）では紀伊田辺駅 - 新宮駅間の本数が削減された。 新大阪発紀伊田辺行きの最終の快速が165系から221系に変更され、西日本管内での165系の運用が消滅した。 その他の地区 七尾線ではのと鉄道直通の急行「能登路」が廃止され、特急列車も一部削減された。 芸備線の急行が「みよし」に統一され、1往復は三次駅 - 備後落合駅間で普通として存続することになり、備後落合駅発着の優等列車は消滅した。急行の時間変更・備後落合発最終の大幅繰上げで昼の広島方面 → 木次線、夜間の木次線 → 広島方面の移動が不可能になった。三次駅 - 広島駅間では最終が繰り下げになり、広島発で三次行きが22時半過ぎ、志和口行きが23時半過ぎになった。 呉線に新広駅が開業した。 境線では夜間の列車に休日運休が設定された。 播但線・山陰本線の香住駅 → 浜坂駅間・宇部線・小野田線では終電が大幅に繰り上がり、長門本山駅の最終は18時台になった。 姫新線や因美線で行われていた月1回の保守点検の運休を地方交通線を中心に大幅に拡大した。ワンマン運転の拡大、無人・簡易委託駅化や列車本数の削減（主に早朝・深夜・昼間の列車の削減）など合理化を図った。このダイヤ改正がJR西日本では初の減便改正となった。その後一部の路線では月1回の保守点検の運休の実施要項を見直した。
四国 高松地区で快速「サンポート」を新設し、高知地区で土佐くろしお鉄道ごめん・なはり線開業を見据えたダイヤとなり、両地区で発車ダイヤのパターン化が実施された。また特急列車の分割併合の実施駅が宇多津駅に変更された。
九州 豊肥本線に大分大学前駅が開業した。直前の3月9日には長崎本線の本川内駅のスイッチバックが廃止された。
7月14日 3月にJR東日本が東京モノレールを買収したことにより、東京モノレール羽田空港線との乗換駅である浜松町駅に京浜東北線の快速が停車するようになった。
7月20日 西日本では、USJへのアクセス向上の一環として、特急「くろしお」・「スーパーくろしお」・「オーシャンアロー」の一部列車を西九条駅にも停車させるダイヤ修正を実施 した。
10月5日 西日本で改正。
新幹線 山陽新幹線において100系P・K編成への置き換えが進んだ「こだま」の充実が図られた。 在来線 特急「北近畿」が朝夕の通勤時間帯に増発された。 うち9号は福知山駅で「きのさき」3号に接続する。 その他、週末の豊岡駅発着の臨時延長が毎日運転へ変更された。これに伴い、「ほくせつライナー」は廃止された。 アーバンネットワークで車両運用が見直された。 日中の普通は西明石発京都行きとJR宝塚線からの高槻行きに変更され、西明石駅 - 京都駅間・JR東西線直通・新三田駅 - 高槻駅間の運行に再編された。これに伴い、大阪方面とJR東西線直通の順序が入れ替わり、相互接続パターンが両方向で同じになった。 芦屋駅で快速に接続する普通は207系での運行になった。 日中時間帯の快速は全区間内側運転に戻された。 広島地区では、芸備線で一部の列車が普通から快速に変更され、夜間の列車が増発された。また、広島都市圏の路線群の名称が広島シティネットワークに決定した。
10月21日 西日本の北陸線で、北陸新幹線建設工事に伴って東金沢駅 - 森本駅間のルートを変更し、ダイヤが修正された。営業キロは0.1km短くなった。のと鉄道では列車の削減が行われ、七尾駅発着の急行を廃止した。
11月2日 西日本の紀勢線（きのくに線）でダイヤ改正。和歌山駅 - 紀伊田辺駅間の普通が朝晩を除いて御坊駅で系統分割され、御坊駅 - 紀伊田辺駅間を往復する列車として113系2両編成によるワンマン運転が設定された。
12月1日 北海道・東日本2002年12月 ダイヤ改正について - 東日本旅客鉄道 プレスリリース 2002年9月20日 でダイヤ改正。
新幹線 東北新幹線の盛岡駅 - 八戸駅間が延伸開業した。この区間を走る列車として、新たに「はやて」の愛称が登場した。また、「はやて」は一部列車を除いて全車指定席となった。 秋田新幹線「こまち」は今回の改正で「はやて」とともに全車指定席となった。また、連結運転も「やまびこ」から「はやて」に変更された。 東京駅 - 福島駅間をノンストップで走行する山形新幹線「つばさ」が大宮駅に停車するようになる。これにより、「つばさ」全列車が大宮駅に停車するようになり、東京駅 - 福島駅間ノンストップの「つばさ」は消滅した。 上越新幹線の「あさひ」が「とき」に改称された。 東京駅 - 長野駅間をノンストップで走行する長野新幹線「あさま」が大宮駅に停車するようになる。これにより、「あさま」全列車が大宮駅に停車するようになり、東京駅 - 長野駅間ノンストップの「あさま」は消滅した。
青函連絡列車 東北新幹線の八戸駅までの開業に伴い、並行在来線である東北本線の盛岡駅 - 八戸駅間がIGRいわて銀河鉄道（いわて銀河鉄道線の盛岡駅 - 目時駅間）と青い森鉄道（青い森鉄道線の目時駅 - 八戸駅間）に転換された。 盛岡駅 - 青森駅・函館駅間の新幹線連絡特急「はつかり」・「スーパーはつかり」、青森駅 - 函館駅間の快速「海峡」が廃止された。「海峡」の廃止により、海峡線では特急・急行以外の定期旅客列車の設定が廃止されたこれに伴い、蟹田駅 - 木古内駅間の各駅相互間を利用の場合に限り、乗車券のみで特急の普通車自由席に乗車できる措置がとられた。 ほか、JR旅客6社からは特急・急行以外での定期客車列車が消滅した。 八戸駅で新幹線と接続する特急列車として、青森県内相互間の連絡を図る「つがる」、北海道連絡の列車として「白鳥」・「スーパー白鳥」を新設し、「スーパー白鳥」にはJR北海道の789系が新製投入された。
北海道 エル特急「ライラック」が1往復増発された。特急「オホーツク」の美唄駅・砂川駅・生田原駅・女満別駅への停車を拡大し、生田原駅・女満別駅にはすべての「オホーツク」が停車するようになった。
東日本 管内のエル特急や新特急の呼称を廃止した。 中央本線では、特急「あずさ」・「かいじ」の定期列車がすべてE257系に置き換えられた。「かいじ」の一部は運転区間が東京駅・竜王駅へ延長された。急行「アルプス」は下りも廃止され、臨時快速「ムーンライト信州」として多客期に運転されるようになった。また、「成田エクスプレス」は渋谷駅にも停車するようになり、高尾駅発着の列車が新設された。 常磐線では、651系が「フレッシュひたち」の一部にも充当されるようになり、「フレッシュひたち」に初めてグリーン車指定席連結の列車が登場した。 総武本線では、特急「しおさい」を東京駅 - 成東駅間に1往復増発した。 羽越本線では、特急「いなほ」の新潟駅 - 酒田駅間1往復が廃止された。 信越本線では、高田駅 - 長岡駅・新潟駅間の特急「みのり」が快速「くびき野」に格下げされ、犀潟駅 - 長岡駅間の定期昼行特急列車は「北越」のみとなった。 磐越西線では、特急「ビバあいづ」・「ホリデービバあいづ」が特急「あいづ」・「ホリデーあいづ」に改称され、車両も東北新幹線の盛岡駅 - 八戸駅間の開業で余剰となった元「はつかり」用の485系（グリーン車両連結）に変更された。また仙山線の快速「仙山」は土曜・休日は快速「ホリデー仙山」の愛称で運転されるようになった。 東京臨海高速鉄道りんかい線が全通し、埼京線との直通運転を開始した。また、埼京線・湘南新宿ラインに大崎駅が開業し、湘南新宿ラインは1日25往復から38往復に増発された。 ホームライナーは「湘南新宿ライナー」の愛称が、下りは「ホームライナー小田原」、上りは「おはようライナー新宿」に変更された。また、中央ライナー・青梅ライナーも一部で増発された。 京葉線では開業以来初の大幅な改正を行い、土曜・休日の快速における「マリンドリーム」・「むさしのドリーム」の名称を廃止した。南船橋駅・千葉みなと駅には快速が全列車停車するようになったが、海浜幕張駅 - 蘇我駅間では日中の列車が削減され、特急および通勤快速の通過待ちの増加で快速の所要時間が長くなった。 奥羽本線・花輪線（秋田駅 - 大館駅 - 鹿角花輪駅間）の急行「よねしろ」（花輪線内は普通列車）が快速列車（愛称名なし）に格下げとなる形で廃止された。また釜石線では急行「陸中」が快速「はまゆり」に統合され、これらにより東日本管内から夜行列車以外の定期急行列車が消滅した。 八戸線の種差駅が種差海岸駅に改称された。
夜行列車 上野駅 - 青森駅間の寝台特急「はくつる」、函館駅 - 札幌駅間の臨時快速「ミッドナイト」が廃止された。
2003年（平成15年） 3月15日 西日本・九州でダイヤ改正。
西日本 在来線特急列車 北陸地区の特急「しらさぎ」に683系2000番台の投入が開始された。このためにパノラマグリーン車連結の485系は国鉄形塗装に塗り替えて、再び「雷鳥」の運用に復帰した。 特急「はるか」が、朝ラッシュ時に上り列車が、夕ラッシュ時以降は下り列車が和泉府中駅に停車するようになり、日根野駅停車列車も増加した。 京阪神地区在来線 琵琶湖線で、京都発米原方面行きの新快速が設定された。朝ラッシュ明けと夜の草津駅発着を野洲駅発着に延長した。夜の大阪発米原行きの終電が繰り下げ（野洲行きの延長）になった。 103系の草津駅への乗り入れが復活した。 湖西線では、近江舞子始発の一番列車が近江今津始発に延長され、時刻の繰上げを行った。