Kvarnholmen kan avse: Kvarnholmen, Kalmar – en ö i Kalmar och tillika stadens centrum Kvarnholmen, Nacka kommun – en halvö i Nacka Kvarnholmen, Norrköping – en (före detta) ö i centrala Norrköping Kvarnholmen, Uppsala – en holme i Fyrisån i centrala Uppsala, där Upplandsmuseet är beläget Kvarnholmen, Vänern – en ö i Vänern Kvarnholmen, Pedersöre – en ö i Larsmosjön, Österbotten, Finland. Kvarnholmen, Kronoby – en ö i Perho å, Österbotten, Finland.
Se även Kvarnholm Kvarnholmarna